В кампанию 1806-1807 Багратион опять является начальником то авангарда, то арьергарда, смотря по тому, наступала или отступала наша армия. Так, с непрерывным в течение 3 дней боем, на протяжении 70 верст, он прикрывает отступление нашей армии от Янкова к Прейсиш-Эйлау и принимает участие в сражении у этого местечка (26 и 27 января), 27-го числа он руководил действиями не только своего отряда, но и корпуса Дохтурова, контуженного и выбывшего из строя. Получив приказание главнокомандующего генерала Беннигсена во что бы то ни стало выбить французов из Прейсиш-Эйлау, Багратион, спешившись, со знаменем в руке становится во главе 4-я дивизии и овладевает местечком. Однако наша армия все же вынуждена была отступить к Кенигсбергу, е это движение совершается под прикрытием Багратионовского отряда. Так как Наполеон, не развив своего успеха, также отошел за Пассаргу, то Беннигсен снова переходит в наступление. Багратион, идя в авангарде, занимает Гутштат и, продолжая марш свой далее, атакует 34 мая неприятельские войска у Альткирхена, сбивает их после 6-часового боя с весьма выгодной позиции, обращает с бегство, преследует и довершает победу новым поражением их на следующий день у села Анкендорф. Атакованный 28 мая всей неприятельской конницей, Багратион упорно обороняется у Гутштата, чем задерживает переправу французов через Алле и дает нашей армии время укрепить позиции у Гейльсберга. Затем Багратион прикрыл как отход ее с них, оставаяль в Геяльсберге до утра 31 мая, так и самое отступление ее к Бартенштейну. В сражении у Фридланда отряд Багратиона составлял левый фланг расположения нашей армии. Когда наши войска не выдержали и в расстройстве начали отступать, Багратион со шпагой в руках стал ободрять Московский гренадерский полк, остатки которого окружили его лошадь, напоминая солдатам их подвиги в Италии с Суворовым. Но все было напрасно. Даже Семеновцы и Павловцы дрогнули и осадили назад. Тогда Багратион, желая хоть сколько-нибудь сдержать натиск французов, приказал полковнику Ермолову А.П. привести из резерва какую-нибудь артиллерийскую роту. 16 часов пробыл Багратион в самом пекле этого жестокого боя и затем еще 5 суток сдерживал противника, преследовавшего нашу разбитую армию, шедшую к Тильзиту. За Фриланд Багратион был награжден золотой шпагой, украшенной алмазами, с надписью: “За храбрость”, с которой он не расставался до конца жизни.
Несмотря на чрезвычайное напряжение своих сил в течение кампаний 1805-1807 годов, Багратион, не колеблясь, принял назначение на театр войны. Назначенный начальником 21-й пехотной дивизии, он разбил в ночь с 15 на 16 февраля генерала Адлеркрейца у Артчио, 28-го – занял Тамерфорс, 4 марта нанес поражение шведскому главнокомандующему генералу Клингспору у Бьернеборга и, преследуя его в течение 8 дней на протяжении 200 верст по отвратительным дорогам, занял 10 марта Або, 12-го – Христианштадт. 26-го – Вазу, 31 марта – Аландские острова. Нездоровье, вызванное усиленными непрерывными трудами, вынудили Багратиона покинуть временно армию. Восстановив свои вилы, он осенью 1808 года вернулся в Финляндию и 16 сентября разил генерала Бойе и Лапитнсгаузена у Гельзинга. Чтобы нанести шведам решительный удар, Император Александр составил план зимнего похода нашей армии по льду Ботнического залива к Стокгольму. Не только большинство генералов, но и главнокомандующий ее сперва – гр. Буксгевден, а потом – генерал Кнорринг, высказывались против такой операции и медлили с началом ее. И только один Багратион, не рассуждая по существу, ответил графу Аракчееву, присланному государем организовать этот поход: ”Прикажите – пойдем”. Назначенный начальником одной из трех колонн, он должен был перейти из Або в Швецию через Аландские острова. Последние были заняты в 6 суток, а авангард под командой Кульнева достиг шведского берега и захватил мыс Гриссельгам в окрестностях Стокгольма. В начале августа 1809 года Багратион был назначен командовать Молдавской армией, действовавшей против Турции. Историк