Не встречая отныне серьезного сопротивления, полчища Тимура опустошили область Коньи, разграбили и сожгли Бурсу, Денизли, Измир.
Взятие Измира, хорошо укрепленной крепости, захваченной незадолго до этого родосскими рыцарями, было одним из наиболее ярких эпизодов анатолийской кампании Тимура. Родосские рыцари отклонили требование о сдаче Измира. Тогда воины Тимура начали метать в город зажженные стрелы: использовали они и «греческий огонь» — зажигательную смесь, изобретенную некогда византийцами. Затем они насыпали параллельно крепостным стенам большой вал и вкатили на него осадные башни. Под стены были сделаны подкопы; их забивали хворостом, который поджигали, вызывая обвалы в оборонительных сооружениях. Чтобы прервать связь города с внешним миром, Тимур даже распорядился завалить камнем гавань Измира между двумя молами. Осада длилась две недели, а затем город был взят штурмом. Рыцарям удалось спастись морем, а все жители были уничтожены воинами Тимура.
Путь армии Тимура по Малой Азии был отмечен десятками тысяч убитых, дотла сожженными городами и селами. Византийский историк Дука так описывал эти события: «Продвигаясь от города к городу, он [Тимур] до того опустошил покинутую страну, что теперь уже не слышно было ни собачьего лая, ни петушиного пения, ни детского плача. Как рыбак, вытаскивая сеть из глубины на землю, захватывает ею все, что попадется... так и он обезлюдил всю Азию». Тимур угнал в свою столицу Самарканд тысячи и тысячи пленных, в числе которых было много ремесленников-умельцев, которыми славились города Малой Азии. Он намеревался доставить туда и плененного Баязида, которого все время возил с собой. Когда Баязиду стало известно об этом, он отравился. Пребывание султана в плену у Тимура породило немало легенд, в том числе легенду о железной клетке, в которой Тимур возил с собой знатного пленника. Скорее всего под железной клеткой имелся в виду паланкин, окна которого были забраны решетками. Такие носилки для перевозки арестованных использовались еще в Византии. Турецкий историк конца XV в. Нешри писал, что Тимур приказал соорудить для Баязида «паланкин наподобие клетки», который везли между двух лошадей впереди самого Тимура, а на привалах устанавливали перед его шатром.
Следствием разорения Тимуром Малой Азии было временное прекращение существования централизованного Османского государства. Когда Тимур в конце 1403 г. покинул Анатолию, он вернул самостоятельность бейликам Айдын, Гермиян, Караман и ряду других в прошлом самостоятельных областей, вошедших впоследствии в состав государства османов. Но и ту территорию, которую победитель счел возможным оставить династии Османа, Тимур разделил между четырьмя сыновьями Баязида. В результате целое десятилетие продолжалась кровопролитная борьба за власть между братьями.
Старший сын Баязида, Сулейман, получивший во владение европейские земли османов, обосновался в столице Баязида Эдирне и стал претендовать на положение султана. Стремясь обеспечить себе поддержку в борьбе с другими претендентами, Сулейман пытался расположить к себе императора Византии Мануила II. Он вернул ему Фессалонику и ряд городов во Фракии, а также пообещал возвратить в будущем и некоторые из его бывших азиатских владений, которые пока контролировали другие сыновья Баязида. Император, стремясь использовать выгодную обстановку, отдал в жены Сулейману свою племянницу. Со своей стороны, Сулейман направил в Константинополь младшего брата, Касыма, в качестве заложника. Другие претенденты искали помощи на Балканах. Так, второй сын Баязида, Муса, нашел поддержку у валашского господаря Мирчи Старого.
Борьба за престол отражала не только личные амбиции претендентов. Сыновья Баязида опирались на разные группировки, преследовавшие собственные цели. Сулеймана, в частности, вначале поддержали крупные беи в европейских владениях османов; позже он сделал своей опорой янычар и некоторых вассальных христианских князей. Но, именно лишившись поддержки местных беев, Сулейман проиграл в борьбе за престол. Таким образом, междоусобица в турецком государстве отражала и определенные социальные противоречия в османском обществе.
Борьба была упорной и жестокой. Сулейман несколько раз вступал в кровопролитные сражения с еще одним своим братом — Исой. После первого поражения Иса на некоторое время укрылся в Константинополе. Затем он вновь собрал десятитысячное войско, однако Сулейману удалось опять его разбить. В третий раз Иса напал на брата, заручившись помощью беев Сарухана и Ментеше, но и туг его постигла неудача. В 1405 г. Сулейман пленил и умертвил брата-соперника. В 1408 г. ему удалось разбить и войско Мусы в сражении, которое произошло недалеко от Константинополя. Но положение было непрочным. Из-за длительных запоев и инертности в государственных делах он утратил авторитет у своих приближенных и в армии. В результате, когда Муса стал агитировать против провизантийской политики Сулеймана и призывать к «защите веры», войска Сулеймана начали постепенно покидать его, переходя на сторону Мусы. В 1409 г. Сулейман был убит при попытке найти убежище в византийской столице. Муса занял султанский трон в Эдирне.
