Несмотря на весьма нелестную оценку антибольшевистских «русских сил», они весной 1919 г. предприняли попытку упрочить свое положение. В начале марта войска адмирала Колчака (Сибирская, Западная, Уральская, Оренбургская армии и Южная армейская группа) внезапно перешли в наступление. Они 14 марта овладели Уфой, сломили сопротивление малочисленной 5-й армии Восточного фронта. После упорных боев противник 15 апреля захватил Бугуруслан. Адмирал Колчак 20 апреля потребовал от своих войск продолжать энергичное преследование армий Восточного фронта, отбросить на юг, в степи, не допуская их отхода за Волгу.
По требованию ЦК РКП(б) на Восточный фронт были направлены войска, снятые с других фронтов. 28 апреля в контрнаступление перешла Южная группа армий Восточного фронта. Она нанесла поражение Западной армии и заняла Бугуруслан. В дальнейшем Туркестанская и 2-я армии разгромили Волжский корпус генерала В. О. Каппеля и овладели Белебеем. К середине мая войска фронта отразили попытки Оренбургской и Уральской армий захватить Оренбург и Уральск и сорвать продвижение Южной группы на уфимском направлении. В мае—июне Туркестанская армия форсировала р. Белая, овладела Уфой и оттеснила войска Западной армии к предгорьям Урала.
Северная группа армий Восточного фронта силами 2-й армии и Волжской военной флотилии тогда же нанесла поражение Сибирской армии, заняла Сарапул и Ижевск. Войска 3-й армии, ведя тяжелые бои с частью сил Сибирской армии, вышли на дальние подступы к Перми. Стратегическая инициатива на востоке перешла к Восточному фронту, который с 21 июня перешел в общее наступление.
В августе 1919 г. Восточный фронт был разделен на два фронта: Восточный и Туркестанский. В октябре войска Восточного фронта овладели Петропавловском и Ишимом и в январе 1920 г. завершили разгром армий адмирала Колчака, который был арестован и расстрелян. С выходом к Байкалу дальнейшее продвижение советских войск на востоке было приостановлено, чтобы избежать войны с Японией, продолжавшей оккупировать часть территории Сибири. По решению ЦК РКП (б) и правительства РСФСР в апреле 1920 г. создается буферная Дальневосточная республика, а Туркестанский фронт под командованием М. В. Фрунзе нанес поражение Южной армии генерала Г. А. Белова и в сентябре соединился с войсками Туркестанской республики. В ноябре—декабре была разгромлена Уральская армия генерала В. С. Толстова и занята Уральская область. В конце декабря 1919г. часть сил Туркестанского фронта, переправившись на левый берег Амударьи, вторглась на территорию Хивинского ханства. Войска фронта, воспользовавшись междоусобной борьбой туркменских племен, под предлогом оказания помощи «хивинским повстанцам» захватили 2 февраля 1920 г. Хиву. В результате Хивинское ханство было ликвидировано и в апреле провозглашена Хорезмская Народная Советская Республика.
Войска Западного фронта весной 1919г. вели борьбу в Карелии, Прибалтике и Белоруссии против финских, германских, польских, эстонских, литовских, латвийских и белогвардейских войск. В конце апреля финская Олонецкая добровольческая армия перешла в наступление, нанесла поражение частям 7-й армии Западного фронта, захватила Видлицу и Олонец, угрожая с севера Петрограду. В середине мая началось наступление на петроградском направлении Северного корпуса (с 19 июня Северо-Западная армия) под командованием генерала К. К. Дзе-рожинского (с 1 июня генерал А. П. Родзянко). Ему удалось оттеснить части 7-й армии и овладеть Гдовом, Ям-бургом и Псковом. Войска 15-й армии под ударами эстонских, латышских и литовских частей, поддержанных Северным корпусом, оставили занимаемую ими территорию Прибалтики.
В тылу 7-й армии под руководством членов «Национального центра» в ночь на 13 июня восстали гарнизоны фортов Красная Горка, Серая Лошадь и Обручев. Однако части армии при поддержке кораблей Балтийского флота в течение трех дней сумели подавить восстание и 21 июня перешли в контрнаступление на междуозерном перешейке и в полосе от Копорского залива до Пскова.
В конце июня — начале июля 1919 г. Онежская военная флотилия высадила десант в районе устья р. Видлицы, который нанес поражение частям финской Олонецкой добровольческой армии и отбросил их к границе. В конце июля — начале августа армии Западного фронта отразили контрудары польских, эстонских и белогвардейских войск. 5 августа соединения 7-й армии взяли Ямбург, а затем оказали содействие 15-й армии, которая нанесла поражение Северо-Западной армии и 26 августа овладела Псковом. К концу месяца 16-я армия сумела остановить продвижение польских войск в Белоруссии.
Правительства прибалтийских стран в ответ на предложения правительства РСФСР от 31 августа и 11 сентября согласились начать мирные переговоры на основе, признания их независимыми.
