С января 1797 года, когда Сперанский был зачислен в канцелярию генерал-прокурора, по март 1801 года, когда он получил новое назначение, у Михаила Михайловича сменилось четыре начальника. Как правило, новый руководитель подбирал для себя и новых исполнителей. Более того, генерал-прокурор П. X. Обольянинов, сменивший на этом посту А. А. Беклашова, получил распоряжение императора Павла I сменить всех чиновников в ведомстве. Но после продолжительной беседы со Сперанским, занимавшим должность руководителя канцелярии генерал-прокурора, Обольянинов сумел убедить Павла I сделать для Сперанского исключение. Такое отношение к Михаилу Михайловичу можно объяснить его умом, педантичностью, умением в кратчайшие сроки подготовить любой документ в рамках существовавших законов. Эти документы отличались точностью, лаконичностью, изысканностью стиля. Накануне своего дня рождения, 31 декабря 1800 года, он получил за усердие по ходатайству генерал-прокурора П. X. Обольянинова свои первые награды — 2000 десятин земли в Саратовской губернии и орден Иоанна Иерусалимского.
В ночь с 11 на 12 марта 1801 года Павел I был задушен заговорщиками в Михайловском замке. На престоле этот самый странный император во всей истории государства Российского пробыл всего четыре года и четыре месяца. Ни одна смерть государя России не воспринималась с такой неуместной радостью и восторгом, как его.
Последние месяцы правления Павла I Михаил Михайлович пребывал в состоянии душевного кризиса, вызванного личной жизненной драмой. В начале сентября 1799 года при родах умерла его жена Элизабет. Волею судьбы, ее, родившуюся в далекой Англии, в небогатой семье, занесло в Россию. Около двух лет молодой чиновник ухаживал за гувернанткой графа А.П.Шувалова. Впоследствии, вспоминая о первой встрече с Элизабет Стивенс, Сперанский писал: "Казалось, что тут впервые в своей жизни почувствовал впечатление красоты. Девушка говорила с сидевшей возле нее дамой по-английски, и обворожительно-гармонический голос довершил действие, произведенное на меня наружностью. Одна лишь прекрасная душа может издавать такие звуки, подумал я, и если хоть одно слово произнесет на знакомом мне языке это прелестное существо, то она будет моей женой". Они прожили в счастье и взаимопонимании чуть больше года. Это была первая и, видимо, последняя любовь Михаила Михайловича. Он больше никогда не женился, перенеся свои чувства на дочку, которую удалось спасти во время роковых родов.
Начало царствования Александра I не могло не казаться прекрасным. Привлекательная, одухотворенная внешность нового императора, дружелюбие, простота в манерах, тон и содержание речей, первые шаги на поприще государственной деятельности — все это вселяло очарование и надежды. "После краткого и несчастливого царствования Павла, — писал в своих мемуарах декабрист А. М. Муравьев, — вступление на престол Александра было встречено восторженными возгласами. Никогда еще большие чаянья не возлагались у нас на наследника власти". С самого начала Александр дал понять окружающим, что не намерен в свое царствование ограничиваться одними разговорами. Из близких ему друзей был создан "Негласный комитет", предназначенный для подготовки реформы управления империей. В состав комитета вошли воспитанные на передовых западноевропейских политических идеях молодые аристократы: граф П. А. Строганов, его двоюродный брат Н. Н. Новосильцев, граф В. П. Кочубей и князь А. А. Чарторыйский. В июне 1801 года "Негласный комитет" приступил к работе.
Восшествие на престол нового императора привело в движение чиновничий мир. Кого-то отправили на пенсию, кого-то в провинцию, а то и в ссылку, иных же ожидало повышение по службе. В марте 1801 года Сперанский получил новое назначение. Ему повелевали состоять статс-секретарем при Д. П. Трощинском, который, в свою очередь, исполнял работу государственного секретаря при Александре I. Таким образом, Михаил Сперанский оказался в кругу лиц, которые во многом определяли политику государства. По своей должности Трощинский обязан был предоставлять императору доклады и редактировать исходящие от него бумаги. Михаил Михайлович, обладавший гибким умом, обширными познаниями к тому же не имевший равных себе в тогдашней чиновничьей России по искусству составления канцелярских бумаг, неизбежно должен был сделаться правой рукой своего начальника. Это и произошло — Трощинский стал поручать Сперанскому составление манифестов и указов, которых в первые годы правления Александра I было великое множество.
