В критический момент борьбы московские власти проявили максимум решимости и организованности, тогда как действия их противников оказались неэффективными. Искушенный в политических интригах Василий Шуйский и поддержавшие его церковные иерархи сумели убедить москвичей, в неизбежности жестокой мести за свержение Лжедмитрия I. Решимости столичного посада стоять до конца против мятежной рати не смогли поколебать ни проникающие в город вражеские лазутчики, ни распространяемые восставшими прокламации - "воровские листы", как называл их патриарх Гермоген.
Посадские люди, участвовавшие в начавшихся в повстанческом лагере у с. Коломенского переговорах, также говорили с мятежниками твердо и убедительно. На все утверждения Болотникова о том, что он видел в Польше "царя Димитрия" москвичи отвечали: "Это несомненно другой, мы того Димитрия убили". Подобная уверенность не могла не произвести определенного впечатления на соратников Болотникова, особенно из числа рязанских и тульских служилых людей. Вскоре монолитное антиправительственное движение окончательно распалось.
Воспользовавшись установившейся на период переговоров мирной передышкой, московское правительство сумело собрать войска. В столицу прибыли дворянские ополчения из Смоленска, Дорогобужа, Белой и Вязьмы. Армия Шуйского росла, армия Болотникова слабела - 15 ноября 1606 г. на сторону московского царя перешли дворянские отряды П.П. Ляпунова и Г.Ф. Сумбулова.
Решающее сражение под Москвой началось 30 ноября. Длившаяся с перерывами в течение трех дней, упорная битва завершилась лишь 2 декабря разгромом главных сил повстанческой армии. Решающую роль в поражении мятежников сыграли два фактора: во-первых, недюжинное полководческое дарование, выказанное молодым московским воеводой М.В. Скопиным-Шуйским, во-вторых, переход на сторону правительственных войск отряда И.И. Пашкова.
После поражения остатки армии Болотникова отступили в Калугу, а затем в Тулу, под защиту крепких стен здешнего Кремля. Наступил последний этап восстания. 21 мая 1607 г. во главе большой армии на Тулу, "на свое государево и земское дело", выступил царь Василий Иванович. Четыре месяца отряды Болотникова и Лжепетра обороняли город. Лишь реализация замысла сына боярского И. Кровкова, предложившего запрудить р. Упу и затопить Тулу, помогла сломить сопротивление повстанцев. 10 октября 1607 г. они сдались, выдав царю своих вождей. Некоторые участники этого движения - И.М. Заруцкий, А.З. Просовецкий, многие рядовые повстанцы, уцелевшие после его разгрома - продолжали борьбу с правительством В.И. Шуйского в рядах польско-казачьего войска Лжедмитрия II.
Новый самозванец появился весной 1607 г. в неспокойной Северской земле в г.Стародубе. В его войско стали стекаться не только казаки (и в их числе уцелевшие болотниковцы), но и поляки, и литовцы, участвовавшие в подавленном властями Речи Посполитой "рокоше" против короля Сигизмунда III. В начале сентября 1607 г. собравшееся под знаменами Лжедмитрия II войско выступило в поход. Командовал его армией польский полковник М. Меховецкий, приведший к самозванцу отряд из 700 кавалеристов. 15 сентября Лжедмитрий II занял Почеп, 20 сентября - Брянск. После этого войско самозванца направилось к Карачеву, где соединилось с запорожским отрядом. 8 октября произошло первое сражение с русскими правительственными войсками, осаждавшими г. Козельск. Командовавший ими воевода В.Ф. Литвин-Мосальский был застигнут врасплох и вынужден был отступить, бросив обоз. В бою под Козельском в плен попал находившийся на московской службе литовец М. Мизинов. Победа воодушевила сторонников самозванца и на его сторону перешли города Дедилов, Крапивна, Епифань и Белев. Заняв эти крепости отряды Лжедмитрия II стали выдвигаться в направлении Тулы, где защищались Лжепетр и И.И. Болотников. Армия самозванца росла и к концу первого похода составила, по подсчетам И.С. Шепелева, 8 тыс. человек (3 тыс. русских и 5 тыс. поляков). Такой численности войска было явно недостаточно для серьезных операций, поэтому, узнав о падении Тулы, и, не представляя куда двинется стоявшая там большая армия Шуйского, Лжедмитрий II прекратил наступление. Его авангарды, находившиеся уже у Епифани отошли на соединение с главными силами. Затем самозванец очистил Белев и Козельск и ушел в Карачев. Тревога не покидала его, поэтому, оставив и этот город, он направился к северским крепостям. Но, на пути в Трубчевск, 22 октября в с. Лабушеве Комарицкой волости к нему пришли новые отряды польских и литовских рокошан под началом В. Валавского и С. Тышкевича. Получив подкрепление, Лжедмитрий II вернулся к Брянску, который оказался занятым и заново укрепленным правительственными войсками. 