Далее в акте рассматриваются обстоятельства сдачи броненосца «Генерал-адмирал Апраксин». «Капитан 1 ранга Лишин, считая для себя сигнал адмирала обязательным, приказал отрепетовать его. «Сдача - позор для нас и для России, - сказал он, - но раз адмирал сдается, он сдает и нас». Неприятель был тогда на расстоянии не более 40 кабельтовых и команда порывалась стрелять. Лейтенант Шишко предложил открыть огонь, но командир запретил и приказал квартирмейстеру Молодчикову поднять японский флаг. Однако комендор Петелкин, соблазнившись хорошею наводкою, успел сделать один выстрел. Сдачей офицеры и команда возмущались, но открытого протеста не было». Несколько офицеров предлагали открыть кингстоны, а трюмный механик Федоров доложил, что корабль готов к затоплению. Командир накричал на Федорова и потребовал ключи от кингстонов. «Ревизор лейтенант Мазиров, узнав о сдаче, заплакал, сказав, что такого позора в России еще не было, а затем отправился к денежному ящику и стал офицерам раздавать деньги. Команда, частию по собственному почину, частию же по рекомендации офицеров, стала портить орудия и другое имущество», чему командир решительно воспрепятствовал, объяснив, что японцы за это будут расстреливать. Затем он убыл на флагманский корабль, а через час после его возвращения на броненосец прибыли японцы и перевезли часть команды на свои суда.
Для экипажа «Адмирала Сенявина» сигнал о сдаче также оказался полнейшей неожиданностью. Офицеры решительно отказались репетовать его и спускать кормовой флаг, так что командиру, капитану 1 ранга Григорьеву, пришлось лично распоряжаться этим, а затем и подъемом японского флага. Некоторые офицеры требовали затопления корабля. «Рощеповский говорил и о взрыве, лейтенант Белавинец, мичман Каськов и некоторые другие офицеры приказали портить орудия и другое судовое имущество, но командир и старший офицер восстали против этого. Команда волновалась и не хотела сдаваться». В целом на судне царил переполох, офицеры кричали кто «позор!», кто «взрываться!», кто «сражаться!», но энергичного организованного протеста не было.
Адмирал Небогатов, отрицая свою вину, пояснил, что «сигнал о сдаче касался только «Императора Николая I», в силу чего другие командиры (...) могли действовать по усмотрению», чем и воспользовался командир крейсера «Изумруд» капитан 2 ранга Ферзен, который самостоятельно отделился от эскадры и пошел на север. Далее Небогатов сообщил суду, что боеготовность флагмана была чрезвычайно низкой из-за отсутствия должного боезапаса; это видел и командир корабля, также согласившийся на сдачу. О протесте офицеров адмирал «не помнил». В 11 часов он со штабом отправился на японском миноносце к адмиралу Того на «Микадо» и подписал там условия сдачи. Того спросил, на каких условиях Небогатов сдается. Тот ответил, что никаких условий он ставить не вправе, а просит сохранить членам экипажей личное имущество и дать им возможность вернуться в Россию.
Флаг-капитан штаба адмирала Небогатова капитан 2 ранга Кросс, признав себя виновным в согласии на сдачу, объяснил, что «Император Николай I» был не в состоянии вести бой, спасти же команду, затопив корабль, по его мнению, не удалось бы из-за отсутствия необходимого количества спасательных средств.
Признал себя виновным и командир «Николая I» Смирнов, «высказавшийся за сдачу твердо и определенно», однако сослался на исключительность обстоятельств.
Большинство же офицеров, привлеченных к суду, свою вину отрицали. Согласно их показаниям, они протестовали и сопротивлялись сдаче как могли, но адмирал Небогатов непреклонно стоял на своем.
Командир многострадального «Орла» капитан 2 ранга Шведе виновным себя не признал, ибо в Цусимском бою броненосец получил настолько серьезные повреждения, что вести дальнейшие боевые действия попросту не мог. Из артиллерии главного калибра сохранилось только два орудия. Все шлюпки были разнесены в щепы, значительная часть личного состава - потеряна. Мичман Сакеллари, сознавая безвыходность положения, предложил подойти к японским берегам и уничтожить корабль. Командир приказал готовить затопление. О сдаче никто не думал. С дистанции 60 кабельтовых японцы открыли огонь. И тут на флагмане взвился роковой сигнал. Он, Шведе, был полностью этим деморализован и, следуя примеру других наших судов, приказал отрепетовать сигнал и поднять японский флаг, полагая, что сигнал флагмана относится и к нему. «Не подними адмирал сигнала, - сказал на суде мичман Сакеллари, - «Орел» не сдался бы, так как всеми решено было, исполнив долг, погибнуть».
