После того как театр военных действий передвинулся в южные пограничные районы, ситуация внутри страны стала нормализовываться. Правительство Леопольда также разработало целый ряд мероприятий по реализации своих планов. На заседании государственного собрания в 1687 г., когда делегатам еще памятны были виселицы, установленные Караффой в Эперьеше, венгерское дворянство и сословия вели себя еще вполне покладисто. Они охотно согласились с требованиями императора изменить конституцию страны, выразили ему глубокую признательность за то, что он вмешался на их стороне в войну с турками и передали Габсбургам право наследования венгерского престола, отрекшись от собственного права восставать против власти - права, дарованного им Золотой буллой 1222 г.
Покорность венгерского государственного собрания можно было принять за жест доброй воли и основу для совместного управления новыми владениями Габсбургов как представителями венского двора, так и местных элит, сохранивших значительную часть своих прав на земли, бывшие под турками. Но Леопольд, во многом лично повинный в ухудшении отношений между Габсбургами и Венгрией, так не считал. Из всех многочисленных предложений он выбрал только те, которые имели целью переломить хребет венгерскому парламентаризму, и не шел ни на какие реформы. Вена от своих новых владений ждала в основном денег, чтобы покрыть дефицит бюджета, взмывший до 30 млн. форинтов в результате долгов, наделанных за время войны. Вся полнота власти над новыми территориями была отдана Имперской палате, которая и создала особую "Комиссию по новым приобретениям" {NeoacquisticaCommissio). Эта комиссия потребовала, чтобы все землевладельцы, имевшие собственность в освобожденных районах, предоставили документальные свидетельства законности своих прав. Тем, кто смог это сделать, было предложено заплатить репарацию за ущерб, принесенный Австрии войной. Таким образом, многие поместья были проданы с аукционов иностранным генералам, аристократам и армейским снабженцам. Все венгерские полки были расформированы, как и гарнизоны внутренних крепостей, подлежавших разрушению. Защита новой южной линии обороны была доверена примерно 200 тыс. сербам, бежавшим во главе с патриархом Арсением Черноевичем на север в 1689 г. во время последнего возвращения турок. Люди в целом чувствовали, что все мероприятия Леопольда по заселению обезлюдевшей Среднедунайской равнины и Задунавья были направлены именно против венгров, которых он считал чересчур беспокойным, мятежным народом. Немцы-католики (в Венгрии их стали называть "швабами") были расселены в Задунавье, тевтонский орден в качестве залога получил обширные земли между Дунаем и Тисой, а православным сербам Черноевича были дарованы существенные гражданские права и церковная автономия. Венграм-протестантам в этом было решительно отказано. Наступила "власть (католических) попов", как пелось в венгерских народных песнях.
Первая волна недовольства выплеснулась уже весной 1697 г., когда бывшие офицеры Тёкели после подготовки, занявшей у них чуть более года, собрали достаточно сил, чтобы начать восстание среди крестьян Токайского винодельческого региона, который, пережив турецкое иго и до последнего времени сохранив какие-то остатки былого экономического процветания, теперь оказался нищим из-за тяжелейших налогов. Восстание было подавлено, так как его организаторы не смогли заручиться поддержкой обеспеченных людей, особенно молодого Ференца Ракоци, которого приглашали возглавить движение. Внук князя Трансильвании Дьёрдя II и пасынок Тёкели был разлучен со своей матерью Илоной Зриньи после падения замка Мункач. Он получил воспитание и образование, достойные княжеского отпрыска и придворного аристократа, в школе иезуитов в Южной Богемии, а затем в Пражском университете. Сам будучи герцогом "Священной Римской империи", он женился на немецкой герцогине и чувствовал себя довольно неуютно на родине, когда вернулся в 1694 г. в свои обширные владения в Верхней Венгрии. Отвергнув предложение куруцев, он тотчас же поспешил в Вену, чтобы снять с себя подозрения, и даже хотел обменять свои домены на собственность в Германии. В этом ему было отказано, и он вернулся с целью восстановить и модернизировать свое хозяйство.
Регулярное общение с соседями - в основном с магнатами-протестантами, которые, не войдя в узкий круг венгерских аристократов, допущенных к государственным должностям, с особой остротой чувствовали на себе экономическое, правовое и религиозное давление габсбургского двора,- за два года совершенно изменило его взгляды. Особое влияние оказал на него Миклош Берченьи, пробудивший в нем чувства княжеского долга и ответственности перед своей страной. Когда в 1700 г. Людовик XIV заявил права династии Бурбонов на испанский престол, незанятый после смерти последнего испанского правителя из Габсбургов Карла II, не имевшего наследника, и Европа оказалась на пороге новой войны, международная ситуация стала благоприятствовать поиску союзников против Габсбургов. Через несколько недель после кончины короля Испании Ракоци рискнул отправить со своим курьером Людовику XIV письмо, написанное венгерскими заговорщиками. В апреле 1701 г. Ракоци был арестован вместе со многими из своих сподвижников по заговору и доставлен в венскую тюрьму Нойштадт. Берченьи удалось скрыться в Польшу. Именно в Варшаве они встретились вновь через несколько месяцев, когда Ракоци при довольно романтических обстоятельствах удалось бежать из заключения. Король Франции, однако, несмотря на то что весной 1701 г. началась война за Испанское наследство, не пожелал связывать себя никакими обязательствами. Польша воевала на севере против шведского короля Карла XII, а связи, установленные Ракоци с изгнанником Тёкели, также не дали сколь-либо ощутимых результатов. Положение, таким образом, казалось безнадежным.
