Между тем проходящая война наложила свой отрицательный отпечаток на Новороссийск и население Черноморского округа. Под угрозой высадки вражеских десантов часть жителей покинула его.
Начало промышленного развития Новороссийска.
Год 1879-й стал для Новороссийска знаменательным в отношении выбора его ведущей промышленности. В этом году в его окрестностях были открыты огромные запасы мергеля – основного природного сырья для цементной промышленности. Именно геологическое строение Маркотхского хребта с его мощными и богатейшими залежами мергеля явились основанием зарождения и процветания цементной промышленности в районе Новороссийска.
Осенью 1881 года группой лиц в составе В.П. Ливена, Л.Е. Адамовича и других в правительственные учреждения подаётся прошение об учреждении их общества, которое и последовало 29 января 1882 года. В документе об этом говориться: «Государь император по положению Комитета министров Высочайше повелеть соизволил: разрешить барону Этьену Артуровичу Жирард де-Сукатону, торговому дому Э.М. Майер и К, генерал-майору Леониду Ефимовичу Адамовичу и доктору Виктору Павловичу Ливену учредить акционерное общество «Черноморского цементного производства», на основании устава, удостоенного Высочайшего рассмотрения и учреждения в 22-й день января 1882 года». Уставной капитал общества назначен был в 500 тысяч рублей. Общество создавалось «для обработки и добывания цемента в южном крае империи, преимущественно в прибрежьях Чёрного моря».
3 декабря 1882 года после молебна, как тогда было принято, завод, названный хозяевами «Звезда», был пущен в эксплуатацию. Это название за заводом не закрепилось, а упрочилось название «Черноморский». После революции, в 1922 году он получил название «Пролетарий». 15 декабря 1882 года завод выпустил первую пробную партию цемента. Он был уже шестым предприятием в России по производству портландцемента. В1883 году завод выпустил уже 46 тысяч бочек цемента – это более 7 тысяч при вместительности одной бочки 160 кг. Первенец цементной промышленности Юга России приступил к работе в исключительно благоприятных условиях. Удивительная доброкачественность сырья, удобное и неглубокое залегание его в больших запасах значительно сократили издержки производства. Не вызывал затруднений и сбыт продукции, так как повышенный спрос предъявляли строители морских портов, железных дорог, городского хозяйства. Кроме того, удобный морской путь обеспечивал доставку товара в разные пункты страны. Ещё большую перспективу создавало подведение к Новороссийску железной дороги. В первый год работы завод выдал 460 тысяч пудов продукции при проектной мощности 750 тысяч. Но уже третий год принес значительную прибыль.
Новороссийский цемент получает спрос и на международном рынке.
Английское правительство, например, для особо важных сооружений в частности, строительство крепости Гибралтар, предписывало закупать непременно новороссийский цемент.
На строительство завода и работы на нём потекла дешевая рабочая сила российских губерний и национальных окраин, а так же переселенцы из Турции, Персии, Австро-Венгрии – будущие коренные жители многонационального Новороссийска.
Год 1879-й оказался знаменательным для Новороссийска в зарождении ещё одного важного промышленного производства, связанного с эксплуатацией нефти. Именно в этом году в Париже было образованно Русско-Французское акционерное общество «Русский стандарт петролиум компани», основанное французским инженером, предпринимателем, писателем, академиком и видным государственным деятелем бароном Шарлем-Луи де Фрейсине (1828-1923), избравшим Новороссийск местом переработки и вывоза кубанской (таманской) нефти за границу.
Обширная строительная программа «Русского Стандарта» вызвала новый приток рабочего люда со всей России. Этому способствовали частые неурожаи в центральных губерниях Российской империи рассказы о благах, ожидавших людей на Кубани и Черноморском побережье. Тведль, желая приманить к себе самых опытных рабочих, платил довольно большие по тому времени деньги – около одного рубля в день чернорабочему, что вдвое превышало имеющиеся заработки.
Быстро застраивается жилыми домами новый зацемесский посёлок, получивший название «Стандарт» от имени обосновавшегося здесь акционерного общества. За рекой Цемес на некогда пустующей территории быстро растут корпуса нефтеперерабатывающего завода «Русский стандарт», построены резервуары для хранения и приёма нефти, поступающей по чугунным трубам от станицы Ильской. К апрелю 1882 года нефтеперегонный или, как тогда его называли «фотогенный» завод был построен. Нефть перекачивалась с помощью шести паровых машин по нефтепроводу, что явилось в то время большим новшеством. Для вывоза нефти и нефтепродуктов оборудуются причалы для нефтеналивных судов. 8 июля 1882 года от причала Тведля отошло первое судно с сырой нефтью – английский пароход «Альфред» с грузом 80 тысяч пудов (1380 тонн).
