8 июля 1941 года начальник Генерального штаба Сухопутных войск Германии генерал-полковник Ф. Гальдер делает следующую запись в своем дневнике: "Вагнер (генерал-квартирмейстер) представил доклад о положении со снабжением. Оно всюду вполне удовлетворительное. Работа железных дорог превзошла все наши ожидания.
Лишь на участке Брест - Минск пропускная способность железной дороги несколько ниже ожидавшейся. Выполнение ближайших оперативных задач в материально-техническом отношении вполне обеспечено. Автотранспорта большой грузоподъемности вполне достаточно". Только с 1 по 16 августа в немецкие войска было доставлено 340 эшелонов с боеприпасами, т.е. такое количество боеприпасов, какое предусматривалось всем планом "Барбаросса". Примечательно, что приблизительно к этому времени группа армий "Центр" от ударов авиации, по техническим и другим причинам потеряла одну треть своего автотранспорта большой грузоподъемности. Партизанских действий на шоссейных дорогах противником не отмечается, хотя основная масса немецкого автотранспорта большой грузоподъемности еще занята перевозками боеприпасов и других предметов снабжения от границы до Днепра.
18 июля 1941 года, когда немецкими войсками уже были оккупированы Прибалтика, почти вся Белоруссия, западная часть Украины, вышло постановление ЦК ВКП(б) "Об организации борьбы в тылу германских войск", где партизанские действия, по-прежнему, рассматривались как вооруженная форма политической борьбы. В нем подчеркивалась роль партийного руководства и выдвигалась задача: "...развернуть сеть наших большевистских подпольных организаций на захваченной территории для руководства всеми действиями против фашистских оккупантов". Для руководства партизанской борьбой развернулась организаторская работа, направленная, прежде всего, на создание партийных комитетов на оккупированной территории, и к концу 1941 года в тылу противника действовало 18 подпольных обкомов, более 260 окружкомов, горкомов, райкомов и других подпольных партийных организаций.
На основании данного Постановления и приказа Наркома обороны в Главном политическом управлении РККА и политуправлениях фронтов были организованы 10-е отделы, а в политотделах армий - 10-е отделения для организации партийно-массовой работы среди населения оккупированных областей и политического руководства партизанским движением. "Так как в то время не существовало никаких пособий и наставлений по вопросам организации и тактики партизанской борьбы, - вспоминал впоследствии П.К. Пономаренко, - Главное политическое управление в октябре 1941 года разослало армейским политорганам "Инструкцию по организации мелких местных партизанских отрядов", составленную в период гражданской войны и интервенции против Советской России". Отсутствие уставов, наставлений и других руководящих документов по подготовке и ведению партизанских действий, тактике действий партизанских отрядов и диверсионных групп явилось важным фактором, влияющим на выбор форм специальных действий. Незнание основных положений по подготовке и ведению специальных действий заставляло партизан искать наиболее оптимальную структуру организации сил и средств, вырабатывать специальные формы их боевого применения уже в ходе боевых действий и нести большие потери.
Вопросы подготовки, вывода и руководства партизанскими отрядами в тылу противника выходили также за рамки разведывательного обеспечения операции и боя. Разведывательные отделы фронтов и армий пытались направить деятельность партизанских отрядов и диверсионных групп только на решение задач, возложенных на разведку. Этот недостаток, в частности, был отмечен в постановлении смоленского обкома ВКП(б) от 11 ноября 1941 года при анализе состояния партизанского движения в области: "Командование армий, дивизий и полков направляют деятельность партизанских отрядов и используют их односторонне, только для разведки, что ограничивает инициативу партизанских отрядов и их командиров по уничтожению живой силы, материальной части, транспорта и путей сообщения противника". Таким образом, наличие и ведомственная принадлежность органа управления специальными действиями являлась существенным фактором, влияющим на выбор задач и форм боевого применения партизанских отрядов и диверсионных групп в тылу противника.
С началом войны стала очевидной необходимость широкого развертывания диверсионных действий партизанскими отрядами на коммуникациях противника и подготовки соответствующих специалистов. В июле 1941 года был создан Оперативно-учебный центр Западного фронта по подготовке партизан к проведению диверсий. Вскоре аналогичные центры и школы по подготовке партизан-диверсантов были созданы в других фронтах. Отсутствие в партизанских отрядах минеров-подрывников тормозило развитие и широкое применение таких эффективных способов диверсий как крушение поездов, устройство засад с применением мин и управляемых фугасов, уничтожение объектов с помощью мин и фугасов, управляемых по радио, диверсий с применением мин-сюрпризов и других специальных акций с применением минно-взрывных средств.
