Сооружение в 1888 году Новороссийской ветки Владикавказской железной дороги повлекло за собой бурное развитие торгового порта. По соглашению с правительством Общество Владикавказской железной дороги взяло строительство порта в свои руки. Это было предусмотрено и уставом Общества, принятым в 1884 году. При этом было оговорено, что строительство порта будет завершено к сроку окончания постройки железной дороги, т.е. к 1884 году. Общество ещё в 1881 году поручило инженеру Лисовскому составить проект порта пропускной способностью в 44 млн. пудов (700 тыс. тонн) в год. Расположенный в северо-западной части Цемесской бухты, порт был чрезвычайно удобен для судоходства.
В 1887-88 годах были построены первые три причала для приёма железнодорожных грузов, у которых могли грузиться 12 больших пароходов дальнего плавания, Эти пристани, построенные как временные, действуют до настоящего времени (теперь это причалы №3,4,5). В 1890 году полная грузоподъёмность грузов составляла 30 млн. пудов. Пристанями пользовались и суда каботажного плавания, за что взималась плата 100 руб. в сутки. Так что эти сборы полностью покрыли затраты Общества на сооружение пристаней (около 1 млн. руб.). К 90-м годам общая сумма затрат на оборудование порта достигла 16 млн. руб. При строительстве и оборудовании его используются последние достижения науки и техники. К этому времени Общество уже имело четыре пристани, где могли одновременно грузиться 16 пароходов. Было построено 14 каменных и 54 деревянных амбара для 16 млн. пудов грузов, в том числе для 14 млн. пудов хлеба. Сооружен по американскому типу элеватор более чем на 3 млн. пудов зерна, не имеющих себе равных не только в России, но и в Европе. Зерно на элеватор и пристани подавалось транспортёрами. К строительству элеватора приступили в апреле 1891 года. Руководил им талантливый русский инженер Александр Николаевич Шенснович. Фундамент грандиозного по тем временам здания из кирпича, камня и металла был заложен в скалистом грунте. Зернохранилище из 364 силосов могло вместить три миллиона пудов зерна одновременно. Главная особенность элеватора – наличие электростанции трёхфазного тока. Впервые в мире Новороссийский элеватор был оснащён индивидуальным приводом на электромоторах, изготовленных в местных мастерских по проекту создателя техники трёхфазного тока М.О.Доливо-Добровольского.
Интенсивная работа по расширению причальной линии порта развернулась в 90-х годах. В чрезвычайно сжатые сроки строители оснастили порт новыми пристанями: элеваторной, угольной, цементной, каботажной. В 1895 году государственная комиссия приняла портовые сооружения от строителей. Из года в год рос грузооборот. В 1897 году построили новую пристань и обширные складские помещения. Для защиты судов, стоящих у причала, от штормовых судов с моря, портовыми рабочими почти вручную были сооружены два оградительных мола – западный и восточный.
Они надёжно прикрыли внутреннюю акваторию порта и она стала одной из самых безопасных гаваней Черноморья. Общество Владикавказской железной дороги имело в порту собственные ремонтные и механические мастерские, в которых строились баржи и шаланды, два механических завода, выпускавших паровые котлы и производивших ремонт машин и небольших судов.
Для эксплуатации всех сооружений в Новороссийске Общество Владикавказской железной дороги образовало в 1889 году Новороссийское коммерческое комиссионное агентство, для которого было выстроено на берегу моря недалеко от элеваторной линии красивое здание, в нём при советской власти разместилось управление торгового порта. Основной целью коммерческого агентства являлось привлечение и развитие перевозок железнодорожных грузов, главным образом хлеба, деятельность агентства вызывала интерес у хлеботорговцев. Им выдавались ссуды под принятые грузы, предоставлялись другие льготы. Новороссийское коммерческое агентство подчинило себе всю зерновую торговлю Кубани. Его деятельность привела к серьезным изменениям в организации хлебной торговли не только в России но и в Европе.
С постройкой Новороссийского порта для сельского хозяйства Северного Кавказа открылись широкие возможности сбыта зерна и других товаров за границу. Сельское хозяйство Предкавказья всё больше приобретало экспортный характер. Возможность экспорта через Новороссийский порт стимулировала дальнейшее железнодорожное строительство, которое вовлекало в торговый оборот новые, богатые хлебом районы. С окончанием строительства Ставропольской ветки в 1897 году усилился зерновой поток из этого плодородного района. Сооружение ветки Тихорецкая – Новороссийск в 1899 году дало выход приволжскому хлебу. Общий грузооборот Новороссийского порта за 1890-1900 годы вырос с 30,3 до 66,8 млн. пудов, или более чем в два раза. Зерно продолжает оставаться главным предметом экспорта Новороссийского порта.
