20 июля Пугачёв вступил в Курмыш, 23-го беспрепятственно въехал в Алатырь, после чего направился к Саранску. 28 июля на центральной площади Саранска был зачитан указ о вольности для крестьян, жителям были розданы запасы соли и хлеба.
31 июля такая же торжественная встреча ожидала Пугачёва в Пензе.
Указы вызвали в Поволжье многочисленные крестьянские мятежи, всего разрозненные отряды, действовавшие в пределах своих поместий, насчитывали десятки тысяч бойцов. Движение охватило большинство поволжских уездов, подошло к границам Московской губернии, реально угрожало Москве.
Издание указов (фактически — манифестов об освобождении крестьян) в Саранске и Пензе называют кульминацией Крестьянской войны.
Указы произвели сильнейшее впечатление на крестьян, на скрывающихся от преследований старообрядцев, на противоположную сторону — дворян и на саму Екатерину II. Воодушевление, охватившее крестьян Поволжья, привело к тому, что в восстание было вовлечено население численностью более миллиона человек. Они ничего не могли дать армии Пугачёва в долговременном военном плане, так как крестьянские отряды действовали не далее своего поместья. Но они превратили поход Пугачёва по Поволжью в триумфальное шествие, с колокольными звонами, благословлением деревенского батюшки и хлебом-солью в каждом новом селе, деревне, городке. При подходе армии Пугачёва или отдельных её отрядов крестьяне вязали или убивали своих помещиков и их приказчиков, вешали местных чиновников, жгли поместья, разбивали магазины и лавки. Всего летом 1774 года были убиты не менее 3 тысяч дворян и представителей власти.
Во второй половине июля 1774, когда пламя Пугачёвского восстания приближалось к границам Московской губернии и угрожало самой Москве, встревоженная императрица вынуждена была согласиться на предложение канцлера Н. И. Панина о назначении его брата, опального генерал-аншефа Петра Ивановича Панина, командующим войсковой экспедицией против мятежников.
1.5. Подавление восстания
После триумфального вхождения Пугачёва в Саранск и Пензу все ожидали его похода к Москве. В Москву, где ещё были свежи воспоминания о Чумном бунте 1771 года, были стянуты семь полков под личным командованием П. И. Панина. Московский генерал-губернатор князь М. Н. Волконский распорядился поставить рядом со своим домом артиллерию. Полиция усилила надзор и рассылала в людные места осведомителей — с тем, чтобы хватать всех сочувствовавших Пугачёву. Михельсон, получивший в июле звание полковника и преследовавший мятежников от Казани, повернул к Арзамасу, чтобы перекрыть дорогу к старой столице. Генерал Мансуров выступил из Яицкого городка к Сызрани, генерал Голицын к Саранску. Карательные команды Муфеля и Меллина докладывали, что всюду Пугачёв оставляет за собой бунтующие деревни и они не успевают усмирить их все.
Но от Пензы Пугачёв повернул на юг. Большинство историков указывает причиной этого планы Пугачёва привлечь в свои ряды волжских и, особенно, донских казаков. Возможно, что ещё одной причиной было желание яицких казаков, уставших сражаться и уже растерявших своих главных атаманов, вновь скрыться в глухих степях нижней Волги и Яика, где однажды они уже укрылись после восстания 1772 года. Косвенным подтверждением такой усталости служит то, что именно в эти дни начался заговор казацких полковников с целью сдачи Пугачёва правительству взамен получения помилования.
4 августа армия самозванца взяла Петровск, а 6 августа окружила Саратов. Воевода с частью людей по Волге сумел выбраться в Царицын, и после боя 7 августа Саратов был взят. Саратовские священники во всех храмах служили молебны о здравии императора Петра III. Здесь же Пугачёв направил указ к правителю калмыков Цендену-Дарже с призывом присоединиться к его войску. Но к этому времени карательные отряды под общим командованием Михельсона уже буквально шли по пятам пугачёвцев, и 11 августа город перешёл под контроль правительственных войск.
После Саратова спустились ниже по Волге к Камышину, который, как многие города до него, встретил Пугачёва колокольным звоном и хлебом-солью. Близ Камышина в немецких колониях войска Пугачёва столкнулись с астраханской астрономической экспедицией Академии наук, многие члены которой вместе с руководителем академиком Георгом Ловицем были повешены заодно с неуспевшими бежать местными чиновниками.
Присоединив к себе 3-тысячный отряд калмыков, восставшие вступили в станицы Волжского войска Антиповскую и Караваинскую, где получили широкую поддержку и откуда были россланы гонцы на Дон с указами о присоединении донцов к восстанию.
Подошедший из Царицына отряд правительственных войск был разбит на реке Пролейке близ станицы Балыклевской. Далее по дороге была Дубовка, столица Волжского казачьего войска. Оставшиеся верными правительству волжские казаки во главе с атаманом, гарнизоны волжских городов усилили оборону Царицына, куда прибыл и тысячный отряд донских казаков под командованием походного атамана Перфилова.
21 августа Пугачёв попытался атаковать Царицынhttp://criticalmass.org.ua/main/criticalmass?view=mediawiki&article=%D0%9A%D1%80%D0%B5%D1%81%D1%82%D1%8C%D1%8F%D0%BD%D1%81%D0%BA%D0%B0%D1%8F_%D0%B2%D0%BE%D0%B9%D0%BD%D0%B0_1773%E2%80%941775 - cite_note-32, но штурм потерпел неудачу. Получив известие о прибывающем корпусе Михельсона, Пугачёв поспешил снять осаду с Царицына, восставшие двинулись к Чёрному Яру. В Астрахани началась паника. 24 августа у Солениковой рыболовецкой ватаги Пугачёв был настигнут Михельсоном. Поняв, что боя не избежать, пугачёвцы выстроили боевые порядки.
