В сентябре 1992 года Алия был заключён под домашний арест после публикации в оппозиционной социалистической газете "24 часа" его статей, критикующих демократическое правительство, а в январе 1993 года 73-летняя вдова Энвера Ходжи Неджмие Ходжа была приговорена к 9 годам тюремного заключения за расхищение правительственных фондов в период между 1985 и 1990 годами. В августе 1993 года лидер Социалистической партии Албании Фатос Нано был арестован по обвинению в коррупции и приговорён к 12 годам тюрьмы. Лица, сотрудничавшие со старым режимом, подвергались гонениям, а их рабочие места были отданы сторонникам Демократической партии (несмотря на то, что Бериша и его ближайшее окружение сами когда-то были коммунистами). В ноябре 1993 года международная организация "Эмнисти Интсрнейшнл" опубликовала заключение, в котором указывалось на рост нарушений прав человека и гонений на политической почве. Тем временем сын короля Зога I, проживающий в Южной Африке, начал добиваться для себя албанского трона.
В середине 1992 года Албания подписала с Турцией соглашение о военной помощи, а в декабре присоединилась к Международной Исламской конференции. Ориентация в сторону исламских государств имела под собой почву. Греческие националисты имеют претензии на Южную Албанию, которую называют Северный Эпир, а в середине 1993 года отношения с Грецией ухудшились из-за высылки из Албании непримиримого греческого епископа, требовавшего автономии для греческих жителей Албании. В отместку Афины изгнали из Греции 20 000 албанских эмигрантов.
Президент Бериша обрушился на Сербию, притеснявшую албанское большинство в Косово, И призвал ООН послать туда миротворческие силы.
Нестабильность в приграничных районах способствовала деятельности бандитских группировок (особенно в между Кукесом и Тропоей) промышлявших контрабандой оружия и товаров, грабежами и вымогательствами на дорогах. Только к концу лета 1999 правительство Майко сумело вернуться к внутренним проблемам. Полицией были разгромлены большинство преступных групп. Возобновила участие в работе парламента фракция ДПА. В то же время внутри основных политических сил наметился раскол. На чрезвычайном съезде СПА в октябре 1999 Нано, ранее ушедший с поста председателя партии, одержал победу над Майко, после чего тот вынужден был исполнить свое предвыборное обещание подать в отставку с поста премьер-министра, если его не изберут председателем партии. Формирование нового правительства поручили его заместителю Илиру Мете, ставшему самым молодым премьер-министром в Европе. В программе правительства, одобренной парламентом в ноябре 1999, основное внимание было сосредоточено на вопросах обеспечения в стране общественного порядка и безопасности, решения социальных задач, развития транспортной инфраструктуры, ускорения процесса приватизации (прежде всего, в горнодобывающих и топливно-энергетических отраслях). Предусматривалось усиление работы по привлечению иностранных инвестиций в экономику, а также по активизации процесса интеграции Албании в европейские и североатлантические структуры.
Выборы в органы местного самоуправления, которые состоялись 1 и 15 октября 2000, продемонстрировали, что, несмотря на сложное экономическое положение, правящая СПА сохранила поддержку большинства избирателей. Социалистам удалось получить более 52% голосов, победив в 252 из 398 избирательных участков. СПА возглавила 50 муниципалитетов и 218 коммун. Впервые с 1992 кандидат социалистов победил в столице. Призвавшая к частичному бойкоту голосования, ДПА получила 118 постов мэров городов и председателей коммун.
Столь же непросто проходили всеобщие выборы в парламент, состоявшиеся 24 июня и 8 июля 2001. Наблюдатели от ОБСЕ, Европейского союза и Совета Европы, а также от политических партий выразили общее неудовлетворение процессом проведения парламентских выборов, указывая на многочисленные нарушения. Согласно результатам, объявленным 21 августа, социалисты получили 73 из 140 мест, в то время как оппозиционный блок «Единство за победу», в который вошли ДПА, РПА, ЛДС, «Легитимность» и Национальный фронт, 46 мест. Демократы, ссылаясь на многочисленные подтасовки при подсчете голосов и давлении на оппозицию, 30 июля 2001 заявили, что не признают результатов выборов и будут бойкотировать заседания парламента.
В августе 2001 социалисты переизбрали Илира Мета премьер-министром, но разгоревшаяся внутрипартийная борьба стали причиной очередного правительственного кризиса. Под давлением Ф.Нано 29 января 2002 Илир Мета подал в отставку. Кабинет возглавил Пандели Майко. В июне 2002 в Албании состоялись очередные выборы президента, вызвавшие новое противостояние. После отказа Ф.Нано выдвигаться в президенты единственным кандидатом стал 74-летний отставной генерал Альфред Мойсю, в начале 1990-х годов бывший министром обороны переходного правительства, а в начале 21 века возглавивший «Албанскую атлантическую ассоциацию», отстаивающую идею скорейшего присоединения Албании к НАТО.
Спустя месяц после избрания президента, 25 июля, премьер-министр П.Майко ушел в отставку. В августе парламент одобрил состав нового кабинета, который вновь возглавил Ф.Нано, сохранивший за собой руководство Социалистической партией. В состав правительства были включены бывшие премьер-министры П.Майко, занявший пост министра обороны, и И.Мета, ставший министром иностранных дел. Деятельность правительства в течение всего следующего года сопровождали громкие скандалы. 18 июля 2003 ушел в отставку И.Мета. Несмотря на это, Социалистическая партия одержала победу на выборах в местные органы власти, состоявшиеся 12 октября 2003.
На пороге 21 в. страна столкнулась с системным кризисом и трудностями на пути к интеграции в современное мировое сообщество. До сих Албания является аграрно-индустриальной страной, в которой на долю промышленности приходится ок. 12% национального дохода, а сельского хозяйства – 56%. Как многие в Албании полагают, судьба страны во многом зависит от результатов решения проблемы преступности и коррупции, а также косовской проблемы, которые будут иметь немаловажное значение для ее политической и экономической стабилизации и налаживания внешнеэкономических связей.