Наибольшее недовольство патриарха Иосифа вызвало самочинное введение ревнителями благочестия «единогласия» в ряде соборов и приходских храмов и их вмешательство (благодаря принадлежности к кружку царя Алексея) в назначения архиереев, архимандритов и протопопов. Чтобы положить конец этому вмешательству, патриарх Иосиф на церковном соборе 11 февраля 1649 г., созванном по распоряжению царя, использовал слабость позиции ревнителей благочестия в вопросе о «единогласии». Ревнители благочестия, настаивая на «единогласии», не предусматривали сокращения богослужебного текста, поэтому службы становились настолько продолжительными, что многие верующие не выстаивали их до конца. Таким образом, верующие лишались установленной для них «духовной пищи». Пропуск же службы или досрочный уход с нее считались большим грехом. Поэтому при рассмотрении 11 февраля 1649 г. по инициативе царя предложения ревнителей благочестия о введении в приходских церквах «единогласия» патриарх и архиереи отвергли предложение о введении «единогласия».
Царь Алексей Михайлович был недоволен решением церковного собора и поведением патриарха. Он не утвердил этого решения, но и не мог отменить его своей властью. В итоге царь потребовал передать вопрос о «единогласии» на рассмотрение константинопольского патриарха. Переписка заняла два года. В ответ на послание Иосифа, константинопольский патриарх, угождая по спорному вопросу царю, писал, что «единогласие» и в приходских церквах «не только подобает, но и непременно должно быть». В связи с этим в 1651 г. был созван новый церковный собор. Он отменил решение предыдущего собора и постановил «пети во святых божиих церквах, ...псалмы и псалтирь говорить в один голос, тихо и неспешно». Патриарх и его сторонники выразили свое недовольство вмешательством светской власти в церковно-обрядовые дела. Это было осуждение намерений царя и близких к нему ревнителей благочестия самим осуществить церковную реформу.
До июля 1652 г., то есть до избрания на патриарший престол Никона (патриарх Иосиф умер 15 апреля 1652 г.), положение в церковно-обрядовой сфере оставалось неопределенным. Протопопы и священники из ревнителей благочестия и митрополит Никон в Новгороде, не считаясь с решением церковного собора 1649 г. об умеренном «многогласии», добивались совершения «единогласной» службы. Напротив, приходское духовенство, отражая настроения прихожан, не выполняло решения церковного собора 1651 г. о «единогласии», в связи с чем в большинстве церквей сохранились «многогласные» службы. Результаты исправления богослужебных книг не внедрялись в практику, так как не было церковного одобрения этих исправлений. Эта неопределенность более всего беспокоила царскую власть.
Во внешнеполитическом плане первостепенное значение приобрели для нее вопросы воссоединения Украины с Россией и войны с Речью Посполитой, что было связано с началом в 1648 г. освободительной войны украинского народа против власти шляхетской Польши (уже в 1649 г. в Москву прибыл представитель Б. Хмельницкого С. Мужиловский с предложением принять Украину под власть России). Приступать к решению этих вопросов, не устранив религиозно-обрядовых расхождений между русской и греческой церквами и не преодолев отрицательного отношения русских православных иерархов к церкви Украины, было, по меньшей мере, неосторожно. Однако события 1649 - 1651 гг. в церковной сфере и особенно ухудшение взаимоотношений между светской и церковной властями сыграли отчасти и положительную роль. Их следствием было то, что царь и его ближайшее светское окружение почувствовали сложность и грандиозность перемен, которые предстояло осуществить в религиозной области, и невозможность проведения такого рода реформы без теснейшего союза с церковной властью. Алексей Михайлович понял также, что недостаточно иметь во главе церкви сторонника такой реформы. Успешное осуществление преобразования церковной жизни России по греческому образцу было доступно только сильной патриаршей власти, обладавшей самостоятельностью и высоким политическим авторитетом и способной централизовать церковное управление. Это определило последующее отношение царя Алексея к церковной власти.
Выбор царя пал на Никона, и этот выбор поддержал царский духовник Стефан Вонифатьев. Казанский митрополит Корнилий и находившиеся в столице ревнители благочестия, не посвященные в планы царя, подали челобитную с предложением избрать в патриархи Стефана Вонифатьева, наиболее влиятельного и авторитетного члена кружка. Реакции царя на челобитную не последовало, а Стефан уклонился от предложения и настойчиво рекомендовал своим единомышленникам кандидатуру Никона. Последний тоже был членом кружка. Поэтому ревнители благочестия в новой челобитной царю высказались за избрание в патриархи Никона, бывшего тогда новгородским митрополитом.
