Функции Сената в первые годы его существования были широки и разнообразны. Ему были переданы дела Разрядного и Поместного приказов, он заботился о государственных доходах и расходах, ведал явкой дворян на службу. Он также являлся органом надзора за разветвленным бюрократическим аппаратом. Для этого с 1711г. в центре и на местах были введены должности фискалов (провинциальных и городовых), которые доносили о всех нарушениях законов, взяточничестве, казнокрадстве и тому подобных действиях, наносящих вред государству. Ими руководил обер-фискал, входивший в состав Сената. Доносы фискалов ежемесячно докладывала Сенату Расправная палата особое судебное присутствие из четырех судей и двух сенаторов. Петр поощрял фискалов, освободив их от податей, подсудности местным властям и даже ответственности за ложные наветы.
Хотя Сенат был руководящим контролирующим органом, но и за его деятельностью был установлен контроль. С 1715 г. за работой Сената следил сенатский генерал-ревизор (надзиратель указов), за тем тот же сенатский обер-секретарь и штаб-офицеры гвардии и, наконец, с 1722 г. генерал-прокурор (П.И. Ягужинский) и обер- прокурор, которым подчинялись прокуроры во всех других учреждениях. Генерал-прокурор контролировал всю работу Сената, его аппарата, канцелярии, принятие и исполнение всех его приговоров, их опротестование или приостановление. Сам генералпрокурор и его помощник обер-прокурор подчинялись только царю, подлежали только его суду. Действуя через подчиненных ему прокуроров (гласный надзор) и фискалов (тайный надзор), генерал-прокурор выступал как “око царево и стряпчий о делах государственных”. Новое положение о Сенате 1722 г. зафиксировало его статус как высшего государственного учреждения империи. Сенат в руках Петра стал послушным орудием монарха по управлению страной. Но в его ведении оказалось слишком много повседневной, черновой работы. В связи с этим назрела необходимость коренным образом перестроить всю систему центральных государственных органов.
Взамен сложного и неповоротливого аппарата приказов (свыше 50) и канцелярий с их нечеткими функциями и параллелизмом в работе был разработан проект создания центральных ведомств с четким разграничением сфер управления. Реформа 1718- 1720 гг. упразднила приказы и канцелярии и ввела коллегии, созданные на основе изучения иностранного опыта организации государственной управления. В отличие от приказов в новых органах решения принимались коллективно. Всего было создано 11 коллегий со строгим разделением функций. Например, Посольский приказ заменила Коллегия иностранных (чужестранньи) дел во главе с канцлером и вицеканцлером (графом Г.И. Головкиным и бароном П.П. Шафировым). Были образованы коллегии: Военная (фельдмаршал князь А.Д. Меншиков, генерал А. Вейде), Адмиралтейская (генерал-адмирал граф Ф.М. Апраксин, вице-адмирал К. Крюйс), Камер-коллегия (с 1721 г. князь Д.М. Голицын), Юстиц-коллегия (тайный советник граф А.А. Матвеев), Ревизион-коллегия (кригс-комиссар князь Я.Ф. Долгорукий), с 1722 г. Ревизион-контора Сената, Коммерц-коллегия (граф П.А. Толстой), Штатс-контор-коллегия (граф И.А. Мусин-Пушкин), Берг-мануфактур-коллегия (генерал-фельдцехмейстер Я.В. Брюс). Важнейшими, “государственными” являлись коллегии, ведавшие иностранными, военными (армией и флотом отдельно) и судебными делами. Другая группа коллегий занималась финансами: доходами - Камер-коллегия, расходами -Штатс-контор-коллегия, контролем за сбором и расходованием казенных средств- Ревизион-коллегия. Торговлей и промышленностью руководили соответственно Коммерц-коллегия и Берг-мануфактур-коллегия, разделенная на два ведомства в 1722 г.
В 1721 г. была создана Вотчинная коллегия, заведовавшая дворянским землевладением и находившаяся в Москве. Другой сословной коллегией явился созданный в 1720 г. Главный магистрат, управлявший городским сословием - ремесленниками и купечеством. (С 1699 г. этим занималась Бурмистерская палата в Москве, преобразованная в 1700 г. в Ратушу.) Главный магистрат стоял во главе городовых магистратов, которые сменили земские избы. Задачей новых учреждений являлось исполнение административно полицейских и судебных функций в городах, “защита купцов и ремесленников от обид и притеснений”, развитие городских ремесел и торговли. Президентом этой особой коллегии был назначен купец Исаев, а оберпрезидентом князь Ю.Ю. Трубецкой.
Коллегии не охватывали всех отраслей управления. По-прежнему дворцовое, ямское, строительное, медицинское дело и некоторые другие находились в ведении специальных приказов, палат и контор. Политическим сыском на протяжении всей Петровской эпохи занимался Преображенский приказ, которым руководил князь Ф.Ю. Ромодановский. Поначалу каждая коллегия руководствовалась своим регламентом, но в.1720 г. был издан обширный (из 56 глав) “Генеральный регламент”, определивший их единообразное организационное устройство и порядок деятельности. Согласно этому документу присутствие каждой из коллегий состояло из президента, вице-президента, четырех-пяти советников и четырех асессоров, а также детально регламентированного штата чиновников. Последующее развитие принципа чиновной, бюрократической выслуги нашло отражение в петровской “Табели о рангах” 1722 г. Новый закон разделил службу на гражданскую и военную. В нем было определено 14 классов, или рангов, чиновников. Всякий получивший чин 8-го класса становился потомственным дворянином. Чины с 14-го по 9-й тоже давали дворянство, но только личное. Новая система предельной бюрократизации государства качественно изменила служилое сословие, включив в состав дворянства выходцев из других социальных групп. Все они, дворяне старой и новой формации, получали земли и крестьян. В Петровскую эпоху сотни тысяч крестьян из числа государственных и дворцовых перешли в частное владение. Привлечению дворян к службе способствовал и принятый 23 марта 1714 г. указ о единонаследии, приравнявший поместья к вотчинам.
