Ее проведение началось весной 165З г., почти сразу же после принятия царем и боярской думой окончательного решения о включении Украины в состав Российского государства. Это совпадение не было случайным.
Первым шагом стало единоличное распоряжение патриарха, затронувшее два обряда, поклоны и перстосложение при крестном знамении. В памяти от 14 марта 1653 г., разосланной по церквам, было сказано, что впредь верующим «не подобает во церкви метания творити на колену, но в пояс бы всея творити поклоны, еще же и трема персты бы есте крестились» (вместо двух). При этом в памяти не содержалось никакого обоснования необходимости данной перемены в обрядах. К тому же предписание патриарха не было подкреплено авторитетом церковного собора. Такое начало реформы нельзя назвать удачным. Ведь это решение затронуло наиболее привычные обряды, которые духовенство и верующие считали показателем истинности своей веры. Поэтому неудивительно, что изменение поклонов и перстосложения вызвало недовольство верующих. Открыто это выразили провинциальные члены кружка ревнителей благочестия. Протопопы Аввакум и Даниил подготовили обширную челобитную, в которой указали на несоответствие нововведений установлениям русской церкви. Челобитную они подали царю Алексею, но царь передал ее Никону. Распоряжение патриарха осуждали также протопопы Иван Неронов, Лазарь и Логгин и дьякон Федор Иванов. Их суждения сеяли недоверие и враждебность к реформе и, конечно же, подрывали авторитет патриарха. Поэтому Никон решительно пресек протест своих прежних единомышленников. Ивана Неронова он сослал под крепкий надзор в Спасокаменный монастырь в Вологодском уезде, Аввакума - в Сибирь, Даниила - в Астрахань, лишив его сана священнослужителя, и т. д. Кружок ревнителей благочестия распался и прекратил свое существование.
Последующие решения Никона были более обдуманными и подкреплялись авторитетом церковного собора и иерархов греческой церкви, что придало этим начинаниям видимость решений всей русской церкви, которые поддержала «вселенская» (то есть константинопольская) православная церковь. Такой характер имели, в частности, решения о порядке исправлений в церковных чинах и обрядах, утвержденные весной 1654 г. церковным собором.
Перемены в обрядах были осуществлены на основе современных Никону греческих книг и практики константинопольской церкви, сведения о которой реформатор получал главным образом от антиохийского патриарха Макария. Решения об изменениях обрядового характера были утверждены церковными соборами, созванными в марте 1655 г. и в апреле 1656 г. Эти решения ликвидировали различие в церковно-обрядовой практике между русской и константинопольской церквами. Большинство перемен касалось оформления церковной службы и действий священно- и церковнослужителей во время богослужения. Всех верующих затронула замена двоеперстия на троеперстие при совершении крестного знамения, «трисоставного» (восьмиконечного) креста на двоечастный (четырехконечный), хождения во время обряда крещения по солнцу («посолонь») на хождение против солнца и некоторые другие перемены в обрядах.
Существенное значение для служителей церкви и верующих имело также исключение из служб, в основном из литургии, архиерейской молитвы, отпуста3 и некоторых ектений4. Это повлекло за собой значительное сокращение объема текста, укорочение церковной службы и способствовало утверждению «единогласия».
В 1653 - 1656 гг. проводилось также исправление богослужебных книг. Официально необходимость в исправлениях мотивировалась на соборе 1654 г. тем, что в старопечатных книгах было много ошибок, вставок, и тем, что русский богослужебный чин очень существенно отличался от греческого. Для этого было собрано большое количество греческих и славянских книг, в том числе и древних рукописных. Из-за наличия расхождений в текстах собранных книг справщики (с ведома Никона) взяли за основу текст, являвшийся переводом на церковнославянский язык греческого служебника XVII в., который, в свою очередь, восходил к тексту богослужебных книг XII—XV вв. По мере сравнения этой основы с древними славянскими рукописями в ее текст вносили отдельные исправления. В итоге в новом служебнике (сравнительно с прежними русскими служебниками) отдельные псалмы стали короче, другие - полнее, появились новые слова и выражения, троение «аллилуйи» (вместо двоения), написание имени Христа Иисус (вместо Исус) и т. д. Новый служебник был одобрен церковным собором 1656 г. и вскоре опубликован.