Никон (до пострижения в монахи—Никита Минов) обладал всеми нужными царю Алексею качествами. Он родился в 1605 г. в Нижегородском уезде в семье крестьянина. Богато одаренный от природы энергией, умом, прекрасной памятью и восприимчивостью, Никон рано, с помощью сельского священника, овладел грамотой, профессиональными знаниями служителя церкви и уже в 20 лет стал священником в своем селе. В 1635 г. он постригся в монахи в Соловецком монастыре и был назначен в 1643 г. игуменом Кожеозерского монастыря. В 1646 г. Никон по делам монастыря оказался в Москве, где и встретился с царем Алексеем. Он произвел самое благоприятное впечатление на царя и потому получил место архимандрита влиятельного столичного Новоспасского монастыря. Новоиспеченный архимандрит сблизился со Стефаном Вонифатьевым и другими столичными ревнителями благочестия, вошел в их кружок, неоднократно беседовал о вере и обрядах с иерусалимским патриархом Паисием (когда тот находился в Москве) и стал активным церковным деятелем. Перед царем он выступал чаще всего в качестве ходатая за бедных, обездоленных или невинно осужденных, и завоевал его расположение и доверие. Став в 1648 г. по рекомендации царя новгородским митрополитом, Никон проявил себя как решительный и энергичный владыка и ревностный поборник благочестия. Царю Алексею Михайловичу импонировало и то, что Никон отошел от точки зрения провинциальных ревнителей благочестия на церковную реформу и стал сторонником плана преобразования церковной жизни России по греческому образцу.
Никон считал себя единственным реальным кандидатом в патриархи. Суть его далеко идущих планов сводилась к тому, чтобы ликвидировать зависимость церковной власти от светской, поставить ее в церковных делах выше царской власти и самому, став патриархом, занять, по меньшей мере, равное с царем положение в управлении Россией.
Решительный шаг последовал 25 июля 1652 г., когда церковный собор уже избрал Никона патриархом и царь одобрил результаты выборов. В этот день в кремлевском Успенском соборе для посвящения новоизбранного в патриархи собрались царь, члены царской фамилии, боярская дума и участники церковного собора. Никон появился лишь после посылки к нему ряда делегаций от царя. Никон объявил, что не может принять сан патриарха. Свое согласие он дал только после «моления» царя и присутствовавших в соборе представителей светской и церковной власти. Этим «молением» они, и, прежде всего царь Алексей Михайлович, обязались слушаться Никона во всем, что он будет «возвещать» им о «догматах божиих и о правилах», слушаться его «яко начальника в пастыря и отца краснейшаго».1 Этот акт существенно поднял престиж нового патриарха.
Светская власть приняла условия Никона потому, что считала эту меру полезной для проведения церковной реформы, а самого патриарха - надежным сторонником плана реформы. Более того, ради решения первоочередных внешнеполитических задач (воссоединение с Украиной, война с Речью Посполитой), чему должна была содействовать церковная реформа, светская власть пошла на новые уступки. Царь отказался от вмешательства в действия патриарха, затрагивавшие церковно-обрядовую сферу. Он допустил также участие Никона в решении всех интересовавших патриарха внутриполитических и внешнеполитических дел, признал Никона своим другом, и стал именовать его великим государем, то есть, как бы пожаловал ему титул, который из прежних патриархов имел только Филарет Романов. В итоге возник тесный союз светской и церковной властей в форме «премудрой двоицы», то есть царя и патриарха.
Патриарх Никон вскоре после своего избрания стал самовластным владыкой русской церкви. Он начал с устранения вмешательства в церковные дела своих прежних единомышленников по кружку ревнителей благочестия. Никон даже велел не допускать к себе протопопов Ивана Неронова, Аввакума, Даниила и других. Их жалобы не поддержали ни царь, ни Стефан Вонифатьев, ни Ф. М. Ртищев, которые уклонялись от вмешательства в действия патриарха.
Уже в конце 1652 г. некоторые из настоятелей монастырей, чтобы угодить Никону, стали раболепно именовать его великим государем. Их примеру последовали архиереи.2 В 50-х годах XVII в. благодаря энергичной и решительной деятельности Никона был осуществлен комплекс мер, которые определили содержание и характер церковной реформы.