Большое значение для развития Семинарии имела деятельность Святителя Игнатия (Брянчанинова), епископа Кавказского и Черноморского, (1857-61). В 1860 г., по его просьбе, Семинарии были выделены 3 дома, находившиеся рядом с Андреевской церковью (ныне - Кафедральный собор Святого Апостола Андрея Первозванного). Богослужения здесь совершались по монастырскому уставу: каждодневное участие в богослужении Святителем определялось как обязательное для воспитанников школы. В деле воспитания будущих пастырей Владыка Игнатий был строг, но рассудителен. Мудрый воспитатель, - по словам Святителя, - «должен более внимания обращать на нравственную сторону взысканий, развивая в детях и юношах совестливость, как более гарантирующую их поведение».5
Особое внимание среди светских дисциплин, изучавшихся в Семинарии, Святитель Игнатий уделял философии и логике. Само же преподавание считал необходимым доверять лишь «зрелым мужам, изучившим положительные науки, философию и писания отцов Церкви». В 1861 г. Владыка Игнатий передал в дар Семинарии 180 томов из личной библиотеки.
В 1871 г. Кавказскую Семинарию посетил с ревизией член Училищного Совета при Священном Синоде С. В. Керский. Он с положительной стороны отмечал сам характер учащегося Кавказской школы, «резко отличавшийся от того оригинального типа, который характеризует семинаристов центральных губерний... В воспитанниках Кавказской Семинарии нет того горького, разъедающего чувства недовольства и озлобления, какое обыкновенно вырабатывает тип бурсака; напротив, в них преобладает довольство настоящим и спокойный взгляд на будущее. Никаких следов антиправославного направления в них нет, нет и других грубых пороков, или же последние слишком редки и исключительны».
Первым зданием, в котором размещалась Семинария, был дом городского Головы, купца И. Г. Гониловского (ныне — Вечерняя школа-лицей: пр. К. Маркса, 46). Здесь Семинария находилась до начала 60-х гг. Вторым помещением Семинарии был дом на Александровской площади купца Я. Н. Крутицкого. Сейчас там располагается Краевой телерадиоцентр.
29 декабря 1878 г. Указом Священного Синода Преосвященному Герману разрешено было построить здание для Кавказской Семинарии. В 1880 г., после Божественной литургии в Андреевской церкви, Преосвященным Германом была торжественно совершена закладка первого камня здания Кавказкой Духовной Семинарии. Через три года постройка была завершена. В самом здании был устроен семинарский храм во имя Святителя Димитрия Ростовского. Ныне здание Семинарии занимает Ставропольский Государственный Университет, а в храме Святителя Димитрия Ростовского - спортивный зал.
В 1885 г. на Кавказе были учреждены две новые епархии: Владикавказская и Сухумская. По причине изменения границ епархии, Кавказская епархия была переименована в Ставропольскую. Соответственно, и Семинария стала именоваться Ставропольской.
В 1896 г. Духовная Школа торжественно отметила 50-летие. За полвека своего существования она действительно стала центром христианского просвещения на всем Юге России, рассадником благочестия, воспитав множество достойных пастырей и служителей Церкви, учителей, наставников и других деятелей, послуживших Отечеству, как на гражданском, так и на военном поприще.
Некоторые преподаватели Ставропольской (Кавказской) Семинарии известны своими литературными и учеными трудами. Наиболее известны труды: инспектора семинарии священника Н. П. Малиновского "Православное догматическое богословие" (по этой книге и по сей день учатся семинаристы), "Практическое руководство для пастырей" и "Православная христианская литургика" Ф. Д. Хорошунова, "Опыт нравственного богословия" и "Введение в православное богословие" И. Г. Пятницкого. В свое время преподавал в семинарии и известный северокавказский краевед Г. Прозрите-лев.
Последующие 25 лет своего существования Ставропольская Семинария действовала под архипастырским руководством Архиепископа Ставропольского и Екатеринодарского Агафодора. За это время количество церквей и духовенства в епархии удвоилось.
В связи с революционными событиями в Ставрополе, дважды - с октября 1905 по январь 1906 г., и с ноября 1906 по январь 1907 г. - занятия в Духовной Семинарии прекращались. По ходатайству владыки Агафодора перед Священным Синодом, с января 1907 г. занятия были возобновлены.
В 1918 г. Семинария была закрыта большевистскими властями и не плодоносила 28 лет. В 1946 г. (юбилейном) она была открыта вновь. В ноябре 1946 г. преподавателей и первых 12 студентов возрожденной Духовной Школы приветствовал Владыка Антоний (Романовский).6 Ставропольская Духовная Семинария в суровые послевоенные годы в богоборческом Советском Союзе была первой возрожденной Духовной Школой в которой
нашли приют маститые преподаватели дореволюционных Академий Русской Православной Церкви. Ректором семинарии был назначен протоиерей Иоанн Богданович, кандидат Богословия Московской Духовной Академии, инспектором - Александр Иванович Преображенский, также кандидат Богословия.
