Самым торжественным было шестое заседание 25 октября, на которое прибыли царь и царица с многочисленной свитой, и на котором происходило официальное утверждение вероопределения. Таким образом, решены были два вопроса, для которых, собственно, и собирался IV Вселенский собор: разобрано дело о разбойничьем соборе и о самовольных действиях Диоскора и составлено определение веры по христологическому вопросу, наделавшему много смут в Церкви. По связи с этими двумя главными следствиями деятельности собора нужно рассматривать определения по отношению к отдельным лицам. Таково определение по отношению к блаженному Феодориту осужденному собором Диоскора и восстановленному в са-не Халкидонским собором; таково же определение относительно Ивы, епископа эдесского. Некоторым нарушением строя представлялось на соборе положение египетских епископов, по случаю низложения Диоскора оставшихся как бы без руководителя. Но им было предоставлено дать свои подписи впоследствии, когда будет поставлен на александрийскую кафедру новый архиепископ.
Халкидонский собор продолжался до 1 ноября включительно, когда происходило последнее и заключительное его заседание. На этом заседании произошел довольно неприятный инцидент, вызванный протестом папских легатов против некоторых соборных постановлений, касающихся канонических правил. Именно епископ Пасхасия сказал, что «вчера, после удаления с собора царских уполномоченных и папских легатов, составлены, по-видимому, какие-то акты, которые мы находим происшедшими вопреки канонам и церковной дисциплине. Следует прочесть их, чтобы все собрание могло судить, правильны они или нет». Тогда с разрешения царских уполномоченных архидиакон Аэций объяснил, что были приведены в порядок акты, касающиеся веры. «Вошло в обычай, — продолжал он, — что после решения главных вопросов обсуждаются и утверждаются и некоторые другие необходимые дела. Такие дела есть и в Церкви Константинопольской, и мы предлагали епископам Рима принять участие в обсуждении оных, но они уклонились, ссылаясь на то, что не получили на то полномочий. Об этом было доложено царским уполномоченным, которые разрешили предложить на обсуждение собора, что окажется потребным. Так как собор единогласно постановил заняться этими делами, то ясно, что деяния его не составляют тайны и не сделаны украдкой, но происходили в полном и каноническом порядке».
После этого заявления было прочитано известное 28-е правило Халкидонского собора, состоящее в следующем: «Во всем согласуясь с постановлениями святых отцов и принимая во внимание только что прочитанный канон 150 боголюбезнейших епископов, то же самое и мы определяем по отношению к преимуществам святейшей Церкви Константинополя, нового Рима. Святые отцы по справедливости наделили преимуществами кафедру древнего Рима как императорской столицы, подобными же основаниями руководимые 150 боголюбезнейших епископов таковые же преимущества уделили святейшему трону нового Рима, с полным основанием рассуждая, что город, удостоившийся чести иметь у себя царство и сенат и пользующийся одинаковыми преимуществами с Римом, древним столичным городом, должен и в церковном отношении быть поставлен на ту же высоту, как Рим, и быть вторым после него. Посему определяем, чтобы вышепоименованный святейший престол Константинопольской святейшей Церкви имел право посвящать митрополитов диоцез Понта, Азии и Фракии, а в тех областях этих епархий, которые заняты варварами, и епископов. Каждый митрополит названных диоцез посвящает епархиальных епископов в соучастии епископов епархии, согласно божественным канонам; что же касается митрополитов вышесказанных диоцез, то они, как объяснено, принимают хиротонию от архиепископа Константинополя, после того как получат по обычаю законное избрание, и когда представлено будет об этом уведомление».