Среди сельскохозяйственной продукции, проходящей через Новороссийский порт, следует назвать и животноводство. Ежегодно перевозилось до 25 тысяч голов крупного рогатого скота и до 50 тысяч голов овец, главным образом из Тверской и кубанской областей. По инициативе генерала Адамовича, имевшего в Новороссийске огромные запасы земли в личном пользовании, был построен большой холодильник в районе Цемесской бухты, и скотоводческие районы Юга и Юго-Востока, включая и астраханские степи, получили возможность сбыта через Новороссийск продуктов скотоводства за границу.
Важное место в экспорте Новороссийского порта после хлебных и вообще сельскохозяйственных грузов занимали нефть и нефтепродукты. Первый пароход с Ильской нефтью обществом «Русский Стандарт» был отправлен из Новороссийского порта ещё в 1882 году. С сооружением в 1894 году железнодорожной линии Беслан-Петровск и Петровского порта, был открыт выход к Чёрному морю нефтяным грузам Закавказья и положено начало интенсивному развитию Грозненского нефтепромышленного района. В 1900 году через Новороссийский порт было отправлено 17,2млн. пудов или 82, 7% всех прибывших в порт нефтяных грузов.
Соединённый железной дорогой с богатыми зерновыми районами и грозненскими нефтяными промыслами, Новороссийск к началу XX века превратился в порт общероссийского значения, стал «окном в Европу» для Северного Кавказа и всей Юго-Восточной России и занял видное место в системе внешней торговли России. На его долю приходилось до 80, 4% заграничного вывоза всех северокавказских портов.
Новороссийск - губернский город.
Быстро растущий спрос на цемент, расширение порта и торговли зерном в связи с подведением железной дороги, постоянный приток дешёвой рабочей силы и капитала обеспечили процветание промышленности и в то же время бурный рост Новороссийска. Из среднего военного укрепления он стремительно превращается в крупный промышленный центр юга России. В короткое время сооружается шоссейная дорога Новороссийск-Сухуми, начатая в 1891 году. С завершением строительства порта в 1888 году по экспорту хлеба он занимает второе место среди южных портов России. Через Новороссийск в центральные промышленные районы страны и Закавказья идут цемент, нефть, зерно, табак, рыба, фрукты. Вслед за постройкой в 1894 году элеватора в городе строится чугунолитейный, механический и нефтеперегонный заводы.
В 1888 году в городском саду предприниматель и бывший актёр Семён Митяев построил первый деревянный театр с буфетом и эстрадой для оркестра. А годом раньше Новороссийскими мещанами Н. И. Преображенским и П.Е. Чапуриным основана первая в городе типография. В скоре вышла газета «Новороссийский листок». С ростом населения поднимается культурнообразовательный уровень города. Решением Кавказского учебного округа в августе 1894 года в Новороссийске открывается мужская гимназия из 4-х классов. В следующем, 1895 году открывается женская гимназия. В 1894 году 1 марта у города появляется своя библиотека, подаренная профессором Э. Э. Баллионом в количестве 2909 томов книг.
В мае 1896 года в Новороссийск становится губернским городом. Положением «Высочайше» утверждённым 23 мая 1896 года из Черноморского округа была образованна Черноморская губерния - самая малая по величине губерния в Российской империи. Образована она была в составе трёх округов - Новороссийского, Туапсинского и Сочинского. Губернатором вновь образованной Черноморской губернии 19 мая 1896 года был назначен Евграф Филиппович Тиханов. Он управлял губернией до 1901 года. Всех населённых мест в губернии насчитывалось, кроме городов, 59. Преобладающее население по губернии составляли русские и украинцы, а также, армяне, греки, чехи, молдаване и др. Еще накануне утверждения Положения о создании Черноморской губернии, в будущём губернском городе Новороссийске вводится городское самоуправление.
В период с 21 по 28 ноября намечалось провести выборы. Тайным голосованием были избранны члены управы, её секретарь и городской Голова. Первым городским Головой был избран врач Михаил Федорович Пенчул, уважаемый в городе человек, один из первых переселенцев, занимавший должность медика при начальнике Черноморского округа.
Первым делом отцы города пытаются наладить хозяйственное и культурное строительство, позаботиться об улучшении образования увеличивающегося населения губернской столицы. В 1896 году дума выносит постановление об открытии при мужской гимназии пятого и следующих классов. Из городского бюджета выделены средства для строительства гимназии. Для города это событие было незаурядным. Специально из столицы был выписан инженер-архитектор Лукашевич. А проект утверждённый самим императором Николаем II, был создан немецким архитектором. Через два года красивое здание мужской гимназии было построено на улице Дмитриевской (Энгельса).