В это время немцы, собрав полки, а также кое-какие отряды из эстов и литовцев, продвигались вперед. Об этом сообщили послы Ярославу, и он удовлетворил их просьбу. В том же году князь Александр, собрав войско из новгородцев, ладожан, а также карел и ижорян, выступил против крестоносцев. Неожиданным ударом русское войско выбило врага из Копорья. Тогда же была освобождена от захватчиков земля води. Захваченные пленники из числа води и эстов, перешедших на службу немецких феодалов, князь приказал казнить.
Решительные действия и мужество русских и союзных им полков принесли первый успех, но главное было впереди. Известие об успешных действиях русских войск против немецких захватчиков вызвало новый взрыв народных движений в 1241 г. в земле эстов: в 1241 году вспыхнуло восстание героических жителей Сааремаа. Подготавливая контрнаступление на врага, Александр обратился за помощью во Владимир, и князь Ярослав Всеволодович отправил ему на помощь свои вновь сформированные после татаро-монгольского погрома владимиро-суздальские "низовские" полки. Со всеми объединенными силами, которыми тогда располагала Русь, князь Александр Невский выступил в землю эстов, от действий его войска зависела судьба Русской земли. Начав наступление на землю эстов, Александр вдруг свернул ко Пскову. Неожиданно "изгоном" его полки освободили от захватчиков и предателей-бояр этот древний русский город. Пленных рыцарей и эстов князь, "сковав", отправил в Новгород, псковские предатели, вероятно, разделили судьбу копорских. После освобождения Пскова князь Александр повел свое войско в землю эстов. В это время, когда русское войско находилось на западном берегу Чудского озера, здесь в районе Моосте дозорный отряд во главе с Домошем Твердиславичем разведал расположение основной массы немецких войск, завязал с ними бой, но был разбит. Приближалась решительная битва, которую искало русское войско и о которой с тревогой и надеждой думал народ и в Новгороде, и в Пскове, и в Ладоге, и в Твери, и в Москве, и во Владимире. Что же сделал князь Александр? Он приказал своему войску отступить на лед Чудского озера: "...князь же воспятился на озеро...".
Ученые полагают, что конные рыцари применяли особый строй войска в виде клина или трапеции; этот строй наши летописцы назвали "свиньей". Пешими в бой шли слуги. Главной целью пехоты была помощь рыцарям. У тевтонов пехота состояла из горожан-колонистов, отрядов, выставляемых покоренными народами, и т.п. Первыми в бой вступали рыцари, а пехота стояла под отдельным знаменем. Если в бой вводили и пехоту, то ее строй, вероятно, замыкался рядом рыцарей, т.к. пехота указанного выше состава была ненадежна. Задача клина сводилась в раздроблению центральной, наиболее сильной части войска противника. Применяя такое построение, немецкие крестоносцы наносили поражение разрозненным отрядам ливов, латгаллов, эстов. Но русские (а позднее и литовцы) нашли средства борьбы с закованной в панцири "свиньей". Блестящим примером этого является битва на льду Чудского озера. Обычный боевой строй русских войск состоял из сильного центра, где стоял большой полк ("чело"), и двух менее сильных флангов ("крылы"). Это построение не было наилучшим в борьбе со "свиньей" крестоносцев, и Александр Невский, смело сломав сложившуюся традицию, изменил тактику русских войск. Он сосредоточил основные силы на флангах,что немало способствовало победе. Новая тактика и вызвала отступление русских на лёд озера. Как и следовало ожидать, "немци и чудь поидоша по них". Князь Александр поставил полк у крутого восточного берега Чудского озера, у Вороньего камня, против устья реки Желча. Избранная позиция была выгодна тем , что враг, двигавшийся по открытому льду, был лишен возможности определить расположение, численность и состав русских войск. 5 апреля 1242 года вся масса немецких Чудском войск устремилась на русских. Крестоносцы пробились сквозь русское войско и считали битву выигранной. Внезапно они были атакованы основными силами русских, сосредоточенными вопреки традициям на флангах, и "бысть сеча ту велика немцемь и чюди". Русские лучники с самострелами внесли полное расстройство в ряды окруженных рыцарей. Русские сражались за справедливое дело, за Родину. Победа была решительная. Русские яростно преследовали обратившегося в бегство врага по льду до Суболичоского берега. Было убито одних только рыцарей 400, кроме того 50 рыцарей русские "руками яша", немало пало эстов. Посрамленных пленных крестоносцев вели в Новгород, как сказано в Псковской летописи, "овы изби, и овы связав босы поведе по леду". Видимо, убегавшие крестоносцы сбрасывали тяжелые доспехи и обувь.
