В 1921 конституционным собранием была определена структура нового государства. Вопреки возражениям большинства несербов была принята централистская конституция. После введения всеобщего избирательного права для мужчин Хорватская крестьянская партия, которая была основана в 1904 братьями Анте (1868–1919) и Степаном (1871–1928) Радичами, отказалась поддерживать новую конституцию, выдвинув лозунг хорватской крестьянской республики в возможном союзе с другими южными славянами. Партия подвергалась преследованиям и в 1925 была запрещена, а заключенный в тюрьму С.Радич согласился признать монархию и конституцию и войти в коалицию с правящей Радикальной партией Сербии, в которой преобладали сербы. Коалиция вскоре распалась, с 1927 Радич возобновил свои выступления против сербской гегемонии. На бурном заседании парламента в 1928 его смертельно ранил сербский депутат Пуниш Рачич, застреливший и двух других хорватских депутатов.
Король Александр использовал это убийство в качестве предлога для запрещения всех политических партий и для преследования своих противников, в первую очередь Хорватской крестьянской партии и коммунистов. Он переименовал страну в Королевство Югославия и выдвинул принцип национального единства в качестве государственной идеологии. Но во время своего визита во Францию в 1934 Александр (вместе с министром иностранных дел Франции Жаном Луи Барту) был убит террористом, действовавшим по поручению Внутренней македонской революционной организации (ВМРО) и хорватских усташей Анте Павелича (1889–1959) при тайной поддержке правительств Италии и Венгрии.
Правительство регента князя Павла стремилось найти общий язык с хорватской оппозицией. Эта попытка не удалась при премьер-министре Милане Стоядиновиче, но была возобновлена после его отставки в 1939. В августе 1939 князь Павел достиг соглашения с Владко Мачеком, лидером Хорватской крестьянской партии. Условия, на которых создавалась автономная область, названная бановиной Хорватия, не удовлетворили ни экстремистски настроенных хорватов, ни сербов, однако заложили основу для послевоенного федерализма.
В годы Второй мировой войны Германия оккупировала Югославию и превратила Хорватию (вместе с Боснией и Герцеговиной) в сателлита Италии и Германии. Для физического уничтожения сербов, евреев и цыган усташи Павелича во время войны создали несколько концентрационных лагерей, в том числе печально известный лагерь в Ясеноваце. Военные формирования «Независимого хорватского государства» участвовали в агрессии фашистской Германии против СССР в основном на южных фронтах. Жесткая политика Павелича и уступка им Италии большей части Далмации вызвали массовое движение сопротивления, которым руководила компартия во главе с Иосипом Броз Тито. На территориях, освобожденных в результате партизанских акций еще в 1941, формировались местные органы власти, а в 1943 в городе Платвице было создано Земельское (краевое) антифашистское вече народного освобождения Хорватии, реорганизованное в июле 1945 в Народный сабор Хорватии. Тито вынашивал план коммунистической революции. Ключевым моментом его программы была идея федерализма, в соответствии с которой Хорватии предлагалось партнерство с пятью другими вновь создаваемыми республиками Югославии.
Эта программа в значительной мере способствовала последующей победе коммунистов. Режим Тито имел более слабые позиции в Сербии, поэтому, будучи уже президентом Югославии, Тито вынужден был отказаться от возражений против лидирующей роли сербов в государственном устройстве, которые высказывал во время войны. В целом он сделал упор на централизм и югославское единство, при этом преобладание сербов становилось все более явным в армии и службе безопасности, а доля хорватов была относительно большей в Союзе коммунистов Югославии (например, сербы, в 1957 составлявшие 54,5% от всего населения страны, были представлены 41,7% членами в СКЮ, а хорваты – 19% и 23,5%; в 1971 доля сербов соответственно составляла 49,4% и 44,7%, а хорватов – 17,4% и 22,9%; в 1998 – сербов 44,2% и 38,4%, хорватов – 12,6% и 20%).