За семь веков, прошедших после религиозной реформы князя Владимира, весь греческий богослужебный чин очень изменился. Двоеперстие (вошедшее в обычай взамен прежнего единоперстия), которому первые греческие священники научили русских и балканских славян и которое до середины XVII века держалось также в киевской и сербской церкви, в Византии заменилось пол влиянием борьбы с несторианами троеперстием (конец XII века); также изменилось перстосложение при благословении; все богослужебные чины стали короче, некоторые важные песнопения были заменены другими. Так, были изменены и сокращены чины миропомазания и крещения, покаяния, елеосвящения и брака. Больше всего изменений оказалось в литургии. В результате, когда Никон заменил старые книги и обряды новыми, получилось как бы введение «новой веры».
Большинство духовенства отнеслось к новоисправленным книгам отрицательно. К тому же среди приходского духовенства и монахов было много малограмотных, которым приходилось переучиваться с голоса, что было для них очень трудным делом. В таком же положении оказалось большинство городского духовенства и даже монастыри.
Никон и в решении дел, относившихся к компетенции царской власти, стал в 1654—1656 гг. «великим государем», фактическим соправителем Алексея Михайловича. Летом 1654 г., когда в Москве вспыхнула эпидемия чумы, Никон содействовал выезду царской семьи из столицы в безопасное место.
Во время войны с Речью Посполитой и со Швецией царь надолго покидал столицу. В эти месяцы Никон играл роль главы правительства и самостоятельно решал гражданские и военные дела. Правда, для наблюдения в Москве оставалась комиссия боярской думы, а более важные дела пересылали для решения в поход царю и боярской думе. Но Никон подчинил комиссию боярской думы своей власти. В отсутствие царя, она стала докладывать все дела ему. В приговорах по делам появилась даже формула: «...святейший патриарх указал и бояре приговорили». Для докладов члены комиссии боярской думы и приказные судьи являлись в патриарший дворец и здесь ожидали приема. Во время приемов Никон вел себя надменно, в том числе и по отношению к самым родовитым боярам. Это поведение патриарха задевало спесь царедворцев, но в 1654—1656 гг. они не только терпели, но и раболепствовали перед ним.
Самомнение Никона и его активность росли вместе с успехами внешней политики России, так как в определении ее курса он тоже принимал деятельное участие.
Но за неудачи 1656—1657 гг. во внешней политике окружение царя возложило вину на Никона. Активным вмешательством буквально во все дела государства и стремлением навязать всюду свои решения, в том числе путем угроз (по меньшей мере дважды из-за несогласия царя с его «советами» Никон угрожал оставлением патриаршей кафедры), стал тяготиться и царь. Началось охлаждение отношений между ними. Патриарха реже стали приглашать в царский дворец, Алексей Михайлович все чаще общался с ним с помощью посыльных из царедворцев и делал попытки ограничить его власть, с чем, конечно, не желал мириться Никон. Эту перемену использовали светские и духовные феодалы. На Никона возводились обвинения в нарушении законов, корыстолюбии и жестокости.
Открытое столкновение между царем и патриархом, которое привело к падению Никона, произошло в июле 1658 г. Поводом для него послужило оскорбление окольничим Б. М. Хитрово патриаршего стряпчего князя Д. Мещерского 6 июля во время приема в Кремле грузинского царевича Теймураза (Никон не был приглашен). Патриарх письмом потребовал от царя немедленного наказания Б. М. Хитрово, но получил лишь записку с обещанием расследовать дело и увидеться с патриархом. Никон не удовлетворился этим и расценил происшествие как открытое пренебрежение к его сану главы русской церкви. 10 июля 1658 г. царь не появился на торжественной обедне в Успенском соборе. Пришедший вместо него князь Ю. Ромодановский сказал Никону: «Царское величество почтил тебя как отца и пастыря, но ты этого не понял, теперь царское величество велел мне сказать тебе, чтоб ты впредь не писался и не назывался великим государем и почитать тебя впредь не будет».5 По окончании службы Никон объявил об оставлении патриаршей кафедры. Он рассчитывал, что его беспрецедентный шаг вызовет замешательство в правительственных кругах и в стране, и тогда он сможет диктовать условия своего возвращения царю. Подобное положение не устраивало царскую власть.
Единственный выход из создавшегося положения заключался в низложении Никона и выборе нового патриарха. С этой целью в 1660 г. был созван церковный собор, вынесший решение о лишении его патриаршеского престола и священства, предъявив Никону обвинение в самовольном удалении с патриаршей кафедры. Епифаний Славинецкий, выступив, указал на незаконность решения собора, так как Никон не был повинен в еретичестве, и судить его имели право лишь другие патриархи. Учитывая международную известность Никона, царь был вынужден согласиться и распорядиться созвать новый собор с участием вселенских патриархов.