В 1560 г. Грозный начал менять систему своего правления. Он распустил Избранную раду, наложив опалу на ее руководителей. Наряду с некоторыми разногласиями, которые возникали у Ивана IV со своими советниками, определяющую роль в этих событиях сыграла сложная, не вполне здоровая натура грозного царя. Обладая многими талантами, тонко разбираясь в людях, он в то же время отличался непомерным властолюбием и жестокостью. В тяжелую пору боярского засилья и народных волнений он сумел приблизить к себе незаурядных людей и укрылся за их спинами. Однако по мере того как реформы Избранной рады стабилизировали положение в стране и дали возможность добиться блестящих успехов во внешней политике, дельные, но настырные советники начали все больше тяготить Ивана. Чтобы избавиться от них, он воспользовался первым поводом, боярским наговором — Сильвестр и Адашев были обвинены в чародействе.
Последовавшие в это же время неудачи в Ливонской войне болезненно подозрительный царь воспринял как результат грандиозной измены в своем окружении. Несколько бояр были казнены. Однако Грозный счел необходимым отдельные преследования развернуть в целую систему беспощадного террора. Для этого он нуждался в специально отобранных исполнителях. В конце 1564 г. Грозный неожиданно уехал из Москвы в Александрову слободу. Оттуда царь прислал в столицу две грамоты — Боярской думе и посадским людям, в которых он обвинял бояр в измене и заявлял, что отрекается от престола. Посадским он при этом сообщал, что "гневу на них и опалы нет". Это был тонко рассчитанный ход: московский люд тут же потребовал, чтобы бояре уговорили царя вернуться, угрожая, что иначе сами их истребят. Грозный согласился вернуться на условии учреждения опричнины.
Суть новой политики состояла в разделении всего русского населения и всей русской земли на две неравные части. Большая часть, т.н. земские поступали под надзор опричников (поначалу 1000 чел., в нач. 1570 г. — ок. 6000 чел.). Власть опричников над земскими была полной, и пользовались они ею не только в интересах царя, но и в своих собственных. Те русские земли, которые были поставлены под опричное управление, раздавались опричникам в пользование, причем старые хозяева-помещики безжалостно изгонялись. Опричники стремились выжать из предоставленных им земель и крестьян максимум возможного. Опираясь на эти специально отобранные кадры. Грозный развернул в стране жесточайший террор, от которого пострадали не только бояре, но и все другие слои населения. Апогеем террора стал погром Новгорода: новгородцы без всяких на то оснований были обвинены в том, что хотят свергнуть Грозного и возвести на престол его двоюродного брата, старицкого князя Владимира Андреевича. Несчастный князь был отравлен, а Новгород практически стерт с лица земли.
Произвольное разделение населения на мучимых и мучителей, постоянные казни и погромы, разорение массы поместных хозяйств — все это ослабляло Русь. К тому же опричники, которые, помимо борьбы с врагами царя внутри страны, должны были еще и держать границы — оборонять его от врагов внешних, оказались никудышными воинами. В 1571 г. крымский хан Девлет-Гирей дошел до Москвы и сжег ее. На другой год хан снова пошел походом на Русь, но на этот раз был разбит земским войском у села Молоди. После этих событий в 1572 г. опричнина была отменена; земли и служилых людей объединили; старым хозяевам возвратили большую часть их поместий. Однако репрессии продолжались и позже, до смерти Ивана Грозного. Только теперь бывшие опричники страдали от них не меньше всех прочих.
В Ливонской войне долгое время сохранялось затишье, вызванное тем, что в Речи Посполитой (польско-литовское королевство), где король выбирался шляхтой (дворянством), шла междоусобная борьба между сторонниками разных кандидатур. В 1575 г. на престол был выбран трансильванский князь Стефан Баторий, незаурядный государственный деятель и полководец. К концу 1570-х гг. он захватил большую часть Ливонии и перенес военные действия на русскую территорию. В 1581 г. Баторий осадил Псков, но взять его не смог. Героическая оборона города остановила дальнейшее наступление поляков. В 1582-м в г. Яме-Запольском было заключено перемирие с Польшей; в 1583 г. — со Швецией в г. Плюссе. По их условиям Россия утратила все свои приобретения в Ливонии и, кроме того, вынуждена была отдать шведам свои старинные города Ям и Копорье на побережье Финского залива. Т.о., затяжная (25 лет), стоившая огромных расходов и потерь война не принесла России ни малейшего успеха.