6 сентября 1942 года была учреждена должность Главнокомандующего партизанским движением, на которую был назначен член Политбюро ЦК ВКП(б) Маршал Советского Союза К.Е. Ворошилов. Им было внесено предложение о создании в тылу немецких войск регулярной партизанской армии. Организация, подготовка и ведение партизанских действий по замыслу маршала должны были стать составной частью военных действий РККА в оперативном и стратегическом масштабе. Однако уже 11 ноября пост Главнокомандующего был упразднен, а ЦШПД в качестве военно-оперативного органа партии подчинен непосредственно Ставке ВГК. 7 марта 1943 года Постановлением ГКО ЦШПД был расформирован, но в мае того же года вновь восстановлен. По мнению П.К. Пономаренко подобная непоследовательность по отношению к высшему органу управления партизанским движением была связана с сильным влиянием на некоторых членов ГКО тогдашнего руководства НКВД в лице Л.П. Берии, который всячески противился руководству партизанским движением каким-либо органом управления вне его ведомства. Тем не менее, центральный орган руководства вооруженной борьбой в тылу противника при Ставке ВГК был создан, что стало важным фактором, влиявшим на размах и организованность партизанского движения, появление и развитие всех форм партизанских действий в тактическом, оперативном и стратегическом масштабе.
Существенную роль в выборе содержания и форм партизанского движения сыграло материально-техническое обеспечение партизанских формирований. Рост партизанского движения, многогранная боевая деятельность партизанских отрядов, появившихся партизанских соединений, возрастание их потребности в оружии, боеприпасах, средствах связи, минно-взрывных вооружениях, позволявших партизанам добиваться эффективных результатов, не вступая в открытое непосредственное боевое соприкосновение с противником – всё это вызвало необходимость создания 20 июня 1942 года отдела материально-технического снабжения ЦШПД. Если до образования Центрального штаба и других штабов партизанского движения, партизаны снабжались вооружением за счет выделения оружия военными советами фронтов и армий, трофеев и сбора его на местах прошедших боев, то теперь началось централизованное и планомерное снабжение оружием, боеприпасами, минно-подрывной техникой, вещевым, медицинским имуществом и продовольствием.
Появление на вооружении партизанских отрядов радиостанций, специальных минно-взрывных средств потребовало соответствующей подготовки командиров, подрывников и радистов, способных организовать применение специальных сил и средств в диверсионных и других видах специальных действий партизанских формирований. Подготовка специалистов диверсионной работы (инструкторов минно-подрывного дела и подрывников) в специальных школах и центрах составила 2/3 всего объема подготовки в школах и центрах.
Наличие специальных мин и минно-взрывных средств, а также подготовленных специалистов минно-подрывного дела позволило партизанским формированиям резко увеличить количество наиболее эффективного способа нарушения работы железнодорожного транспорта противника - совершение диверсий. Так, если в 1941 году на Украине в результате диверсий было совершено 23 крупные аварии на железных дорогах, то в 1942 году - 223. Резко активизировались также действия партизан на железных дорогах в оперативном тылу группы армий "Центр" с 41 диверсии в апреле 1942 года до 236 в июне. При этом, если в апреле такая форма как открытый бой составляла 58% боевой деятельности партизан, а различные виды специальных действий только 42%, то в сентябре такие виды специальных акций как налеты, засады и диверсии составляли 75% боевой деятельности партизан. Наличие специальных минно-взрывных средств, применяемых в любое время года, позволило также снизить сезонную разницу в боевой деятельности партизан.
Увеличение боевых возможностей партизанских отрядов, необходимость концентрации и координации их действий вызвали к жизни такую организационную структуру как объединение нескольких партизанских отрядов в бригаду или иное партизанское соединение. Основной организационной единицей соединений, как правило, оставался партизанский отряд. Численность соединений составляла от нескольких сот до 3-4 тысяч человек, отрядов - от нескольких десятков до нескольких сотен партизан. Обычно соединение состояло из 4-7 отрядов, отряды - из рот, взводов или боевых групп. Создание партизанских соединений позволило приступить к осуществлению специальных действий в более крупном масштабе вначале в границах районов базирования, а затем и за их пределами способом рейда.
Так, в сентябре 1942 года рейды совершили соединение под командованием С.В. Ковпака в составе 5 отрядов численностью 1075 человек и соединение под командованием А.Н. Сабурова в составе 7 отрядов общей численностью 1617 человек. Рейд включал в себя последовательное осуществление диверсий на железных и шоссейных дорогах, налеты на комендатуры и небольшие гарнизоны, действующие промышленные предприятия, разрушение линий связи, а также применение других способов специальных действий по маршруту передвижения. Важной задачей, решаемой в ходе рейда, была организация и активизация партизанского движения в новых районах, а само перебазирование соединений имело оперативное значение.
