С 1886 года по 1895 год, почти десять лет армейской рутины, которая всегда сопровождает службу офицера в мирное время. Каких только должностей не занимал Кондратенко. Начал с должности адъютанта 26-й пехотной дивизии; потом штаб-офицера при управлении местной бригады в Минске; служил в управлении и штабе Виленского военного округа. За это время для отбытия обязательного тогда войскового ценза (очень полезное и для нынешних штабных офицеров дело. — С.К.) успел покомандовать 7-й ротой и батальоном 119 пехотного Коломенского полка и жениться на Надежде Дмитриевне Потапчиной. В 1891 году ему присваивают чин подполковника, а всего через год за отличие в службе досрочно чин полковника. Это во все времена большая редкость для офицера без протекции и надлежащих связей. Это доступно только действительно талантливому офицеру, профессионалу высокого класса. Кондратенко таким и был. Неуемная его натура искала малейших возможностей не только для собственного совершенствования, но и совершенствования выучки подчиненных войск, повышения их боевой готовности. Любой участок, который ему поручался, становился в кратчайшие сроки лучшим. Я уже говорил о его ротных, батальонных, полковых школах для нижних чинов. Результаты этой работы он обобщил в «Памятке солдату». Позже он начнет писать настольную книгу офицера, закончить которую помешает гибель на войне. Изобретение дальномера, полевые выездки офицеров Генерального штаба, работа в комиссии по образованию войск — все это далеко не полный перечень служебных успехов Кондратенко.
Наконец, в 1895 году он назначается командиром 20-го пехотного Сувалакского полка. Командование полком окончательно формирует в нем настоящего военачальника. В сущности, полк представляет в миниатюрном виде все последующие воинские формирования — бригаду, дивизию, корпус, армию. К сожалению, ему не удалось повести свой полк в бой, хотя он и совершил с ним едва ли не кругосветное путешествие, так и не успев на подавление Боксерского восстания в Китае. Но после этого невольного путешествия он обратил самое пристальное внимание на Дальний Восток, и когда в 1901 году открылась вакансия дежурного генерала при штабе Приамурского военного округа Кондратенко не задумываясь вместе с семьей переезжает в Хабаровск уже в чине генерал-майора. Штабная работа, казалось, увлекла его. В Восточной Сибири и на Дальнем Востоке воинские формирования располагались на обширных территориях. Уссурийское, Амурское и Забайкальское казачьи войска несли пограничную службу. В Маньчжурии и на Квантунском полуострове начали формироваться новые части и соединения 3-го Восточно-Сибирского корпуса, строилась крепость Порт-Артур. Работа живая, новая, о которой Кондратенко всегда мечтал. Вскоре с японских островов задули ветры войны. Кондратенко понял это сразу, и как только узнал, что в Порт-Артуре формируются стрелковые бригады, с их последующим развертыванием в полноценные дивизии, написал рапорт о переводе в крепость. В декабре 1903 года он назначается командиром 7-й Восточно-Сибирской стрелковой бригады и убывает в Порт-Артур — к месту свой славы и геройской смерти.
К началу войны 26 января 1904 года Кондратенко начальник 7-й Восточно-Сибирской стрелковой дивизии. На первом же совещании после атаки японскими миноносцами кораблей эскадры он назначается ответственным за сухопутную оборону крепости, которая фактически отсутствовала. Предстояла колоссальная работа. Роман Исидорович прекрасно понимал, что ему предстоит сделать то, что не смогло сделать все военное ведомство за последние 3 года, в спокойной, мирной обстановке. Но понимал и то, что для решения такой задачи нужен человек, который бы по собственной воле, с охотой и энтузиазмом, без тени сомнения в успехе взялся за дело. У Кондратенко в отношении себя сомнений не было, ибо остальное командование крепости с началом войны вступило в «боевые действия» между собой. Инициатором сего стал сам начальник всего Квантунского укрепрайона генерал Стессель. Не будем уточнять, как Стессель руководил обороной, как сдал крепость и оказался на скамье подсудимых. Для нас важно отметить, что именно Кондратенко оказался единственным начальником в Порт-Артуре, который добровольно взвалил на себя непосильную ношу строителя сухопутной обороны, оставаясь вне всяких интриг, пользовавшимся уважением всех враждующих сторон.