Временное затишье на Западном фронте позволило использовать часть сил для переброски на юг. Одновременно 7-я армия под командованием бывшего генерала Д. Н. Надежного после упорных оборонительных боев остановила продвижение Северо-Западной армии генерала Н. Н. Юденича и 21 октября перешла в контрнаступление. Во взаимодействии с 15-й армией войска 7-й армии оттеснили армию генерала Юденича к эстонской границе. Ее остатки перешли на территорию Эстонии, где были разоружены и интернированы. 2 февраля 1920 г. в Юрьеве между делегациями РСФСР и Эстонии состоялось подписание мирного договора. По договору провозглашалось прекращение состояния войны между обеими странами, РСФСР признала независимость Эстонии и передала ей соответствующую часть (15 млн руб. золотом) золотого запаса России.
Войска Украинского фронта 14 марта 1919 г. начали , не санкционированное главкомом И. И. Вацетисом наступление на Правобережной Украине. Для усиления войск фронта были использованы резервы главкома, предназначенные Южному фронту. Это позволило Украинскому фронту к концу марта остановить продвижение армии УНР, а затем, развивая успех, 6 апреля занять Одессу и, перейдя вброд Сиваш, к концу месяца овладеть Крымом. Часть сил Украинского фронта в апреле была направлена на помощь Венгерской Советской республике, но из-за резкого осложнения обстановки в Донбассе и восстания в тылу фронта частей 6-й Украинской стрелковой дивизии эту помощь оказать не удалось. Из-за невыполнения распоряжений главкома о переброске войск на усиление Южного фронта и стремления командования Украинским фронтом к автономным действиям он был в июне расформирован.
Войска Южного фронта в ходе ожесточенных сражений сумели преодолеть сопротивление армий генерала Деникина и в апреле 1919 г. форсировали р. Маныч в районе Великокняжеской, начав продвижение к Батайску и Тихорецкой. Одновременно войска фронта вели борьбу с восставшими казаками, а часть сил пришлось направить на борьбу с отрядами Н. И. Махно, который выразил недоверие правительству УССР, не пускал в контролируемые им районы продотряды и не позволял создавать комбеды. Осложнением обстановки в тылу Южного фронта воспользовался генерал Деникин. Его войска в мае перешли в контрнаступление и вынудили армии Южного фронта оставить Донскую область, Донбасс и часть Украины. В районе станции Миллерово в начале июня произошло объединение восставших с частями Добровольческой армии. 3 июля генерал Деникин отдал директиву, получившую наименование «Московской». Предусматривалось нанесение главного удара силами Донской и Добровольческой армий на курском и воронежском направлениях с целью захвата Москвы.
В июле Южный фронт, получив пополнение, готовился к переходу в контрнаступление, намеченному на 15 августа. Однако командованию Донской армии удалось добыть сведения о готовящейся операции. С целью ее срыва 4-й Донской конный корпус генерала К. К. Мамонтова начал рейд по тылам Южного фронта, дезорганизовав работу его органов снабжения и управление войсками, что стало одной из главных причин неудачи намеченного контрнаступления.
Главные силы Южного фронта, понеся большие потери, отходили на север. Добровольческая армия 20 сентября овладела Курском, а Донская армия в начале октября захватила Воронеж. ЦК РКП (б) вмешался в руководство вооруженной борьбой, приняв в конце сентября решение усилить Южный фронт за счет войск, снятых с петроградского участка Западного фронта и из состава 6-й отдельной армии. Вместо бывшего генерала В. Н. Егорьева командующим Южным фронтом был назначен более молодой и энергичный бывший полковник А. И. Егоров. Сам фронт был разделен на два фронта — Южный и Юго-Восточный (командующий В. И. Шорин). Одновременно ЦК принял меры к привлечению казаков на сторону советской власти. В опубликованных 30 сентября «Тезисах ЦК РКП(б) о работе на Дону» отмечалось, что партия не мстит казакам за прошлое, возьмет под свое покровительство и вооруженную защиту тех, кто «делом пойдет нам навстречу», но будет беспощадно истреблять казаков, прямо или косвенно оказывающих поддержку врагам советской власти.
Южный фронт, получив подкрепление, 11 октября перешел в контрнаступление. Его войска нанесли поражение главным силам Добровольческой армии, заняли 20 октября Орел и 24-го — Воронеж. В ходе дальнейшего наступления были взяты 15 ноября Касторная и в ночь на 18 ноября — Курск. К исходу декабря войска Южного и Юго-Восточного фронтов захватили Донбасс. 3 января 1920 г. был занят Царицын, 7 января — Новочеркасск и 10-го — Ростов-на-Дону. Войска 12-й армии 16 декабря 1919 г. овладели Киевом. С выходом советских войск на подступы к Северному Кавказу Юго-Восточный фронт в январе 1920 г. был переименован в Кавказский, а Южный — в Юго-Западный фронт. Его армии заняли Правобережную Украину и 7 февраля — Одессу. Кавказский фронт в январе—апреле 1920 г. разгромил вооруженные силы Юга России, выйдя к границам Азербайджанской и Грузинской Республик. Генерал А. И. Деникин 4 апреля передал командование остатками своих войск генералу П. Н. Врангелю, который начал в Крыму формировать русскую армию.