В атмосфере всеобщей подавленности, царившей после поражения под Никополем, бароны в начале 1397 г. подняли свой первый мятеж в ответ на очевидные попытки Жигмонда освободиться от их власти. Возглавил его Лацкфи. Однако восстание было вскоре подавлено, поскольку большинство баронов все еще поддерживали короля. Тем не менее с 1399 г. Жигмонд время от времени был вынужден покидать страну, чтобы поддерживать порядок в Богемии, также раздираемой усобицами баронов. Он рассчитывал впоследствии получить богемский престол, поскольку у его брата Вацлава не было наследника. Длительное отсутствие правителя спровоцировало критическую ситуацию. Вернувшись в Венгрию в апреле 1401 г., Жигмонд был задержан по приказу палатина Детре Бебека и канцлера (а также эстергомского епископа) Яноша Канижаи в замке Буды. Когда он отказался убрать всех своих «иноземных» сторонников, ему было заявлено, что он арестован. Совет баронов и прелатов взял на себя всю полноту административной власти, равную прерогативам обладателя Священной венгерской короны. Совет, однако, не пришел к единому мнению насчет преемника Жигмонда (в числе претендентов называли имена короля польского Владислава II, австрийского князя Вильгельма, а также Владислава — неаполитанского короля, сына Карла Дураццо). Поэтому бароны оказались вынужденными вступить в новые переговоры с Жигмондом: ему предложили сохранить трон в ответ на обещание избавиться в своем дворе от большинства иностранцев.
Вскоре Жигмонд стал «сильнее, чем когда-либо прежде». По крайней мере, по мнению короля Богемии; он не сдержал своего обещания, и это заставило баронов предпринять последнюю попытку добиться его низложения. Когда Жигмонд заключил договор с Альбрехтом IV, герцогом Австрийским (по которому оба они получали права взаимного престолонаследования в случае кончины одного из них, а Альбрехт становился правителем Венгрии на время отлучек Жигмонда), оппозиция во главе с Бебеком и Канижаи вновь восстала, призвав на трон Владислава, короля Неаполя. Тот направил свои войска в Далмацию и в августе 1403 г. был коронован на венгерский престол в городе Задар. Мятеж охватил всю страну. К восставшим присоединились почти все бароны, поднявшиеся в период правления Анжуйской династии, а также их многочисленные фамилиары. Казалось, что они сильны как никогда. Однако эта многоглавая гидра была неспособна объединить свои усилия, тогда как королевские военачальники действовали целеустремленно и решительно. Большинство баронов быстро сдались, чтобы попасть под действие объявленной Жигмондом всеобщей амнистии, тогда как продолжавшие упорствовать были вынуждены расстаться со своей собственностью или отправиться в изгнание. Ни один из них не был казнен. Владислав не позднее ноября 1403 г. вернулся в Неаполь, оставив в Далмации в качестве правителя своего боснийского вассала Хрвою. Далмация стала единственной провинцией, в которой Жигмонду не удалось восстановить свою власть. В 1408 г. он разбил войска Хрвои и вернул себе большинство хорватских городов, но город Задар, несколько замков и крепостей, а также острова Владислав сумел удержать, а затем продал их Венеции вместе со своими правами на все далматинские города. К 1420 г. в результате целой череды войн Венеция отвоевала всю Далмацию, и, хотя полководцы Жигмонда несколько раз брали верх над войсками наемников республики, по мирному договору 1433 г. Далмация навсегда оказалась потерянной для Венгрии. Завоевания тем не менее были куда более впечатляющими. Борьба за власть прекратилась: ослабленные и деморализованные противники Жигмонда не представляли отныне никакой угрозы для его власти в течение всего его длительного правления. Теперь Жигмонд получил возможность приступить к реализации своих широкомасштабных планов по реформированию государства, которые должны были послужить основой для его не менее честолюбивых планов в области внешней политики.