25 августа состоялось последнее крупное сражение войск под командованием Пугачёва с царскими войсками. Бой начался с крупной неудачи — все 24 пушки армии восставших были отбиты кавалерийской атакой. В ожесточённом бою погибло более 2000 повстанцев, среди них атаман Овчинников. Более 6000 человек было взято в плен. Пугачёв с казаками, разбившись на мелкие отряды, бежали за Волгу. В погоню за ними были высланы поисковые отряды генералов Мансурова и Голицына, яицкого старшины Бородина и донского полковника Тавинского. Не успев к сражению, пожелал участвовать в поимке и генерал-поручик Суворов.
В течение августа, сентября большинство участников восстания были пойманы и отправлены для проведения следствия в Яицкий городок, Симбирск, Оренбург.
Пугачёв с отрядом казаков бежал к Узеням, не зная, что ещё с середины августа Чумаков, Творогов, Федулёв и некоторые другие полковники обсуждали возможность заслужить прощение сдачей самозванца. Под предлогом облегчить уход от погони, они разделили отряд так, чтобы отделить преданных Пугачёву казаков вместе с атаманом Перфильевым.
8 сентября у реки Большой Узень они накинулись и связали Пугачёва, после чего Чумаков и Творогов отправились в Яицкий городок, где 11 сентября объявили о пленении самозванца.
Получив обещания в помиловании, они сообщили сообщникам и те 15 сентября доставили Пугачёва в Яицкий городок. Состоялись первые допросы, один из них провёл лично Суворов, он же вызвался конвоировать самозванца в Симбирск, где шло основное следствие. Для перевозки Пугачёва была изготовлена тесная клетка, установленная на двухколёсную арбу, в которой закованный по рукам и ногам, тот не мог даже повернуться.
В Симбирске в течение пяти дней его допрашивали П. С. Потёмкин, начальник секретных следственных комиссий, и граф. П. И. Панин, командующий карательными войсками правительства.
Перфильев с его отрядом были захвачены в плен 12 сентября после боя с карателями у реки Деркул.
В это время, помимо разрозненных очагов восстания, организованный характер имели боевые действия в Башкирии.
Салават Юлаев вместе со своим отцом Юлаем Азналиным возглавлял повстанческое движение на Сибирской дороге, Каранай Муратов, Качкын Самаров, Селяусин Кинзин на Ногайской, Базаргул Юнаев, Юламан Кушаев и Мухамет Сафаров — в Башкирском Зауралье.
Они сковывали значительный контингент правительственных войск. В начале августа был предпринят даже новый штурм Уфы, но в результате слабой организации взаимодействия между различными отрядами, он сложился неудачно. Тревожили набегами на всём протяжении пограничной линии казахские отряды.
С поимкой Пугачёва, направлением в Башкирию освободившихся правительственных войск, начался переход башкирских старшин на сторону правительства, многие из них присоединились к карательным отрядам.
После захвата в плен Канзафара Усаева и Салавата Юлаева восстание в Башкирии пошло на убыль.
Свой последний бой Салават Юлаев дал 20 ноября под осаждённым им Катав-Ивановским заводом, и после поражения 24 ноября 1774 г был схвачен царскими властями. Но отдельные повстанческие отряды в Башкирии продолжали сопротивление до лета 1775.
До лета 1775 года продолжались волнения в Воронежской губернии, в Тамбовском уезде и по рекам Хопру и Вороне.
Чтобы сбить волну мятежей, карательные отряды начали массовые казни. В каждой деревне, в каждом городке, принимавшем Пугачёва, на виселицы и «глаголи», с которых едва успели снять повешенных самозванцем офицеров, помещиков, судейских, стали вешать вожаков бунтов и назначенных пугачёвцами городских глав и атаманов местных отрядов. Для усиления устрашающего эффекта виселицы устанавливались на плоты и пускались по главным рекам восстания. В мае в Оренбурге состоялась казнь Хлопуши: его голову на шесте установили в центре города. При проведении следствия применялся весь средневековый набор испытанных средств.
В ноябре все главные участники восстания были перевезены в Москву для проведения генерального следствия. Их поместили в здании Монетного двора у Иверских ворот Китай-города. Руководили допросами князь М. Н. Волконский и обер-секретарь С. И. Шешковский. На допросе Е. И. Пугачёв дал подробные показания о родных, о своей юности, об участии в составе Донского казачьего войска в Семилетней и Турецкой войнах, о своих скитаниях по России и Польше, о своих планах и замыслах, о ходе восстания. Следователи пытались выяснить, не являлись ли инициаторами восстания агенты иностранных государств, или раскольники, или кто-либо из дворянства. Екатерина II проявляла большой интерес к ходу следствия. В материалах московского следствия сохранилось несколько записок Екатерины II к М. Н. Волконскому с пожеланиями о том, в каком плане необходимо вести дознание, какие вопросы требуют наиболее полного и детального расследования, каких свидетелей следует дополнительно опросить. 5 декабря М. Н. Волконский и П. С. Потёмкин подписали определение о прекращении следствия, так как Пугачёв и другие подследственные не могли добавить ничего нового к своим показаниям на допросах и не могли ничем ни облегчить, ни усугубить своей вины.