Год спустя, 2 и 3 ноября Посьет в двух представлениях в Комитет министров вновь настаивал на включении в число дорог для начала строительства в 1889 г. Уссурийской линии и участка на Томск - Ачинск, а также продолжения линии от Златоуста до Челябинска. Трудно сказать, как проходили бы очередные дискуссии, если бы Посьет оставался на посту министра путей сообщения. Он был честным, энергичным и прямолинейным человеком, страстно все 15 лет отстаивал интересы железнодорожного строительства в Сибири. Но кто-то должен был ответить за катастрофу императорского поезда 17 октября 1888 г. недалеко от ст. Борки под Харьковом (семья императора осталась жива по счастливой случайности), находившейся в частной собственности. Председатель правления Общества Курско-Харьково-Азовской железной дороги барон Ган, согласно отчету о расследовании крушения поезда, "в ожидании взятия дороги в казну довел ее до крайних пределов разрушения, так что она в последнее время сделалась источником страха для пассажиров". Министерство финансов было вынуждено форсировать вопрос с выкупом этой дороги. Посьет ушел в отставку, а его заменил военный инженер, генерал лейтенант Г. Паукер, находившийся в большой дружбе с И. Вышнеградским. Новый министр согласился с тем, что министр финансов вновь при составлении государственной росписи на 1889 г. не нашел какую бы то ни было сумму на расходы по постройке новых железных дорог.
Паукер умер 29 марта, а 30 марта управляющим Министерством путей сообщения был назначен тайный советник, статс-секретарь фон Гюббенет, занимавший в 1880-1884 г. должности товарища министра путей сообщения. Гюббенет являлся ревностным защитником системы казенного железнодорожного строительства, как и его бывший начальник Посьет.
Он же был убежденным сторонником скорейшею сооружения сибирских железных дорог.
В июне 1889 г. Гюббенет заявил министру финансов И. Вышнеградскому о необходимости ассигнования на 1890-1894 гг. кредита на постройку 6000 верст (по 1200 верст в год) новых железных дорог, в том числе около 2000 верст сплошной Сибирской железной дороги и включении в государственную роспись на 1890 г. расходов для нужд железнодорожного строительства 34 млн. руб. После долгих споров Министерству путей сообщения выделили всего 2,5 млн. руб.
Вследствие малой суммы, выделенной на железнодорожное строительство, Гюббенет обратился в Комитет министров с ходатайством о разрешении использовать эти средства на постройку дороги от Златоуста до Челябинска. Комитет министров принял решение о строительстве железнодорожной линии лишь до Миасского завода (61 верста). Александр III утвердил соответствующее положение Комитета министров 11 мая 1890 г. В том же году строительство этой линии началось.
Между тем в начале июля 1890 г. Приамурский генерал-губернатор и командующий войсками Приамурского военного округа генерал-лейтенант барон А. Корф двумя депешами подтвердил министру путей сообщения представленные ему ранее сведения о затруднительности сообщения с Владивостоком и Южно Уссурийским краем и о невозможности обороны этого края за отдаленностью резервов. Корфа поддержали военный министр П. Ванновский и министр иностранных дел Н. Гирс. На всеподданнейшем докладе управляющего Министерством путей сообщения Г. Евреинова с доказательствами необходимости строительства рельсового пути в Приамурье Александр III 12 июля 1890 г написал: "Необходимо приступить скорее к постройке этои дороги".
К началу 90-х годов XIX в. значительно ухудшилась политическая обстановка на Дальнем Востоке. Царское правительство имело основания опасаться, что Корея, где население Южно-Уссурийского края покупало скот и продовольствие, подпадает под враждебное России влияние какой-либо державы – Англии или Японии. Еще в 1884 г. корейский король обратился к России с просьбой о присылке военных инструкторов для реорганизации его армии, а в следующем году дал знать в Петербург о своем желании принять протекторат России. Опасаясь воины с Англией, отношения с которой осложнились и в связи с завоеванием Россией Туркмении, царское правительство не рискнуло пойти навстречу корейской стороне. Британская печать и британские представители в Китае систематически натравливали Китай на Россию. Пекинское правительство стало накапливать войска в пограничных областях, прилегавших к Южно Уссурийскому краю. В 1890 г. оно приняло решение провести стратегическую железную дорогу от Дагу на Шаньхайгуань – Цзиньчжоу – Мукден и затем через Нингуту к Хуньчуню на р. Тумынь. Изыскания по трассе были поручены английскому инженеру Киндеру. Причем уже в 1890 г. началось строительство этой железной дороги в Маньчжурии. Фактически направление трассы в сторону Приамурья и Уссурийскою края было продиктовано английским правительством с целью усиления своего влияния на Дальнем Востоке.
