Прочитав воззвание Пугачева, Салават Юлаев обратился с пламенной речью к воинам, призывая их перейти на сторону Пугачева, обещающего свободу башкирам. После этого отряд присоединился к армии Пугачева. Салават Юлаев получил от Пугачева чин полковника, и был назначен командиром всей башкирской конницы.
В чине полковника, затем и бригадира Салават Юлаев осуществлял руководство ключевыми событиями Крестьянской войны: формировал повстанческие отряды, сражался с правительственными войсками, осаждал и брал крепости и селения, строил новые административные учреждения в освобожденных районах. Сохранились документы, свидетельствующие о личном участии Салавата Юлаева в более чем двадцати сражениях. И сохранились документы о его государственно-правовой деятельности.
В конце ноября 1773 он был направлен на северо-восток Башкирии, где собрал отряд в 10 тыс. человек и совместно с восставшими успешно сражался в районе Красноуфимска и Кунгура.
Первый раз он вступил в бой 14 ноября 1773 г., когда пугачевская конница в ходе сражения нанесла удар по оренбургскому корпусу под командованием бригадира А. А. Корфа и преследовала его до самых городских ворот. 28 и 29 ноября Салават, был в составе конницы, предводительствуемой Пугачевым, которая и захватила Ильинскую крепость (в 150 верстах от Оренбурга).
Именно в этих крупных сражениях Салават показал и воинское умение, и силу духа. “Император Петр III” — Пугачев вручил девятнадцатилетнему башкирскому воину указ о производстве его в полковники и направил его в качестве своего эмиссара в стратегически важный Красноуфимско-Кунгурский район. Контроль над последним открывал сравнительно благоприятные пути на Москву, равно и — Екатеринбург, в Сибирь.
Вместе с Каранаем Муратовым Каскын Самаров захватил Стерлитамак и Табынск, с 28 ноября пугачёвцы под командованием атамана Ивана Губанова и Каскына Самарова осадили Уфу, с 14 декабря осадой командовал атаман Чика-Зарубин. 23 декабря Зарубин во главе 10-тысячного отряда с 15 пушками начал штурм города, однако был отбит пушечым огнём и энергичными контратаками гарнизона.
Участвовавший во взятии Стерлитамака и Табынска атаман Иван Грязнов, собрав отряд из заводских крестьян, захватил заводы на реке Белой (Воскресенский, Архангельский, Богоявленский заводы). В начале ноября он предложил организовать на окрестных заводах литье пушек и ядер к ним. Пугачёв произвёл его в полковники и отправил для организации отрядов в Исетскую провинцию. Там он взял Саткинский, Златоустовский, Кыштымский и Каслинский заводы, Кундравинскую, Увельскую и Варламову слободы, Чебаркульскую крепость, разгромил посланные против него карательные команды и в к январю с четырёхтысячным отрядом подошёл к Челябинску.
В декабре атаман И. Ф. Арапов занял крепости Елшанскую, Борскую и Красносамарскую Самарской линии, 24 декабря вступил в Алексеевск, в 24 верстах от Самары, 25-го отряд Арапова вступил в Самару, торжественно встреченный её жителямиhttp://criticalmass.org.ua/main/criticalmass?view=mediawiki&article=%D0%9A%D1%80%D0%B5%D1%81%D1%82%D1%8C%D1%8F%D0%BD%D1%81%D0%BA%D0%B0%D1%8F_%D0%B2%D0%BE%D0%B9%D0%BD%D0%B0_1773%E2%80%941775 - cite_note-15. Тогда же примкнули к восстанию и жители Бугурусланской слободы, городов Оса, Сарапул, Заинск.
В декабре 1773 Пугачёв отправил атамана Михаила Толкачева со своими указами к правителям казахского Младшего жуза Нурали-хану и султану Дусалы с призывом присоединиться к его армии, но хан решил выждать развития событий, к Пугачёву присоединились лишь всадники рода Срыма Датова. На обратном пути Толкачёв собрал в свой отряд казаков в крепостях и форпостах на нижнем Яике и направился с ними к Яицкому городку, собирая в попутных крепостях и форпостах пушки, боеприпасы и провиант. 30 декабря Толкачев приблизился к Яицкому городку, в семи верстах от которого разбил и захватил в плен высланную против него казачью команду старшины Н. А. Мостовщикова, вечером того же дня он занял старинный район города — Курени. Большая часть казаков приветствовали товарищей и вступили в отряд Толкачёва, казаки старшинской стороны, солдаты гарнизона во главе с подполковником Симоновым и капитаном Крыловым заперлись в «ретраншменте» — крепости Михайло-Архангельского собора, сам собор являлся её главной цитаделью. В подвале колокольни хранился порох, а на верхних ярусах были установлены пушки и стрелки. Взять крепость с ходу не удалось
Всего по приблизительным подсчётам историков в рядах пугачёвской армии к концу 1773 года находилось от 25 до 40 тысяч человек, более половины от этого числа составляли отряды башкир.
Для управления войсками Пугачёв создал Военную коллегию, которая выполняла роль административно-военного центра и вела обширную переписку с отдалёнными районами восстания. Судьями Военной коллегии были назначены А. И. Витошнов, М. Г. Шигаев, Д. Г. Скобычкин и И. А. Творогов, «думным» дьяком — И. Я. Почиталин, секретарём М. Д. Горшков.
В январе 1774 года атаман Овчинников возглавил поход в низовья Яика, к Гурьеву городку, штурмом овладел его кремлём, захватил богатые трофеи и пополнил отряд местными казаками, приведя их в Яицкий городок. В это же время в Яицкий городок прибыл и сам Пугачёв. Он взял на себя руководство затянувшейся осадой городовой крепости Михайло-Архангельского собора, но после неудавшегося штурма 20 января вернулся к основному войску под Оренбург.
