Возникло в народе убеждение , что царствование Бориса не благословляется небом, потому что, достигнутое беззаконием , оно поддерживается неправдой; толковали, что если утвердиться на престоле род Бориса , то не принесет Русской земле счастья. Люди родовитые оскорблялись и тем , что на царском престоле сел потомок татарина. Становится желательно, чтобы нашелся такой , который имел бы в глазах народа гораздо более прав перед Борисом . Таким лицом был именно Димитрий, сын прежнего государя. Мысль о том, что он жив и скоро явится отнимать у Бориса похищенный престол, все более и более распространялась в народе. И вот в начале 1604 года перехвачено было письмо, писанное одним иноземцем из Нарвы, в этом письме было сказано , что явился сын московского царя Ивана Васильевича Димитрий, находится будто бы у казаков, и Московскую землю скоро постигнет большое потрясение.
Царь Борис , услышав , что в Польше явился какой-то человек, выдавший себя за Димитрия , начал с того, что под предлогом, что в Литве свирепствует какое-то поверье, велел учредить на литовской границе крепкие заставы и не пропускать никого ни из Литвы, ни в Литву, а внутри государства умножил шпионов, которые всюду прислушивались: не говорил ли кто о Димитрии , не ругает ли кто Бориса. Между тем в Москве давали знать, что в польской Украине под знаменем Димитрия собирается ополчение с со дня на день нужно ждать вторжения в московские пределы, а в июле посланник немецкого императора сообщил от имени своего государя по соседской дружбе, что в Польше проявился Димитрий и надобно принимать против него меры. Посоветовавшись с патриархом, царь находил , что нужно же объяснить и самим себе, кто такой этот обманщик. Стали думать и придумали, что это , должно быть, бежавший в 1602 году Григорий Отрепьев . Он был родом из галицких детей боярских, постригся в Чудовом монастыре и был крестовым дьяком у патриарха Иова. Стали распространять исподволь в народ слух, что явившийся в Польше обманщик не кто иной как Гришка Отрепьев. Между тем 16 октября названный Дмитрий с толпой поляков и казаков вступил в Московское Государство. Города сдавались ему один за другим. Служилые люди переходили к нему на службу. В ноябре он осадил Новгород-Северск, но был отбит посланным туда царским воеводой Басмановым. После того царь выслал против Дмитрия войско под начальством Федора Мстиславского. Это войско 20 декабря потерпело неудачу. Далее скрываться перед народом было невозможно. Послушный Борису патриарх Иов взялся объяснить Русской земле запутанное дело.
21 января 1605 года Борисово войско под начальством Мситиславского и Шуйского одержало верх над Димитрием , и сам Димитрий ушел в Путивль. Борис был очень доволен, щедро наградил своих воевод , особенно ласкал Басманова за его упорную защиту Новгород-Северска; но народ, услышав о неудаче названного Димитрия, пришел в уныние. Борис вскоре понял , что сила его врага заключается не в той военной силе, с которой этот враг вступил в государство, а в готовности и народа, и войска в Московском государстве перейти при первом случае на его сторону, так как все легко поддавалось уверенности, что он - настоящий царевич.
Борис был в страшном томлении, обращался к ворожеям, предсказателям, выслушивал от них двусмысленные прорицания, запирался и по целым дням сидел один, а сына посылал молиться по церквям. Казни и пытки не прекращались. Борис уже в близких себе лицах подозревал измену и не надеялся сладить с соперником военными силами ; он решил попытаться тайным убийством избавиться от своего злодея. Попытка не удалась. Монахи, которых в марте подговорил Борис ехать в Путивль - отравить названного Димитрия, попались с ядом в руки последнего.
13 апреля царь встал здоровым и казался веселее обыкновенного. После обедни приготовлен был праздничный стол в Золотой палате. Борис ел с большим аппетитом и переполнил себе желудок. После обеда он пошел на вышку, с которой часто обозревал всю Москву. Но вскоре он поспешно сошел оттуда , говорил , что чувствует колотье и дурноту. Побежали за доктором; пока успел прийти доктор царю стало хуже . У него выступила кровь из ушей и носа. Царь упал без чувств. Около трех часов по полудни Борис скончался. Останки его погребены в Архангельском соборе.