Командир броненосца «Генерал-адмирал Апраксин» Лишин свою вину тоже отрицал: не считая для себя сигнал адмирала обязательным, он, тем не менее, решился на сдачу ввиду совершенно безвыходного положения. Орудия главного калибра были повреждены, фугасных снарядов оставалось мало, носовые отсеки корабля затопило, спасательных средств хватало только на восьмую часть экипажа. Между тем старший офицер корабля лейтенант Фридовский показал: личный состав готовился к бою, несмотря на очевидную его безнадежность. Но когда раздались первые разрывы японских снарядов и на «Апраксине» собирались открыть ответный огонь, с флагмана последовал сигнал о сдаче, который всех ошеломил. Командир возмущался, однако потом смирился. Офицеры согласия на сдачу не давали. Лейтенант Шишко признал себя виновным именно в том, что «не имел силы открыто воспрепятствовать сдаче и не пошел далее пассивного протеста». А вот мнение штурмана мичмана Щербачова: «Найдись человек, сохранивший силу воли, и прикажи он твердым голосом открыть кингстоны и затопить корабль, приказание было бы выполнено, так как все желали только подчиняться, а не проявить свою волю, которой ни у кого уже не было».
Как и командир «Генерал-адмирала Апраксина», командир «Адмирала Сенявина» Григорьев сказал, что, не считая сигнал флагмана для себя обязательным, решился на сдачу броненосца ввиду безвыходности ситуации. Хотя в бою 14 мая ни один снаряд в корабль не попал, его десятидюймовые орудия, по словам Григорьева, пришли в негодность, фугасных снарядов почти не осталось, «топить же судно было бы долго, да и рискованно, так как неприятель был близко, а спасательных средств имелось немного». Допрошенные судом офицеры «Сенявина» подтвердили, что о сдаче узнали «пост фактум». Многие из них предлагали затопить корабль, но против приказа командира никто не пошел, ибо это означало уже бунт. Характерно следующее: «По ознакомлении с показаниями офицеров и нижних чинов обвиняемый Григорьев признал показания эти в частях, лично его касающихся, неправильными».
На основании вышеизложенного «бывший контр-адмирал, а ныне дворянин Николай Иванович Небогатов, 57 лет, бывшие капитаны 1 ранга, а ныне дворяне Владимир Васильевич Смирнов, 49 лет, Сергей Иванович Григорьев, 50 лет, Николай Григорьевич Лишин, 49 лет и капитан 2 ранга Константин Леопольдович Шведе, 43 лет» обвинялись в том, что 15 мая 1905 года они, «будучи настигнуты и окружены в Японском море неприятельскою эскадрою, без боя спустили флаг, не исполнив обязанности своей по долгу, присяге и в противность требованиям воинской чести и правилам Морского Устава»; остальным же вменялось в преступление то, что каждый на своем месте, «будучи осведомлен о принятом начальником эскадры и командирами судов решении сдать без боя (...) броненосцы наши неприятелю, в нарушение присяги и верности службе, имея возможность предупредить (...) преступление, заведомо допустили содеяние оного», причем некоторые лично в этом участвовали (те, кто непосредственно поднимал сигналы к сдаче, запрещал портить что-либо на кораблях, уговаривал команды повиноваться и так далее).
На вопрос председателя суда генерал-лейтенанта Бабицына о том, признают ли они себя виновными, все подсудимые ответили, что не признают, за исключением К. Л. Шведе, заявившего о невозможности для него до сих пор осознать, виновен он или нет. Небогатов подробно охарактеризовав сложившуюся 15 мая 1905 года ситуацию, заключил: «Я не из мягкосердечных и положил бы 50 тысяч жизней, если бы был уверен, что от этого будет какая-нибудь польза для России, но положить тысячи молодых жизней ни за что я не счел себя вправе. (...) Я лично приказал поднять сигнал о сдаче, и если бы встретил в ком-либо сопротивление, то, конечно, подавил бы его силой».
