Так сложился монастырский комплекс: в центре - главный собор с придельными храмами; с запада от него - монастырская больница с церковью Сошествия св. Духа, где была погребена ее устроительница, монахиня Вера; настоятельский корпус; кельи каменные и деревянные по периметру; святые врата с надвратной церковью Спаса Преображения.
В XIX и XX вв. на территории обители появилось множество жилых и хозяйственных корпусов. При монастыре работала двухклассная начальная школа.
К началу ХХ века монастырь представлял собой величественный ансамбль с четырьмя храмами и одиннадцатью каменными строениями.
Революция 1917 года все изменила. 16 марта 1925-го, за 9 дней до кончины, служил свою последнюю Литургию святой Тихон, Патриарх Московский и Всея Руси. В 1925 году Зачатьевский монастырь был закрыт.
Перед закрытием монастыря последняя его игуменья Мария на последнем молебне поставила свой игуменский жезл к чудотворной иконе Царицы Небесной “Милостивая”, вверяя сестер обители покровительству и заступничеству Божией Матери. Позже чудотворный образ вместе с жезлом был передан в находящуюся неподалеку церковь святого пророка Илии в Обыденном переулке.
Некоторые из 180 сестер после разорения святого места не ушли отсюда, а ютились по подвалам близлежащих домов. Большинство же сестер было сразу отправлено по этапу в Сибирь. Многие погибли еще по дороге. Уцелевшие сестры духовно окормлялись и несли послушание при храме Пророка Илии, Обыденский храм стал духовным прибежищем для священнослужителей, монахинь и прихожан разоренного монастыря, оберегая монастырские реликвии и сохраняя традиции обители. В 1984 году умерла последняя из сестер.
В 1925 году многие строения монастыря обращены в "трудкоммуну для беспризорных". В советское время название “Зачатьевский монастырь” превратилось в “Зачмон”.
В 1933 г. с церкви Сошествия св. Духа сняли купол и полностью перестроили здание.
Весной 1934 г. был взорван великолепный по своей красоте и изысканности Зачатьевский монастырский собор, постройки великого русского архитектора XVIII века - М. Казакова. К 1939 г. на его месте было построено типовое школьное здание. Революционные учреждения любили почему-то оккупировать школы и заняли 80% дореволюционных школьных зданий. Детям приходилось учиться в три смены, но школ все равно не хватало. Тогда Моссовет принял решение: в центре Москвы построить 30 школ на месте храмов, ударить образованием по церковному мракобесию. Из них построено 23.
В 1991 г. приходом храма святого пророка Илии в Обыденском переулке было создано сестринство во имя Милостивой иконы Божией Матери и начаты труды по возрождению монастыря. Богослужения возобновлены в 1993 г.
В мае 1995 года по благословению Святейшего Патриарха и Указу Священного Синода Зачатьевский женский монастырь был учрежден вновь.
25 ноября 1999 года вновь открывшемуся Зачатьевскому женскому монастырю в присутствии множества духовенства и мирян Русской Православной Церкви была возвращена чудотворная икона Богородицы, именуемая “Милостивая”.
16 мая 2001 года состоялось прославление св. Иулиании, первой игуменью монастыря, и монахини Евпраксии в лике святых.
Многие чудеса творили преподобные Иулиания и Евпраксия по усердной молитве всех призывающих их на помощь. Сестры Зачатьевской обители записывали их. Вот только некоторые из чудесных историй.
Одна послушница рассказывала следующий чудесный случай явного заступничества игумении Иулиании и монахини Евпраксии: “Я жила на том месте, где по преданию, когда-то были кельи преподобных, то есть против упразднённой ныне церкви “Неопалимой Купины”. Вижу однажды сон, как две монахини, совершенно мне незнакомые, поспешно бегают с вёдрами к колодцу, находящемуся и по сие время против трапезного корпуса, и, накачавши воды, спешно носят её к собору. С большим удивлением я смотрела на эту деятельную работу незнакомых сестер и с этим проснулась”. Этот сон привёл в немалое смущение некоторых стариц, признавших в этих монахинях преподобных. И сон этот не далее как через двое суток явил себя на самом деле. В полдень того дня неожиданно для всех страшная грозовая туча нависла над мирной обителью, неумолкаемые раскаты грома и беспрестанный блеск молнии приводили в ужас всех её обитательниц. Один из таких ударов молнии попал в купол храма, где и произвел пожар в деревянных стропилах. Испуганные и растерянные сёстры в страхе метались по монастырю, не имея никакой возможности прекратить пожар, начавшийся в столь недоступном месте храма. Однако же к великому удивлению и радости всех, пожар сам по себе, без всякой человеческой помощи, скоро прекратился. Только теперь всем слышавшим сон послушницы стало понятно, что такая неожиданная защита, такое чудесное спасение было явлено помощью преподобных игумении Иулиании и монахини Евпраксии.
В Никитском монастыре жила девочка, которая с 13 лет начала страдать припадками, с каждым днем ей становилось все хуже. Знакомая монахиня из Зачатьевского монастыря предложила отслужить панихиду по преподобным. Монахиня, жившая с девочкой, вскоре приехала в Зачатьевский монастырь, отслужила панихиду по преподобным, усердно прося их исцелить больную. Возвратясь из монастыря, сестра положила на больную возду’х, который лежал на гробнице и вскоре девочка сделалась спокойнее, припадки стали реже и слабее, а впоследствии совершенно прекратились.
Послушница Зачатьевского монастыря А.С. страдала долгое время болью в груди и так сильно, что временами не могла ходить. Несколько раз обращалась к врачам, но они не только помочь, но даже определить болезнь не могли. Она обратилась к своим покровительницам и заступницам преподобным Иулиании и Евпраксии; усердно помолясь, взяла песочек с могилок, проглотила несколько песчинок и, благодарение Господу, по молитвам преподобных, стала совершенно здорова.
Сын генерала Бельгардта Алексей пяти лет тяжко заболел. Родители его перепробовали все средства, потеряв последнюю надежду на выздоровление; в полном отчаянии они обратились с верой к преподобным, отслужили панихиду, прося со слезами возвратить к жизни их сына. Взяли масла от лампады, висящей над гробницами, помазали им мальчика, и он выздоровел.