Работать ему приходилось, преодолевая косность, рутину, зависть, даже некоторый корпоративный саботаж со стороны многих и многих артурских начальников. И только месяц пребывания в Порт-Артуре несомненно лучшего флотоводца России вице-адмирала С.О. Макарова вышел самым плодотворным. При полном взаимопонимании эти два таланта сумели сделать невероятное: построить основы сухопутной обороны, активизировать флот, организовать его взаимодействие с сухопутными войсками, сплотить в единый, боевой коллектив гарнизон и эскадру. Можно себе только представить, как бы пошла оборона Порт-Артура, вся Маньчжурская кампания, если бы остался жив Макаров, если бы не погиб так быстро Кондратенко. Скорее всего, с большими успехами для России. Но, на все воля Божья. Во всяком случае, уже меньше чем через месяц после гибели Макарова японцы начали высадку на Квантун в полной уверенности, что порт-артурская эскадра им не помешает. После же гибели Кондратенко не прошло и месяца, как Стессель вообще сдал крепость.
Нам важно отметить, что после гибели Макарова Кондратенко остался один против могущественного противника, среди нездоровой обстановки вокруг командования крепости, эскадры, всего укрепрайона. Но он с удвоенной энергией продолжил начатое с Макаровым дело. В этом человеке скромность и смирение сочетались с необыкновенным упорством, даже упрямством в достижении своих целей. Ходил слух, что он даже вставал на колени перед командующим эскадрой адмиралом Витгефтом, прося его направить корабли к Цзинчжоужскому перешейку. Впрочем, и это не помогло. Но он продолжает упорно гнуть свою линию и добивается активизации оборонительных действий на дальних подступах к крепости. У горы Куинсан сам получает боевое крещение, попадет под пули, лично ведет войска в атаку. С этого момента и до своей гибели он будет практически непрерывно находиться под огнем. В последних боях на перевалах и Волчьих горах, при отходе на основные укрепления крепости Кондратенко приобретает высочайший авторитет не только среди почитателей, но и недругов. Стессель не только под давлением объективных обстоятельств, но вполне искренне назначает его начальником всей сухопутной обороны Порт-Артура.
25–28 июля бои за позиции на горах Дагушань и Сяогушань, последний бой порт-артурской эскадры. Кондратенко добивается снятия с кораблей части артиллерии, всего, что только может укрепить сухопутную оборону, настаивает на формирование отрядов морской пехоты. Как это напоминает Севастополь 1855 года и Севастополь 1942 года. Но там все осуществляла команда руководителей-единомышленников. Здесь Кондратенко был один. Первыми и лучше всех это поняли сами участники обороны. Один из них Я. Шишко говорит за всех: «То, что не было сделано за семь лет, Кондратенко, насколько это было возможно, создал в несколько месяцев. И вот его мыслею, его трудами, его настойчивостью явилась целая цепь укреплений кругом Порт-Артура. Явились укрепления там, где даже не предполагалось строить ничего, как, например, на горах Угловой, Высокой, Длинной и прочих, на которые впоследствии противник вел настойчивее всего штурмы, понимая важность этих пунктов, под которыми он положил десятки тысяч жертв, чтобы взять их. Генерал Кондратенко для Порт-Артура был все: и сила, и душа, и мысль, и дух героизма». Один, но каков итог этой титанической работы!
6–11 августа первый штурм крепости и первое крупное поражение в войне японской армии. За неделю боев генерал Ноги потерял более трети свой армии, так и не добившись существенного результата. Некоторые полки в осадной армии практически перестали существовать: так, в 7-м полку из 2500 человек в строю оставалось чуть больше 200. В 36-м — 240 человек. Вся 6-я бригада, насчитывающая к началу боев 5000 штыков, имела теперь в своем составе 386 солдат и офицеров. Общие потери японцев составил свыше 15 тысяч человек. Русские потеряли около 3 тысяч. Кондратенко постоянно находился в боевых порядках. Даже Стессель вынужден был писать коменданту: «В деревню Паличжан двинуты 2 роты и с ними Кондратенко. Его не надо посылать с отдельными ротами. Потеря его невосполнима».
Наступило относительное затишье. Кондратенко вездесущ — на передовых позициях, в штабе обороны, на фортах, в артиллерийских мастерских, на эскадре, в порту. Практически каждую ночь у него на квартире собираются энтузиасты усовершенствования оружия и систем обороны.
Через месяц начался второй штурм, который закончился новым поражением японской армии. Убедительно показывает это соотношение потерь хотя бы в боях за гору Высокая: с японской стороны свыше 6000 солдат и офицеров, с русской — ровно в 6 раз меньше. В одной из бесплодных атак погиб командир 1-й бригады генерал-майор Ямамото. Позднее сами японцы признают, что из 23 рот, предназначенных для штурма, после боев нельзя было сформировать и трех.