Правительству пришлось идти на уступки: был издан специальный указ, согласно которому в казаки запрещалось брать крестьян, а разрешалось брать людей «не с пашни». Это окончательно лишило тяглецов права «выхода»в казаки даже при условии их замены. Несмотря на это крестьяне продолжали уходить. А помещики южных уездов решительно отказывались повиноваться правительственным распоряжениям насчёт крестьян. Они силой утверждали своё право на личность крестьянина и его имущество. Переписка посольского приказа не оставляла сомнения в том, что насилия над крестьянами совершались повсеместно и в массовом порядке. Крестьянские челобитные рисуют подлинную картину феодального разбоя землевладельцев. Помещики били и мучили крестьян, свозили к себе на двор, прятали крестьянских жен и детей, отбирали лошадей и коров, сошники и косы, хлеб, даже бедную крестьянскую утварь. Попытки крестьян найти поддержку в Посольском приказе оканчивались безуспешно. Показательно, что в своих распоряжениях и инструкциях Посольский приказ чётко разграничивал и противопоставлял понятия «вольные люди» и «крестьяне с пашни». При этом констатация «вольности» и «невольности» крестьян определялась исключительно интересами фиска. Сыновья тяглецов волны были уходить в казаки без всяких формальностей, тогда как тяглецы не могли покинуть свой тяглый «жеребий».
Помещики усвоили все выгоды, вытекавшие для них из временного прикрепления крестьян к тяглу, но они рассматривали крестьянскую крепость не только и не столько с точки зрения тягла и интересов казны, сколько с точки зрения собственных интересов. Южные помещики поступали в отношении крестьян так, как если бы они были «крепки земле». Под напором дворянства Посольский приказ распорядился сыскать среди казаков и вернуть помещикам беглых крестьян. Подчинённые приказа выражали беспокойство, как бы из-за такого решения «вперёд смуты не было». И эти опасения имели веские основания, так как недовольство крестьян такой политикой усиливалось.
Важным поворотом в деле закрепощения крестьян было введение пятилетнего срока сыска беглых. Чрезвычайные и временные меры стали превращаться в постоянно действующие установления. Это было сделано в уложении 1592 года царём Фёдором Иоанновичем. Этот документ не был найден,. И о нём известно лишь по некоторым ссылкам. При Лжедмитрии I власти предприняли попытку систематизировать законы, изданные с начала 50-х годов 16 века до 1 февраля 1606 года. В этих целях был составлен Сводный Судебник 1606-07 годов. Включавший подробные разделы о крестьянах. Составители Судебника имели в своём распоряжении фонды Поместного приказа, из стен которого вышли самые важные постановления по крестьянскому вопросу. Тем не менее компетентные приказные правоведы не смогли найти никаких законодательных памятников царя Фёдора о крестьянах, за исключением одного лишь указа 1597 года. Если московские правоведы, систематизировавшие законодательство царя Фёдора не обнаружили этот указ или уложение о крестьянах через 13 лет после его издания, имея на руках сохранённые архивы, то это может иметь только одно объяснение: безуспешно разыскиваемый указ, по-видимому, никогда не был издан.
Отмена долгих заповедных лет и осуществление на практике норм пятилетних урочных лет первоначально не изменили взгляда на закрепощение крестьянских выходов как на меру временную. Трудно составить точное представление о тех политических разногласиях, которые возникали в Боярской думе в связи с подготовкой и изданием крепостнических законов. При Василии Шуйском руководители Поместного приказа утверждали, будто царь Фёдор запретил крестьянам переходы «..по наговору Бориса Годунова, не слушая советов старейших бояр». В подобном утверждении была, вероятно, доля истины.
Пока Годунов не стал полновластным правителем государства, меры в отношении крестьян носили половинчатый характер. Слабое, разрушаемое внутренними противоречиями правительство царя Фёдора поначалу не обладало ни решимостью, ни средствами для радикального и окончательного решения крестьянского вопроса. Оно не могло ни отменить одним указом нормы Судебника, ни восстановить Юрьев день в качестве регулятора крестьянских переходов. Только к середине девяностых годов Борис Годунов добился-таки более прочной политической стабилизации и под давлением дворянства приступил к окончательной ликвидации Юрьева дня.
Отношение различных прослоек феодального класса к крестьянскому выходу было неодинаковым. Крупные землевладельцы обладали неизмеримо большими возможностями для того, чтобы удержать своих крепостных и перезывать чужих с помощью подмоги и льгот. Для мелких помещиков невозможность сохранить крестьян грозила скорым разорением. Поэтому не удивительно, что идеи немедленного закрепощения крестьян встречали в их среде наиболее энергичную поддержку.
Но различия в отношении феодальных землевладельцев в Юрьеву дню нельзя преувеличивать. Противодействие старейших бояр Борису Годунову носило главным образом политический характер. В действительности не советы бояр, а позиция крестьянства, составлявшего в то время громадное большинство населения страны, тормозила утверждение крепостнических законов. Настроения и действия крестьянских масс оказывали самое непосредственное влияние на развитие крепостного права.
