Вторгшемуся неприятелю противостояли 220 - 240 тысяч русских солдат при 942 орудиях - в 3 раза меньше, чем было у противника. К тому же русские войска были разделены: 1-я Западная армия под командованием военного министра генерала от инфантерии М.Б.Барклая де Толли (110 - 127 тысяч человек при 558 орудиях) растянулась более чем на 200 километров от Литвы до Гродно в Белоруссии; 2-я Западная армия во главе с генералом от инфантерии П.И.Багратионом (45 - 48 тысяч человек при 216 орудиях) занимала линию до 100 километров к востоку от Белостока; 3-я Западная армия генерала от кавалерии А.П.Тормасова (46 000 человек при 168 орудиях) стояла на Волыни у Луцка. На правом фланге русских войск (в Финляндии) находился корпус генерал-лейтенанта Ф.Ф.Штейнгеля, на левом фланге - Дунайская армия адмирала П.В.Чичагова.
Учитывая огромные размеры и мощь России, Наполеон планировал завершить кампанию за три года: в 1812 году овладеть западными губерниями от Риги до Луцка, в 1813 году - Москвой, в 1814 году - в Санкт-Петербургом. Такая постепенность позволила бы ему расчленить Россию, обеспечив тылы и коммуникации армии, действующей на огромных пространствах. На блиц-криг завоеватель Европы не рассчитывал, хотя и собирался поодиночке быстро разгромить главные силы русской армии еще в приграничных районах.
Но поняв, что сопротивляться разрозненными частями невозможно, русское командование начало отход вглубь страны. И этим был сорван стратегический план Наполеона. Вместо поэтапного расчленения России Наполеон был вынужден двигаться за ускользающими русскими армиями вглубь страны, растягивая коммуникации и теряя превосходство в силах.
Отступая, русские войска вели арьергардные бои, нанося противнику значительные потери. Основной задачей было объединить силы 1-й и 2-й Западных армий. Особенно тяжелым было положение 2-й армии Багратиона, которой угрожало окружение. Пробиться к Минску и соединиться там с армией Барклая не удалось: путь был отрезан. Багратион изменил направление движения, но войска Жерома Бонапарта настигали его. 9 июля (27 июня по старому стилю) у местечка Мир произошло сражение арьергарда русских войск (это была казачья конница атамана М.И.Платова) с французской кавалерией. Французы были разбиты и в беспорядке отступили. На следующий день произошел новый бой, и снова французы потерпели поражение. 14 (2) июля у местечка Романово казаки Платова в течение суток сдерживали французов, чтобы дать армейским обозам переправиться через Припять. Успешные арьергардные бои Платова позволили 2-й армии беспрепятственно достигнуть Бобруйска и сосредоточить свои растянутые до того момента силы. Все попытки окружить Багратиона провалились. Нполеон был взбешен; он обвинил своего брата Жерома в медлительности и передал командование его корпусом маршалу Даву.
Багратион решает двинуться на Могилев и посылает 7-й пехотный корпус генерал-лейтенанта Н.Н.Раевского занять город до подхода французов. Однако войска Даву еще раньше вошли в Могилев, и 23 (11) июля корпусу Раевского пришлось отражать наступление превосходящих французских сил у деревни Дашковка. Раевский сам повел своих солдат в атаку. Обе стороны понесли тяжелые потери; в яростных штыковых атаках противник был отброшен, но надежда пробиться на Могилев исчезла. Оставался лишь путь на Смоленск. И все же бой имел огромное значение: яростное сопротивление русских у Дашковки ввело в заблуждение Даву, который решил, что имеет дело с основными силами Багратиона и стал укрепляться у Салтановки, ожидая вторичного наступления русских. Благодаря этому Багратион выиграл время, сумел переправиться через Днепр и оторваться от французов на пути к Смоленску.
Арьергардные бои вела и 1-я Западная армия Барклая де Толли. 28 (16) июня арьергард 1-го пехотного корпуса П.Х.Витгенштейна под командованием генерал-майора Я.П.Кульнева сразился с наступавшими частями маршала Удино у местечка Вилькомир, нанес противнику значительный урон и на несколько часов задержал наступление французов. 15 (3) июля у деревни Чернево, находясь в разведке, Кульнев нанес удар частям кавалерийской дивизии генерала Себастиани. Французы понесли большие потери; Наполеон решил, что имеет дело со всем авангардом армии Барклая и задержал продвижение своего левого фланга. 25 (3) июля Кульнев атаковал один из отрядов корпуса Удино у Друи и разгромил его. 1 августа (20 июля) Кульнев снова сразился с французами у деревни Боярщина, но перед лицом превосходящих сил был вынужден отступить; при переправе через реку Дриссу храбрый генерал был смертельно ранен.
Корпусу Витгенштейна (25 000 человек при 128 орудиях), 13 (1) июля выделенному из состава армии Барклая для прикрытия Санкт-Петербурга, пришлось вести тяжелые бои с корпусами маршала Удино и маршала Макдональда. Чтобы помешать их соединению, Витгенштейн решил атаковать Удино. 30 (18) июля началось трехдневное сражение у Клястиц, в ходе которого была уничтожена 1-я дивизия Вердье. Удино был вынужден отступить к Полоцку. Наполеон послал на помощь Макдональду и Удино 6-1 корпус Сен-Сира, что ослабило основную группировку французских войск. Но после нескольких сражений в районе Полоцка французам так и не удалось добиться серьезных успехов. Занять Ригу им не удалось. На этом участке фронта до конца осени 1812 года обстановка стабилизировалась.
