Организация и управление школой находились полностью в руках немцев и подчинялись единому плану подготовки летного состава рейхсвера, разработанному "инспекцией №1" в Берлине. Согласно этому плану основу летного состава Германии поначалу составили летчики-ветераны войны 1914-1918 гг., постепенно переходившие на инструкторские должности, а также молодые летчики и гражданский технический персонал.
Первоначальное обучение, включавшее первичную летную подготовку и последующую ежегодную переподготовку летчиков-наблюдателей, проводилось в летных спортивных школах и в школах гражданской авиации в Германии. Однако освоение летного военного искусства в данных школах было невозможно. Для прохождения этого заключительного и основного этапа в подготовке военных летчиков (истребителей и воздушных наблюдателей) и предназначалась авиационная школа в Липецке.
На подготовку летного состава рейхсвера ежегодно выделялось 10 млн. марок. Из них 2 млн. шло на содержание липецкой школы, причем Деньги на создание необходимой инфраструктуры (ангары, производственные и ремонтные мастерские, лаборатории для испытания моторов, а также жилые и административные здания, лазарет, радиомастерские, подъездные железнодорожные пути и т.д.) выделялись отдельно.
Материальную базу составляли около 100 истребителей "Фоккер Д-XIII", закупленных рейхсвером на средства так называемого "Рурского фонда" в период франко-бельгийской оккупации Рурской области в 1923-1925 гг. В 1925 году они были переданы авиашколе.
Кроме того, почти сразу же Липецкий авиацентр приобрел важное значение как полигон. Там проводились испытания боевых самолетов, созданных авиастроительными фирмами Германии, а также вооружения и оснастки самолетов - бортового оружия (пулеметы и пушки), оптических приборов (прицелы для бомбометания, зеркальные прицелы для истребителей), бомб и т.д.
Уже летом 1925 года школа была открыта для подготовки летного состава и инструкторов, а в 1928-1930 гг. - летчиков-наблюдателей (корректировщиков).
Позднее немецкий персонал насчитывал около 60 человек постоянного состава - летчиков-инструкторов и техников. Кроме того, летом в школу для завершения учебного цикла ежегодно приезжали еще около 50 летчиков и 70-100 технических специалистов для проведения испытаний новой техники. Таким образом, в летние месяцы в авиашколе находилось 180-200 человек, а начиная с 1930 года - около 300 человек. Помимо того, на учебных курсах обучались летный состав и технический персонал советских ВВС.
В ходе занятий инструкторы передавали обучаемым боевой опыт, накопленный в годы империалистической войны. Новые же навыки и знание теоретических основ ведения воздушного боя (тактика и организация) обучаемые приобретали преимущественно зимой. Проверка их осуществлялась на летних занятиях.
Методика обучения летчиков-истребителей строилась по обычному принципу: одиночный полет, полет в составе звена, а затем эскадрильи. При имитации воздушного боя в воздух могли подняться максимум две эскадрильи (по девять самолетов). Несмотря на моральный и физический износ к концу 20-х годов, "фоккеры" были снабжены бомбометательными приспособлениями и опробованы в действии. Таким образом, именно в авиационной школе под Липецком был создан первый истребитель-бомбардировщик.
Подготовка наблюдателей продолжалась 12 месяцев, из них первые шесть месяцев в Берлине отводились на теоретическую подготовку и овладение радиотехникой. Затем следовало полугодовое обучение летной практике наблюдателя и навыкам фотосъемки, стрельбы, навигации и даже бомбометания. Завершалась подготовка наблюдателей на полигоне, около Воронежа летными занятиями по корректированию артиллерийского огня по наземным целям с привлечением советской артиллерии и наземных войск. В результате был разработан и опробован эффективный метод наведения и корректирования огня артиллерии с использованием радиосвязи.
С учетом увеличивающихся нагрузок проводился и соответствующий отбор и последовательное омоложение кадров (ветераны войны - опытные и молодые офицеры, а затем, начиная с 1928 года, и выпускники школ).
На время пребывания в СССР офицеры исключались из списков рейхсвера и восстанавливались на службе только после возвращения. Обучение немецких летчиков проводилось в строгой секретности. Например, гробы с телами разбившихся в результате аварий и иных несчастных случаев немецких летчиков упаковывали в ящики с надписью "Детали машин" и провозили в Германию через Штеттинский порт с помощью нескольких посвященных в тайну таможенников.
