В 1648 році розпочинається Національно-визвольна війна українського народу проти польського панування і вже в 1649 р. у Москву прибув представник Б. Хмельницького С. Мужиловський із пропозицією прийняти Україну під владу Росії. Вирішити це питання, не усунувши релігійно-обрядових розбіжностей між російською і грецькою церквами і не переборовши негативне відношення російських православних ієрархів до церкви України, було, щонайменше, необережно. Цар Олексій Михайлович розумів необхідність реформи церкви. А її успішне здійснення було доступно тільки сильній патріаршій владі, що володіла самостійністю і високим політичним авторитетом і здатній централізувати церковне управління. Це визначило наступне відношення царя Олексія до церковної влади.[8]
Вибір царя упав на Никона. Казанський митрополит Корнилій і ревнителі благочестя, що знаходилися в столиці, не посвячені в плани царя, подали чолобитну з пропозицією обрати в патріархи Стефана Вонифатьєва, найбільш впливового й авторитетного члена кружка. Реакції царя на чолобитну не пішло, а Стефан ухилився від пропозиції і наполегливо рекомендував своїм однодумцям кандидатуру Никона. Останній теж був членом гуртка. Тому ревнителі благочестя в новій чолобитній царю висловилися за обрання в патріархи Никона, який був тоді новгородським митрополитом.
Никон (до постригу в ченці - Микита Минов) володів усіма потрібними царю Олексію якостями. Він народився в 1605 р. у Нижегородському повіті в родині селянина. Дуже обдарований від природи енергією, розумом, прекрасною пам'яттю і сприйнятливістю, Никон вже в 20 років став священиком у своєму селі. У 1635 р. - чернець в Соловецькому монастирі, з 1643 р. - ігумен Кожеозерського монастиря. У 1646 р., після зустрічі з царем він одержав місце архімандрита впливового столичного Новоспаського монастиря. Никон зблизився зі Стефаном Вонифатьєвим і іншими столичними ревнителями благочестя, ввійшов у їхній гурток, неодноразово розмовляв про віру й обряди з ієрусалимським патріархом Паісієм (коли той знаходився в Москві) і став активним церковним діячем. Перед царем він виступав найчастіше в якості заступника за бідних, знедолених чи безневинно засуджених, і завоював його прихильність і довіру. Ставши в 1648 р. за рекомендацією царя новгородським митрополитом, Никон виявив себе як рішучий і енергійний владика і ревний поборник благочестя. Царю Олексію Михайловичу імпонувало і те, що Никон відійшов від точки зору провінційних ревнителів благочестя на церковну реформу і став прихильником плану перетворення церковного життя Росії по грецькому зразку.[9]
Никон вважав себе єдиним реальним кандидатом у патріархи. Суть його далеко ідучих планів зводилася до того, щоб ліквідувати залежність церковної влади від світської, поставити її в церковних справах вище царської влади і самому, ставши патріархом, зайняти, щонайменше, рівне з царем становище в управлінні Росією.
25 липня 1652 р. у кремлівському Успенському соборі для присвяти новообраного в патріархи зібралися цар, члени царського прізвища, боярська дума й учасники церковного собору. Никон з'явився лише після посилки до нього ряду делегацій від царя. Никон оголосив, що не може прийняти сан патріарха. Свою згоду він дав тільки після «благання» царя і присутніх у соборі представників світської і церковної влади. Цим вони, і, насамперед цар Олексій Михайлович, зобов'язалися слухатися Никона в усьому, що він буде «возвіщати» їм про «догмати божиї і про правила», слухатися його «яко начальника і пастиря і батька краснєйшаго». Цей акт істотно підняв престиж нового патріарха.[10]
Світська влада прийняла умови Никона тому, що вважала цю міру корисною для проведення церковної реформи, а самого патріарха - надійним прихильником плану реформи. Більш того, заради вирішення першочергових зовнішньополітичних задач (возз'єднання з Україною, війна з Річчю Посполитою), чому повинна була сприяти церковна реформа. Цар відмовився від втручання в дії патріарха, дозволив участь Никона в рішенні всіх цікавивших патріарха внутрішньополітичних і зовнішньополітичних справ, визнав Никона своїм другом, і став іменувати його великим государем, тобто, як би подарував йому титул, що з колишніх патріархів мав тільки Філарет Романов. У підсумку виник тісний союз світської і церковної влади у формі «премудрої двоіці», тобто царя і патріарха.[11]
Патріарх Никон незабаром після свого обрання став самовладним владикою російської церкви. Він почав з усунення втручання в церковні справи своїх колишніх однодумців по кружку ревнителів благочестя. Наприкінці 1652 р. деякі з настоятелів монастирів, щоб догодити Никону, стали раболіпно іменувати його великим государем. Їхньому прикладу пішли архієреї. В 50-х роках XVII в. завдяки енергійній і рішучій діяльності Никона був здійснений комплекс заходів, що визначили зміст і характер церковної реформи.