После 1962 Тито признал опасность сползания к довоенной системе сербского доминирования и санкционировал курс на дальнейшую децентрализацию. Однако начало 1960-х годов ознаменовалось оживлением националистических движений в стране, в первую очередь в Хорватии. В частности, звучали требования ликвидировать языковой союз с сербами, увеличить представительство хорватов в офицерском корпусе армии, уменьшить удельный вес отчислений в федеральный бюджет. Хорватия оказалась одной из первых республик ФНРЮ, установившей экономические отношения с Западом.
В 1966 Тито отстранил от власти руководителя МВД Югославии серба Александра Ранковича и провел чистку в политической полиции. В результате либеральным хорватским коммунистам удалось провести ряд политических реформ, похожих на реформы, начатые в Чехословакии А.Дубчеком.
В 1968 прошли демонстрации студентов в Загребе, носившие националистический характер, а местные политики дистанцировались от решений общеюгославских проблем. Провозглашался лозунг «хорватской весны», наступление которой связывалось с большей независимостью республики и культурным возрождением.
Реакция Сербии была враждебной, и встревоженный Тито сместил в декабре 1971 со своих постов лидеров хорватских коммунистов. В ходе чистки «хорватских националистов» несколько тысяч человек были арестованы или подверглись преследованиям. После этого почти на два десятилетия воцарилась так называемая «хорватская тишина». После смерти Тито централизм стал ослабевать, а в рамках Союза коммунистов Югославии и республиканских структурах начали усиливаться сепаратистские тенденции. Экономические кризисы 1980-х годов побудили руководителей республик СФРЮ искать выход на пути децентрализации и сепаратизма. Данная тенденция углубилась во второй половине 1980-х годов под воздействием событий в Польше и СССР.
В конце 1980-х годов в связи с ростом национализма в рядах Союза коммунистов Сербии хорватские коммунисты поняли, что мотивы отказа от хорватского национализма потеряли под собой почву. Беспокойство хорватов вызывала и политика лидера Сербии С.Милошевича. Они начали выступать с требованиями легализации политических партий и проведения свободных выборов. 14 февраля 1990 Сабор Хорватии принял поправки к конституции, узаконившие многопартийную систему. На прошедших в два тура в апреле и мае 1990 первых многопартийных парламентских выборах коммунисты уступили власть Хорватскому демократическому содружеству (ХДС), получившему 41,5% голосов и две трети мест в парламенте (ХДС оставалась правящей партией вплоть до 1999). Президентом Хорватии был избран председатель ХДС Франьо Туджман, бывший генерал в коммунистической Югославии.
В то же время после выборов в Сабор в рамках провозгласившего независимость хорватского государства резко обострились этнические противоречия. 25 июля 1990 съезд сербов Хорватии принял Декларацию о суверенитете и автономии сербского народа. Были сформированы представительный орган – Сербский сабор и правительство – Сербское национальное вече. В декабре 1990 была принята новая конституция Хорватии, согласно которой сербы были отнесены к национальному меньшинству. В стране вводилась государственная символика периода Второй мировой войны, напоминавшая сербам о кровавых временах власти усташей. В знак протеста 21 декабря 1990 в городе Книн сербы провозгласили создание Сербской автономной области Краина (САОК), приняли ее устав и отказались войти в состав Хорватии. Эти решения были поддержаны Сербией.
Попытки Туджмана договориться с Сербией оказались безуспешными. Милошевич отклонил предложение Хорватии о новом соглашении между югославскими республиками на том основании, что оно возможно только в случае изменения границ между республиками. Это означало бы уступку Сербии тех хорватских районов, где проживало значительное по численности сербское население. Однако Хорватия не отказалась от части своей территории, после чего в стране вспыхнуло восстание сербского меньшинства. 1 апреля Исполнительный совет Национального веча САОК принял решение о присоединении Краины к Республике Сербии и о введении на территории Краины законов Сербии и конституции Югославии. Проведенный 12 мая референдум утвердил это решение подавляющим большинством голосов.