Усиливалось экономическое, дипломатическое и военное влияние в этом регионе Франции, Германии и США. Германия, в частности, усиленно вооружала китайскую армию, и особенно флот. Соединенные Штаты поощряли незаконный промысел и контрабанду у русских берегов Чукотки, Камчатки и Охотского моря, нещадно истребляя китов, стада морских котиков на Командорских островах. От 60 до 100 американских вооруженных шхун в конце 80-х – начале 90-х годов ежегодно промышляли в русских водах, истребляя китов и разного морского зверя. Усиливалось давление на Китай и Корею со стороны Японии.
Царское правительство должно было учитывать интересы русских промышленников и торговцев, которые в свою очередь видели в Китае, и прежде всего в Манчжурии, новый рынок для сбыта товаров. Строительство рельсового пути во Владивосток могло превратить этот город в крупнейший на Дальнем Востоке торговый порт, перевалочный пункт для товаров, перевозимых из Европы в Азию и обратно.
Узнав о резолюции императора на докладе Евреинова, Вышнеградский добился передачи вопроса об Уссурийской дороге в Особое совещание для рассмотрения чрезвычайных расходов на 1891 год.
Осенью 1890 г. совещание поступили одновременно записки о порядке осуществления Сибирской дороги. В основе записки министра финансов лежало стремление "по возможности облегчить для государственного хозяйства тяжесть жертв, сопряженных с устройством Сибирской линии, и извлечь наибольшие выгоды из эксплуатации тех участков сибирского пути, которые будут открыты первыми. Он считал необходимым начать строительство с запада, учитывая, что построенные участки дороги начнут приносить самостоятельный доход. В дальнейшем Вышнеградский предлагал строить дорогу участками между бассейнами особо крупных рек. Наоборот, считал он, постройка Уссурийской дороги облегчила бы себе еще большее распространение в Восточной Сибири экономического влияния Северной Америки. В записке министра путей сообщения отмечалось, что строительство отдельных внутренних участков Сибирской дороги без связи их с сетью дорог европейской России имело бы ничтожное значение, было бы сопряжено с излишними непроизводительными затратами и потребовало бы слишком продолжительного времени. В то же время Гюббенет настаивал на первоочередном строительстве Уссурийской дороги. По мнению Гюббенета, лучше было бы начать строительство Сибирской железной дороги одновременно с востока и запада. Перевозки на Дальний Восток могли бы осуществлять пароходы Добровольного флота и других.
12 декабря 1890 г. Особое совещание рассмотрело представление Гюббенета, по ограничилось только определением размера кредита, который по смете чрезвычайных расходов мог быть выделен министерству в будущем году для начала работ, и определило его в 7 млн. руб. На основании этого министр путей сообщения вошел 4 февраля 1891 г. в Комитет министров с представлением о строительстве первоочередных участков Сибирской железной дороги в текущем году: Владивосток – Графская (393 версты) и Миасс – Челябинск (94 версты). В этом же представлении Гюббенет указывал на необходимость произвести в 1891 г. дополнительные изыскания на участке от Челябинска до Томска, а также решить вопрос о продолжении Уссурийской линии от ст. Графская на р. Уссур до деревни Хабаровка на Амуре. Министр путей сообщения предложил наконец-то решить вопрос о строительстве сплошной Сибирской железной дороги. Дополнительное значение в положительном решении вопроса играло то, что Гюббенет в 1854-1858 гг. служил чиновником особых поручении при генерал-губернаторе Западной Сибири и хорошо знал места будущего строительства.
За строительство сплошного пути высказались военный министр Ванновский, министр императорского двора гр. И. Воронцов - Дашков, председатель Государственного совета великий князь Михаил Николаевич, председатель Департамента государственной экономии Государственного совета Абаза.
В феврале 1891 г. был разрешен вопрос о сооружении магистрального рельсового пути через нею Сибирь на следующих основаниях:
1. Сибирская железная дорога должна строиться сплошной.
2. Строительство начнется с запада от Златоуста на Челябинск и с востока от Владивостока на Хабаровск.
3. Строительство будет идти одновременно.
4. Вся дорога будет сооружена государством.
В начале марта 1891 г. представитель общества, образовавшегося в Париже для изучения условий постройки Сибирской железной дороги, сенатор Жорж Лессюэр представил министру путей сообщения Гюббенету проект постройки этой дороги. Общество заявило, что готово использовать при строительстве русских инженеров и рабочих, заключить контракт на строительство стоимостью 40000 руб. за версту и осуществить строительство за 5 лет, передать в постоянную эксплуатацию за 8 лет после начала работ. Казна же должна была гарантировать обществу доход минимум 3000 руб. с версты. Если доход превосходил эту сумму, то чистая прибыль подлежала делению поровну между казной и этим французским обществом.
Однако А. Гюббенет, поставив во главу угла национальные интересы России, 8 марта 1891 г. ответил сенатору, что он "не имеет основании входить в какие-либо переговоры или в рассмотрение настоящего заявления, так как правительство вовсе не выражало намерения обращаться в этом деле к частной предприимчивости". Гюббенет считал, что единственная в обозримом будущем железнодорожная магистраль в Сибири должна оставаться русской дорогой.