Весьма активно давить на даймё позволяла система заложничества (санкинкотай). Официально она была введена третьим сёгуном Иэмицу в 1634 г., однако начальный этап ее можно отнести к годам правления сёгунов Асикага (XV в.) и Хидэёси, обязавшего семьи всех даймё жить не в княжествах, а под постоянным наблюдением в Осака и Фусими — официальных резиденциях могущественного диктатора.
Токугава в начале правления стремился заставить тодзама-даймё приезжать в Эдо, добиваясь демонстрации признания ими верховной власти сёгунского дома. После 1634 г. условия усложнились — все князья были обязаны через год приезжать в столицу с семьей и свитой. По истечении года даймё возвращался в княжество, жена и дети оставались при дворе сёгуна в качестве заложников. Неповиновение, попытка создания антиправительственной коалиции вызывали немедленные репрессии в отношении членов семьи даймё. Кроме того, санкинкотай возлагала на князей и дополнительное финансовое бремя: постоянные переезды, жизнь в столице, строительство и содержание там собственных дворцов ослабляли княжество, одновременно обогащая и украшая Эдо.
Сёгунат не облагал налогом феодальные княжества, но периодически по заведенному обычаю князья преподносили сёгуну «дары» - золотые и серебряные монеты (от нескольких сотен до нескольких тысяч – «дар» крупнейшего тодзама Маэда Тосиэ)
Несмотря на существовавший верховный контроль бакуфу, князь имел большую самостоятельность, особенно это касалось его взаимоотношений с представителями других социальных слоев – крестьян, горожан-торговцев и ремесленников. Нижний слой военно-феодального дворянства составляли хатамото – непосредственные вассалы сёгуна и удельных князей. Они не имели земельных участков и получали жалованье в рисовом исчислении. Из них формировалось чиновничество государственного аппарата, обширная система сыска и надзора, набиралось сёгунское войско. Особое место занимали чиновники мэцукэ (смотрящие), деятельность которых была направлена на выявление нарушений интересов сёгуна. Будучи независимыми от должностных лиц и совмещая функции полицейского и прокурорского надзора, мэцукэ осуществляли тайную и явную слежку не только за служилым самурайством центрального и местного аппарата, но прежде всего за князьями.
По сравнению с тремя прочими сословиями «простолюдинов» - крестьян, ремесленников и торговцев – самураи пользовались огромными привилегиями. С другой стороны, их практическая деятельность в условиях длительного мира, установившегося в период Эдо, сводилась лишь к несению караульной службы или, в лучшем случае, к участию в парадных процессиях, т.к. согласно кодексу самурайской чести, японский дворянин не имел права заниматься в жизни чем-либо, кроме военного дела. Князья больше не нуждались в сильных и многочисленных дружинах, а кроме того, указы сёгуната предписывали значительное их сокращение. Таким образом, теряя сюзерена, самураи низших рангов разорялись, становились ронинами («человек-волна», бродячий самурай), ряды которых пополняли и обедневшие самураи, покидавшие князя из-за того, что их уже не удовлетворял размер рисового пайка. Одновременно с этим рост производительных сил в связи с развитием мануфактурного производства и усиление городской буржуазии приводили к постепенному экономическому вырождению самурайства. Все больше и больше служилых буси и даже влиятельных даймё попадало в долговую зависимость от ростовщиков. Вчерашние дворяне отказывались от своих сословных привилегий и становились людьми свободных профессий — учителями, врачами, художниками, мелкими служащими.
Крестьяне, ремесленники и купцы, составлявшие отдельные сословия, составляли разряд простолюдинов – Бонгэ.
В период раннего средневековья вся земля считалась собственностью государства, поэтому и крестьяне и феодалы (родовая аристократия) получали землю во временное пользование. Крестьяне получали наделы в зависимости от численности членов семьи, а феодалы получали сёэны (большей частью на целине) в зависимости от социального положения (знатности рода).
Так как основное занятие крестьян – обработка земли, то деление крестьян на классы происходило соответственно видам собственности на землю.
Первоначально в раннем средневековье крестьян можно было разделить на надельных и приписанных. Надельные крестьяне обрабатывали земли принадлежащие государству (корё), во временное пользование они получали надел, за который должны были платить государству зерновой налог и налог изделиями ремесла, главным образом тканями. Помимо продуктовой ренты крестьяне выполняли барщину – работали в пользу государства и его органов управления на местах. Приписанные крестьяне обрабатывали землю феодалов (родовой знати), которым государство выделяло наделы (сёэн) в зависимости от их рангов, должностей и заслуг. Приписанные крестьяне должны были отдавать половину зернового налога в казну, а другую половину – феодалу. Подать и рабочая повинность целиком шли феодалу. В сёэне основной податной единицей был относительно состоятельный крестьянин (тато). Наиболее распространенной системой возделывания земли у тато являлся подряд, когда заключалось обычно годовое соглашение на владение землей. Тато стремились превратить подрядную землю в свое собственное, управляемое ими поле. В результате сложившейся практики ежегодного возобновления подряда управляемая земля имела тенденцию превращаться в собственность подрядчика, в так называемое именное поле, а его владелец – в «именного хозяина».
