Однак наприкінці 30‑х років вся підготовча робота з розгортання партизансько-підпільної боротьби на випадок війни була призупинена, партизанські формування, склади з зброєю, боєприпасами, спорядженням, підривними засобами ліквідовано. Сфабриковано справу на заступника наркома оборони СРСР М.М. Тухачевського, «викрито змову» проти Сталіна та його найближчого оточення, які намагалися ліквідувати політичну систему, створену «вождем народів».
Причиною репресій і переслідувань було також і те, що ця діяльність не узгоджувалась з положеннями радянської воєнної доктрини, яка не передбачала ведення бойових дій на радянській території. Сталін вважав, що офіційне прийняття на озброєння Червоною Армією тактики «малої війни» означало б те, що Радянський Союз не виключає можливості розв'язання Німеччиною війни проти СРСР, з якою він намагався встановити дружні відносини, підписавши 23 серпня 1939 р. політичний договір про ненапад.
В спогадах колишній начальник Українського штабу партизанського руху Т.А. Строкач писав: «До нелегальної боротьби, хоч і говорили про неминучість оборонної війни, наших людей ніхто не готовив. Якби ще 20 червня 1941 р. хтось заікнувся про те, що підпільну війну доведеться вести Україні, Білорусії, Прибалтійським республікам, того б назвали панікером… Наш народ не був підготовлений морально до можливих поразок на фронтах, до можливої нелегальної підпільно-підривної роботи в тилу ворога, що вимагало спеціального навчання».
Одним з перших документів виданих з метою мобілізувати радянський народ на відсіч німецькому агресорові була директива РНК СРСР і ЦК ВКП прийнята 29 червня 1941 р. В ній містилися заклики до партійних і радянських органів виступити організаторами опору німецьким загарбникам. Однак в ній не були конкретизовані форми, методи, засоби боротьби. На місцях працівники партійних комітетів органів влади не знали з чого починати, кого залишати в підпіллі, хто має складати партизанські загони, зібрати зброю, боєприпаси, одяг для бійців, як забезпечити їх продовольством. Нерідко траплялося, що керівники партійних комітетів, радянських органів влади в районах, яким загрожували окупація ганебно кидали свої посади і тікали в тил.
3 липня 1941 р. Директива була озвучена Сталіним І. В. в зверненні до радянського народу, в ньому містився заклик населення до партизанської боротьби, в зайнятих ворогом районах потрібно створювати партизанські загони, кінні і піші, створювати диверсійні групи для боротьби з частинами ворожої армії, для розпалювання партизанської боротьби всюди, для підриву мостів, доріг, порчі телеграфів і телефонного зв'язку, підпалу лісів, складів, обозів, створювати неcтерпні умови для противника, шукати і винищувати його на кожному кроці, при відступі Червоної Армії. Не залишати противникові ні одного кілограма хліба, хліб здавати під збереження державним органам для вивозу в тил, хліб і горюче, яке неможливо вивезти знищувати.
З метою виконання приписів документів, виданих центральними органами, ЦК КП У 30 червня 1941 року створив оперативну групу, яка мала займатись організацією партизанської боротьби, відбором кадрів, формуванням загонів.
5 липня 1941 року ЦК КП У ухвалив постанову про організацію партизанських загонів і створення партійного підпілля.
Заклики до організації опору ворожій навалі містились у зверненні Президії Верховної Ради УРСР, РНК УРСР, ЦК КП У до українського народу 7 липня 1941 року. Зокрема, в цих документах зазначалося: «Де б не з'явився ворог він має знайти собі могилу. Хай кожна хата і будинок, хай кожне місто і село несуть смерть гітлерівським розбійницьким зграям».
При воєнних радах фронтів осінню 1941 року з участю представників місцевих партійних органів стали створюватись спеціальні оперативні групи. 1 листопада 1941 року при воєнній раді Південно-Західного фронту була створена оперативна група на чолі з секретарем ЦК КП У М.С. Співаком. До складу увійшли Н.Е. Гавриленко, Л.П. Дрожжин, А.Н. Зленко, Г.Н. Караваїв, В.С. Костенко.
З метою надання практичної допомоги регіональним партійним органам М.С. Хрущов, Д.С. Коротченко, М.О. Бурмистенко, М.С. Гречуха, М.С. Співак провели низку нарад в Києві, Воротилові, Сталіно, Харкові, Новоград-Волинському та інших містах.
Однак плани багатьох обкомів, райкомів партії так і залишились здебільшого на папері, внаслідок допущених помилок та прогалин у виборі структури, організації, способах діяльності, конспірації, доборі членів підпільних організацій та груп, безвідповідального ставлення тих партійних керівників, яким було доручено займатись цією справою, найперше це в західних регіонах України.
Помилкою було і те, що перші загони діяли в прифронтовій смузі насичені ворожими військами. Не навчені, не оснащені, не пристосовані до діяльності в умовах фронту партизани масово гинули, не завдавали втрат противникові, тоді як в глибокому тилу ворога панував спокій.