Способности помощника Д. П. Трощинского привлекли к себе внимание членов "Негласного комитета". Летом 1801 года В. П. Кочубей взял Сперанского в свою "команду". В это время в "Негласном комитете" шла работа по преобразованию созданных еще Петром 1коллегий в министерства. Работа шла успешно, и указом от 8 сентября 1802 года в России учреждались восемь министерств: военное, морское, иностранных дел, юстиции, внутренних дел, финансов, коммерции, народного образования. Министры имели право личного доклада императору, который утверждал их мероприятия. Члены "Негласного комитета" были назначены на видные посты во вновь образованных министерствах. В. П. Кочубей возглавил Министерство внутренних дел. Он по достоинству оценил способности Сперанского и уговорил Александра I, чтобы тот позволил Михаилу Михайловичу работать под его руководством. В июне 1802 года, в возрасте тридцати лет, Сперанский возглавил в Министерстве внутренних дел отдел, которому предписывалось готовить проекты государственных преобразований.
Подготавливая документы, Сперанский существенно корректировал стиль их написания, отказываясь от стиля, сложившегося еще во времена Петра I. И. И. Дмитриев, возглавлявший в те времена Министерство юстиции, позднее вспоминал, что М. Сперанский был у В. П. Кочубея "самым способным и деятельным работником. Все проекты новых постановлений и его ежегодные отчеты по Министерству им писаны. Последние имели не только достоинство новизны, но и со стороны методического расположения, весьма редкого и поныне в наших приказных бумагах, исторического изложения по каждой части управления, по искусству в слоге могут послужить руководством и образцами". Фактически Сперанский положил начало преобразованию старого русского делового языка в новый.
В период с конца 1802 года по 1804 год из-под пера Сперанского вышла серия политических записок, как, например: "Об устройстве судебных и правительственных учреждений в России", "О корённых законах государства", "О силе общественного мнения", "Еще нечто о свободе и рабстве" и др. В этих записках он излагал свое понимание возможности преобразований в Российском государстве и методов их проведения.
Общая реформа общественно-политического строя России мыслилась М. М. Сперанским в виде довольно длительного процесса. В записке "О постепенности усовершенствования общественного", датированной 1802 годом, он писал: "Одно из главных правил лиц, управляющих должно быть знать время. ...Теории редко полезны для практики. Они объемлют одну часть и не вычисляют трений всей системы, а после жалуются на род человеческий!". Обдумывая проекты общественных преобразований, он понимал, что "всякая перемена без нужды и без видимой пользы есть вредна, так как почти все легкие средства в делах государственных по большей части суть средства ненадежные", что "перемены на время могут быть блистательными, но со временем зло возрастет самим исправлением его".
Время работы М. М. Сперанского в Министерстве внутренних дел, приходящееся на 1802—1807 годы, это относительно спокойный отрезок его жизни. Он пребывал на вторых ролях, выступая по преимуществу исполнителем, хотя и наделенным даром и возможностью творчества. Так, большинство своих политических записок он писал по собственной инициативе.
Среди других исполнителей власть имущие его явно выделяли. В 1804 году Сперанскому была пожалована в награду аренда в Лифляндской губернии сроком на 12 лет с ежегодным доходом в 12000 рублей. В ноябре 1806 года он был награжден орденом Святого Владимира 3-й степени. Эти награды свидетельствовали о расположенности Александра I к 35-летнему чиновнику. Следует также не забывать, что Сперанский был одним из немногих в окружении императора, не имевших дворянских титулов.
Начиная с 1806 года, из-за ухудшившегося здоровья, В. П. Кочубей оказался не в состоянии лично делать доклады императору, как полагалось министру. Поэтому он отдал распоряжение, согласно которому доклады по министерству для императора делал М. М. Сперанский. Круг вопросов, которыми занималось Министерство внутренних дел, был чрезвычайно широк. Он включал в себя как вопросы внутренней, так и внешней политики. Тем не менее, Михаил Михайлович с достоинством справлялся со своими задачами и вскоре был замечен императором, приближен к себе.
Не последнюю роль в сближении императора и Сперанского сыграло отношение Михаила Михайловича к внешней политике Александра /. В 1802— 1803 годах резко обострились отношения между Россией и Францией. Это было вызвано активизацией французской экспансии в германских землях и на Средиземноморье, что затрагивало интересы Российской империй. Одновременно усиливалась личная власть Наполеона, который в мае 1804 года был провозглашен "императором всех французов". Разрыв с Францией был не только внешнеполитическим актом, он был продиктован и внутриполитическими соображениями. Значительная часть товаров, производимых в России, продавалась на рынках Англии, находившейся с Францией в состоянии войны. В апреле 1805 года в Петербурге была подписана англо-российская союзная конвенция, согласно которой Россия и Англия совместно выступали против наполеоновской Франции. Чуть позднее, осенью 1805 года, сложилась третья антифранцузская коалиция в составе Англии, Австрии, России, Швеции и Неаполитанского королевства. Немного позднее к ним присоединилась Пруссия. 2 декабря 1805 года союзные войска предприняли попытку дать генеральное сражение французам около Аустерлица, которое, в результате, было проиграно союзниками с большими потерями. Коалиция начала распадаться.