Прения сторон открыл обвинитель генерал-майор Вогак. «Общество, - начал он, - возлагает на разбор дела Небогатова преувеличенные надежды, считая, что (...) суд выяснит причины Цусимского погрома», чем, однако, занимается особая комиссия. Здесь же речь идет о частном конкретном случае. Данный случай вполне ясен и допускает конкретную оценку - помимо глобальной оценки нашего поражения при Цусиме. Этим Вогак пресек стремление защиты оправдать действия своих подопечных общим неблагополучием состояния российских ВМС, ошибками высшего командования и так далее, то есть превратить процесс в некую обличительную трибуну. Что бы там ни было, «по статье 354 Морского Устава командир судна должен продолжать бой до последней возможности. Во избежание бесполезного кровопролития ему разрешается не иначе как с согласия всех офицеров сдать корабль, если нельзя одолеть течи и судно начинает тонуть, если все средства обороны истощены и потеря в людях столь значительна, что сопротивление совершенно невозможно, и, наконец, в случае пожара, которого нельзя погасить. При всем том сдача в таких обстоятельствах разрешается только в таком случае, если корабль нельзя истребить и искать спасения команды на берегу или в шлюпках. Поэтому с точки зрения закона можно только знать, в каком состоянии находился корабль непосредственно перед сдачей, и нет необходимости в сведениях, касающихся снаряжения эскадры и обстоятельств боя. Далее генерал-майор Вогак вполне признает то тяжелое психическое состояние, в котором находились перед сдачей подсудимые, истомленные страшно трудным переходом, пережившие неописуемые ужасы в бою 14 мая, и поэтому (...) находит и тут лишним вдаваться в детальное рассмотрение обстоятельств боя, на котором настаивают подсудимые, надеющиеся, что за ошибками и проступками других лиц их собственной вины видно не будет. По настоящему делу суду преданы по Высочайшему повелению не только командиры сдавшихся судов, но и все офицеры, за исключением тяжело раненных, хотя суда сдали одни командиры по собственному почину без совета офицеров. Однако статьи [соответствующих уставов] обязывают подчиненных не исполнять приказания начальника, если он предписывает нарушить присягу и верность службе или совершить деяние явно преступное. На основании этих статей офицеры, исполнившие приказание начальника, направленное на осуществление незаконной сдачи, (...) должны отвечать как участники или попустители преступления, если только они сознавали, что своею деятельностью способствовали осуществлению незаконной сдачи. Хотя повиновение всегда признавалось жизненным началом войска, но повиновение это слепым быть не должно. Каждый воин должен помнить, что он подчиняется не личной воле начальника, а законам и воле Верховного Вождя, выраженной через посредство начальников. Приказание начальника не может отменить волю законодателя. Слепое повиновение есть рабство. Оно дает опасное орудие в руки преступного начальника, которым он может всегда воспользоваться во вред государству. (...) Почти все законодательства отвергают принцип слепого безусловного повиновения, этого же взгляда придерживался и Наполеон I. (...) Тот же принцип проводится и в Петровском уставе, повелевающем арестовать начальника, желающего сдать корабль неприятелю, и заменить его другим, следующим по старшинству. (...) Возражая защите, указывающей на суде, что все воспитание офицеров сводилось к тому, чтобы в корне пресечь их стремление к рассуждению и личной инициативе, обвинитель указал, что наши офицеры не так уж забиты и в обыденной обстановке часто высказывают строптивость и даже неповиновение, и что в данном случае дело не в забитости офицеров, а в слабом чувстве долга, чувстве, которое каждый сам обязан в себе культивировать. То обстоятельство, что офицеры были измучены физически и нравственно, тоже не может служить оправданием. Только в годины бедствий воин может осуществить возлагаемые на него надежды, только в это время может проявить ту доблесть, находчивость и силы, на которые простые смертные не способны и проявление которых одно только и объясняет почетное положение, занимаемое войском и флотом. Человек, не способный проявить эти свойства, малодушный и слабый в страдное для воина время, показывает этим, что он ошибкой попал в военную службу. Отделы военного времени слабо разработаны нашими законодателями. Законодатели слишком верили в доблесть и патриотизм наших офицеров и за малым числом сдач не разработали детально этого вопроса. Зато случаи крушения и повреждения судов всегда ставились на вид и разбирались подробно. А сдача корабля, несомненно, более важна и позорна, чем посадка корабля на камни. (...) Командир корабля должен продолжать бой до последней возможности, старясь нанести врагу посильный вред, и ни в коем случае фактом сдачи не усиливать неприятельский флот. (...) Если признать, что при превосходстве сил врага сдача допустима, тогда флот утратит свое значение. Не будет, может быть, Цусимских погромов, но не будет и побед, нужных государству».