эпохи конца XVIII и начала XIX в., Е. Шумигорский, на основании опубликованных в последнее время документов, полагает, что такое быстрое перемещение Багратиона из Финляндии, где война уже кончилась, в Турцию, где она тянулась безрезультатно уже третий год, было, в сущности, для него почетной ссылкой. Его не желали более видеть в Санкт-Петербурге по причинам интимного характера. Среднего роста, худощавый, мускулистый брюнет с типичным грузинским лицом, на котором сильно выдавался орлиный нос, дававший повод с ряду острот, шуток и анекдотов, Багратион был некрасив, но всей своей фигурой производил сильное впечатление: солдаты называли его “орлом”. Но еще более сильное впечатление производил он на окружающих славой своих подвигов и репутацией суворовского любимца и ученика. На этой почве, вероятно, произошло увлечение им Великой Княжны Екатерины Павловны, которой в ту пору было 18-20 лет. Чтобы положить ему конец, Великую Княжну в апреле 1809 года выдали замуж за принца Георга Ольденбургского. Но так как Багратион не хотел примириться с этим фактом, то его произвели в генерала то инфантерии и направили в Молдавию. Прибыв сюда, Багратион повел военные действия с обычной своей суворовской быстротой и решительностью. Имея в армии всего лишь 20 тысяч человек, он, не снимая блокады Измаила, взял 18 августа Мачин, 22-го – Гирсово, 29-го – Кюстенджи, 4 сентября разбил наголову под Россеватом 12-тысячный корпус отборных турецких войск, 11-го – осадил Силистрию, 14-го взял Измаил, 27-го – Браилов. На выручку Силистрии поспешил великий визирь с войсками, численность которых равнялась силе нашего осадочного корпуса. Багратион встретил его 10 октября у Татарицы и нанес ему поражение. Но когда стало известно, что к Силистрии спешат остальные войска великого визиря, то Багратион решил снять осаду и 14 октября отвел свои войска на левый берег Дуная, намереваясь возобновить военные действия весной и с более значительными силами. Но в Санкт-Петербурге всем этим остались очень недовольны, и в марте 1810 года на смену Багратиону был прислан граф Н.М. Каменский.
Награжденный за турецкую войну орденом святого Андрея Первозванного, Багратион был назначен главнокомандующим 2-й Западной армией (45 тысяч человек, 216 орудий), расположенной с пределах нынешней Гродненской губернии, от Белостока до австрийской границы. Когда выяснилась неизбежность новой войны с Наполеоном, Багратион представил Государю “план будущей кампании”, построенный всецело на идее наступления. Предпочтение было отдано плану Барклая-де-Толли, и Отечественная война началась отступлением обеих наших западных армий на соединение у Смоленска. Наполеон прежде всего поставил себе целью отрезать и уничтожить слабейшую армию Багратиона и для этого направил с фронта корпус брата своего, короля Вестфальского Иеронима, а наперерез – маршала Даву. Но Багратион пробился; 28июня у мыса Мира он разбил авангард Вестфальского короля, в составе 6 уланских полков, а 2 июля у Романова снова рассеял его кавалерию, но Даву успел-таки заградить путь Багратиону на Могилев, к Салтановке. Хотя корпусу Раевского, атакованному здесь 10 июля 5 французскими дивизиями в составе 28 тысяч человек, и удалось отразить атаку и даже преследовать французов от Дашковки до Новоселки, но все же Багратион был вынужден повернуть на Новый Быхов; здесь он переправился через Днепр и, идя на Мстиславль, 17 июля соединился с Барклаем под Смоленском. Замечательно, что будучи генералом наступательной тактики, Багратион тем не менее не зарвался в решительный бой Могилевом, а преследуя правильно поставленную стратегическую цель отступления, вовремя уклонился в сторону и тем спас армию. Хотя по соединении армий Багратион подчинился Барклаю, несмотря на то, что был старше его в чине, но несогласия, существовавшие между ними до сих пор относительно способа ведения войны, достигли здесь наибольших размеров. Багратион требовал наступления, хотел сразиться с Наполеоном; Барклай-де Толли осуществлял