В конце января Пугачёв вернулся в Яицкий городок, где был проведён войсковой круг, на котором войсковым атаманом был выбран Н. А. Каргин, старшинами — А. П. Перфильев и И. А. Фофанов. Тогда же казаки, желая окончательно породнить царя с войском, женили его на юной казачке Устинье Кузнецовой. Во второй половине февраля и в начале марта 1774 Пугачёв вновь лично возглавлял попытки овладеть осаждённой крепостью. 19 февраля взрывом минного подкопа была подорвана и разрушена колокольня Михайловского собора, но гарнизону каждый раз удавалось отбить атаки осаждавших.
Отряды пугачёвцев под командованием Ивана Белобородова, выросшие в походе до 3 тысяч человек, подошли к Екатеринбургу, по пути овладев рядом окрестных крепостей и заводов, и 20 января в качестве основной базы своих действий захватили демидовский Шайтанский завод.
Обстановка в осаждённом Оренбурге к этому времени была уже критической, в городе начался голод. Узнав об отъезде Пугачёва и Овчинникова с частью войск в Яицкий городок, губернатор Рейнсдорп решился произвести 13 января вылазку к Бердской слободе для снятия осады. Но неожиданного нападения не получилось, дозорные казаки успели поднять тревогу. Оставшиеся в лагере атаманы М. Шигаев, Д. Лысов, Т. Подуров и Хлопуша вывели свои отряды к оврагу, окружавшему Бердскую слободу и служившему природным рубежом обороны. Оренбургские корпуса вынуждены были вести бой в невыгодных условиях, и потерпели жестокое поражение. С большими потерями, бросая пушки, оружие, боеприпасы и амуницию, полуокруженные оренбургские войска поспешно отступили к Оренбургу под прикрытие городских стен, потеряв всего 281 человек убитыми, 13 пушек со всеми снарядами к ним, много оружия, амуниции и боеприпасов.
25 января 1774 пугачёвцы предприняли второй и последний штурм Уфы, Зарубин атаковал город с юго-запада, с левого берега реки Белой, а атаман Губанов — с востока. Поначалу отряды имели успех и даже ворвались на окраинные улицы города, но там их наступательный порыв был остановлен картечным огнём защитников. Стянув к местам прорыва все наличные силы, гарнизон выбил из города сначала Зарубина, а затем и Губанова.
В начале января челябинские казаки подняли мятеж и попытались захватить власть в городе в надежде на помощь отрядов атамана Грязнова, но были разбиты городским гарнизоном. 10 января Грязнов неудачно попытался взять Челябу штурмом, а 13 января в Челябу вступил подошедший из Сибири двухтысячный корпус генерала И. А. Деколонга. В течение всего января разворачивались бои на подступах к городу и 8 февраля Деколонг принял за лучшее оставить город пугачёвцам.
16 февраля отряд Хлопуши взял штурмом Илецкую Защиту, перебив всех офицеров, завладев оружием, боеприпасами и провиантом и забрав с собой годных к военной службе каторжан, казаков и солдат.
1.4. Военные поражения Крестьянской войны
Когда до Петербурга дошли известия о разгроме экспедиции В. А. Кара и самовольном отъезде самого Кара в Москву, Екатерина II указом от 27 ноября назначила новым командующим А. И. Бибикова.
В состав нового карательного корпуса вошли 10 кавалерийских и пехотных полков, а также 4 лёгких полевых команды, спешно направленных с западных и северо-западных границ империи к Казани и Самаре, а кроме них все гарнизоны и воинские части, находящиеся в зоне восстания и остатки корпуса Кара. Бибиков прибыл в Казань 25 декабря 1773 и сразу же началось движение полков и бригад под командованием П. М. Голицына и П. Д. Мансурова к осаждённым пугачёвскими войсками Самаре, Оренбургу, Уфе, Мензелинску, Кунгуру. Уже 29 декабря возглавляемая майором К. И. Муфелем 24-я лёгкая полевая команда, подкреплённая двумя эскадронами бахмутских гусар и другими частями, отбили Самару. Арапов с несколькими десятками оставшихся с ним пугачёвцев отступил к Алексеевску, но возглавляемая Мансуровым бригада разгромила его отряды в боях под Алексеевском и у Бузулукской крепости, после чего в Сорочинской соединилась 10 марта с корпусом генерала Голицына, который подошёл туда, продвигаясь от Казани, разгромив восставших под Мензелинском и Кунгуром.
Получив сведения о продвижении бригад Мансурова и Голицына, Пугачёв решил отвести главные силы от Оренбурга, фактически сняв осаду, и сосредоточить главные силы в Татищевой крепости. Вместо сгоревших стен был выстроен ледяной вал, собрана вся наличная артиллерия. Вскоре к крепости подошёл правительственный отряд в составе 6500 человек и 25 пушек. Сражение состоялось 22 марта, и было крайне ожесточённым. Князь Голицын в своём рапорте А. Бибикову писал: «Дело столь важно было, что я не ожидал такой дерзости и распоряжения в таковых непросвещённых людях в военном ремесле, как есть сии побеждённые бунтовщики». Когда положение стало безнадёжным, Пугачёв принял решение вернуться в Берды. Отход его остался прикрывать казачий полк атамана Овчинникова. Со своим полком он стойко оборонялся до тех пор, пока не кончились пушечные заряды, а потом с тремя сотнями казаков сумел прорваться через окружившие крепость войска и отошёл к Нижнеозерной крепости. Это было первое крупное поражение восставших. Пугачёв потерял около 2 тысяч человек убитыми, 4 тысячи ранеными и пленными, всю артиллерию и обоз. Среди погибших был атаман Илья Арапов.