Таким образом, начало присоединения и освоения Сибири было положено не правительственными отрядами, а выходцами из народа, освободившими хантов, манси, башкир, западносибирских татар и других от ига потомков чингисидов. Царское правительство использовало победу для распространения своей власти на Сибирь.
Поскольку одним из основных стимулов русской колонизации Сибири на начальном этапе была пушнина, то продвижение шло главным образом в таежные и тундровые районы Сибири, наиболее богатые пушным зверем. Продвижение именно в этом направлении было обусловлено также исключительно слабой заселенностью тайги и тундры и угрозой опустошительных набегов для лесостепных и степных районов Южной Сибири со стороны кочевников Казахских и Монгольских степей. В XVIв. наиболее известной дорогой в Сибирскую землю был путь по притоку Камы р. Вишере. Далее через горные перевалы путь шел по рекам восточных склонов Урала – Лозьве и Тавде. Для освоения и укрепления этого пути был построен Лозвинский городок. В царских указах вновь назначенным в Сибирь воеводам обязательно приписывалось идти через Лозьву, через Лозьву передавались запасы продовольствия и боеприпасы, там же покорители Сибири ждали начала навигации, и весной, когда «лед скроетца» спускались вниз по Лозьве на лодках, стругах, дощаниках и судах до Тобольска, затем до Березова и Сургута, от Сургута вверх по течению Оби двигались до Нарыма и Кетского острога, от Тобольска вверх по Иртышу ездили до Тары, вверх по Тоболу – до Тюмени.
В начале 1593 г. развернулось наступление против враждебного России пелымского князька Аблагирима. Для этой цели в Чердыни началось комплектование отряда, воеводами которого были назначены Н.В. Траханиотов и П.И. Горчаков, сопротивление Аблагирима было сломлено, подвластная ему территория вошла в состав России. Летом 1593 года участники отряда начали строительство Пелымского городка на берегу р. Тавды. Тем самым был обеспечен путь между Лозьвинским городком и тобольском. Царский наказ обязывал Горчакова организовать хлебное производство в Сибири, с тем, чтобы уменьшить количество доставляемого из Европейской части государства продовольствия для снабжения служилых людей. В дальнейшем, вплоть до конца XVIIв. правительство неуклонно требовало от воевод Сибирских городов создания и расширения казенной запашки, увеличения запашки служилых людей.
В феврале 1594 года из Москвы была направлена небольшая группа служилых людей с воеводами Ф.П. Барятинским и В. Аничковым для закрепления в составе России земель Приобья выше устья Иртыша. Соединенный отряд направился вверх по течению Оби в пределы княжества Бардака. Хантыйский князек Бардак добровольно принял русское подданство и оказал русским помощь в постройке крепости в центре подвластной ему территории на правом берегу Оби при впадении в нее реки Сургутки. Новый город на Оби стал называться Сургутом. Все селения хантов в Приобье выше устья Иртыша вошли в состав нового Сургутского уезда. Сургут стал опорным пунктом царской власти в Приобье в борьбе с союзом племен, известным в источниках под именем Пегой Орды.
В 1596 году с целью предотвращения набега Кучума в центре Пегой орды, был построен Нарымский острог.
Вслед за Нарымским острогом на берегу правого притока Оби р. Кети был поставлен Кетский острог, с его основанием представители воевод из Сургута и Нарыма начали собирать ясак – (дань с местного населения) с населения бассейна р. Кети, продвигаясь на восток к Енисею.
В 1594 году для предотвращения набегов остатков орды Кучума на Иртыше возле речки Аргарки была возведена русская крепость, которая получила название тарского городка. В состав постоянного тарского гарнизона было оставлено 320 человек. Тарские улусы по Иртышу от Тобольска до Тары были включены в состав нового Тарского уезда.
В начале XVIIв. эуштинский князец Троян приехал в Москву и обратился с просьбой к правительству Б.Годунова взять под защиту Российского государства селения томских татар в нижнем Притомье и поставить в их земле русскую крепость. Со своей стороны Троян пообещал помогать царской администрации нового города в обложении ясаком соседних с томскими татарами тюркоязычных групп. В марте 1604 года в Москве было окончательно принято решение о строительстве города на берегу р. Томи, местом для сооружения укрепленного пункта был избран высокий мыс горы на правом берегу Томи, к концу сентября 1604 года строительные работы окончились и в Томске наряду с ратными людьми появились крестьяне и ремесленники. В начале XVIIв. Томск был самым восточным городом Русского государства. Прилегающий к нему район нижнего течения Томи, средней Оби и Причулымья вошел в состав Томского уезда.
