Ряд станиц принципиально отказались участвовать в происходившем — как было заявлено в наказе делегатам в Малый войсковой круг от ряда станиц, "впредь до выяснения дела о гражданской войне оставаться нейтральными" 7. Однако, остаться нейтральными, не вмешиваться в начавшуюся в стране гражданскую войну казакам всё же не удалось. Крестьянство на том этапе тоже можно полагать нейтральным, в том смысле, что основная часть его, решив так или иначе в течение 1917 г. земельный вопрос, несколько успокоилась, и не спешила активно принимать чью бы то ни было сторону. Но если противоборствующим силам в тот период было не до крестьян, то о казаках они забыть никак не могли. Тысячи и десятки тысяч вооружённых, обученных военному делу людей, представляли собой силу, не учитывать которую было невозможно (осенью 1917 г. в армии было 162 конных казачьих полка, 171 отдельная сотня и 24 пеших батальона). Острое противостояние красных и белых в итоге дошло до казачьих областей. В первую очередь это произошло на Юге и на Урале. На ход событий влияли местные условия. Так, наиболее ожесточённой борьба была на Дону, куда после Октября произошёл массовый исход антибольшевистских сил и, кроме того, этот регион был ближе всего к центру.
Обе противоборствующие стороны активно старались перетянуть казаков к себе (или, по крайней мере, не пустить к противнику). Велась активная агитация словом и делом. Белые делали акцент на сохранении вольностей, казачьих традиций, самобытности и проч. Красные — на общность целей социалистической революции для всех трудящиеся, товарищеских чувствах казаков-фронтовиков к солдатам. В.Ф.Мамонов обращал внимание на схожесть элементов религиозного сознания в агитации красных и белых, а также методов пропагандистской работы 8. Вообще же, искренними не были ни те, ни другие. Всех в первую очередь интересовал боевой потенциал казачьих войск.
В принципе казачество однозначно не поддержало никого. Относительно того, насколько активно казаки присоединялись к тому или иному лагерю, обобщённых данных нет. Практически полностью поднялось Уральское войско, выставившее к ноябрю 1918 г. 18 полков (до 10 тыс. сабель) 9. Оренбургское казачье войско выставило девять полков — к осени 1918 г. в строю было 10 904 казака. Призыв дал примерно 18 % от общего числа боеспособных казаков Оренбургского войска 10. Тогда же, осенью 1918 г., в рядах белых было примерно 50 тыс. донских и 35,5 тыс. кубанских казаков 11.
По данным В.Ф.Мамонова, на Южном Урале весной 1918 г. были созданы 1-й Советский Оренбургский трудового казачества полк (до 1000 человек), пять красноказачьих отрядов в Троицке (до 500 человек), отряды И. и Н.Кашириных в Верхнеуральске (около 300 человек). К осени на стороне красных было более 4 тысяч оренбургских казаков 12. В сентябре 1918 г. на Южном фронте действовало 14 красноказачьих полков. Отметим, что речь идёт о формированиях, называвшихся полками — но нет точных данных о численности военнослужащих в таковых. К февралю 1919 г. в Красной армии было 7 — 8 тыс. казаков, объединённых в 9 полков. В докладе казачьего отдела ВЦИК, составленном в конце 1919 г., делался вывод, что красное казачество составляло 20 % от общего числа, и от 70 до 80 % казаков по разным мотивам было на стороне белых 13.
Может быть, это прозвучит несколько парадоксально, но нейтралитет казаков не устраивал никого. Самой силой обстоятельств казачество было обречено на участие в братоубийственной войне 14.
Воюющие стороны требовали от казаков выбора: и словом ("Так знайте же, кто не с нами, тот против нас. Нам нужно окончательно договориться: или идите вместе с нами или берите винтовки и сражайтесь против нас", — заявлял председатель Оренбургского ВРК С.Цвиллинг на 1-м губернском съезде Советов 12 марта 1918 г. 15) и делом, стремясь силой заставить казаков присоединиться к борьбе.
В условиях, когда казачество выжидало, у коммунистов был реальный шанс покончить с вооружённым противостоянием. Большинство казаков всё же предпочитало оставаться нейтральными. Однако стереотипы представлений о казаках, политическая нетерпимость, ошибки в политике привели к кризису. Он назревал постепенно, поэтапно. Это хорошо видно на примере событий в Оренбуржье. В первые три дня после вхождения в Оренбург Красной гвардии несколько десятков станиц заявили о признании советской власти. Но оренбургские большевики не искали диалога с казачеством, требуя исключительно подчинения. Рассылка по ближайшим станицам продотрядов привела к возникновению партизанских отрядов "самозащиты". ВРК 3 марта 1918 г. пригрозил, что если "какая-нибудь станица окажет содействие контрреволюционным партизанским отрядам приютом, укрывательством, продовольствием и пр., то станица такая будет уничтожаться беспощадно артиллерийским огнем" 16. Угроза была подкреплена взятием заложников. С 23 марта, по свидетельству очевидцев, в городе началась настоящая "охота на казаков" 17. Совершались массовые убийства исключительно за принадлежность к казачьему сословию — это были преимущественно инвалиды, пожилые, больные люди. Как ответная мера — уничтожение нескольких продотрядов в казачьих станицах.