9 ноября началась осада города, на выручку которому пришли полки из Мещовска (кн. В.Ф. Литвин-Масальский) и Москвы (кн. И.С. Куракин). 15 ноября произошло ожесточенное сражение под Брянском. Форсировав Десну, русские воеводы атаковали противника, и хотя разбить его не смогли, но доставили в город продовольствие и боевые припасы. Потерпев неудачу, самозванец ушел на зимовку в Орел, где его армия продолжала пополняться литовскими и польскими шляхетскими дружинами. Зимой 1607/1608 гг к Лжедмитрию II пришли полки А. Вишневецкого, С. Хруслинского, С. Тышкевича, В. Валавского и др. польских и литовских военачальников. Настоящее войско привел в Орел кн. Р. Рожинский. Оно насчитывало 4 тыс. человек. По праву сильного Рожинский сверг М. Меховецкого и стал новым военным вождем армии Лжедмитрия II. Его войска пополнили и казаки. Зимой 1607/1608 гг. в Орел прибыло 5000 донских и 3000 запорожских казаков, приведенных атаманом И.М. Заруцким. К весне 1608 г. численность находившегося под командованием гетмана Рожинского войска достигла 27 тыс. человек.
После Тульской победы царь Василий Иванович недооценил нависшей над страной угрозы. Лишь в апреле 1608 г. он двинул против самозванца 40-тысячную армию под командованием кн. Д.И. Шуйского. Решающее сражение произошло 30 апреля - 1 мая (10-11 мая) 1608 г. в 10 верстах от Болхова на р. Каменке Началось оно ударом авангарда армии Лжедмитрия II, состоявшего из шляхетских гусарских рот панов Рудского, Велегловского и казачьих сотен. Атака разбилась о встречный натиск полков русской дворянской конницы и наемных немецких рот. От поражения сторонников самозванца спасло прибытие главных сил. Полки А. Рожинского (племянника главнокомандующего) и В. Валавского опрокинули русский Передовой полк кн. В.В. Голицына. Однако развить этот успех противнику не удалось. На выручку разбитому Передовому полку пришел воевода И.С. Куракин, один из лучших полководцев своего времени, в сражении под Болховым командовавший Сторожевым полком. Противник был остановлен, после чего измотанные маршем и трудным боем поляки прекратили свои атаки. Возобновилось сражение на рассвете следующего дня. Русские воеводы удачно разместили свое войско в укрепленном обозе, подступы к которому с фронта прикрывало большое болото. Лобовые атаки польско-казацкого войска закончились неудачей. Тогда, извещенный изменником Н. Лихаревым о силах русского войска и расположении его полков, гетман Рожинский двинул свои резервы во фланг армии Д.И. Шуйского. Чтобы устрашить русских воевод он приказал включить в этот отряд обозные телеги, укрепив на них боевые знамена. Встревоженный приближением нового неприятельского войска, Шуйский начал поспешно отводить "наряд" к Болхову. Почувствовав замешательство в действиях правительственных войск, противник перешел в решительное наступление и в нескольких местах прорвал фронт русских полков. Разгромленная армия Дмитрия Шуйского бежала. Поляки преследовали ее на протяжении 25 верст до расположенной за Болховым засеки. 2 мая началась осада Болхова, где оборонялся 5-тысячный русский гарнизон во главе с Ф. Гедройцем, а 4 мая, после начала бомбардировки города осажденные сдались, признав самозванца своим государем и присоединившись к его армии.
После победы под Болховым путь к Москве был открыт и Лжедмитрий II, а точнее польские и литовские предводители его войска не замедлили воспользоваться открывшейся перед ними возможностью. Козельск и Калуга добровольно приняли "царя Димитрия", Борисов был оставлен своими жителями. Только под Можайском самозване встретил первое сопротивление, но быстро овладел городом, по-видимому, с помощью захваченного в Болхове "наряда". Встревоженный сложившейся ситуацией, Василий Шуйский отстранил своего брата от командования армией и, поставив во главе ее М.В. Скопина-Шуйского, направил его навстречу самозванцу - к р. Незнань. Однако битвы не произошло. В полках был открыт антиправительственный заговор. Его главных участников: кн. И.М. Катырева-Ростовского, кн. Ю.Н. Трубецкого и И.Ф. Троекурова под арестом отослали в Москву Озабоченный этим обстоятельством, царь отвел стоявшую на Незнани армию в столицу.