В 1883 году произошла отставка Герберта Тведля с поста представителя «Русского Стандарта» в Новороссийске и его сменил сам основатель акционерного общества Шарль-Луи де Фрейсине, потерявший на время пост министр-президента Франции. При нём продолжалось промышленное развитие «Стандарта» и благоустройство зацемесского посёлка, перегоняя в этом отношении центр города Новороссийска. Здесь строятся каменные дома, мощёные улицы, этот район становится центром деловой жизни города. В Новороссийске Ш-Л де Фрейсине пробыл до 1886 года, когда он снова возвратился на государственную службу, занимая важные посты в правительстве Франции – министра иностранных дел, военного и министра-президента.
Венцом его деятельности стало заключение при его содействии военно-политического французско-русского союза в 1893 году. Его деятельность во многом аналогична деятельности другого француза – герцога де Ришелье в Одессе.
Решающее значение для экономического развития Новороссийска, Причерноморья, Кубани, да и всего Северного Кавказа явилось железнодорожное строительство. Без железных дорог черноморские порты, хлебная Кубань были оторваны от промышленных центров страны. Поэтому местная администрация ещё с середины 60-х годов 19-го века выступала с предложением о строительстве железной дороги. Наконец, в 1869 году на специальном заседании Совета министров под председательством самого Николая II был рассмотрен и одобрен проект строительства железной дороги Ростов – Владикавказ. Осуществление проекта было предложено передать в частные руки. Выбор пал на инженера-путейца и богатого предпринимателя действительного статского советника барона Штейнгеля Рудольфа Васильевича, известного уже как участника проекта, а затем строителя Московско-Рязанской и Московско-Курской железных дорог, главного инженера и строителя Орловско-Витебской, Грязе-Царицынской и Балтийской железных дорог.
В 1872 году было создано акционерное общество Ростов-Владикавказской железной дороги во главе с Р.В.Штейнгелем, и началось её строительство. 2 июня 1875 года открывается движение по ней.
В 1882 году был разработан план дальнейшего развития рейсовой сети в стране. В числе 17 железных дорог, указанных в представлении Министерства путей сообщения в Комитете министров от 8 апреля 1882 года, была отмечена, как одна из более необходимых ветвей Ростово-Владикавказской железной дороги к Чёрному морю – Новороссийская. 14 февраля 1884 года Комитет министров признал первостепенное значение Новороссийской ветки, подчёркивая, что «после Сибирской линии она представляется необходимой из всех, намеченных правительством железнодорожных линий». Осенью 1884 года окончательно был решен вопрос о направлении ветки. Был принят проект линии Тихорецкая-Новороссийск, имевший ряд преимуществ по сравнению с другими проектами (соединение Владикавказской магистрали с Геленджиком или Анапой). Линия Тихорецкая-Новороссийск проходила через западную и северо-западную часть Кубанской области с развитым земледелием.
Строительство железнодорожной ветки Екатеринодар-Новороссийск протяженностью 254 версты осуществлялось под руководством инженера Кербеды Михаила Станиславовича. Под каждую версту рельсового пути укладывалось 1440 дубовых шпал. Перед конечной точкой пути – Новороссийском - на южной окраине станицы Верхнее-Баканской в отрогах Маркотхского хребта по линии железной дороги было сооружено два тоннеля, отчего железнодорожная станция при этой станице получила наименование Тоннельной. Строили их итальянские инженеры Мадлен и Физини.
По завершении строительства железной дороги Екатеринодар-Новороссийск 24 июня 1888 года состоялось её торжественное открытие. На нём присутствовали в качестве почётных гостей Главноначальствующий Гражданской частью на Кавказе князь Дондук-Корсуков, министр путей сообщения начальник Кубанской области генерал-лейтенант Г.А.Леонов и другие высоко поставленные лица. Депутаты от города Ильченко и Никульский поднесли министру хлеб-соль и выразили признательность населения за постройку дороги.
Присутствовавший на торжествах по случаю открытия железнодорожного сообщения в Екатеринодаре в сентябре 1888 года император Александр III с семейством проследовал по только что отстроенной железнодорожной веткой на Новороссийск. В Новороссийске 23 сентября 1888 года «выборные градских обществ» были удостоены приёма императором. На приёме выборные депутаты попросили царя включить в городскую черту земли нефтяного завода «Русский Стандарт» с соседствующими с ними владениями генерала Адамовича и территорию общества Черноморского цементного производства, чтобы их владельцы участвовали в платежах налогов, по справедливости облегчив отбывание городских повинностей жителями Новороссийска.
Начало эксплуатации железной дороги стимулировало развитие города. С завершением строительства Новороссийской ветки сократился путь для выхода зерновых грузов к Чёрному морю через Новороссийский порт и его экспорт вместо прежнего направления через Ростов в Азовское море. Сельское хозяйство Предкавказья всё более приобретает экспортный характер. Юг России становится основным поставщиком пшеницы на экспорт.