Семинария разместилась в помещениях, прилегающих к Крестовоздвиженской (тогда кафедральной) церкви г. Ставрополя. Церковный Устав, Литургику, Церковную историю и Священную историю Ветхого Завета вел отец Ректор; Катехизис, Сравнительное и Догматическое богословие читал кандидат богословия Санкт-Петербургской Духовной Академии И. А. Самойлович; Священное Писание Ветхого и Нового Заветов, греческий язык - Петр Николаевич Евладов; славянский язык и церковно-славянское чтение - кандидат богословия Павел Сергеевич Харламов; Раскол и сектантство - Иван Иванович Зеленицкий; Основное и Нравственное богословие - кандидат богословия Санкт-Петербургской Духовной Академии архимандрит Амвросий (Богданов). Ректор семинарии протоиерей Иоанн Богданович одновременно был настоятелем Крестовоздвиженской церкви. В 1950 г. состоялся первый выпуск возрожденной Ставропольской Духовной Семинарии. В этом г. ее окончило 10 человек.7
В 1953 г. Ставропольскую Духовную Семинарию окончил наш Владыка Ректор Митрополит Ставропольский и Владикавказский Гедеон. В 1947 г. Владыка, тогда Александр Докукин, напутствованный мамой, блаженнопо-чившей старицей Матроной, поступил в Семинарию.
Всего 14 лет просуществовала семинария после своего возрождения. В 1960 г. ее закрыли вновь. Но за эти четырнадцать лет она дала Церкви около 200 священнослужителей, многие из которых и по сей день плодотворно трудятся на Ниве Христовой.8 Из стен Ставропольской семинарии того периода вышло четыре архипастыря: ныне здравствующие маститый кандидат богословия, митрополит Ставропольский и Владикавказский Гедеон, епископ Пензенский Серафим. И покойные - архиепископ Краснодарский и Кубанский Гермоген (Орехов) и архиепископ Ставропольский и Бакинский Антоний (Завгородний). Весь мир знает имя протоиерея Иоанна Белевцева, профессора Санкт-Петербургской Духовной Академии, доктора церковной истории. Одним из первых окончил он Ставропольскую Духовную Семинарию. Там же в Санкт-Петербурге трудится профессор протоиерей Богдан Сойко, выпускник Ставропольской Духовной Семинарии 1960 г., а ныне благочинный патриарших приходов в Финляндии, настоятель Свято-Никольского собора в Санкт-Петербурге. Добрым подвигом подвизается в Свято Троице-Сергиевой Лавре всемирно известный регент патриаршего хора, профессор Московской Духовной Академии архимандрит Матфей (Мормыль). Другой выпускник Ставропольской Духовной Семинарии - протоиерей Николай Дмитриев - активно трудится на внешне-церковном поприще. Ответственное послушание несет в Грузинской Церкви протоиерей Михаил Диденко. В приходах многих епархий и поныне добросовестно и неутомимо трудятся послевоенные выпускники Ставропольской Духовной Семинарии. Среди них бывшие офицеры, участники Великой Отечественной войны протоиереи отец Василий Афонин, отец Илья Воронин, а также труженик и подвижник веры протоиерей отец Петр Сухоносов, благочинный церквей Ингушетии, ныне томящийся в чеченском плену.
К 1000-летию Крещения Руси трудами покойного архиепископа Ставропольского и Бакинского Антония (Завгороднего, 1975-89) впервые в Советском Союзе после хрущевских гонений в Ставрополе было открыто Духовное Училище. 16 февраля 1989 г. состоялись вступительные экзамены, а 20 февраля начали занятия двадцать первых студентов. Сначала занятия велись в здании Архиерейских покоев (ул. Краснофлотская, 6). Первым Ректором возрожденного Духовного Училища был назначен кандидат богословия протоиерей Петр Савенко, выпускник СтДС 1960 г. Новый учебный год студенты Училища встретили в специально отстроенном трехэтажном здании с храмом в честь Святителя Игнатия (Брянчанинова), епископа Ставропольского.
В январе 1990 г. на Ставропольскую кафедру назначен митрополит Новосибирский и Барнаульский Гедеон. В праздник Сретения Господня Владыка отслужил Божественную Литургию в своем Кафедральном Соборе и объявил о возрождении в Ставрополе Духовной Семинарии, и пожертвовал семинарии 1000 томов из личной библиотеки и 45 тысяч рублей личных сбережений. Эта радостная весть сразу же разнеслась по всем концам огромной епархии.
День 15 февраля 1990 г. вошел в историю, как день третьего возрождения Ставропольской Духовной Семинарии. Первым Ректором возрожденной Ставропольской Семинарии стал сам Владыка Митрополит Гедеон. Проректором Семинарии был назначен кандидат богословия протоиерей Павел Рожков. Немного позднее Святейшим Патриархом Московским и всея Руси Алексием II и Священным Синодом Ректором семинарии был назначен доктор теологии, профессор, архимандрит Макарий (Веретенников).
В 1991 г. Святейший Патриарх Алексий II и Священный Синод назначили Ректором Семинарии архимандрита Евгения (Решетникова ныне епископ). В течении двух с половиной лет отец Евгений неустанно трудился на благо Ставропольской Духовной Школы. В этот период значительно возросли качественный уровень и количественные возможности библиотеки, был упорядочен учебный процесс и воспитательная работа с учащимися. Заботами архимандрита Евгения была учреждена газета СтДС - «Православное Слово». В 1994 г. определением Святейшего Патриарха Алексия II и Священного Синода архимандрит Евгений возведен в сан епископа Верейского и назначен Председателем Учебного комитета при Священном Синоде, а так же Ректором МДА и С.