Система надельного земледелия была экономически слабой, т.к. помимо тяжелого общегосударственного налога крестьяне эксплуатировались чиновниками, и при смене чиновников часто осуществлялся передел земель, т.е. положение крестьянства было тяжело и нестабильно. Надельные крестьяне стремились перейти в сёэны, что еще больше размывало систему надельного землепользования, которая с ослаблением власти императора распалась.
С развитием сёэнов коммендационного типа, когда сёэны жертвовались (коммендировались) местными феодалами в пользу аристократа в обмен на его покровительство и защиту, сёэнская система достигла своего зенита. В это время можно выделить несколько видов феодальной собственности (соответственно выделить классы крестьян):
1. Собственность должностной столичной аристократии (вотчинная). Она возникла в результате раздела государственной земельной собственности между столичными могущественными домами и существовала под защитой государственных органов. Крестьяне таких вотчин считались наследственными лично-свободными держателями земли.
2. Собственность мелкой и средней феодальной знати. Она имела такой же феодальный характер, но возникла не сверху, а снизу в результате прямого захвата, скупки, отчуждения за долги участков крестьян. К подобным земельным владениями обычно были прикреплены лично-зависимые крестьяне (гэнин, сёдзю).
3. Не гарантируемая феодальным правом земельная собственность незнатных владельцев, возникшая путем скупки у крестьян освоенной ими пустоши, - дзинуситэки сёю («землевладельческая собственность»). Ее особенность заключалась в том, что формально отсутствовали отношения прямого личного подчинения крестьянина землевладельцу. Эксплуатация крестьян производилась в форме сдачи земли в аренду, землевладелец же сам рассматривался как зависимый крестьянин и уплачивал ренту феодалу. Арендная плата, шедшая дзинуси, конечно, обычно превышала ренту, которую он должен был платить за ту же землю. Этот вид собственности уходил корнями еще к закону 743 г. о наследственном владении освоенной пустошью, а в XIV-XV вв. его распространение ускорялось в ходе распада крупных хозяйств мёсю и обособления находившихся в патриархальных отношениях с ними мелки крестьянских хозяйств. Эта собственность не носила феодально-сословного характера, ею владели феодалы, монахи, горожане, крестьяне. Конечно, в условиях феодализма эта собственность не была абсолютной, требовала признания со стороны феодалов и общины.
В XIII в. началось размывание основной податной единицы в сёэне – «именных хозяев» – этого промежуточного социального слоя, на одном полюсе которого образовались «новые имена» - мелкие феодалы и самураи, осевшие на землю, а на другом – мелкое крестьянство. Это знаменовало развитие процесса социального размежевания сословий крестьян и дворян (самураев). Длительное существование промежуточных слоев, сочетавших в себе черты эксплуататора и эксплуатируемого, говорит о том, что классы феодалов и крестьян до XVI века полностью еще не сформировались. Только после исчезновения категории мёсю (крупных крестьянских хозяйств сочетавших положение эксплуататора и эксплуатируемого) к XVI в. четко установились классы-сословия феодалов и крестьян. В Японии в течении всего периода развития феодализма границы между дворянством и простым народом оставались открытыми. Со второй половины XIII в. наблюдается процесс социального расслоения мёсю, когда часть слоя мёсю переходила в ряды крестьянства, в разряд крестьян-середняков, обрабатывающих свои участки трудом своей семьи. К этому слою в XIV-XV вв. принадлежало подавляющее большинство крестьян – 80-85%, 5% приходилось на мёсю и 5-10% - на лично-зависимых крестьян. (Вообще о дисбалансе социальной структуры средневекового периода говорит тот факт, что 95% населения страны кормило и обслуживало 5% элиты – правящий класс).
Крестьяне в Японии как и в других странах объединялись в общины. В X-XIII вв. сельская община была слаба. В деревне, именуемой сёэнской, должностные лица назначались главным образом из центра для взимания с крестьян налогов и повинностей. Крестьяне этого периода были очень мобильны, существовала сильная чересполосица участков, принадлежавших многим верховным владельцам (феодал получал наделы в разных районах страны). Такие деревни, по существу, распадались на отдельные изолированные друг от друга хутора, которые в период преобладающего господства «именных хозяев» объединялись лишь формально. Разумеется, там, где производственный процесс требовал коллективных усилий значительного числа людей (при проведении ирригационных работ, рыболовстве, морском промысле), социальные связи сельской общины были сильнее. В общине этого периода отсутствовало самоуправление. Сёгунский администратор – «земельный глава» (дзито) вершил суд и осуществлял надзор за выполнением повинностей и сбором налогов. Определенную инициативу проявляли зажиточные крестьяне, которые заключали налоговые контракты с феодалами и администрацией, чтобы налог ежегодно не пересматривался. С XIV в. в связи с распространением мелких самостоятельных крестьянских хозяйств происходит укрепление соседской общины (со, ёриаи).