У звіті Ворошиловградського обкому КП У про партизанський рух і діяльність підпільних організацій на території області відзначалось, що в ряді районів добір людей на роботи в тилу противника був поспішним і проводився без всебічного їх вивченн і провірки. Це привело до проникнення в підпільні організації та партизанські загони політично не стійких елементів, які згодом стали на шлях дезертирства або зради. Організація зв’язку здійснювалась не професійно. Конспіративні та явочні квартири не відповідали своєму призначенню.
Однією з причин невдач в розгортанні партизансько-підпільної боротьби було те, що певна частина населення була невдоволена існуванням сталінського режиму. Створена Сталіним адміністративно-репресивна система була антигуманною і антиморальною за своєю суттю. Жорстока громадянська війна, жертви, що їх зазнав народ, насильницька колективізація, голодомор, репресії, нагнітання в країні всеохоплюючої підозрілості, страху, привело до того, що люди зневірилися у соціалізмі. Частина населення у приході німців вбачала порятунок від жорсткої репресивної політичної системи. Негативне ставлення до існуючого ладу посилилось під впливом поразок радянських збройних сил, завданих німецьким вермахтом. Приголомшливо подіяв на населення безладний відступ величезної маси військових, які фактично втікали від наступаючої армії. Перша реакція на заклики партійних органів включатися в партизанську боротьбу у населення викликав великий сумнів щодо можливості зупинити німецьку армаду силами партизанів, коли з цим не впоралась армія, оснащена новітньою технікою. У початковий період війни склалося враження, що СРСР не вистоїть, буде розгромлений. Не спрацювали ідеологічні штампи про те, що у випадку агресії радянські люди «всі як один стануть на захист соціалістичної Батьківщини», про «згуртованість та дружбу між народама СРСР», «радянський патріотизм». Особливе становище склалося в західних регіонах республіки, які зазнали жахливої радянізації після їх включення до складу СРСР. Навіть після початку війни тут продовжувались репресії, тисячі неблагонадійних ворогів народу, що знаходились у в’язницях розстрілювались. У відповідь на заклики Сталіна залишати за собою мертву землю, спеціальні частини підривали промислові підприємства, залізниці, затоплювали шахти, знищували врожай. Найцінніше обладнання, техніка, сировина були вивезені до східних регіонів СРСР. Пояснення було єдине, щоб цим не скористались німецькі окупанти. До партизанів, як представників тоталітарної влади, які виступали на її захист населення, принаймі у перший період війни ставилося стримано, а то й вороже. Як свідчать джерела причиною цього були репресії, залякування, терор, розстріли жителів населених пунктів, які на погляд партизанських командирів, не досить лояльно ставились до них як представників радянської влади, не бажали вступати до загонів, або відмовлялись надавати допомогу.
Отже, як ми бачимо практичний досвід організації і тактики партизанського руху в роки громадянської війни було забуто, а на теоретичні розробки накладено табу. Катастрофічні поразки на фронтах, величезні людські і матеріальні втрати, що їх зазнали збройні сили СРСР, змусили радянсько-партійне керівництво вживати заходів для розгортання партизанської боротьби в тилу німецьких військ. Однак ці перші кроки супроводжувались помилками, прогалинами в роботі.
2.2 Збройна боротьба партизанів та підпільників
Наявність великих лісових масивів у північних районах України, сприяла концентрації партизанських формувань, які розгорнули активну бойову і агітаційно-масову діяльність. Вигідні географічні умови Сумської області зробили її центром формування партизанських загонів. В вересні 1941 р. почали свою діяльність загони, якими керували С.А. Ковпак, С.В. Руднєв. В жовтні загони об'єднались. На стику Чернігівської, Сумської області діяв загін на чолі з А.Н. Сабуровим створений в основному з військовослужбовців. На території Сумської області також діяли загони Н. І. Воронова, С.М. Гнібіди, Ф.Е. Канавца, К. І. Погорілого. 15 грудня 1941 р. на території південного масиву Брянських лісів відбулася нарада командирів і комісарів. Створено штаб для вирішення питань взаємодії загонів. Навесні 1942 р. шляхом об'єднання розрізнених загонів діяло два великих з'єднання на чолі з О.М. Сабурова і С.А. Ковпака. Зимою-весною 1942 р. контролювали Середино-Будський, Хильчицький район.
Бурхливого розвитку набрав партизанський рух в південно-західній частині Чернігівщини, суміжних районах Київської області, де розкинулись значні лісові масиви. У північних районах Чернігівської області розгорнув бойову діяльність обласний партизанський загін під командуванням О.Ф. Федорова, який водночас був секретарем Чернігівського обкому партії. Загін утворився в листопаді 1941 р. в результаті об'єднання загонів Корюківського, Холминського, Райментарівського, Перелюбського районів і розпочав бойові дії з розгрому дрібних німецьких гарнізонів, поліцейських дільниць, здійснювали диверсії на комунікаціях противника. В листопаді 1941 р. німецькі охоронні частини переслідували партизанів, які маневруючи відірвались і вийшли в лісові масиви Орловської області РСФСР. Там діяли спільно з російськими партизанами до літа 1942 р. потім знову повернулись на Чернігівщину.