В январе 1905 г. была создана специальная комиссия для изыскания оружия и создания особых вооруженных групп – «ядер». Однако члены комиссии во главе с П.М. Рутенбергом, прибыв в Россию, были арестованы, неудачей закончилась и попытка летом 1905 г. доставить в Россию на судне «Джон Графтон» крупную партию оружия. В дни декабрьского вооруженного восстания в спешном порядке организован Боевой комитет (Азеф, Савинков, Тютчев).
Руководство партии пыталось найти равнодействующую между насильственными и парламентскими методами борьбы. После издания манифеста 17 октября 1905 г. большинство руководства партии склонно было считать, что отныне Россия стала конституционной страной и что следует завоеванными свободами воспользоваться для детализации прграммы-минимум и организации народных масс. Признано было, что террористическую деятельность следует прекратить, поскольку она не соответствует провозглашенному конституционному режиму. По настоянию Азефа БО была распущена. В эсеровской верхушке возобладала тактика «не форсировать события», чтобы раньше времени не спровоцировать решительное столкновение с правительством. В связи с этим эсеры возражали против борьбы за явочное введение 8-часового рабочего дня, увлечения стачками. Большинство эсеровского руководства заняло осторожную позицию и в вопросе о декабрьской Всероссийской политической стачке.
Эсеры вместе с другими левыми силами бойкотировали I Государственную думу. Однако, когда стало ясно, что идея бойкота не находит широкого отклика в стране, что число крестьянских представителей в Думе, разделяющих идеи, близкие эсеровским, будет значительным, и что Дума неизбежно станет центром политической борьбы, эсеровское руководство изменило отношение к ней и впало в другую крайность – чрезмерно увлеклось борьбой, происходившей в ее стенах и перестало уделять должное внимание организации внедумских сил. При активном содействии эсеров соорганизовалась Трудовая группа в Государственной думе, а ряд их идей и программных положений вошли в программу этой группы, а также и ее известный аграрный проект «104 –х». Целиком на эсеровских принципах был основан земельный проект «33-х», предложенный рассмотрению Думы. Тем не менее по влиянию на крестьянских депутатов эсеры в целом уступали представителям более умеренного неонароднического течения – народным социалистам.
На роспуск I Государственной думы эсеровское руководство реагировало очень эмоционально. Оно сразу же призвало местные организации немедленно начать вооруженную борьбу с правительством, делая главную ставку на крестьянство и армию. ЦК Партии социалистов-революционеров вместе с ЦК РСДРП, Крестьянским, Железнодорожным и Учительским союзами поставил свою подпись под «Манифестом ко всему российскому крестьянству», призывавшим крестьян брать самим землю и волю. Призыв этот повис в воздухе, неудачей закончились и восстания в войсках.
Во II Государственной думе, которую они не бойкотировали, эсеры были представлены 37 депутатами. Не желая нести ответственность за экстремистскую деятельность партии, прежде всего за ее террористическую деятельность, эсеровские депутаты заявили себя не фракцией партии, а группой социалистов-революционеров, формально тем самым заняв автономное положение по отношению к партии. Эсеровские депутаты выступали в Думе практически по всем обсуждавшимся там вопросам, но особенно активны они были в прениях по аграрному вопросу. Они внесли в Думу свой аграрный проект, под которым смогли собрать подписи 104-х депутатов. Для опеки над думской группой при ЦК партии была создана специальная комиссия в составе Чернова. Ракитникова и Натансона, тем не менее, по мнению, распространенному в партии, деятельность группы была «далеко не блестящей» и «не оставила яркого следа».
В период Революции 1905-07 существенно изменились численность, социальный состав и организационная структура партии. Численность партии возросла до 50-60 тыс. членов, среди которых рабочие и крестьяне составляли около 90%, в руководящем же ядре по-прежнему абсолютное большинство составляла интеллигенция.
В период октябрьских «свобод» 1905 г. эсеры предприняли попытку, создать открытую народническую партию вместе с публицистами журнала «Русское богатство». В течение короткого времени издавали совместно с ними легальную газету «Сын Отечества», однако эта попытка не нашла поддержки на I съезде партии и публицисты «Русского богатства» его покинули, основав затем свою народно-социалистическую партию. На этом же съезде определенно заявило о себе и левое крыло партии, оформившееся позже в Союз социалистов-революционеров максималистов.