Успешно действовала 3-я Западная армия Тормасова. Уже 25 (13) июля русские отбили захваченный французами Брест-Литовск, а 28 (16) июля захватили Кобрин, взяв в плен 5-тысячный отряд саксонского генерал-майора Кленгеля во главе с ним самим. 11 августа (30 июля) в сражении у Городечно генерал-лейтенант Е.И.Марков отбил атаку превосходящих сил французов. После этих успехов стабилизировался и Юго-Западный фронт, где надолго были скованы значительные силы неприятеля.
Тем временем в руководстве русских войск произошли важные изменения. В ночь на 19 (7) июля император Александр I, бывший все время при 1-й Западной армии со всей своей свитой (а это сильно затрудняло нормальную штабную и оперативную работу армии), отбыл в Петербург. Барклай де Толли получил возможность в полной мере осуществить свой план ведения войны с Наполеоном, разработанный им в 1810 - 1812 годах. Уклоняться от генерального сражения и отступать вглубь страны, чтобы не подвергать армию опасности поражения, ослабить превосходящие силы противника и выиграть время, чтобы подготовить свежие войска и ополчение - вот в чем была суть этого плана.
Барклай привел 1-ю армию в Витебск, где надеялся дождаться Багратиона. Авангард армии под командованием А.И.Остермана-Толстого был направлен к деревне Островно, чтобы задержать наступление французов. 24 (12) июля началось сражение с наступавшим противником. На помощь Остерману-Толстому были посланы кавалерийский корпус генерал-лейтенанта Ф.П.Уварова и 3-я пехотная дивизия генерал-лейтенанта П.П.Коновницына (она заменила корпус Остермана-Толстого). После 3-хдневных упорных боев с превосходящими силами маршала Мюрата Коновницын начал медленно, с боями, отходить к реке Лучесе, где уже сосредоточились все силы Барклая. Ожесточенное сопротивление русских натолкнуло Наполеона на мысль, что они готовы дать генеральное сражение, которого он так хотел. Французский император подтянул сюда всю свою 150-тысячную группировку (против 75 тысяч русских). Но Барклай, выставив в прикрытие корпус генерал-майора П.П.Палена, оторвался от французов и двинулся к Смоленску. На фланг и в тыл русской армии были брошены войска маршаловНея и Мюрата. 2 августа (21 июля) под городом Красным они натолкнулись на 27-ю пехотную дивизию генерал-лейтенанта Д.П.Неверовского (около 7 тысяч необстрелянных новобранцев). Целый день, построившись в каре и медленно двигаясь в сторону Смоленска, героически сражался этот небольшой отряд, отбив 45 атак коницы Мюрата и многочисленные атаки пехоты Нея. Задержка противника под Красным позволила Барклаю привести в Смоленск всю армию. А 3 августа (22 июля) к Смоленску подошла и 2-я армия Багратиона. Рухнул замыел Наполеона разбить две русские армии поодиночке.
В течение двух дней, 4 и 5 августа, шли упорные бои под стенами Смоленска. 6 и 7 августа бой разорелся уже за сам город. Но и здесь не произошло генерального сражения. Воодушевленные героизмом русских солдат и офицеров и частными успехами, многие военачальники настаивали на переходе в наступление. Однако Барклай, взвесив все, решил продолжать отступление. 7 августа (26 июля) войска покинули горящий Смоленск.
Наполеон бросил им вдогонку свои лучшие силы. Уже утром 7 августа маршал Ней атаковал корпус П.А.Тучкова у Валутиной Горы, но был отброшен. Правда, в этом сражении генерал Тучков был тяжело ранен и попал в плен. Но наступление французов было приостановлено на целый день.
Нашествие "двунадесяти языков" и героические действия русской армии всколыхнули широчайшие народные массы России, вызвали небывалую энергию народа, пробудили, как сказал В.Г.Белинский, "народное сознание и народную гордость".
Сразу же после появления неприятельской армии в Литве и Белоруссии зародилось стихийное партизанское движение местных крестьян. Партизаны наносили значительный урон иноземцам, уничтожали вражеских солдат, расстраивали тылы. В самом начале войны французская армия ощущала нехватку продовольствия и фуража. Из-за падежа лошадей французы были вынуждены бросить в Белоруссии 100 пушек.
Активно создавалось народное ополчение на Украине. Здесь были сформированы 19 казачьих полков. Большую их часть вооружили и содержали на свой счет крестьяне.
Крестьянские партизанские отряды возникли на Смоленщине и в других оккупированных районах России. Одновременно с ними действовали армейские партизанские отряды, формировавшиеся по приказу командования для разведки и военных действий в тылу врага.
В ходе войны в ряды русской регулярной армии влились воины Кавказа, отряды калмыков, казахов, башкир, чувашей, татар, мордвы, марийцев, чувашей. Огромную роль в боевых действиях сыграло русское крестьянское ополчение.