Джунковский держался уверенно, и оппозиции среди его подчиненных оставалось только надеяться, что товарища министра, в конце концов, подведет пренебрежение неофициальными связями. По приезде в Петербург он проигнорировал, например, настойчивые приглашения престарелого, но по-прежнему влиятельного при дворе издателя газеты "Гражданин" князя В. П.Мещерского (креатурой его был и министр Маклаков). Не внял он и рекомендациям, которые Мещерский изложил в нескольких письмах Джунковскому, убеждая его в том, что их взгляды совпадают: департамент полиции - это "темное царство", где признаются допустимыми "все средства для достижения наших целей". Предпочитая сохранить независимость, Джунковский ограничился визитом вежливости месяц спустя после своего назначения. Между тем Мещерский активно поддерживал Распутина еще когда тот не был вхож в царский дворец; через Мещерского познакомился с Распутиным и Маклаков, находившийся с ним "в хороших отношениях". Демонстративно-отрицательное отношение к царскому фавориту также не укрепляло позиции генерала.
Не осталось незамеченным и его стремление осадить претендовавшие на особое положение правомонархические организации. Джунковский исходил из принципа надпартийности монархии; поэтому во время парадного обеда в Зимнем дворце по случаю 300-летия Дома Романовых представителям этих организаций не было разрешено поднести царю хлеб-соль и произносить речи. Вероятно, не без санкции Джунковского в переработанную инструкцию по организации и ведению агентурного наблюдения был включен параграф, согласно которому секретные сотрудники, "принадлежащие к крайне правым партиям, зачастую не только не полезны, но и вредны".
Белецкий же считал необходимым способствовать примирению враждовавших между собой организаций черносотенцев - так же, как и министр юстиции Щегловитов, о котором Джунковский отзывался (в полном согласии с его репутацией в обществе) отрицательно. Даже в беседах с царем он критиковал практиковавшиеся Щегловитовым методы давления на суд. "Он как министр юстиции, - говорил Джунковский, - не стоит на страже закона, а применяет его и объясняет его сообразно обстоятельствам и выгодам данной минуты", а Сенат - высшую судебную инстанцию - превратил в "послушный себе департамент".
Все это Джунковскому потом припомнили. Но пока что он проводил намеченную линию и одновременно перетряхивал высшие полицейские кадры. В июне 1913 г. он избавился от Виссарионова, который был переведен в ведомство по делам печати, что позволило разлучить его с Белецким. С последним удалось, наконец, расстаться в январе 1914 г.
Малиновский находился в этот момент в Вене, возвращаясь в Россию из заграничной поездки. О газетной новости - отставке директора департамента полиции - сказал ему А.А.Трояновский, заметивший, что Малиновский "весь вздрогнул, но тотчас овладел собой и стал напевать какую-то песенку". Потрясение было, однако, сильным. Как выразился потом Белецкий, Малиновский увидел в отставке шефа и покровителя "поднявшийся и над его головой молот". Встречи в ресторанах прекратились. Новый начальник департамента полиции В.А.Брюн де Сент-Ипполит, которого Джунковский считал "безукоризненным и кристальной чистоты человеком", тут же сообщил ему, кто скрывается под кличкой "Икс" (Белецкий в своих многочасовых докладах часто упоминал "Икса" как источник особо важных сведений, но Джунковский не снисходил до того, чтобы интересоваться фамилиями секретных сотрудников). Впрочем, о Малиновском он уже знал: об агенте-депутате ему сказал в марте 1913 г. Виссарионов, причем в этом конкретном вопросе мнения их сошлись, несмотря на некоторое несходство мотивов.
Мнение Виссарионова было таково: Малиновский не подчиняется "руководительству" департамента полиции, не желая ограничивать свою деятельность функциями осведомителя. Виссарионова не устраивали размеры и характер как думской, так и внедумской работы Малиновского, далеко выходившей, по его мнению, за пределы допустимого. "...Когда я стал читать его выступления в Думе, - показывал Виссарионов в 1917 г., - я пришел к заключению, что нельзя более продолжать работать с ним"; "...он обходил и фракцию, и С.П.Белецкого, не говоря уже обо мне". "Отойти" от Малиновского, то есть прекратить его использование, он предлагал и Белецкому и Золотареву, предупреждая их о возможности всяческих осложнений, вплоть до запроса в Думе, но безуспешно. По словам Виссарионова, "с Белецким невозможно было разговаривать на эту тему, он всегда стоял на том, что Малиновского он должен удержать, и он очень старался его удержать все время, повышая ему оклад".