Не меньшей секретностью была окружена транспортировка предназначавшихся для школы грузов. С этой целью по инициативе "Зондергруппы Р" ("Вогру") были созданы две смешанные торгово-транспортные фирмы, действовавшие в тесной связи с "Центром Москва". Это "Русско-германское транзитное общество" ("Рустранзит", немецкое название "Дерутра"), созданное 10 апреля 1922 года, и основанное 3 октября 1922 года "Русско-германское торговое акционерное общество" ("Русгерторг") или же "Русско-германское общество воздушных перевозок" ("Дерулюфт"). По железной дороге из Кенигсберга в Россию через Литву и Латвию следовали грузы, не вызывавшие подозрения таможен. Воздушным транспортом переправлялись наиболее ценные грузы. Самолеты, предназначенные для обучения и испытаний, совершали беспосадочные перелеты на большой высоте.
Транспортировка морем (Штеттин - Ленинград) была, однако, основной. Именно этим путем осуществлялась доставка большинства военных грузов в оба конца. Этим же путем в Англию (и обратно) для ремонта направлялись из Липецка английские авиамоторы "фоккеров".
Всего в период с 1925 по 1933 год в Липецке прошли подготовку примерно 120 немецких пилотов и около 100 летчиков-наблюдателей. Кроме того, примерно такое же количество летчиков-истребителей и летчиков-наблюдателей было подготовлено в самой Германии на основе уникального опыта, приобретенного в авиационной школе Липецка. Таким образом, по свидетельству X.Шпайделя, всего к 1933 году было подготовлено около 450 летчиков различной квалификации.
31 декабря 1926 года заместитель Председателя РВС СССР И.С.Уншлихт в записке в Политбюро ЦК ВКП(б) и Сталину сообщал, что в Липецке к тому времени тренировку на истребителях прошли 16 военлетов, техподготовку - 45 авиамехаников и до 40 высококвалифицированных рабочих. Какие же плюсы от функционирования авиашколы отмечал Уншлихт? Безусловно, в первую очередь это подготовка и усовершенствование летных и технических кадров, овладение новыми тактическими приемами различными родами авиации, возможность уже в 1927 году "поставить совместную работу со строевыми частями", а также благодаря участию советских представителей в проведении испытаний вооружения самолетов, фото-, радио- и другой вспомогательной аппаратуры "быть в курсе новейших технических усовершенствовании".
Тем не менее спустя два года в документе советского военного ведомства (доклад начальника разведуправления РККА Я.К.Берзина наркому К.Е.Ворошилову от 24 декабря 1928 г.) отмечалось, что до 1928 года авиационная школа в Липецке советской стороной использовалась слабо из-за ее устаревшего оборудования. Хотя с 1927 года, когда в целом было завершено оснащение школы (62 самолета, 213 пулеметов, 19 автомобилей, 2 радиостанции на январь 1929 г.), интерес к ней советской стороны возрос.
Но уже 5 сентября 1929 года в ходе официального визита в СССР начальника генштаба рейхсвера генерала X. фон Хаммерштайна-Экворда Ворошилов жаловался, что "авиасредства школы устарели и не интересны для нас. Эта техника нам ничего не дает. Германские фирмы имеют более современные самолеты". Хаммерштайн обещал расширить исследовательскую работу и увеличить в школе количество техники. Однако эти обещания, видимо, не выполнялись, так как Ворошилов о том же говорил и во время визита в Советский Союз нового начальника генштаба рейхсвера генерала В.Адама в ноябре 1931 года.
Под руководством офицеров управления вооружения рейхсвера и с привлечением технических специалистов соответствующих германских фирм-производителей начиная с 1931 года (в обход запретов Версальского договора) немцы испытали в Липецке несколько типов боевых самолетов и авиационного оборудования, что позволило полностью подготовить их к серийному производству и условно принять на вооружение рейхсвера. Конкретно речь шла о самолетах-разведчиках дальнего и ближнего радиуса действия и истребителях.
По-настоящему интерес к научно-техническому опыту и испытательным работам немцев в Липецке у советской стороны пробудился на рубеже 1927-1928 гг. Были сформированы небольшие рабочие группы из своих летчиков и инженеров-самолетостроителей, которые постоянно находились в Липецкой школе и подробно знакомились с работами германских специалистов. Появились там и ведущие специалисты ЦАГИ (Центральный аэрогидродинамический институт). Они участвовали во всех технических испытаниях немцев вплоть до 1933 года, причем советские летчики в свою очередь испытывали немецкие самолеты в воздухе.
Советская сторона в ответ однажды устроила большую демонстрацию своей авиатехники в Тушино, однако, по мнению специалистов, это были в основном устаревшие модели. И хотя советские авиастроители занимались разработкой новых типов самолетов, немецкой стороне их старались не показывать.