О евреях Центральной Азии в этот период информации почти нет. По образному выражению американских исследователей Деборы и Менахема Хакоэн, "с приходом монгольских орд занавес над сценой бухарско-еврейской истории опустился на целых три столетия". Из нескольких дошедших до нас отрывочных фактов и эпизодов можно в самых общих чертах нарисовать следующую картину.
Главный удар монгольские кочевники нанесли ненавистным им городам и городской культуре, созданными людьми, ведущими осёдлый образ жизни. Евреи относились именно к этой категории и поэтому оказались - в числе других - в наихудшем положении. Очень многие погибли либо были угнаны в рабство. И лишь немногие, побросав имущество, спаслись, убегая в горы или в скрываясь в пустыне.
Излишне говорить, что монгольское нашествие отбросило на много лет назад цветущие государства Центральной Азии. Народы региона понесли огромные людские и материальные потери. Сама Бухара несколько раз подвергалась опустошительным набегам - 1220, 1263, 1276, 1282, 1316 гг. Во многих городах дикие орды не оставляли буквально камня на камне. Восстановление шло медленно и мучительно, пока, наконец, и эти завоеватели поняли, что без стройной системы управления и поступления налогов в казну невозможно сохранить доминирующие позиции. Постепенно монгольские ханы сближаются с остатками элитарных слоёв местного населения, обладавшими вековым опытом организации социально-экономической инфраструктуры осёдлого общества. Вчерашние разрушители всего и вся становятся покровителями купцов, ремесленников и земледельцев. Известны источники начала XIV в., согласно которых монголы вначале разрешали жить евреям, скажем в Ургенче (столице Хорезма), а позже уже приглашали их на постоянное жительство, "прельщая обещанием сохранить свободу вероисповедания". Это было началом очередного возрождения еврейства. Можно уже с полным основанием говорить "бухарского еврейства". Примером благожелательного, хоть и противоречивого отношения к евреям может служить жизнь и деятельность двух известных евреев той эпохи.
Са'д ад-Давла, не имевший себе равных по разносторонности дарований и масштабам деятельности. Изучив медицину, зная языки, вскоре он принимает участие в общественной и политической жизни. Через несколько лет он становится губернатором Месопотамии, и в 1287 г. - великим визирем государства Хулагуидов и на этом посту проводит важные реформы, улучшившие жизнь в государстве. В 1291 г., после тяжёлой болезни повелитель Аргун-хан умер и Са'д ад-Давла, ложно обвинённый в отравлении повелителя был казнён.
Рашид ад-Давла (согласно мировой историографии - Рашид ад-Дин), по необходимости принявший ислам, более 20 лет провёл в качестве визиря, фактически главой государства. Это был не только талантливый политик, но и выдающийся учёный. Он является автором энциклопедии по естествознанию, агро-и строительной технике и четырёх трактатов по мусульманской теологии. Особую ценность представляет труд "Джами'ат таварих" (Всемирная история), написанном на персидском, в котором содержится специальный раздел "История сынов Израиля".
В 1318 г. Рашид ад-Дин, после смерти монарха Уладжайт-хана, также ложно, как и предшественник, был обвинён в отравлении и казнён. Вместе с визирями были убиты и их родственники. Через 100 лет его останки, по приказу сына Тамерлана, был перезахоронены на еврейском кладбище. Необходимо отметить, что в годы правления этих выдающихся деятелей евреи пользовались статусом особого благоприятствования во всех делах и начинаниях.
Эпоха Амира Тимура и его внука Улугбека, оставивших в истории след не только как завоевателей, но и великих реформаторов и созидателей (конец XIV - середина XV вв.) дали среднеазиатским евреям огромный шанс в развитии ремесленничества, внутренней и, особенно внешней торговли. Развивались ткачество и окраска текстиля, в которых евреи не имели себе равных и секреты мастерства передавали по наследству. Евреи-купцы объединялись в товарищества, учреждали первоначальный капитал, арендовали или заводили собственные караваны, обзаводились собственной охраной. Налицо была более высокая степень организации торговли, позволявшая более успешно конкурировать на таком огромном даже по нынешним временам рынке, как Великий Шёлковый путь.
Но вскоре весы истории качнулись в другую сторону. В начале XVI в. к власти в Иране пришла династия Сефевидов (1502-1736 г.), которая, как никакая другая в истории Востока пылала лютой ненавистью к евреям. Кроме привычных уже обязательного ношения опознавательных знаков, запрета на изучении религиозной литературы, закрытия синагог и т. д. преследовались всякие связи с соплеменниками из других стран. Евреи Исфахана были поставлены перед выбором: принять ислам или немедленно покинуть город, бросив имущество и дела. Затем последовало принудительное обращение в ислам. Немногим удалось убежать, собрав семью и прихватив кое-что из домашнего скарба. Бежали в основном, в Маверанахр (территории современного Узбекистана и Таджикистана), известного веротерпимостью вследствие удалённости от тогдашних столиц.
