Нехватка рабочих рук сказалась и на взаимоотношениях ведущих социальных групп российского общества - боярства и дворянства. Конкуренция за рабочую силу ухудшила и без того не безоблачные их отношения. Конфликты существовали и внутри самой боярской среды.
Возможность новой дестабилизации крылась и в заметном ослаблении авторитета царской власти, связанном как с неспособностью к управлению Федора Иоанновича, и делом царевича Дмитрия, погибшего при невыясненных обстоятельствах в 1591 г., так и с появлением впервые за очень длительный период выборного государя в России, что было очевидным нарушением традиции престолонаследия.
Таким образом, внешнее успокоение в стране было лишь прикрытием сложных и весьма конфликтных процессов, происходящих внутри российского общества, чреватых новым обострением социально-политической ситуации. Достаточно было сравнительно слабого толчка, чтобы вывести систему из равновесия.
И этот толчок не замедлил последовать. Им оказался страшный голод, разразившийся в стране в 1601 - 1603 гг. Средств к существованию лишились не только социальные низы, но и значительная часть дворян и холопов (по большей части служилых, т.е. тех, кто ходил на войну вместе со своими господами), которые, не желая смириться с этим, стали добывать себе "хлеб насущный" с помощью силы. Началась полоса так называемых "разбоев". Вскоре отдельные отряды "воров" стали объединяться под руководством некоего Хлопка, вступая в противоборство с правительственными войсками. Ценой огромных усилий с этим выступлением правительству удалось справиться, но сбить напряженность не удалось. Большинство участников восстания сконцентрировалось в приграничных юго-западных районах, фактически не контролируемых центральной властью. Этот район (Путивль, Комарицкая волость и др.) постепенно превратился в центр формирования правительственной оппозиции Социальный состав этих сил был крайне неоднороден: среди участников были и казаки, и холопы, и дворяне, и бояре.
Естественно, что каждая из этих групп имела собственные цели и требования.
Не хватало только лидера, способного возглавить движение. Но вскоре появился и он - человек, объявивший себя чудесным образом спасшимся от смерти царевичем Дмитрием (в действительности, по-видимому, дворянский сын Григорий Отрепьев). В историю он вошел под именем Лжедмитрия I. Объединив вокруг себя все оппозиционные Б.Годунову силы, Лжедмитрий в 1604 - 1605 гг. совершил поход на Москву и, с помощью восставших москвичей взяв ее, стал новым российским царем (Б.Годунов незадолго до этого умер). Будучи талантливым авантюристом, Г.Отрепьев был весьма успешен при захвате власти, однако этих качеств ему оказалось недостаточно на российском престоле. Крайняя разнородность сил, на которые он опирался, и непродуманная политика Лжедмитрия, в конечном итоге, не только привели к полной потере им всякой социальной опоры, но и нарастанию недовольства москвичами его правлением. Поэтому в мае 1606 г. в Москве вспыхнуло восстание, которое довольно легко свергло Лжедмитрия I с престола. На престол был избран новый царь - Василий Шуйский. Тем самым, закончился первый этап гражданской войны, характеризующийся недостаточной поляризацией сил, большой нечеткостью целей и сугубо внутренним характером конфликта.
Потеря авторитета Лжедмитрия в Москве имела обратный эффект в провинции, особенно на юго-западе страны, куда вновь начали стекаться как его оставшиеся сторонники, так и противники нового царя. Результатом этого сбора оппозиции стало восстание под предводительством Ивана Болотникова (1606 - 1607 гг.). В советской исторической литературе это восстание нередко называли первой крестьянской войной в России, однако ни по социальному составу, ни по целям и требованиям восставших оно никак не может подпадать под эту категорию. Фактически, И.Болотников, называвший себя "большим воеводой Дмитрия", продолжил его дело. На этот раз поход на Москву завершился поражением болотниковцев, что явилось результатом укрепления сил, выступающих за прекращение "Смуты". Другой характерной чертой этого выступления стало более активное участие в нем социальных низов. С поражением Болотникова завершился второй этап гражданской войны.
Третий этап связан с именем Лжедмитрия II, объявившегося в России летом 1607 г. Третий поход на Москву и по своему социальному составу, и по целям весьма напоминал два предшествующих, однако нельзя не заметить возросшую роль в его организации и осуществлении польских наемников (присутствовавших в свое время и в войсках Лжедмитрия I, но лишь в качестве наемников). Войскам Лжедмитрия II удалось не только осадить столицу, но и распространить свою власть на значительную часть севера и северо-запада России. В результате в стране сложилось фактическое двоевластие: с одной стороны - правительство В. Шуйского, признаваемого в восточных районах страны, а с другой - Лжедмитрия II, столицей которого стало подмосковное Тушино. В тушинском лагере сформировался свой государственный аппарат со своим царем и своей Боярской думой. Поначалу "самозванец" (точнее, его имя) пользовался широкой популярностью как среди верхушки российского общества, так и среди социальных низов, и это позволило ему продержать осаду Москвы более полутора лет. Однако, как и в случае с Лжедмитрием I, неспособность выполнить взятые на себя обязательства заметно пошатнула его позиции. Кроме того, постепенно стали нарастать внутренние противоречия в тушинском лагере, прежде всего, между русскими и поляками.
Бесчинства польских наемников в русских землях вызвали резкое недовольство населения и отказ в поддержке "самозванца".
С другой стороны, несколько укрепились позиции В. Шуйского, которому удалось в результате весьма невыгодного для России договора со Швецией в 1609 г. (в частности, пришлось передать шведам территории на Карельском перешейке) получить от нее военную помощь. Совместными усилиями шведского и русского отрядов под командованием М. Скопина-Шуйского значительная часть северных районов была освобождена от власти "тушинцев" (впрочем, заключительная часть боевых действий происходила практически без шведского участия). Поражения обострили внутренние противоречия в тушинском лагере и привели его к распаду. Гражданская война, тем самым, подходила к своему завершению, однако в дело вмешались внешние силы.
Использовав в качестве предлога договор, заключенный между Россией и Швецией, польский король Сигизмунд III (находившийся в состоянии войны со шведами) в сентябре 1609 г. начал осаду Смоленска. Таким образом, началась открытая польская интервенция в России. Неспособность В. Шуйского справиться с возникшими трудностями укрепила и без того немалую оппозицию против него в Москве, которая организовала восстание, завершившееся низложением В. Шуйского. На сей раз избирать нового царя не стали, и в Москве возникла временная комиссия из семи бояр - "семибоярщина". К этому моменту вновь активизировался Лжедмитрий II, что поставило московское правительство между двух огней - тушинцами и поляками. Пытаясь найти выход из положения, они решили пойти на соглашение с последними. Договор московских бояр с поляками предусматривал передачу русского престола польскому царевичу Владиславу и унию России и Польши. Традиционное представление о потере независимости Россией в случае выполнения соглашения не вполне соответствует действительности. Приглашение монарха извне - обычная практика того времени в Европе. Другое дело - что договор не был выполнен польской стороной, намеревавшейся извлечь большие выгоды из "смуты" в России. Не встретила большой поддержки эта идея и в социальных низах, все более активно выражавших свое недовольство. Опасения открытого выступления заставило московское правительство согласиться на вступление поляков в Москву. На первых порах польские отряды старались выполнить условия пребывания в столице, однако вскоре стали вести себя все более развязно. К этому добавилось продолжение, вопреки соглашению, осады Сигизмундом Смоленска, ясно показавшее нежелание польской стороны действовать в соответствии с договоренностью. Тем самым, все очевиднее становилось нарастание угрозы национальной катастрофы - возможности реальной утраты государственного суверенитета.