свой план заманивания противника вглубь России. Для характеристики взглядов Багратиона и его настроения могут служить следующие строки его писем к Ермолову, состоявшему в штабе Барклая: “…Куда вы бежите? Ей-богу, неприятель места не найдет, куда ретироваться. Они боятся вас. Войско ропщет. Все недовольны. С вас зад был чист и фланги. Зачем вы побежали? Надобно наступать: у вас 100 тысяч. А я бы тогда помог. А то вы побежали, где я вас найду…Уж истинно еле дышу от досады, огорчения и смущения. Я, ежели выберусь отсюда, тогда ни за что не останусь командовать армией и служить. Стыдно носить мундир. Ей-богу болен. А ежели наступать будете с первой армией, тогда я здоров…» (3 июля 1812 г.) – “Ретироваться трудно и пагубно. Лишается человек духу, субординации и все в растройку. Ежели вперед не пойдете, я не понимаю ваших мудрых маневров. Мой маневр – искать и бить!…” (7 июля 1812 г.). поэтому Багратион настаивал на движении к Рудне, на генеральном сражении под Смоленском. Барклай-де-Толли оставался верен своему плану. “Не смел остаться с 90 тысяч у Смоленска! Ох, грустно, больно”, - восклицал Багратион в письме к Аракчееву и заявлял, что “никак вместе с министром быть не можем”… Решено было объединить начальствование всеми армиями в лице особого главнокомандующего. Избран был Кутузов.
Армии отступали и остановились на Бородинском поле, где 26 августа и разыгралась знаменитая битва. Она была последним днем долгой и славной деятельности Багратиона, насчитывавшей 20 походов и войн, 150 сражений, боев и стычек. На долю Багратиона выпала оборона слабейшего тактически, - в смысле как местности и ее приспособления, так и занятия войсками, - участка всей позиции; центр Бородинской позиции, составляли 2 высоты на расстоянии 1 версты одна от другой: 1-я – между рекой Калачей. Ручьем Стох и речкой Семеновкой, 2-я – к юго-западу от деревни Семеновской; на 1-й была построена батарея Раевского, на 2-й – Багратионовы флеши – 3 батареи; участок этот занимали 2 пехотных и 1 кавалерийский корпус, а за Багратионовыми флешами стояла дивизия Неверовского. Наполеон назначил для атаки флешей Нея с 5 дивизиями с фронта и двумя – с фланга при поддержке 3 резервных кавалерийских корпусов; 120 орудий должны были действовать по батарее Раевского и флешам. В 7 часов утра 26 августа Ней начал атаку, в 8 часов утра овладел ими и готовился уже атаковать деревню Семеновскую; в 9 часов Багратион взял флеши обратно, но в 10 часов опять их потерял; в 11 часов дня, поддержанный дивизией Коновницина и 4 кавалерийскими полками, Багратион снова выбил французов, но во время этой блестящей атаки, которая должна была послужить началом перехода в решительное наступление, он был тяжело ранен. Но он не хотел оставлять поле сражения, пока ему не донесут о результатах только что начавшейся атаки кирасир, и продолжал распоряжаться под огнем. Однако потеря крови и, вследствие этого, слабость усиливалась, и Багратиона унесли с поля сражения и отправили в Москву. Слух о ранении и даже смерти Багратиона быстро распространился между солдатами и, по словам Ермолова, привел их в полное отчаяние, так что в рядах их обнаружилось замешательство, ввиду которого Коновницын, заступивший на место Багратиона, не признал возможным дальнейшую борьбу за флеши и отошел за Семеновский овраг. В Москве лечение Багратиона пошло сперва относительно успешно, но переезд из Москвы в имение его друга, князя Б. Голицына, Симы Владимирской губернии, по тряской дороге, дурная осенняя погода и скорбь от потери Москвы повлекли осложнение болезни, опасное для изнуренного беспрерывной походной боевой жизнью организма героя. Предложение врачей ампутировать ногу “повлекло гнев князя” – и 12 сентября он скончался в Симах в страшных мучениях. 27 лет спустя Император Николай I повелел воздвигнуть памятник на Бородинском поле, приказал перенести к подножию его и останки Багратиона. Император Александр III увековечил память героя наименованием 104-го пехотного Устюжского полка его именем.