Советские исследователи критически преодолели господствовавшую в зарубежной историографии концепцию «безуказного» закрепощения крестьян и пришли к важному выводу о том, что дворянское государство сыграло активную роль в установлении крепостного права. В настоящее время этот основополагающий тезис исследователями не оспаривается. Однако дискуссионным остаётся вопрос о том, в какие формы вылились первые крепостнические мероприятия государства. Можно высказать предположение, что сформировавшие в общих контурах крепостнический режим, первоначально носили фискальный характер и поэтому не были и не могли быть облечены в форму развёрнутого законодательного акта. Запрет крестьянского выхода и фактическая отмена правил Судебника 1550 года о Юрьеве дне явились не целью, а скорее косвенным результатом этих распоряжений. Режим заповедных лет стал складываться во второй половине восьмидесятых годов XVI века как система практических мер по возвращению крестьян и посадских людей в тягло. Решительный шаг в сторону закрепощения крестьян был сделан спустя десятилетие, когда дворяне усвоили все выгоды, вытекавшие из правительственных мер по упорядочению тягла, и добились законодательного подтверждения нового порядка. Под давлением феодальных землевладельцев временная система прикрепления к тяглу стала перерастать в постоянную систему прикрепления к земле. В конце концов дворянская концепция взяла верх над фискальной.
27 ноября 1597 года правительство издало первый развернутый закон о закрепощении крестьян. По времени закон был приурочен к Юрьеву дню: он был принят за 2 дня до его наступления. Но пункт о формальном упразднении Юрьева дня отсутствовал. Старый порядок крестьянских переходов давно утратил фактическую силу, и законодатели молчаливо исходили из этого факта. Закон 1597 года утвердил реальность возникшего крепостного режима. В основу закона 1597 года была положена норма о пятилетнем сроке подачи исковых заявлений о беглых крестьянах, то есть норма «урочных лет», разработанная поместным ведомством и применявшаяся на практике в течение нескольких лет. Указ лишь дополнил распоряжения предыдущих лет подробно разработанным положением о сыске и возвращении крестьян. Отныне возвращению подлежали все вышедшие и свезённые крестьяне. Без такого детального положения отмена Юрьева дня не могла быть осуществлена на практике в полном объёме. Вплоть до середины девяностых годов XVI века постановления по делам о крестьянах нередко содержали указание на то, что новые меры будут осуществляться до «государева указа», который возродит традиционный порядок вещей. Закон 1597 года впервые санкционировал отмену Юрьева дня без ссылки на временный характер данной меры и возможные перемены.
Уложение 1597 года значительно расширило крепостническую практику. Оно прикрепило к земле не только тяглых дворовладельцев, но и их детей и жен, ранее не попадавших под действие заповедных лет. Любой переход крестьянина рассматривался отныне как бегство. Беглый подлежал возврату со всей своей семьёй и имуществом. Таким образом, годуновский указ стал крупнейшей вехой в развитии крепостного режима, отразив момент превращения чрезвычайных и временных мер в постоянно действующие нормы по всей стране.
Закрепощение крестьян стало крупнейшим продворянским мероприятием правительства Годунова. Указ консолидировал господствующий класс и упрочил положение Бориса Годунова как правителя. Но крестьянство не желало мириться с неслыханным насилием со стороны крепостнического государства, результатом чего стала одна из кровопролитнейших войн – Крестьянская война начала XVII века.
Последним документом, юридически окончательно закрепившим положение крестьян как крепостных, стало Ñîáîðíîå Óëîæåíèå 1649 ãîäà. Его источниками стали судебники, указные книги приказов, царские указы, думские приговоры, решения Земских соборов, Стоглав, литовское и даже византийское законодательство. Этот документ создавался в непростой исторической обстановке: в 1648 году в Москве вспыхнуло массовое крестьянское восстание. Был созван Земский собор, который в 1649 году и принял знаменитое Соборное Уложение. Составлением проекта занималась специальная комиссия, его целиком и по частям обсуждали члены Земского собора посословно. Напечатанный текст этого документа был разослан в приказы и на места. Впервые была предпринята попытка создать свод всех действующих правовых норм, включая Судебники и Новоуказные статьи. Весь материал был сведён в 25 глав и 967 статей. Впервые также была предпринята попытка разделить нормы права по отраслям и институтам, хотя казуальность в изложении норм сохранялась. Çäåñü, в главе 11 (Суд о крестьянех), говорилось о том, что отныне все сбежавшие крестьяне подвержены бессрочному сыску. Найденные вдали от своего хозяина крестьяне должны были быть возвращены ему. Довольно суровые наказания (вплоть до обращения в холопство) были предусмотрены для укрывателей беглых крестьян.