Тем не менее в самой Венгрии ситуация накалялась. Бремя налогов и податей, теперь, с образованием монополий и введением дополнительных поборов, даже усилившееся, породило контрабандный черный рынок, функционирование которого помогло связать все отдаленные районы страны и создало определенную согласованность в разрозненных действиях скрывавшихся куруцев. Кроме того, первоначальные успехи Франции на западном фронте значительно уменьшили габсбургское военное присутствие в Венгрии. В 1703 г. французы вошли в Тироль, и стало даже казаться, что, если все куруцы объединятся, то вместе с войсками Франции они могли бы пойти на штурм Вены. С конца 1702 г. главный координатор антигабсбургского движения Тамаш Эсе - крестьянин, ставший предпринимателем parexcellence и торговавший солью, - вновь принялся искать подходящего вождя. Теперь, когда арест и фантастический побег добавили некоторую харизматичность облику князя по рождению и воспитанию, кандидатура Ракоци представлялась идеальной. Эсе посетил его в маленьком замке Брежаны на юго-востоке Польши. Ракоци дал согласие и 6 мая 1703 г. написал воззвание с требованием освобождения Венгрии от "незаконного и невыносимого гнета". Через месяц он прибыл в Венгрию под флагами с латинской надписью CumDeoproPatriaetLibertate (С Богом за отечество и свободу).
Его поначалу маленький лагерь стал быстро наполняться простым людом, особенно после того, как 28 августа 1703 г. он обещал поместным крестьянам, которые присоединятся к его армии, освобождение от налогов, податей и повинностей. Это означало вмешательство в отношения между помещиками и крестьянами и призыв к обеим сторонам руководствоваться государственными интересами. Дворянство, которое на первых порах избрало выжидательную позицию, убедилось, что Ракоци, издавая свои воззвания, намерен поддерживать дисциплину в армии, законность и порядок в стране, и потому вслед за своими крестьянами примкнуло к его движению. Таким образом, войско Ракоци стало обладать не только значительной численностью, но и собственной иерархией и авторитетностью. Временное совпадение различных социальных интересов привело к тому, что опустошенная страна оказалась способной и, главное, захотела содержать национальную армию численностью в 70 тыс. человек в течение нескольких лет (на субсидии от Людовика XIV можно было содержать только малую толику этого войска). Военные успехи куруцев осенью 1703 г., когда войска Габсбургов были выбиты из самых богатых северо-западных районов страны, усилили позиции Ракоци, и хотя военная кампания генерала Шандора Карольи в 1704 г. в Задунавье быстро закончилась ничем, Ракоци был избран князем Трансильвании, а затем, в сентябре 1705 г., на государственном собрании в Сечени получил титул "князя-предводителя" Венгрии.
Ракоци, обнаружив замечательные организаторские способности, управлял государством куруцев с помощью сената, состоявшего из прелатов, аристократов и дворян. Важные дипломатические задачи выполнялись канцелярией, во главе которой стоял Пал Радаи, а финансово-экономический совет отвечал за сбор налогов. Эта задача была основной и в конечном счете невыполнимой в стране, истощенной поборами последних десятилетий. По иронии судьбы налоги, введенные при Ракоци, были выше тех, что породили его движение. В то же время его система налогов оказалась новаторской для Центральной Европы, поскольку ставила целью охватить все слои населения и все виды деятельности и ресурсы в стране, облагая даже благородные сословия. Поэтому не удивительно, что налоги собирались с трудом и князь был вынужден экспериментировать даже с непопулярной и притом неэффективной денежной политикой. С возрастанием финансово-экономических трудностей дух солидарности, царивший в рядах его сподвижников, стал ослабевать. Командный состав, изначально вставший под его знамена и представленный в основном людьми скромного происхождения, раздражало то, что офицерские посты передаются примыкавшим к движению аристократам, которым, в свою очередь, отнюдь не улыбалась перспектива освобождения крестьянства, столь воодушевлявшая крепостных на бой "за отечество и свободу". Ракоци балансировал между этими двумя группировками, пытаясь найти форму приемлемого компромисса и в то же время не отказаться от своих обещаний солдатам из крестьян. И, наконец, стремясь подчеркнуть, что свою задачу он видит в примирении противоположных интересов различных социальных слоев, Ракоци заявлял о "конфедеративной природе" будущего государства. Однако от зоркого внимания ревнивых магнатов не могло укрыться, что в политике самого Ракоци, опиравшегося в основном на среднее дворянство, преобладали абсолютистские тенденции. Тем не менее, несмотря на все внутренние противоречия, логики самой борьбы и стремления к независимости как объединяющей цели все же хватило на то, чтобы 13 июня 1707 г., в самый разгар войны, на государственном собрании в Оноде было принято решение о низложении Габсбургов.