Применение диверсий как способа действий в широких масштабах, кроме того, не представлялось возможным в результате отсутствия в достаточном количестве мин и зарядов, специально приспособленных для применения на коммуникациях противника. Табельные мины находившиеся на вооружении Красной Армии, оказались трудно применимыми в тылу противника. Они были громоздкими, тяжелыми и требовали значительного времени на установку и маскировку.
Одновременному проведению согласованных по цели, месту и времени специальных акций в форме удара препятствовало также отсутствие связи партизанских отрядов с Центром из-за недостатка средств связи и радистов. "К июню 1942 года в тылу врага действовало 387 учтенных партизанских отрядов и групп, из них только 37, т.е. 10% имели радиостанции для связи с Командованием". Недостаточное количество минеров-подрывников, радистов и специального вооружения не позволило на начальном этапе войны использовать в тылу противника такую форму специальных действий как удар по железнодорожным коммуникациям. Только по мере поступления в партизанские отряды специальных минно-взрывных средств и подготовленных специалистов стали увеличиваться масштабы диверсионных действий. Так, согласно данным главной железнодорожной дирекции группы армий "Центр" количество партизанских налетов на объекты железнодорожного транспорта в первой половине 1942 года составляло: январь - 5, февраль - 6, март - 27, апрель - 65, май - 145; количество подорвавшихся на минах паровозов составляло: в феврале - 5 (в ремонте 2), в марте - 5 (2), в апреле 13 (6), в мае 25 (13); количество сильно поврежденных и полностью выведенных из строя вагонов: январь - 0, февраль - 0, март - 57, апрель - 45, май - 166. Таким образом, наличие или отсутствие специально подготовленного и оснащенного личного состава, а также специального вооружения было одним из решающих факторов, влияющих на масштабы диверсионной работы и формы специальных действий в тылу противника.
В августе 1941 года первым секретарем ЦК КП(б) Белоруссии П.К. Пономаренко была разработана и отправлена И.В. Сталину записка "К вопросу о постановке диверсионной работы" в тылу врага. Однако только в декабре ее автор был вызван в Москву, где ему предложили ознакомиться с предложениями по организации партизанского движения, разработанные недавно созданным Управлением по формированию партизанских частей, отрядов и групп Главного управления формирований (Главупраформ) НКО. О непонимании данным управлением сущности, целей и задач партизанских действий говорит следующий факт. Главупраформом НКО предлагалось создать на неоккупированной территории Дона, Кубани и Терека 6-7 кавалерийских дивизий численностью 5483 человека каждая, сведенных в "1-ю конную армию народных мстителей" общей численностью в 33 000 человек, а также пять партизанских дивизий из приволжских, уральских и сибирских партизан, объединенных в "1-ю стрелковую партизанскую армию народных мстителей" общей численностью свыше 26 000 человек. В записке подчеркивалось, что оперативное использование партизанских армий целесообразно проводить крупной массой, т.к. "в массе бойцы действуют смелее, решительнее и самостоятельнее". Эти партизанские армады предлагалось выводить в тыл противника через линию фронта для последующих действий в немецком тылу. Абсурдность подобных предложений, их явное несоответствие реальным условиям войны не была тогда очевидной и серьезно рассматривалась в ЦК ВКП(б), поэтому аргументированное их опровержение требовало проведения большого объема работы и времени. В конечном итоге они были отклонены, и П.К. Пономаренко было предложено приступить к организации Центрального штаба партизанского движения.
Однако уже в конце января 1942 год по решению ГКО работа по созданию партизанских отрядов была остановлена. Как выяснилось впоследствии, тогдашнее руководство НКВД подало И.В. Сталину записку, где считало нецелесообразным наличие такого органа управления и выражало сомнение относительно эффективности и возможности широкомасштабных партизанских диверсий. Диверсионные действия по нарушению работы тыла противника, подчеркивалось в записке, могут проводить лишь полностью надежные и квалифицированные диверсанты, прошедшие подготовку в НКВД.