Социальная деятельность Сен-Жюста дополняется политической. Местные условия заставляли его действовать в тесном контакте с санкюлотами, объединенными в народное общество. 7 брюмера он запросил мнение общества о гражданской благонадежности и военных способностях коменданта Страсбургской крепости и учел высказанное им мнение о патриотизме Немана, члена департаментской организации Нижнего Рейна. Сместив 12 брюмера власти Страсбурга, он на следующий день обратился к членам общества, предлагая назначить комиссию для замены смещенный членов муниципалитета. В этот же день он интересуется мнением членов общества о патриотизме членов штаба Национальной гвардии и офицеров армии(28).
Легко понять, что некоторые меры уполномоченных Конвента, больно бившие по карману состоятельную часть местного населения, возмущали и ту часть армии, которая привыкла к разгильдяйству, отсутствию дисциплины и должны были вызвать сопротивление. Сен-Жюст боролся с этим революционными методами. Уже 2 брюмера он издает приказ, утверждая в Саверне революционный комитет, уполномоченный расстреливать всех уличенных в оказании содействия преступникам и заключать в тюрьмы всех заподозренных в этом(29).
Впоследствии эти функции были переданы другим учреждениям, в ведение которых вошло также суждение по делам о должностных преступлениях военнослужащих и чиновников, а приказом от 21 брюмера было постановлено, что имущество лиц, казненных по обвинению в вышеозначенном, конфискуется(30).
Террор применялся комиссарами в различных направлениях и соответствовал многообразию существующих задач. Прежде всего надо было бороться с контрреволюцией и приказ 9 брюмера обязует наблюдательный комитет Страсбурга провести в городе повальные обыски для ареста всех "подозрительных"(31). 16 брюмера страсбургскому муниципалитету было предписано арестовать в течение 24 часов всех граждан, занимавших до 31 мая 1793 года должности председателя и секретаря секции, а также всех лиц, заподозренных в сочувствии жирондистам(32). 10 брюмера издали приказ, грозивший смертью всем тайно пробравшимся в Страсбург(33). 12 брюмера были распущены управление департамента Нижнего Рейна, муниципалитет Страсбурга и управление городского дистрикта, а их члены, заподозренные в сношениях с эмигрантами, арестованы(34).
В двадцатых числах брюмера было назначено провести наступление, но неожиданное препятствие возникло в лице главнокомандующих Рейнской и Мозельской армиями - Гоша и Пишегрю. Молодые генералы не сразу скоординировали свои действия и намеченное на 21 брюмера наступление не состоялось. Срыв его имел серьезные последствия. 24 брюмера пал Форт-Вобан, важнейший укрепленный пункт между Рейном и Модером. В Саверне началась паника. Наступать нужно было во что бы то ни стало. Повсеместное наступление 27 брюмера застало противника врасплох. Если Вурмзер пытался сопротивляться и к северо-востоку от Бича начал перегруппировку сил, то герцог Брауншвейгский отступил без боя, что дало Гошу возможность направить движение правого фланга Мозельской армии на Пирмазен. 30 брюмера правый фланг Рейнской армии взял Бунсвиллер. Однако дальше он застрял, тогда как левое крыло победоносно наступало. Ждали резервы из Страсбурга и 8 фримера сделали передышку. Но тут Гош сделал большую ошибку, решив без поддержки провести наступление и овладеть Кайзерслаутерном, важнейшей немецкой крепостью в тылу Ландау. Отрываясь от соседних частей и упорно преследуя герцога Брауншвейгского, он овладел Ландистулем и приблизился к Кайзерслаутерну, когда прусская армия начала контратаку. Лишенный продовольствия и резервов, под угрозой окружения Гош отступил, а затем отступление превратилось в бегство. Цвейбрюккен, Пирмазенс и соседние пункты были потеряны. Ситуация требовала серьезного обсуждения в Комитете и комиссары выехали в Париж.
Военные действия возобновились 25 фримера. Был полностью подготовлен тыл, подошли ожидаемые резервы, определилось направление ударов обеих армий. Сен-Жюст возвращается в армию, имея на руках мандат о расширении полномочий на весь Восточный фронт. Начав наступление против основных сил Вурмзера, Рейнская армия прорвалась к Агно и Форт-Вобану. Левый фланг двинулся против австрийцев и сражение на высотах Ресховена, начавшееся на заре 2 нивоза, продолжалось с переменным успехом несколько часов и закончилось полной победой Гоша. Благодаря этой победе путь на Ландау был открыт. Тем временем, опасаясь окружения с тыла, Вурмзер без боя покинул линию Агно и отступил к Виссамбургу. 6 нивоза Гош нанес австро-прусским силам новый удар на высотах Гейсберга, после чего объединенные Рейнская и Мозельская армии вступили в долину Лаутера. 7 нивоза австрийцы эвакуировали Виссамбург; 8-го - французы вступили в Ландау. В этот же день комиссары отправили в Конвент лаконичную депешу: "Слава сопутствует Французской республике"(35). Кампания в Эльзасе завершилась, а 10 нивоза Огюстен Робеспьер и Наполеон Бонапарт взяли Тулон. Немалой была заслуга и Сен-Жюста с Леба. Они за короткий срок сумели восстановить боеспособность армии, а Сен-Жюст, кроме того, проявил себя прекрасным стратегом и тактиком, несмотря на некоторые разногласия с мозельскими комиссарами, умело координируя действия войск при поддержке Гоша и Пишегрю. Но Гош впоследствии все же был арестован, правда когда находился уже в Итальянской армии. Ордер был подписан Сен-Жюстом и Карно.