Следующий этап — набег партизанских отрядов на Оренбург в ночь с 3 по 4 апреля. Партизаны удерживали несколько улиц в течении нескольких часов, потом отошли. Ненависть, подозрительность и страх вновь всколыхнулись — как следствие, опять начались расправы над казаками без суда. В казачьем Форштадте три дня продолжались самосуды. Начались облавы по близлежащим станицам, аресты священников казачьих приходов, расстрелы "враждебных элементов", контрибуции и реквизиции. Артиллерийским огнём было уничтожено 19 станиц. Станицы запаниковали. Потоком пошли протоколы станиц о желании начать мирные переговоры. В протоколе общего собрания ст. Каменно-Озёрной было показательное замечание: "мы меж двух огней" 18.
Однако коммунистические власти ответили очередным ультиматумом, пригрозив "беспощадным красным террором": "Виновные станицы" будут "без всякого разбора виновных и невиновных сметаться с лица земли" 19.
На съезде трудового казачества 8 мая казаки поставили очень остро вопрос об отношении к ним — "нас, казаков большевики не признают"; "слово "казак" и с арестованным расчёты коротки". Приводились многочисленные факты насилия в отношении казаков. Собравшиеся требовали прекращения неоправданных арестов и расстрелов, реквизиций и конфискаций. Но даже в конце мая губисполком и военно-революционный штаб принимали постановления, требуя прекратить продолжающиеся самосуды и разрушения станиц. Подобные действия оттолкнули казаков от советов, подтолкнули колеблющихся. Отряды самообороны стали основой армии КОМУЧа.
Сходная ситуация имела место на Дону: в станице Вёшенской в конце 1918 г. произошло восстание против белых. В ночь на 11 марта 1919 г. восстание вспыхнуло вновь, теперь уже по причине недовольства политикой большевиков.
Несмотря на совершенно различные, казалось бы, цели, обе стороны действовали практически одними методами. В начале 1918 г. Оренбург в течении нескольких месяцев был под контролем красных, затем в город вступил атаман А.Дутов. Порядки, им устанавливаемые, были удивительным образом схожи с порядками, насаждавшимися коммунистическими властями. Современники подметили это почти сразу же — в меньшевистской газете "Народное дело" появилась статья с характерным названием "Большевизм на изнанку" 20. Из местных органов власти были тут же изгнаны политические противники. Введена цензура. Налагались контрибуции: коммунисты потребовали с оренбургской буржуазии 110 млн.руб., Покровской станицы — 500 тыс., трёх других — 560 тыс. Дутов — 200 тыс. руб. с пригородных слобод и иногородних жителей казачьего Форштадта. Появился институт заложничества: красные брали из "эксплуататорских классов", белые — "из кандидатов в будущие комитеты бедноты и комиссары" 21. Происходили аресты по классовому признаку: красные арестовывали казаков и буржуазию, белые — рабочих и за "активное участие в шайке, именующей себя большевиками". Обе стороны легко нарушали принципы традиционной законности. Так, "расстрельный" приказ Дутова, объявленный 21 июня, распространялся "на все преступления, совершённые с 18 января с.г., т.е. со дня захвата большевиками власти в г.Оренбурге" 22. Трибуналы красных, в свою очередь, опирались на "революционное правосознание".
Симптоматично, что в равной мере от тех и других пострадали казаки, пытавшиеся вести диалог с властью. Почти сразу после занятия Оренбурга красными была закрыта казачья газета, бывшая в оппозиции атаману Дутову, арестованы казаки, выступавшие за диалог с Советами. Распущен исполком Совета казачьих депутатов. Позднее эти же люди были репрессированы Дутовым.
Свою слабость стороны маскировали угрозами. Оренбургский ВРК обратился к казакам с ультиматумом, требуя в два дня "сдать вооружение" и "каждого человека вредного из своих членов". За неисполнение штаб угрожал расстрелом станиц "артиллерийским огнем и снарядами и удушливыми газами". За убийство или покушение на красногвардейца грозили расстрелом всей станицы: "за одного — сто человек". В новом ультиматуме через несколько дней штаб опять угрожал "беспощадным красным террором" 23.
Ещё одним свидетельством слабости можно считать готовность, с которой стороны относили свои провалы на счёт успехов другой стороны. Большевики всё более становились своеобразным "жупелом", которым атаманы запугивали казаков в своих интересах. Любое несогласие с атаманом в итоге стало приписываться влиянию большевиков, как это было, например, в Оренбурге с 4-м полком. Было предложено его распустить, "как распропагандированный большевиками", хотя на деле казаки этого полка только выступили с претензиями к Кругу 24. Факт наличия у партизан, совершивших набег на Оренбург 4 апреля 1918 г., белых повязок был истолкован коммунистами как признак белой гвардии. Логика последующих рассуждений: белая гвардия — это буржуазия, офицеры; следовательно, набег совершён казачьими офицерами, кулачьём и т.п. В итоге всё случившееся было объявлено деянием Дутова, который не имел к этому никакого отношения.