Заложив фундамент политической стабильности, Жигмонд мог опираться на группу своих надежных сторонников, которая сложилась в процессе борьбы с баронами. Эта новая аристократия, помимо обширных владений и влиятельных должностей, которые она получила за свою службу, после 1403 г. обрела и иные формы связи с королем в результате заключенных с ним символических и даже династических союзов. В 1405 г. Жигмонд женился на Борбале — дочери Германа Циллеи, став свояком своего нового палатина Миклоша Гараи, а в 1408 г., после победы над Боснией, учредил рыцарское королевское «Общество Дракона» — своеобразную лигу придворных, состоявшую из правящей четы, а также 22 рыцарей, оказавших ему наибольшие услуги при подавлении восстания баронов. В то же время, хотя титул барона по-прежнему использовался в отношении богатых людей и людей высокого общественного положения, сами сановники более не получали при назначении служебные земельные пожалования (honor), становясь, таким образом, просто придворными советниками. Их должности и титулы отныне не гарантировали им обретения большой земельной собственности и региональной власти. Королевские замки управлялись теперь военачальниками, не участвующими в политической жизни двора. Закончилась и монопольная власть баронов над административно-государственным аппаратом. Король стал обращаться за советом и консультациями к «особым советникам», набираемым из компетентных иноземцев, из среднего дворянства и духовенства или из юристов, финансистов или военных экспертов, которые могли вообще не принадлежать к благородному сословию. Поскольку последняя категория за свои услуги получала не земельные наделы, а лишь жалованье, реорганизация Королевского совета, предпринятая Жигмондом, в значительной мере предвосхитила появление в далеком будущем сословия аппаратной бюрократии. Улучшение деятельности канцелярий всех палат в результате появления в них сотрудников-мирян не привело к превращению этих канцелярий в исполнительные органы центральной власти. Они только оформляли в письменном виде королевские указы; контроль за их исполнением возлагался на aularegia, не особенно изменившуюся со времен Анжуйской династии. Чтобы заставить ее более эффективно и профессионально работать, было изменено даже законодательство. К концу правления Жигмонда существовавшие по отдельности в королевской курии суды высшей инстанции были объединены в единый суд «личного присутствия короля» (фактически в суд королевской канцелярии), поскольку длительные отлучки Жигмонда в последние годы его правления потребовали делегирования еще и «личного присутствия короля», а суд казначейства, который при Анжуйской династии время от времени занимался делами вольных королевских городов, теперь должен был заниматься только ими и вследствие этого все больше и больше заполнялся простолюдинами.
По целому ряду причин города также были в числе наиболее надежных союзников Жигмонда в деле проведения политики консолидации. Населенные преимущественно иноземцами, в основном немцами, города в периоды обострения ненависти к иностранцам могли рассчитывать только на защиту короля, который и сам был иностранцем. Ослабление центральной власти, кроме того, могло обернуться для них потерей привилегированного положения. С другой стороны, поскольку с 1387 г, количество королевских замков катастрофически уменьшилось, в глазах короля резко возросло значение укрепленных городов, и то, что города не давали мятежникам укрытия за своими стенами, в определенной мере способствовало победе Жигмонда над баронами. Признавая это, он пытался увеличить число укрепленных городов (в 1400 г. их было около 20), а заодно и усилить их политическую роль. Именно при нем было завершено строительство городских стен в Коложваре (Клуж), Кешмарке (Кежмарок), Эперьеше (Прешов) и Бартфе (Бардеево). Тем не менее его план возвести фортификационные сооружения в некоторых торговых центрах, или оппидумах (по сути, в разросшихся поселках, где раз в неделю функционировал рынок и собирались годовые ярмарки), потерпел неудачу из-за отсутствия финансов. Но это не помешало Жигмонду совершить поистине неслыханное: в 1405 г. он созвал общенациональную ассамблею городских представителей, на которой были приняты важные постановления. Вольные города освобождались от таможенных сборов на местную торговлю (соответственно, г. Буда временно утратил свои исключительные права на сбор этих пошлин); иностранным купцам разрешалось вести только оптовые торговые операции; города получили право на собственное судопроизводство и юридически были подчинены одной высшей судебной инстанции — упомянутому ранее суду казначейства. После 1405 г. был разработан Кодекс Буды, заменивший в качестве образца городского законодательства старинный «закон Секешфехервара». Новый кодекс установил общие юридические нормы гражданского права для вольных городов. Все это в высшей степени способствовало росту экономического значения и процветанию городов, укреплению позиций богатых купцов-патрициев, прочно удерживавших в своих руках власть над городскими магистратами в условиях весьма робкого соперничества со стороны гильдий и цехов.
Тем не менее реформы Жигмонда не могли устранить все аномалии в процессе урбанизации Венгрии. Города в основном были маленькими. Самым многолюдным считалась Буда (около 8 тыс. жителей). Города не имели системы взаимосвязей. Все «настоящие» (т.е. обладающие хартиями) города, независимо от их размеров и значения, были построены на пересечениях торговых путей, ведущих в Австрию, Польшу и на Балканы. Поэтому на обширных территориях центральных районов страны вообще не было никаких городов. Более равномерно были распределены несколько сотен ярмарочных центров, где местные крестьяне имели возможность торговать своей продукцией и закупать необходимые товары, с особой инфраструктурой, позволявшей как местным жителям, так и окрестным селянам пользоваться ее социальными преимуществами и обретать несколько большую личную экономическую независимость. В то же самое время эти провинциальные базары и ярмарки способствовали децентрализации внутреннего рынка, пока еще весьма ограниченного. Столь же ограниченным, впрочем, было значение и самих этих ярмарок, целиком и полностью зависящих от воли землевладельца, на чьей земле они располагались, будь то помещичьи или же церковные владения.