Ход мыслей Джунковского был несколько иной: недопустимо "провоцировать Думу", ибо это неотъемлемая часть государственной системы. Малиновского он видел и, вероятно, слышал, посещая заседания Думы, он "возмущался всегда его резкими выступлениями", его "крайне непримиримыми взглядами". Впоследствии Джунковский признавался, что совмещение обязанностей депутата и секретного сотрудника ему "претило". Кроме того, оно представлялось ему опасным с точки зрения поддержания устойчивости монархического режима: политический скандал в случае разоблачения Малиновского причинил бы правительству больший вред, чем утрата той информации, которую тот поставлял.
Ни в своих показаниях по делу Малиновского, ни в воспоминаниях Джунковский не коснулся темы провоцирования охранкой раскола в РСДРП. Если Белецкий и развивал эту дорогую ему тему в докладах Джунковскому и Маклакову (что почти, несомненно), то Джунковский, скорее всего, и здесь увидел характерное для директора департамента полиции "втирание очков". Это не значит, что тактическая линия Белецкого была отвергнута: циркуляр, где она излагалась, как остающаяся в силе, подписал 14 сентября 1914 г. Брюн де Сент-Ипполит, само собой разумеется, с ведома и согласия Джунковского. 10 января 1915 г. последовал еще один циркуляр, требующий того же - разъединения социал-демократических групп и течений с помощью внутренней агентуры. Но дорожить из-за этого "Иксом" Джунковский не собирался.
Вспоминая уже в советское время о деле Малиновского, Джунковский объяснял свое решение таким образом: "Кому принес больше пользы Малиновский? Ленину или розыску, трудно сказать. Думаю, что Департаменту полиции от него было пользы немного, вернее, он отвлекал внимание Белецкого от серьезных дел. Белецкий тешил себя тем, что видный представитель думской социал-демократической фракции - его сотрудник, а то, что это была игра с огнем и недостойная, на это он закрывал глаза".
Развязка затянулась, Джунковский долго размышлял, как покончить с неприятным делом, "сохранив приличие". Тем временем находившийся в простое Малиновский тщетно пытался выяснить, чего же хочет от него всесильный товарищ министра. Осознав, наконец, что департамент полиции больше не нуждается в его услугах, он униженно просил Белецкого ходатайствовать перед новым руководством департамента полиции, чтобы обеспечили его семью, а ему предоставили "свободу действий". "Такого растерянного тона я никогда у Малиновского не слышал", - вспоминал Белецкий. Возможно, выходка на заседании фракции 22 апреля была последней попыткой "Икса" заслужить благоволения нового начальства.
Но участь его была уже решена. Ни Брюн де Сент-Ипполит, ни преемник Виссариона А.Т.Васильев встречаться с ним не пожелали. Начальник Петербургского охранного отделения П.К.Попов вместе с известным Малиновскому по Москве ротмистром Ивановым встретились с ним в сквере у памятника Екатерине II и передали требование Джунковского: в течение трех дней подать заявление о выходе из Думы и уехать за границу; на этих условиях ему выдавался годовой оклад жалования - 6 тысяч рублей. Как вспоминал Попов, в первый момент Малиновский был "до необычайности обескуражен подобным предложением и все спрашивал, куда же он теперь денется. Но, узнав об единовременной получке в 6 тысяч рублей, согласился". Сумма была выдана Малиновскому под расписку после его ухода из Думы. До границы его сопровождали два агента: уверенности, что бывший депутат сдержит слово, у Джунковского не было...
Так завершилась полицейская карьера Романа Малиновского. По своей продолжительности она, конечно, не шла ни в какое сравнение с 16-летней карьерой Азефа, да и финал ее был другим. С точки зрения реализации планов Джунковского это можно было бы посчитать успехом, с точки зрения Белецкого - огорчительной неудачей, а Ленин впоследствии изобразил отказ охранки от услуг "Икса" чуть ли не признанием поражения системы полицейского розыска, поскольку ей не удалось остановить развитие рабочего движения и рост влияния большевиков. Малиновский был изгнан потому, что "оказался слишком связанным легальною "Правдой" и легальной фракцией депутатов, которые вели революционную работу в массах [больше], чем это терпимо было для "них", для "охранки", - так писал Ленин в 1917 г., не зная еще о близких по смыслу показаниях Виссарионова. Малиновский превратился, по словам Ленина, "в одно из звеньев длинной и прочной цепи, связывавшей (и притом с разных сторон) нашу нелегальную базу с двумя крупнейшими органами воздействия на массы, именно, с "Правдой" и с думской социал-демократической фракцией. Оба эти органа провокатор должен был охранять, чтобы оправдать себя перед нами".