Независимая Хорватия. 19 мая 1991 в Хорватии прошел плебисцит по вопросу о суверенном и независимом государстве. За независимость было подано подавляющее большинство голосов (91,7%). В голосовании не принимали участие жители Краины. Независимость Хорватии была провозглашена 25 июня 1991. 8 сентября 1991 Сабор Хорватии принял решение о полном разрыве с СФРЮ. Немногим позднее в Хорватии началась гражданская война между хорватами и краинскими сербами, которая продолжалась до 1995. С августа 1991 вооруженные столкновения между хорватами и сербами переросли в войну хорватской армии с силами Югославской народной армии (ЮНА).
5 декабря 1991 Сабор Славонии принял решение об отзыве своего представителя в СФРЮ Стипе Месича, занимавшего пост председателя президиума СФРЮ. 19 декабря 1991 сербы провозгласили создание своего государства – Республики Сербская Краина (РСК), не признанного, однако, мировым сообществом. В состав республики помимо Краины вошли также Западная Славония и Восточная Славония.
В период гражданской войны ЮНА предприняла бомбардировки многих городов Хорватии, в результате которых Осиек, Винковци, Карловац, Задар и Дубровник были в значительной степени разрушены, а Вуковар – полностью уничтожен. Лишь в начале 1992 военные действия были прекращены; к этому моменту примерно треть территории Хорватии (Краина и Восточная Славония) находились под контролем сербских войск. В марте 1992 в Хорватию был введен и размещен в основном в буферных зонах 14-тысячный контингент миротворческих сил ООН.
В мае 1992 Хорватия была принята в члены ООН.
В августе 1992 в независимой Хорватии состоялись первые (досрочные) выборы в Палату представителей, на которых две трети мест получила партия Хорватское демократическое содружество. Палата жупаний была избрана в феврале 1993. На проходивших в августе 1992 первых в Хорватии прямых президентских выборах Туджман, получивший 56,7% голосов избирателей, был переизбран на пост президента.
Вслед за выводом частей ЮНА с территории Хорватии началась эскалация войны в Боснии и Герцеговине, где сербские войска стали осуществлять захват территорий и «этнические чистки». В 1993 хорватские милиционеры в Боснии при военной поддержке правительства повернули оружие против боснийского правительства, представлявшего разные национальные слои населения. 3 июля 1993 они создали сепаратистское государство, которое назвали «Герцег-Босна». Тем временем Туджман и Милошевич стали сотрудничать с «посредниками» Европейского союза и ООН с целью навязать расчленение Боснии и Герцеговины, а затем аннексировать районы, которые их вооруженные силы захватили и «этнически очистили». Сговор сопровождался непрекращающимися военными действиями и эпизодами интенсивной перестрелки на оккупированной Сербией территории Хорватии. К концу 1993 Туджман потребовал вывести миротворческие войска ООН из этих районов, так как они отказались предпринимать какие-либо действия против нарушения сербами условий прекращения огня.
Весной 1994 под дипломатическим нажимом США Хорватия выступила гарантом соглашения о прекращении огня между хорватами и мусульманами Боснии и Герцеговины. Это соглашение предусматривало ликвидацию «Герцег-Босны». Однако в условиях явной враждебности между мусульманами и хорватами после военных действий 1993–1994 соглашение не было выполнено и осталось лишь на бумаге.
В 1994–1995 нарастало недовольство правительства Хорватии миротворческими усилиями ООН. В мае 1995 хорватская армия захватила часть удерживаемой сербами территории, и после активных боевых действий в начале августа 1995 территория Краины была возвращена в состав Хорватии. Военные действия сопровождались изгнанием подавляющего большинства сербов из Хорватии на территорию Боснии и Герцеговины и СРЮ. В общей сложности к концу 1990-х годов страну покинули ок. 500 тыс. сербов.
В декабре 1995 Хорватия приняла участие в подписании Дейтонских соглашений по Боснии и Герцеговине. Военные победы Хорватии над сербами на хорватской территории, а также участие в авиационных налетах НАТО в августе-сентябре 1995 приблизили окончание военных действий.
На выборах в Палату представителей Сабора Хорватии, состоявшихся 29 октября 1995, больше половины мест (75) получило Хорватское демократическое содружество, Хорватская социально-либеральная партия была представлена 12 депутатами, СДП – 10, ХКП – 10 депутатами. В Палате жупаний ХДС имела 41 депутатский мандат, ХКП – 9, ХСЛП – 7. В начале ноября 1995 было сформировано однопартийное правительство на базе ХДС, главой которого стал бывший министр экономики Златко Матеша.
