29 сентября 1938 г. состоялась знаменитая конференция в Мюнхене, на которой было принято решение о передачи Судето-немецкой области Германии. Чехословакия уступила территорию площадью ок. 29.000 км2 с населением 3,4 млн чел., в их числе примерно 300.000 чехов. Позднее Польше была передана территория площадью ок. 900 км2 с населением 240,000 чел,, в том числе 130.000 чехов, а Венгрия получила 12.000 км.2 с населением около 1 млн чел., в том числе 300.000 словаков. На территории остальной, так называемой "второй Чехословакии", осталось около 400.000 немцев, причем почти половина из них - карпатские немцы в Словакии и Закарпатской Украине. Не было ясности относительно компенсации ЧСР за экономические потери вследствие Мюнхенских соглашений. Таким образом, борьба судето-немецких социал-демократов завершилась неудачей, а сами они были вынуждены покинуть отходившие от ЧСР территории.
Мюнхенские соглашения открыли последнюю главу в истории партии судето-немецкой социал-демократии в ЧСР. В период с октября 1938 г. по март 1939 г. происходило постепенное свертывание деятельности НСДРП(Ч) на территории Чехословакии и подготовка к переходу на нелегальное положение и организации эмиграции. Отябрь- ноябрь 1938 г. характеризуется растерянностью в рядах партийцев. 1 октября 1938 г. было объявлено о свертывании деятельности НСДРП(Ч) в районах, отходивших Германии; на территории "второй республики" создавалось так называемое "партийное представительство", которое должно было в числе прочих задач "помочь своим соратникам обрести новую родину". "Прощание с родиной" стало лейтмотивом всех последних номеров пражского "Социал-демократа".
Судето-немецкой социал-демократии пришлось столкнуться с серьезными трудностями при организации деятельности на территории "второй Чехословакии". Несмотря на то, что партия не была запрещена, как это произошло с КПЧ, чехословацкое руководство ужесточило контроль за судето-немецкими социал-демократами: местные секретариаты партии были обязаны подавать в полицию сведения обо всех эвакуированных членах НСДРЩЧ), прибывших из Судетской области. Чехословацкая тайная полиция активно сотрудничала с аналогичными организациями Германии, передавая последним сведения об антифашистских силах.
Несмотря на это, сама партия продолжала свою деятельность на оставшихся чехословацких территориях вплоть до конца февраля 1939 г., хотя ее политическая активность и ее значимость была невелика. Фактически НСДРЩЧ) находилась на полулегальном положении. В январе 1939 г. большинство ведущих членов НСДРП(Ч) 2500 человек находились в Праге. 22 февраля 1939 г. на последнем заседании руководства партии приняло решение о прекращении ее деятельности и создании за границей "Сообщества судето-немецких социал-демократов" (TreugemeinschaftSudetendeutscherSozialdemokraten - далее ТГ). Лидеры партии отмечали сложность ситуации, в которой не удалось установить контакт со многими партийцами. В силе было оставлено то партийное руководство, что было избрано на последнем съезде. Организационными мероприятиями было поручено заниматься Э. Паулю и 3. Таубу.
Многие руководители партии оставались в стране вплоть до занятия гитлеровскими войсками всей территории ЧСР. 15 марта 1939 г. 3. Тауб, В. Якш и другие лидеры судето-немецкой социал-демократии укрылись в английском посольстве в Праге. Для председателя партии был разработан путь побега, в котором его сопровождал де Витте. Под видом чешских туристов по фальшивым документам лидеры НСДРП(Ч) достигли Польши. Они перешли границу на лыжах; из Польши перебрались в Швецию, а впоследствии — в Великобританию, где налаживали деятельность партии в эмиграции.
Всего в эмиграции оказалось около 10.000 судето-немецких социал-демократов из общего числа в 30 000, покинувших оккупированные гитлеровской Германией районы ЧСР. Таким образом, большинство членов партии остались под властью нацистов. Трагически сложились судьбы Л. Чеха и ряда его соратников, которые работали в краевом секретариате Брюнна вплоть до 15 марта 1939 г. Чех, по свидетельствам его друзей, до самого последнего часа не верил в возможность германской оккупации Чехословакии. В первые месяцы после оккупации он продолжал спокойно жить; затем сначала его выселили из квартиры, в июне 1940 г. нацисты изъяли его библиотеку, запретили выписывать газеты, слушать радио, изъяли телефон. Только в марте 1942 г. Л. Чех был брошен вместе с женой в концентрационный лагерь Терезиенштадт, где вскоре умер. Судьбу Л. Чеха разделили И. Полах и Э. Штраус.
Официальным центром партийной эмиграции была выбрана Англия, что было связано как с особыми обязательствами, что взяла на себя эта страна перед ЧСР после Мюнхенских соглашений, так и особыми отношениями между лейбористами и НСДРП(Ч). Формальное руководство эмиграцией в Лондоне принял на себя В. Якш. Стал выходить печатный орган организации судето-немецкой социал-демократии газета "Социал-демократ"; В. Якш и его товарищи развернули активную пропагандистскую работу. Они пытались установить связь со всеми социал-демократическими эмигрантами, рассылая многочисленные послания от имени партийного руководства. Оказывалась помощь социал-демократам в поиске работы, особой поддержкой пользовались студенты. В. Якш и его товарищи организовали сбор средств в "Издательский фонд", из которого финансировались газета "Социал-демократ" и прочие печатные издания ТГ.
Однако среди эмигрантов быстро проявились противоречия, связанные как с идеологическими, так и с конкретно-политическими расхождениями. Противоречия внутри эмиграции проявились уже на первом заседании партийного руководства в изгнании 24 мая 1939 г. Оппозиция выдвинула требование изменить название организации, выступив против понятия "су-дето-немецкая социал-демократия" и настаивая на включении в название слов "нелегальная партия". Противники курса партийного руководства настаивали на сближении с чехословацкими социал-демократами, не принимая возражений о том, что последние фактически перешли на коллаборационистские позиции. Разгорелась дискуссия по вопросу о партийной программе. Оппозиция настаивала на создании новой программы. Партийное Руководство возражало, что у НСДРП(Ч) как таковой не было собственной партийной программы. В целом оппозиция настаивала на реанимации прежнего партийного активистского курса, не принимая во внимание качественно новую политическую ситуацию. Однако и само руководство эмиграции фактически сохраняло верность старому курсу, хотя вернее было бы говорить о состоянии растерянности, отсутствии четких программных установок и ориентации, как у него, так и у оппозиции.
Таким образом, заключительный этап деятельности партии немецкой социал-демократии в Чехословакии был связан с трагическими событиями аншлюса Судето-немецкой области и ликвидации Чехословацкого государства. Оказавшись в эмиграции, судето-немецкие социал-демократы не избежали острых дискуссий и расколов. Однако партийное ядро сохранилось, и после 1945 г. влилось в состав партии германской социал-демократии.