Наряду с укреплением центрального аппарата управления еще раньше началась реформа местных учреждений. Вместо воеводской администрации в 1708-1715 гг. была введена губернская система управления. Первоначально страна была разделена на восемь губерний: Московскую, Ингерманландскую (позднее Петербургскую), Смоленскую, Киевскую, Азовскую, Казанскую, Архангелогородскую и Сибирскую. Затем были образованы Воронежская, Рижская, Нижегородская и Астраханская губернии. Во главе Петербургской и Азовской губерний стояли генерал-губернаторы Меншиков и Ф. Апраксин. Остальными управляли губернаторы, в руках которых находилась вся полнота административно-полицейской и судебной власти. В помощь губернатору были приданы чиновники, руководившие отдельными отраслями: судебными (ландрихтер), военными (обер-комендант), денежными и провиантскими сборами (обер-комиссар и обер-провиантмейстер). Во главе уездов вместо воевод стояли коменданты. В 1713 г. при бы губернаторе устроили коллегию из 8 - 12 ландратов, избираемых дворянами, но уже на следующий год ландраты превратились в назначаемых чиновников, которые управляли новыми административно-территориальными единицами уездов - долями.
В 1719 г. Петр вновь возвратился к проблеме местной администрации. По новому указу страна была разделена на 50 провинций во главе с воеводами. Губернии сохранились, но в руках им губернаторов оставались только военные и судебные дела. В территориальном же отношении губернатор управлял только провинцией губернского города. Провинции соответственно делились на дистрикты во главе с земскими комиссарами. Помимо указанных и без того в сложную и запутанную систему местных учреждений влились судебные органы. В 1719 г. были введены нижние (провинциальные и городовые) и верхние (надворные) суды. Во главе надворных судов стояли губернаторы. Однако уже к 1722 г. нижние суды были упразднены, а надворные просуществовали лишь до 1727 г. Попытка отделения суда от администрации, таким образом, провалилась.
Церковь и ликвидация патриаршества.
Крупнейшим феодалом в России оставалась церковь, которая к концу ХVII в. все еще сохраняла некоторую политическую самостоятельность, несовместимую с развивающимся абсолютизмом. Когда в 1700 г. умер патриарх Андриан, Петр I решил не назначать нового патриарха. Временно во главе духовенства был поставлен рязанский митрополит Стефан Яворский, получивший наименование “местоблюститель патриаршего престола”, при этом не облеченный патриаршими полномочиями. Хотя формально “местоблюститель” по-прежнему должен был созывать на советы епископов - “освященные соборы”, но эти совещания носили чисто формальный характер. Патриарший разряд был упразднен, а его функции переданы восстановленному в 1701 г. Монастырскому приказу во главе с боярином И.Л. Мусиным-Пушкиным и дьяком Е. Зотовым. Этому приказу были подчинены патриаршие Казенный и Дворцовый приказы. Доходы, полученные от хозяйственной деятельности монастырей и других церковных учреждений, шли в основном на государственные нужды. Так, с 1701 г. по 1711 г. казна получила с монастырских вотчин свыше 1 млн. рублей. Одновременно государство ограничивало количество монахов, запрещало их переход из одного монастыря в другой, регламентировало штаты монастырей. На церковь было возложено устройство и содержание начальных школ и богаделен для увечных и больных, а также отставных солдат.
Наконец, 25 января 1721 г. Петр утвердил “Духовный регламент”, разработанный его сторонником псковским епископом Феофаном Прокоповичем. Согласно новому закону была проведена коренная церковная реформа, ликвидировавшая автономию церкви и полностью подчинившая ее государству. Патриаршество в России было упразднено, а для управления церковью учреждена специальная Духовная коллегия, преобразованная вскоре (14 февраля) для придания большего авторитета в Святейший правительствующий Синод. В его ведении находились чисто церковные дела: толкование церковных догм, распоряжения о молитвах и церковной службе, цензура духовных книг, борьба с ересями, заведование учебными заведениями и смещение церковных должностных лиц и т.д. Синод имел также функции духовного суда. Присутствие Синода состояло из 12 высших церковных иерархов, назначаемых царем, которому они приносили присягу. 11 мая 1722 г. для надзора за деятельностью Синода Петр назначил из числа близких ему офицеров обер-прокурора (И.В. Болдина), которому подчинялась синодальная канцелярия и церковные фискалы - “инквизиторы”. Все имущество и финансы церкви, закрепленные за ней земли и крестьяне находились в ведении Монастырского приказа, подчиненного Синоду, а с 1724 г. преобразованного в синодальную камер-контору. Таким образом, Петр I - полностью подчинил церковь своей власти.