К на чалу весенне-летней кампании 1794 года соотношение сил между Францией и противостоящей ей монархической коалицией изменилось в пользу Франции. Ее армия превосходила войска коалиции по своей численности, ни в чем не уступала по вооружению. Командовали ею молодые, талантливые генералы, мастера маневренной войны, изменилась тактика боя, а Карно и его сотрудники умело координировали взаимодействие фронтов в масштабе всей страны. Коалицию же раздирали внутренние противоречия. Ее участники все меньше доверяли друг другу, старались переложить на своих партнеров всю тяжесть борьбы с общим врагом, плохо координировали свои оперативные планы. Но в конце жерминаля Кобургу удалось начать переброску войск в район между Шельдой и Самброй. Пишегрю, командующий теперь северной армией, начав наступление, 2 флореаля взял Ленснен, важный пункт на правом фланге противника. Но Кобург в тот же день, приведя в действие свой сильный левый фланг, после жестокой бомбардировки, принудил к сдаче Ландресси - крупную крепость обороны Северного фронта. Это открывало брешь в наиболее уязвимом месте: отсюда начиналась дорога на Гиз, Сен-Картон, Ла-Фер и Париж. Если бы австрийцы быстро сориентировались, они могли бы поставить под угрозу все успехи Революции. Сен-Жюст вновь выезжает на фронт. Время с 13 по 22 флореаля он провел в Гизе, налаживая дисциплину, проверяя командные кадры, организовывая военную юстицию, пока ждал на помощь Журдана с группой войск. Но последние были еще далеко, а жерминальское наступление Кобурга, вбившее клин между Самброй и Шельдой, окончательно отрезало главнокомандующего от центра и правого фланга его армии. Все это ставило Сен-Жюста в довольно трудное положение. Карно в Париже и Пишегрю в Лилле были слишком далеки от угрожаемых районов, их распоряжения часто противоречили друг другу. Сен-Жюсту самому приходилось подбирать командный состав, намечать боевые операции и руководить их проведением.
Основа стратегического плана была ясна: свести к минимуму последствия удара Кобурга, обеспечить плацдарм для наступления и выйти на Брюссель.. С этим предложением Сен-Жюста, выдвинутом в ночь на 16 флореаля на военном совете в Камбре, были согласны все. Но дальше начинались разногласия по поводу направления главного удара. Наконец было решено развивать наступление по всему фронту таким образом, чтобы начали оба крыла - левое двигалось на Ипр и Турне, правое - на Монс и Биш; затем центр республиканских войск мог выйти на Като и Ле-Кенуа и легко овладеть этими пунктами, поскольку противник, боясь окружения, сам бы их покинул, это бы и обеспечило последующее движение войск на Брюссель. Но была допущена ошибка. Действуя из предположения, что против него расположены главные силы врага, Пишегрю усилил левый фланг до 80 тыс. Правый же фланг, состоявший из осколков Северной и Арденской армий и которому предстояло действовать на Самбре, насчитывал не более 50 тыс. человек, а Журдан еще не подошел. И начались неудачи, так как предположение Пишегрю оказалось неверно. Между 21 флореаля и 15 прериаля правый фланг республиканских войск, сгруппировавшись в районе Ханта и Туена, трижды переходил Самбру, трижды пытался укрепиться на левом берегу и трижды, отбрасываемый противником, возвращался на исходные рубежи. Тщетно левый берег по приказу Сен-Жюста был выжжен дотла. Люди делали все, что могли, но сил явно не хватало и пришлось ждать Журдана.
Неожиданный вызов Сен-Жюста в Париж вынудил его оставить армию, но он быстро вернулся, так как 16 прериаля не удалась четвертая попытка (Журдан привел меньше войск, чем ожидалось). Немедленно вместе с Карно, утвердив Журдана главнокомандующим Северной и Арденской армиями, он едет на фронт. С бульдожьим упорством, словно вгрызаясь в землю, французы пядь за пядью овладевали вражеской территорией, пока не добрались до Шарлеруа, который капитулировал. А на следующий день, 8 мессидора, французская армия, возглавляемая Журданом и Сен-Жюстом, одержала победу при Флерюсе, решив исход кампании. Интервенты покатились на восток.
За время Революции Сен-Жюст показал себя не только как политик, но и как военный деятель. Его биографы отмечают, что эта область деятельности удалась ему лучше, чем работа в правительстве (А. Собуль, Б. Вино). С этим можно согласиться, если учесть, что одной из важнейших мер перехода страны к конституционному строю, является внешняя свобода. Все враги республики, как внутренние, так и внешние, должны быть разбиты. Однако именно это и погубило правительство в термидоре. Новая буржуазия, уже давно им тяготившаяся, после освобождения страны от угрозы контрреволюции, сбросила неугодное правительство.