Спец операции партизан. («Рельсовая война» и др.)
Восстановленный в мае 1942 года Центральный штаб партизанского движения приступил к разработке плана первой операции партизан на железнодорожных коммуникациях противника стратегического масштаба. В основу плана операции было положено Постановление ЦК КП(б) Белоруссии "О разрушении железнодорожных коммуникаций противника методом "Рельсовой войны", т.е. разрушением рельсового полотна минно-взрывным и другими способами. В приказе начальника ЦШПД от 14 июля 1943 года "О партизанской рельсовой войны на коммуникациях врага" указывалось, что "огромный рост и размах партизанского движения позволяет в настоящее время наносить массированные повсеместные удары по железным дорогам с целью их полной дезорганизации и срыва операций врага на фронтах". Возможность достижения стратегической цели - полной дезорганизации железнодорожных коммуникаций в тылу противника не вызывала сомнений ни в органах управления партизанским движением, ни в самих партизанских отрядах. Однако способ достижения цели - подрыв двухсот тысяч рельсов встретил возражения. Командование считало, что противник не испытывает недостатка в рельсах и даже отправляет часть их на переплавку и что наиболее уязвимым местом в немецкой системе железнодорожных коммуникаций являются паровозы, которых на всей оккупированной части СССР имеется менее 5 000. Эта оценка подтвердилась впоследствии немецким исследователем в этой области Г. Теске, который писал, что Германия "располагала в 1939 году гораздо меньшим парком паровозов и вагонов, чем кайзеровская империя в 1914. Виной этому была переоценка мотора. Полностью исправить эту ошибку не удалось и в ходе самой войны". Подрыв рельсов, кроме того, вызывал перерыв в движении только на время, необходимое для их замены (несколько часов), при этом существенно затрудняя нормальную эксплуатацию железнодорожных путей после освобождения территории от немцев. В конечном итоге Украинскому штабу партизанского движения удалось добиться права приступить к подготовке операции, сосредоточив основные усилия на устройстве крушений воинских эшелонов, т.е. выводить из строя поезда противника, а не подрывать рельсы. 30 мая 1943 года ЦК КП(б)У принял решение начать не "рельсовую войну", а "войны на рельсах".
Проведение операции планировалось в три этапа, каждый по 15-30 суток. Операцию намечалось начать ориентировочно 1-5 августа 1943 года внезапным нанесением первого стратегического массированного удара, подорвав одновременно 26 000 рельсов. В первые 15 суток должны были быть разрушены основные железнодорожные коммуникации в тылу группы армий "Центр". В дальнейшем предполагалось нанести несколько других массированных ударов и, парализовав движение на остальных железнодорожных коммуникациях, в последующем перейти к систематическим диверсионным действиям по воспрещению работы железнодорожных коммуникаций в тылу противника. Создаваемая для проведения операции группировка партизанских сил включала 167 партизанских бригад, отдельных отрядов и групп общей численностью 95 615 человек, развернутая на территории протяженностью свыше 1 000 км по фронту и в глубину от линии фронта до западной границы СССР, что говорило о стратегическом масштабе и специальном характере группировки. Имевшаяся в тылу противника партизанская группировка была уже настолько мощной, что партизанские формирования располагались вблизи большинства важнейших железнодорожных коммуникаций. Поэтому передислокация партизанских формирований при необходимости осуществлялась на расстояние 70-80 км и лишь иногда - более 100 км.
Для выполнения задач по подрыву рельсов и других объектов на железных дорогах в тыл к партизанам необходимо было дополнительно доставить 200-250 тонн взрывчатых веществ. Так, переброска в тыл противника взрывчатых веществ и других средств потребовала 400 самолето-вылетов в течение июля-августа, в том числе 180 самолето-вылетов в течение 5-6 дней, начиная с 12 июля для подготовки к первому диверсионному удару. Существенная зависимость успеха операции от действий авиации подтвердила значительное влияние данного фактора на масштаб и содержание диверсионных и других специальных действий в тылу противника. Необходимость переброски для партизан в тыл противника многих сотен тонн грузов потребовала централизованного и систематического применения авиационных соединений и частей. К середине 1943 года в интересах партизан действовали две авиатранспортные дивизии, двенадцать отдельных авиаполков, несколько полков авиации дальнего действия, эскадрильи фронтовой и армейской авиации и авиации воздушно-десантных войск. Всего за годы войны к партизанам было совершено 109 тысяч самолето-вылетов, 96% полетов было совершено ночью. Использование авиации в интересах партизан выявило ряд существенных требований и особенностей боевого применения авиационных сил и средств.