Третьеиюньским переворотом страна, по их мнению, была возвращена к дореволюционному состоянию. Государственная дума, избиравшаяся по избирательному закону 3 июня 1907 г., оценивалась ими лишь как декорация прежнего самодержавно-полицейского режима, как конституционная фикция. Из такой оценки общей политической ситуации делалось заключение, что все надо «начинать сначала», вернуться ко всем прежним формам, методам и средствам борьбы, бойкотировать антинародную Государственную думу.
Тактика бойкота возобладала среди эсеров и по отношению к IV Государственной думе. Впрочем, к этому времени дисциплина в партии настолько ослабла, что не только отдельные ее члены, но и целые организации вопреки мнению верхов, приняли участие в выборах.
Единодушным было решение об усилении террора, Однако по мере того, как угасала инерция революции, разногласия в партии усиливались. Взгляды крайне левых выражала газета «Революционная мысль», видевшая единственное средство политического освобождения России в терроре. С целью избежать провокации, подобно азефовской, и усилить эффективность террористической деятельности предлагалось ее децентрализовать, вести силами не одной БО, а рядом автономных боевых отрядов. Принцип автономии и федерации должен был стать основным и в организационной структуре партии. Одновременно в партии оформлялось и правое, более умеренное и реалистическое течение во главе с Авксентьевым. На I общепартийной конференции (август 1908, Лондон) он предлагал отказаться прежде всего от «частичных боевых выступлений» и от подготовки к вооруженному восстанию и сосредоточиться главным образом на двух направлениях: на пропагандистско-организационной работе и на центральном терроре.
Большой урон престижу партии был нанесен разоблачением провокаторства Азефа, о котором официально было заявлено ЦК партии 9 января 1909 г. Этим разоблачением был фактически похоронен индивидуальный террор, хотя речи о его усилении не переставали звучать. Неудачей закончилась попытка Савинкова возродить БО и ее деятельность.
Кризис партии эсеров усугублялся также столыпинской аграрной реформой, которая разрушая общину, укрепляя чувство собственности и самостоятельности у крестьян, подрывала основы эсеровского аграрного социализма. Эсеровские призывы: бойкотировать эту политику, не выделяться из общины, не покупать и не закладывать землю, не принимать участия в землеустроительных комиссиях, поступать «как с изменниками» с теми крестьянами, которые откликнуться на реформу – не находили сколько-нибудь серьезного отклика в деревне. Успехи реформы порождали сумятицу в умах эсеров. Чем больше столыпинская реформа подрывала общину, тем пристальнее взоры эсеров обращались на кооперацию.
Кризисные явления в революционной среде усиливались распространявшимися в обществе консервативными настроениями и репрессивной политикой правительства. Эсеровские организации громились систематически. Были полностью ликвидированы Летучие боевые отряды партии, созданные взамен временно распущенной БО, арестованы виднейшие деятели партии эсеров Брешковская и Н.В. Чайковский. Вновь были перенесены за границу резиденция ЦК и издание газет «Знамя труда» и «Земля и Воля». В мае 1909 г. состоялся V Совет партии, который принял отставку ЦК (А.А. Аргунова, Авксентьева, Натансон, Ракитников и Чернов), признавшего себя политически и морально ответственным за Азефа, и избрал новый состав ЦК из лиц, не связанных с Азефом. Большинство из них вскоре были арестованы. В 1911 г. ряд лидеров партии, недовольных определениями Судебно-следственной комиссии ЦК по делу Азефа в адрес прежнего ЦК и БО, фактически отстранились от текущей партийной работы и почти целиком сосредоточились на литературной деятельности.
Вследствие своего кризисного состояния пария эсеров практически не оказала какого-либо заметного влияния на начало нового революционного подъема в стране, однако этот подъем способствовал оживлению в эсеровской среде. В Петербурге стали издаваться легальная эсеровская газета «Трудовой голос», затем «Бодрая мысль», «Живая мысль» и др. Накануне I Мировой войны эсеровские организации существовали почти на всех крупных столичных заводах и фабриках. Кроме Петербурга, центрами эсеровской деятельности в этот период были также Москва и Баку. К числу недавно возникших относились организации на Урале, во Владимире, в Одессе, Киеве и ряде др. мест. В таких губерниях, как Полтавская, Киевская, Харьковская, Черниговская, Воронежская и некоторых других эсеровские организации вели работу среди крестьян. Война прервала наметившуюся среди эсеров тенденцию к консолидации, усугубила в их среде идейные разногласия. Выработать общую платформу по отношению к войне эсеры оказались бессильны. Война разделила эсеров на «интернационалистов» во главе с Натансоном и Черновым, и «оборонцев» с лидерами Авксентьевым, Аргуновым и Фондаминским.