Придя к власти, Муса попытался укрепить свое положение, опираясь на влиятельные социально-политические группировки. Он стремился ликвидировать опасное для него соперничество между пограничными беями и руководителями центральной администрации, предоставляя обеим группировкам сравнительно равные возможности и права в делах управления. Но противоречия все же сохранялись, особенно давая себя знать в военной прослойке, где сталкивались интересы воинов прежних формирований — яя и мюселлем — и новых войск — янычар и тимариотской кавалерии, сипахи. Борьба шла за тимары и связанные с ними доходы, а вместе с ними за положение в феодализировавшемся османском обществе.
Муса удержался на троне всего около четырех лет. За это время он успел совершить опустошительный поход по землям Сербии, захватить у византийцев и разорить Фессалонику. Любопытно, что город этот оборонял вместе с византийцами сын покойного Сулеймана — Орхан. Когда он попал в плен, его ослепили. Несколько позже Муса, собрав значительное войско, задумал захватить Константинополь. Когда войска Мусы приблизились в 1411 г. к городу, император решил обратиться за помощью к младшему брату Мусы, Мехмеду, который прочно обосновался в Анатолии. Византийский флот помог войску Мехмеда переправиться к стенам Константинополя. Несколько стычек не принесли успеха ни одному из противников, но Мехмед вынужден был вернуться в свои анатолийские владения, ибо им грозила опасность со стороны захватившего власть в Айдынском бейлике Джунейда Измироглу. Когда безопасность его земель была вновь обеспечена, Мехмед, заключив союз с сербским князем, вновь начал борьбу против Мусы. Ему удалось тайно привлечь на свою сторону некоторых сановников и военачальников брата. Открыто перешел на сторону Мехмеда турецкий наместник Фессалии. Войска Мехмеда подошли к Эдирне, но гарнизон города не принял предложения о сдаче. Наконец в 1413 г. войска Мехмеда и Мусы встретились в долине Марицы. Муса был разбит, потерял в сражении руку и бежал в Валахию, где его скоро постигла смерть (по другим сведениям, он был взят в плен и умерщвлен по приказу брата). Так или иначе, но кровопролитная междоусобица закончилась воцарением Мехмеда.
Султан Мехмед I смог вернуть власть османов над их прежними владениями в Румелии и Анатолии. Он предпочитал мирные отношения с Византией и даже возвратил императору Фессалонику и ряд городов, в свое время занятых Мусой. Мехмед тратил значительные средства на укрепление границ, возведение пограничных крепостей и строительство общественных зданий, в том числе мечетей в больших городах Османского государства. В декабре 1421 г. он умер в Эдирне от апоплексического удара. Пора его царствования была отмечена войнами и внутренними восстаниями.
К 1415 г. Мехмеду I удалось восстановить власть османов почти во всех анатолийских бейликах. Лишь самый крупный из них, Караман, не отказался от своей независимости, и Мехмеду I пришлось в 1415 г. заключить мир с караманским беем. В 1416 г. султан вел военные действия против венецианцев, которые захватили ряд принадлежавших византийцам земель. Это была в основном война на море, а флот султана был довольно слаб. Наиболее значительное морское сражение турок с венецианцами произошло недалеко от Дарданелл и закончилось поражением османской флотилии. 25 турецких кораблей были захвачены венецианцами, которыми командовал Лоредано. По приказу Лоредано их экипажи были повешены на реях. Другие морские операции также не принесли туркам успеха. В результате Мехмеду I не удалось извлечь никаких выгод из войны против Венеции, султан вынужден был пойти на заключение мира.
Опустошительные походы Тимура и десятилетняя борьба за власть между сыновьями Баязида привели к полному разорению большинства малоазийских земель. Сельское хозяйство и ремесла пришли в упадок, а население городов и сел испытало неисчислимые беды и страдания. Особенно тяжким оказалось положение населения в Западной Анатолии, где беи Сарухана, Ментеше и Айдына принуждали своих крестьян к участию в войнах, которые вели претенденты в период междоусобицы. К тому же многие области Западной Анатолии пострадали от военных походов айдынского бея Джунейда, весьма воинственного правителя, долгое время действовавшего в поддержку одного из претендентов на престол — Сулеймана. Когда же Мехмед I укрепился на престоле, он в 1414—1415 гг. восстановил на этих землях свою власть. Крестьяне не имели покоя, с трудом обрабатывали свои поля в короткие промежутки затишья между набегами и сражениями, никогда не зная, удастся ли собрать урожай и кому он достанется. Недовольство крестьянства и трудового люда городов вылилось в восстание, одно из наиболее значительных в истории Османской империи.