В апреле 1997 состоялись первые региональные и муниципальные выборы на всей территории Хорватии (включая Восточную Славонию), на которых победу одержало ХДС, получившее большинство голосов в 40% жупаний.
В январе 1998 Восточная Славония (последний анклав Хорватии, контролировавшийся сербами) была возвращена под хорватскую юрисдикцию. В то же время курс на продолжение поддержки боснийских хорватов после подписания Дейтонских соглашений вызывал споры. Хорватия все больше внимания стала уделять реструктуризации экономики и приватизации, а с 1998 боснийские хорваты дистанцировались от правительства в Загребе.
В 1997 укрепились позиции 75-летнего Ф.Туджмана и его партии ХДС. На парламентских выборах (в Палату жупаний) 13 апреля 1997 ХДС обеспечила себе 41 место из 68, Хорватская крестьянская партия получила 9 мандатов, Хорватская социально-либеральная партия – 7, Социал-демократическая партия – 4, «Истарский демократический сабор» – 2. В соответствии с Конституцией президент Туджман своим указом назначил еще пять депутатов в Сабор, в том числе двух – из населенных сербами областей Восточная Славония, Баранья и Западный Срем.
15 июня 1997 на президентских выборах, ставших вторыми в истории независимой Хорватии, победу вновь одержал Туджман (61,4% голосов); кандидат от СДП Здравко Томач получил ок. 22% голосов, а Владо Готовач (ХСЛП) – 17,6%.
14 декабря 1998 Туджман призвал к единению армии и народа, осудив вмешательство США и Европейского суда во внутренние дела Хорватии. Он заявил о необходимости сократить число проживающих в стране сербов, а также лиц, считающих себя югославами (соответственно 12 и 9% всего населения). 17–18 декабря 1918 Туджман посетил с официальным визитом Москву, где были подписаны Декларация о дружбе между Хорватией и Россией, а также соглашение о военном сотрудничестве (в 1995 армию Хорватии помогали реформировать военные специалисты из США).
В ходе событий в Косове Туджман и правящие круги страны выразили понимание причин вмешательства НАТО, однако многие хорваты сдержанно относились к военным действиям альянса – даже с учетом антисербских настроений. 21 мая 1999 Туджман выступил с собственным планом урегулирования кризиса, указывая на огромные убытки в связи с войной, однако эта инициатива не получила поддержки со стороны США. В то же время официальный Загреб установил дружественные отношения с Черногорией.
Ситуация в стране кардинально изменилась после смерти Туджмана 10 декабря 1999. На состоявшихся 3 января 2000 парламентских выборах победу одержала коалиция Социал-демократической партии и Хорватской социально-либеральной партии – 47,3% голосов (71 место). ХДС («партия Туджмана») получило всего 30,6% голосов (46 мест); вторая проправительственная коалиция – Хорватская крестьянская партия, «Истарский демократический сабор», Хорватская народная партия и Либеральная партия – 16% голосов (24 мандата). Правящее в стране на протяжении 9 лет ХДС проиграло в 10 из 11 избирательных округов (11-й округ зарезервирован за хорватами, проживающими за рубежом). Тем самым два оппозиционных блока получили в парламенте страны подавляющий перевес, но все же меньше квалифицированного большинства в 2/3 голосов. 27 января премьер-министром страны стал социал-демократ Ивица Рачан (представитель СДП, р. 1944).
Глава правительства с 2000 – представитель СДП Ивица Рачан.
Первый тур президентских выборов, в которых приняли участие 9 кандидатов, состоялись 24 января 2000. Большинство голосов в первом туре получили Стипе Месич (кандидат от ХНП; 41,1% голосов) и Дражен Будиша (кандидат от ХСЛП–СДП; 27,7%). 7 февраля 2000 победителем во втором туре стал С.Месич, получивший немногим более 56% голосов избирателей.
Лето 2001 характеризовалось политическим кризисом, возникшим в результате противостояния в парламенте по вопросу о выдаче Гаагскому трибуналу хорватских генералов. Им были предъявлены обвинения в связи с этническими чистками 1995, когда во время боев за Сербскую Краину из страны бежали 150 тыс. сербов, сотни граждан были убиты. Премьер-министр Рачан согласился с выдачей генералов, хотя это могло привести к падению его кабинета в связи с возникшей угрозой выхода из правящей коалиции социальных либералов (они категорически выступали против экстрадиции). Президент С.Месич поддержал выдачу, полагая, что это будет способствовать «возвращению Хорватии в Европу».
С 2000 Хорватия начала переговоры об ассоциированном членстве в ЕС, демонстрирует готовность расширять отношения с Россией. Прогресс в обоих направлениях связывается с решением проблемы национальных меньшинств, и в первую очередь сербского, а также с достижением экономической стабильности.