Несправедлива мысль, встречающаяся у протестантских писателей, будто Иван Васильевич предпочитал протестантство католицизму, хотя и правда, что некоторых протестантов он особенно приближал к себе и нередко увлекался их советами. Если он резко отзывался о папе, то еще более резко — о Лютере и других проповедниках лютеранства. Если латинян называл еретиками, то лютеран не хотел называть даже христианами. Если латинянам не дозволил иметь свою церковь в России, а протестантам дозволил построить новую, после того как велел сжечь две прежние их церкви, то дозволил из внимания к ходатайству английского посла, а отнюдь не из какого-либо расположения к самому протестантскому исповеданию. Зато, с другой стороны, дозволял иногда латинянам входить в русскую церковь, а протестантам не дозволял, водясь, конечно, тою мыслию, что первые, подобно православным, признают и призывание святых в молитвах, и поклонение иконам, а последние не признают; сам пригласил, например, Антония Поссевина в Успенский собор и тут же присовокупил: "Только смотри, Антоний, не введи с собою в церковь кого-либо из лютеран". Если при завоевании Ливонии разрушал все латинские церкви и выгонял всех латинских священников, то точно так же поступал и с лютеранскими церквами и священниками. Сами латиняне и протестанты несомненно старались действовать на Иоанна во вред друг другу и в пользу своих исповеданий. Любимцы царя из протестантов сильно настраивали его против папы и папского посла Антония, и под их-то, может быть, влиянием царь и не согласился дозволить латинских церквей в России, несмотря на все просьбы Антония. А последний именем папы просил, чтобы царь не держал у себя "магистров люторских, немецких, которые не знают Пречистыя Богородицы и святых Божиих, а чтобы держал правдивых священников веры римския". Но Антонию на это сказано было то же самое, что не раз говорили ему: в Русском государстве живут многие люди всяких вер, и живут все своим обычаем, их не стесняют, не преследуют, но только никому из них не позволяют совращать русских в свою веру. Русские — повторим вслед за самими иностранцами, посещавшими тогда наше отечество, — только одних себя признавали истинными христианами, а всех прочих христиан, в том числе и протестантов, и латинян, считали еретиками, даже не лучшими турок, и всех не только католиков, но равно и протестантов и других перекрещивали в случае принятия ими православия.