В 1598 г. в верховьях р. Туры был поставлен Верхотурский городок, в строительстве которого принимали участие жители Лозьвинского городка, переведенные в Верхотурье на постоянное жительство. В связи с прекращением движения по старой дороге Лозьвинский городок был уничтожен. С прокладкой новой дороги (от Соликамска через горные перевалы на верховья р. Туры) Верхотурье стало на пртяжении всего XVIIв. «главными воротами в Сибирь» через которые шли все официальные сношения Москвы с Зауральем. Для обеспечения перевозки грузов из Верхотурья в Тюмень в 1600 г. на р. Туре был основан Туринский острог.
К началу XVIIв. почти вся территория западной Сибири от Обской губы на севере до тары и Кузнецка на юге стала составной частью России. Выросли русские административные центры – города и остроги. Многие из них стали центрами сформировавшихся уездов.
Присоединение Западной Сибири к Русскому государству было не только политическим актом. Более существенную роль в процессе включения Сибири в состав России играло хозяйственное освоение территории русским народом, развитие производительных сил, раскрытие производственных возможностей богатейшего по природным ресурсам края. К концу XVIIв. в Западной Сибири преобладающей группой русских жителей были уже не служилые люди, а крестьяне и ремесленники, занятые производственной деятельностью. «Ведомость Сибирских городов» 1701 года отметила в Западной Сибири 6442 семьи служилых людей, 1944 семьи посадского населения и 9342 семьи пашенных, оброчных и монастырских крестьян.
Присоединение к Русскому государству Восточной Сибири.
Присоединение к России народов, населявших Восточную Сибирь происходило в основном на протяжении первой половины XVIIв., окраинные территории на юге, востоке и северо-востоке Сибири вошли в состав России во второй половине XVIIв.
Присоединение Восточной Сибири началось с бассейна Енисея, прежде всего с его северной и северо-западной части. Во второй половине XVIв. русские промышленники из Поморья стали проникать в Обскую губу и далее по р. Тазу на восток к низовьям Енисея. Промысловое предпринимательство осуществлялось различными путями, которые к началу XVIIв. были уже традиционными. Промышленники проходили в указанный район или морским путем (через Югорский шар, Карское море и полуостров Ямал), или «чрезкаменным» путем (через Урал) в его различных вариантах. В 1616-1619 гг. русское правительство, опасаясь проникновения в устье Оби кораблей английских и голландских компаний, запретило пользоваться морским путем, что, впрочем, не нарушило промысловых связей с низовьями Оби и Енисея.
Целые поколения поморских промышленников преемственно были связаны с пушными промыслами в Енисейском крае. В первые десятилетия XVIIв. русские промышленники стали энергично осваивать районы по крупнейшим восточным притокам Енисея – Нижней и Подкаменной Тунгуске, а также продвигаться вдоль побережья Северного Ледовитого океана к устью р. Пясины, до северо-восточных берегов Таймыра. В первой половине XVIIв. мангазейскими промышленниками были основаны на Енисее Дубическая слобода (1637 г.), Хантайская слобода, выросшая из зимовья (1626 г.), заимки в верховьях Нижней Тунгуске и другие населенные пункты с постоянным населением.
Правительственная деятельность по установлению политического господства началась только на рубеже XVIIв. Летом 1600 года из Тобольска по Оби и Обской губе двинулись к устью р. Таза первые воеводы М.М. Шаховский и Д. Хрипунов, в бою с местным населением они потерпели поражение, но все же им удалось укрепиться в маленьком промысловом городке. В 1601 году на берегах Таза был основан город Мангазея, ставший местным административным центром и важнейшим торгово-перевалочным пунктом.
К 1607 году на нижнем Енисее были основаны Туруханское и Енбатское зимовья, и ясачный режим был распространен на большинство энецких и остяцких родов. После образования в Мангазее в 1625 году постоянного гарнизона (100 служилых людей) местные власти создали сеть ясачных зимовьев, охватившую весь Мангазейский уезд и процесс обьясачивания на этом участке был завершен. Таким образом, рассматриваемая территория практически вошла в состав Русского государства к моменту, когда пушные промыслы русских промышленников и их экономические связи с местным населением были уже в расцвете. По мере удаления на восток основных районов пушных промыслов Мангазея с 30-х годов стала терять свое значение торгово-перевалочного пункта и ее роль перешла к Туруханскому зимовью в низовье Енисея. Оседавшее там промысловое население концентрировалось в местах, удобных для рыболовства, прежде всего по берегам Енисея ниже Туруханска, заселяло низовья Пясины, Хеты и Хатанги, постепенно осваивая для постоянного жительства прибрехные районы Ледовитого океана.