Начало XVI в. ознаменовалось ещё одним событием, имевшим прямое отношение к истории бухарских евреев. Это было началом образования узбекских династий. При последних тимуридах некогда мощная мировая держава распалась на мелкие, враждебные друг другу удельные владения. После многих междоусобных войн обессилевшая Центральная Азия была завоёвана кочевыми племенами узбеков во главе с Мохаммадом Шейбани-ханом. Следующие почти три столетия прошли в перманентных войнах между кочевыми племенами за переделы территорий, сопровождавшимися разрушениями, убийствами и угоном в рабство огромного количества населения, общего упадка экономики. К середине XVIII в. практически сформировались три государства: Бухарский эмират, Кокандское и Хивинское ханства. Ситуация усугублялась ещё и тем, что узбеки, исповедующие ислам суннитского толка находились в жестокой оппозиции к шиитскому Ирану, что способствовало изоляции всех проживающих в регионе народов.
Вместе со всеми это в полной мере коснулось и бухарских евреев, что автоматически означало ещё и отрыв от главных культурных центров мировой диаспоры, вступивших в ту пору в эпоху эмансипации. Сложившаяся ситуация вызвала угасание очага еврейской жизни в "Сердце Азии". Над бухарскими евреями впервые нависла угроза полной ассимиляции и исчезновение одной из древнейших ветвей еврейского народа с этнической карты мира, казалось, было лишь вопросом времени.
Именно в этот драматический момент в Бухару в 1793 г. из марокканского города Тетуана прибыл рабби Иосиф Мамон ал-Магриби. Сын визиря султана Абдул Кадыра, он получил прекрасное образование, несколько лет проживший в Палестине, в Цфатской общине, считавшейся центром изучения каббалы, он направился в далёкую Бухару для сбора пожертвований (шалиах). Состояние, в котором он застал евреев, шокировало его, и он принял решение остаться, чтобы способствовать духовному возрождению местной общины. Как официальный посланник Земли Обетованной и одновременно духовный наставник, он терпеливо, шаг за шагом, стал внушать подопечным полузабытые ими основы иудаизма. Одновременно, с целью приобретения сефардской религиозной литературы он разослал письма в разные концы диаспоры - в Константинополь (Турция), в Ливорно (Италия), Вильно (Россия) и т. д. Вот, к примеру, одно из писем:
"К нашим братьям в России!
В ходе моего путешествия я добрался до Бухары и встретился там с группой наших собратьев по вере, которые стали моими учениками. Мы страстно желаем не золота, не серебра или каких-либо драгоценностей и мирских удовольствий, но услышать Слово нашего Г-спода. Однако мы не имеем ни манускриптов, ни книг, ни вообще какой-либо литературы, имеющей отношение к Закону. Поэтому я прошу переслать нам, по возможности быстрее, Библию, молитвенники и другую необходимую религиозную литературу. Все расходы по пересылке мы оплатим с большим удовольствием.
Ваш покорный слуга Иосиф Магриби".
Были открыты несколько начальных религиозных школ (хомло), затем иешив - религиозные академии, в которых готовились будущие раввины, канторы, шойхеты (резники) и другого рода служители культа. В Бухару был приглашён софер (ивр. - переписчик), который переписал Тору, как было положено - на пергаменте.
Активная и разносторонняя деятельность Иосифа Мамона была очень плодотворной. Европейские путешественники, побывавшие в Бухаре начала XIX в., писали, что "все бухарские евреи умеют читать и писать. Старательно изучают Тору и Талмуд". Бухару стали называть теперь "маленьким Иерусалимом", а Иосифа Мамона - "светочем Израиля". Вместе со своими сподвижниками - из числа подготовленных в Бухаре служителей культа - Мамон способствовал проведению религиозной реформы всего региона.
Сейчас, по прошествии времени можно с полным основанием сказать, что мой народ пережил свой Ренессанс. Всестороннее возрождение еврейской жизни коснулось всех городов Средней Азии. Количество евреев увеличивалось непрерывно, и не только за счёт повышения рождаемости. В Бухару и другие города региона в поисках убежища или работы стали стекаться евреи из других стран и городов Маверанахра. В 1839 г., после еврейских погромов в Иране, началось массовое их бегство, что ещё более подняло численность иудейского населения. Общины Бухары, Самарканда, Коканда и других городов росли и укреплялись, наиболее крупные из них насчитывали несколько тысяч человек. Восстановилось общинное самоуправление, регулировавшие правовые, административные и социальные вопросы. Староста (калонтар), являясь светским главой общины, избирался из наиболее зажиточных её членов. Особую заботу проявляли по отношению вдов и инвалидов. Строились новые синагоги, вмещавшие многие сотни прихожан (не будем забывать, что подростки после Бар-мицвы обязаны были посещать богослужение.). Кроме общеобразовательных и религиозных, возникали также и торговые школы, а впоследствии-- коммерческие училища (в Коканде, в основательном каменном здании еврейского коммерческого училища до 80-х годов XX в. располагался государственный педагогический институт). Центр еврейского квартала (махалли) в пятницу превращался в рынок, на котором можно было купить всё необходимое для празднования субботы.