На втором этапе, в течение 1993-1994 гг. - вывод войск из стран ближнего и дальнего зарубежья, сокращение и реорганизация частей, создание группировок, переход к смешанной системе комплектования армии и флота. Разработана и введена в действие новая система боевой готовности ВС.
Генеральным штабом осуществлен комплекс мер по планированию мобилизации и применению войск в новых геополитических и геостратегических условиях. Уточнены проекты концепции Программы вооружения, военно-правовой реформы, военного образования и т.д.
На третьем этапе, в 1995-1999 гг., реорганизация видов Российских ВС, системы подготовки военных кадров, совершенствование системы комплектования армии.
Медленные темпы реформы ВС обусловлены экономическими проблемами государства. Главная из них - финансовая. При существующей системе и объемах финансирования реформирование и техническое переоснащение Вооруженных Сил осуществляется на низком уровне. Вследствие недостатка финансирования обостряются вопросы практической реализации нормативных "военных законов".
Сложной проблемой является работа по оформлению и обустройству государственной границы России, особенно со странами СНГ:
- принципы добрососедства и сотрудничества, полноценность режима границ со странами Балтии;
- прозрачная граница с Белоруссией, Казахстаном, Украиной;
- Северный Кавказ - два рубежа: государственная граница России и внешние границы Грузии и Армении.
Имеются и другие проблемы, с которыми пришлось столкнуться в ходе реформ. Например, требуют адекватной реакции, наносящие ущерб безопасности страны, действия НАТО по расширению блока за счет стран, ранее входивших в Организацию Варшавского Договора; интенсивные провокационные полеты боевой авиации и боевое патрулирование подводных лодок иностранных государств в приграничье и т.д. Попытки США создать однополярный мировой порядок требуют внесения изменений в состав и размещение группировок войск.
Реформирование Российских Вооруженных Сил является сложной и наиболее важной государственной задачей. Успешное ее проведение позволит России иметь Вооруженные Силы, соответствующие ее статусу великой державы. В настоящее время Министерство Обороны во главе с С.Ивановым предпринимает действенные меры по повышению эффективности и боеспособности Вооруженных сил Российской Федерации