Церковна реформа була розпочата в 165З г. Першим кроком стало одноособове розпорядження патріарха, що торкнулося двох обрядів, уклони і перстоскладання при хрещеному знаменні. У пам'яті від 14 березня 1653 р., розісланої по церквах, було сказано, що надалі віруючим «не личить у церкві метання творити на колінах, але в пояс би усея творити уклони, ще ж і трьома персти б есте хрестилися» (замість двох). При цьому в пам'яті не містилося ніякого обґрунтування необхідності даної зміни в обрядах. До того ж розпорядження патріарха не було підкріплено авторитетом церковного собору. Такий початок реформи не можна назвати вдалим. Адже це рішення торкнуло найбільш звичних обрядів, які духівництво і віруючі вважали показником істинності своєї віри. Тому не дивно, що зміна уклонів і перстоскладання викликало невдоволення віруючих. Відкрито це виразили провінційні члени кружка ревнителів благочестя. Протопопи Авакум і Данило підготували велику чолобитну, у якій указали на невідповідність нововведень установленням російської церкви. Чолобитну вони подали царю Олексію, але цар передав її Никону, рішуче припинив протест своїх колишніх однодумців: Івана Неронова він заслав під міцний нагляд у Спасокам’яний монастир у Вологодському повіті, Авакума - у Сибір, Данила - в Астрахань, позбавивши його сану священнослужителя, і т.д. Гурток ревнителів благочестя розпався і припинив своє існування.[12]
Наступні рішення Никона були більш обміркованими і підкріплювалися авторитетом церковного собору й ієрархів грецької церкви, що додало цим починанням видимість рішень усієї російської церкви, що підтримала «всесвітня» (тобто константинопольська) православна церква. Такий характер мали, зокрема, рішення про порядок виправлень у церковних чинах і обрядах, затверджені навесні 1654 р. церковним собором.
Зміни в обрядах були здійснені на основі сучасних Никону грецьких книг і практики константинопольської церкви, відомості про яку реформатор одержував головним чином від антиохійського патріарха Макарія. Рішення про зміни обрядового характеру були затверджені церковними соборами, скликаними в березні 1655 р. і в квітні 1656 р. Ці рішення ліквідували розходження в церковно-обрядовій практиці між російською і константинопольською церквами. Більшість змін стосувалося оформлення церковної служби і дій священо- і церковнослужителів під час богослужіння. Усіх віруючих торкнулася заміна двоперстя на триперстя при здійсненні хресного знамення, «трискладового» (восьмиконечного) хреста на двоєчастий (чотириконечний), ходіння під час обряду хрещення по сонцю («посолоню») на ходіння проти сонця і деякі інші зміни в обрядах.[13]
Істотне значення для служителів церкви і віруючих мало також виключення зі служб, в основному з літургії, архієрейської молитви, отпуста і деяких ектеній. Це спричинило за собою значне скорочення об'єму тексту, укорочення церковної служби і сприяло затвердженню «одноголосності».
У 1653 - 1656 р. проводилося виправлення богослужбових книг що мотивувалося тим, що в стародруках було багато помилок, уставок, і тим, що російський богослужбовий чин дуже істотно відрізнявся від грецького. За основу було взято текст, що був перекладом на церковнослов'янську мову грецького служебника XVII в., що, у свою чергу, виходив з тексту богослужбових книг XII-XV ст. Новий служебник був схвалений церковним собором 1656 р. і незабаром опублікований.[14]
За сім століть, що пройшли після релігійної реформи князя Володимира, весь грецький богослужбовий чин дуже змінився. Двоперстя (що ввійшло в звичай замість колишнього єдиноперстя), замінилося під впливом боротьби з несторіанами триперстям (кінець XII століття); також змінилося перстоскладання при благословенні; усі богослужбові чини стали коротше, деякі важливі піснеспіви були замінені іншими. Так, були змінені і скорочені чини миропомазання і хрещення, покаяння, єлеосвячення і шлюбу. Більше всього змін виявилося в літургії. У результаті, коли Никон замінив старі книги й обряди новими, вийшло як би введення «нової віри».[15]
Більшість духівництв поставилося до нововиправлених книг негативно. До того ж серед парафіяльного духівництва і ченців було багато малограмотних, котрим приходилося переучуватися з голосу, що було для них дуже важкою справою. У такому же положенні виявилася більшість міських духівництв і навіть монастирі.
Никон і в рішенні справ, які відносилися до компетенції царської влади, став у 1654-1656 р. «великим государем», фактичним співправителем Олексія Михайловича. Улітку 1654 р., коли в Москві спалахнула епідемія чуми, Никон сприяв виїзду царської родини зі столиці в безпечне місце, а коли під час війни з Річчю Посполитою і зі Швецією цар надовго залишав столицю, Никон відігравав роль глави уряду і самостійно вирішував цивільні і військові справи. Правда, для спостереження в Москві залишалася комісія боярської думи, а більш важливі справи пересилали для вирішення в похід царю. Але Никон підкорив комісію боярської думи своїй владі. Під час відсутності царя, вона стала доповідати всі справи йому. У вироках по справах з'явилася навіть формула: «...святіший патріарх вказав і бояри присудили».[16]