Победа на Чудском озере - Ледовое побоище - имела огромное значение для всей Руси, побоища для всего русского и связанных с ним народов, т.к. эта победа спасла их от иноземного ига. Эта победа имела международное значение. Этой крупнейшей битвой раннего европейского средневековья впервые в истории был положен предел грабительскому продвижению на восток, которое немецкие правители непрерывно осуществляли в течение нескольких столетий. Ледовое побоище сыграло решающую роль и в борьбе литовского народа за независимость, оно отразилось и на положении других народов Прибалтики, которые вновь поднялись на борьбу против немецких крестоносцев. Произошло восстание в земле куршей, где рыцари успели продвинуться после поражения у Шавпей, построив и заняв ряд замков, создавая угрозу южным землям жемайтов. Курши призвали на помощь литовского великого князя Миндовга, который, по словам немецкого хрониста, "очень ненавидел крестоносцев". 30-тысячное литовское войско развернуло операции в районе Эмбуте. В том же 1242 году князь Польского Поморья Святополк, женатый на сестре галицко-волынского князя Даниила Романовича. Решительно порвал соглашение с прусскими крестоносцами и, вторгшись в их владения, возглавил восстание пруссов. Помощь Святополку оказал князь Миндовг. Войска Святополка опустошили Хельминскую землю и нанесли прусским рыцарям поражение у Рейзенского озера. Так решающий удар, нанесенный крестоносцам русскими войсками, отозвался по всей Прибалтике, потрясая до основания немецкий орден. Только вмешательство немецких правителей, папской курии, а также отсутствие единства среди славянских князей спасли захватчиков от полного разгрома. К 1253 году восстание пруссов было жестоко подавлено и тогда же крестоносцы "основали" на побережье крепость Кенигсберг, закрыв устье реки Преголы.
Что касается ливонских рыцарей, то в 1242 году они "прислаша послов с поклоном" в Новгород. Послы заявили: "Что есмы заиме Водь, Лугу, Пльсков, Лотыголу мечем, того ся всего отступаем, а что есмы изоимали мужей ваших, а теми ся розменим мы ваши пустим, а вы наши пустите". На этих условиях новгородское правительство мирится с Ливонским орденом. Мирный договор подписан в 1242 году без князя Александра, видимо, находившегося в это время во Владимиро-суздальской Руси, где он замещал отца, которого в ту пору вызвали в Сарай, в ставку хана Золотой Орды. Отношения Руси с татаро-монгольскими феодалами становились к этому времени государственным делом первостепенной важности. Попытка немцев поработить русскую землю кончилась, таким образом, позорной неудачей. Почти одновременно с неудачей на северо-востоке, немцы стали испытывать затруднения и на юге своих владений, в Пруссии. Здесь поднялся против них князь Святослав Поморский, когда-то энергично содействовавший укреплению ордена в Пруссии. Святополк первый из западнославянских князей понял истинные замыслы тевтонов, ту опасность, которую они несли своим соседям. В частности, он разгадал намерения немцев захватить дельту Вислы и решил помешать осуществлению этих планов чрезвычайно опасных для целости восточного (Гданьского) Поморья. Святополк завязал отношения с пруссами, тяготившимися иноземным владычеством, и поднял их на восстание. С 1242 г. начинается десятилетняя борьба Святополка с орденом, поставившая Святополка в очень тяжелое положение. Немецкий летописец не скупится на резкие выражения, которыми он с орденом клеймит славянского князя, называя его "сыном греха и погибели", "отродьем дьявола", "исполненным вероломства и обмана". Святополк начал с того, что стал перехватывать немецкие суда на нижней Висле. Летом 1242 г. он вторгся в Пруссию и вместе с восставшими пруссами устроил такое избиение немцев, что "вся почти Пруссия окрашена была христианской кровью". Рыцари укрылись в крепостях, из которых временами делали вылазки. К ним пришли на помощь польские (мазовецкие и куявские) князья, позднее жестоко поплатившиеся за услуги, оказанные ими немецким разбойникам. Поляки с большими силами вторглись в Поморье, и Святополк вынужден был просить мира. В обеспечение мира он отдал немцам в заложники своего старшего сына Мстивоя. Вскоре, однако, Святополк возобновил военные действия. Он вторгся в самый центр орденских владений - Хельмскую землю, нанес рыцарям страшное поражение у Рейзонского озера и всю Хельмскую землю, за исключением трех крепостей, обратил в пустыню. Убыль в мужчинах была настолько велика, что, по словам, хрониста, свободным женщинам Хельмщины разрешено было потом выходить замуж за рабов, "дабы совсем не погибло дело веры".