Прежде чем излагать последовавшие на соборе пререкания по поводу 28-го канона и связанную с ним переписку между папой и императором, остановимся вниманием на содержании этого акта, бесспорно составляющего эпоху, в истории Византии по его разнообразным последствиям и приложениям, частью в ближайшие столетия, а частью и весьма отдаленные от V в. Значение этого канона важно по политическим из него выводам. Собственно, канон редактирован применительно к случаям, уже имевшим место в практике и соответственно историческим притязаниям Константинополя. Нельзя, кроме того, не указать на весьма выгодную именно для Константинополя постановку вопроса об усвояемых ему церковных преимуществах ради его гражданских и политических прав. Идет речь не об уравнении его в правах с старым Римом, хотя и он также стал столицей империи, а лишь о возвышении его в чести и о назначении ему места прямо после Рима. Составитель окончательной редакции этого канона как будто предвидел, что скоро наступит пора, когда древний Рим не будет более пользоваться теми политическими преимуществами, ради которых ему усвояются преимущественная честь и преобладание, и что тогда новый Рим будет иметь все основания претендовать на его положение в христианском мире. Известно, что эту точку зрения приводил в IX в. патриарх Фотий в своем споре с Римом. Не менее важные последствия могли быть выведены из той части рассматриваемого канона, которая предоставляет константинопольскому архиепископу право посвящения епископов в тех областях Понта, Азии и Фракии, которые заселены варварами. Достаточно припомнить, что сюда могли относиться все христианские миссии на Востоке, в Южной России и на Балканском полуострове и все те приобретения восточного духовенства, которые с течением времени могли быть сделаны в указанных областях. Во всяком случае на этой точке зрения стоят последующие греческие канонисты, отстаивающие права константинопольского патриархата. Вот в кратких словах всемирно-историческое значение 28-го канона, который был заслушан в Халкидоне 1 ноября 451 г.
Когда прочитано было 28-е правило, римские легаты заявили, что оно незаконно и стоит в противоречии с постановлением Никейского собора, что отцы собора введены в обман, подписавшись под этим правилом. Но оказалось, что под протоколом заседания находится до 200 подписей, причем многие подписались за нескольких членов. Императорские уполномоченные пригласили обе партии представить подлинные акты, на которых основываются их положения. Прочитаны 6-е правило Никейского и 1—3 правила Константинопольского собора. Так как в пользу притязаний константинопольской кафедры определенно говорило только 3-е правило Константинопольского собора, то папские легаты утверждали, что Рим не знал и не утверждал подобного правила. «Если бы, — говорили они, — эти преимущества были за Константинополем, то не настояло бы необходимости вновь подтверждать их, а если их не было, то их следует отвергнуть как неканоническое нововведение». В конце концов, оказывалось, что обе партии основывались на канонах, только римская на 6-м правиле никейском, а греческая на 3-м правиле константинопольском. Примирить партии не было возможно; ссылка на то, что подписи под 28-м правилом были вынужденные, также не подтвердилась. Тогда царские уполномоченные предложили следующий проект определения. На основании вышеизложенного и принимая во внимание показания обеих сторон, «мы признаем, что первенство перед всеми и преимущество чести по канонам сохраняется за боголюбезнейшим архиепископом старого Рима, но что и честнейший архиепископ Константинополя, нового Рима, должен пользоваться теми же преимуществами чести, и что ему принадлежит самостоятельная власть в праве рукоположения митрополитов провинций Азии, Понта и Фракии при том условии, чтобы назначение происходило между клириками каждой митрополии, ктиторами и лучшими гражданами, а равно благочестивейшими епископами каждой епархии, и чтобы по избрании достойного для занятия митрополичьей кафедры уведомить об этом архиепископа Константинополя, от которого будет зависеть, пригласить ли его в Константинополь для посвящения, или предоставить посвящение епископам епархии...» Собор единогласно принял это определение, сопровождая его многолетием императору. Папский легат епископ Люценций сделал следующее заявление: «Апостольский престол препоручил нам присутствовать на всех заседаниях. Таким образом, если что во вчерашнем заседании в нашем отсутствии принято было вопреки канонов, то просим считать это как бы несостоявшимся. В противном случае наш протест просим внести в соборные акты, дабы нам знать, какой сделать Дот клад апостольскому и всей Церкви начальствующему епископу, дабы он сам принял решение как об оскорблении, нанесенном его престолу, так и о нарушении канонов». Этим протестом закончился Халкидонский собор.