Свою діяльність розпочали невеликі партизанські загони в Носівському районі в жовтні 1941 р. Серед них загін на чолі з М. І. Стратилатом діяв в Бобровицькому, Любецькому, Гродненському районах
В Новобасанському районі розгорнули бойові дії загони під командуванням О. Є. Кривця. В Чорнобильському районі на Київщині, в суміжних районах Чернігівської і Комаринському районі Поліської області діяв загін Головача Ф.В.. На Київщині літом – осінню 1941 р. діяло більше 20 партизанських загонів, які нападали на обози, штаби тилових частин, невеликі гарнізон.
Швидка окупаці західних областей України не дала змоги обкомам партії завчасностворити партійне підпілля і партизанські загони. Не дотримувались правил конспірації, що вело до великих людських втрат. Крім того німецька адміністрація запровадила на цих територіх свій адміністративно-територіальний устрій. «Дистрикт Галичина» приєднувався до створеного на польській території Генерал-губернаторства. На окупованій території УРСР створювався Рейхскомісаріат «Україна», до складу якого входили шість генеральних округів: області Рівенська, Луцька, Кам’янець-Подільська, Житомирська, Вінницька, Київська, Запоріжська, Дніпропетровська. З центром у місті Рівне. Чернігівська, Сумська, Харківська, Ворошиловградська області та територія Криму перебували під владою воєнних властей.
Специфічними були умови діяльності партизанських формувань у Харківській і Сталінських областях, які у зв’язку з стабілізацією фронту на довгий час стали прифронтовими. Тут партизани вели боротьбу на лінії фронту і в близькому тилу ворога в тісній тактичній взаємодії з частинами Червоної армії. В смузі оборони 6-ї армії на ділянці фронту діяли вздовж лівого берега Північного Дінця 29 загонів, загальною чисельністю 1000 чоловік. Завдання диверсійного і розвідувального характеру.
Недоліками взаємодії партизан з Червоною Армією було те, що штаби деяких частин армії не були підготовлені до взаємодії з партизанами у розв’язанні питання конкретних оперативно-тактичних завдань. Не було єдиного оперативного органу, який би керував діями партизанського руху, узгоджував дії партизан з операціями Червоної армії. Тому партизанські сили використовувалися мало, іноді виконували незначні завдання зазнаючи значних втрат. Відсутність технічних засобів зв’язку знецінювало розвідувальну діяльність партизанських загонів.
На Правобережжі перша партизанська зона виникла в північно-західній частині Житомирщини. Загони під командуванням В. І. Возбранного, Т.Л. Грімана, В.В. Дружинського. Значну роль тут відігравали організаторські групи, які були перекинуті з тилу. В травні 1942 р. в районі Олевська-Словечне діяла розвідувальна група на чолі з І. А. Петровим. В серпні групи на чолі з І. Ф. Патуржанським, С.Ф. Набокою. В листопаді 1942 р. група на чолі з уповноваженим ЦК КП У С.Ф. Маликовим.
На територію Житомирської, Рівенської, Волинської та інших областей передислокувались восени 1942 р. загони С.А. Ковпака і О.М. Сабурова. В Рівненській області діяли загони під командуванням М.Й. Місюри, М.С. Корчева, Д.С. Попова. Два останні були об'єднані в квітні 1942 р. в один на чолі з Д.С. Поповим. Чимале вогнище партизанської боротьби виникло в районі Нікополя в Дніпропетровських плавнях наприкінці літа на початку осені 1941 р. Плавні стали базою Нікопольського, Криворіжського, Харківського, Апостолівського та інших партизанських загонів. Сюди прибув загін сформований військовою радою Південного фронту в складі 311 бійців. Загалом тут базувалося понад 700 партизанів. У вересні 1941 р. вони об'єднались, утворивши Раду командирів, яку очолив Ф.Т. Рижиков, А.Г. Рівзниченко. Для їх знищення німецьке командування направило 1‑шу бригаду СС, 444 охоронну дивізію та частини 213-ї охоронної дивізії.
На Полтавщині не великі лісові масиви стали місцем дислокації загонів, які намагалися розгорнути діяльність на території Миргородського, Лубенського, та інших районів. На базі цих загонів працював полтавський підпільний обком на чолі з С.Ф. Кондратенком. Сюди восени 1941 року прийшов рейдом з Запоріжської області загін під командуванням І. І. Копьонкіна. У грудні 1941 р. на нараді в Миргородському лісі прийнято рішення про об'єднання всіх діючих загонів. Командиром загону став І. І. Копьонкін.
В південних областях не було великих лісових масивів та інших природніх сховок, що ускладнювало створення необхідних баз і пересування загонів. Тому загони розміщувались переважно в районі гір.
В листопаді 1941 р. в Кримських лісах діяли 27 партизанських загонів, чисельністю близько 4 тис. партизанів. Територія діяльності умовно була поділена на 5 районів на чолі кожного з них стояв партизанський штаб. Керівником партизанського руху в Криму було призначено О.В. Мокроусова, комісаром С.В. Мартинова.
Найбільш поширеною формою партизанських формувань був загін, який складався з декількох бойових підрозділів. Нараховував 30–40 чоловік в степових і більше в лісових районах.
Серед форм партизанської боротьби в тилу ворога найефективнішими були збройні партизанські дії, зокрема напади на ворожі гарнізони, поліцейські кущі, диверсії на комунікаціях, розвідувальні дії, підтримка наступальних операцій радянських військ.
Важливу роль в розгортанні партизанського руху в початковий період війни відігравали військовослужбовці, які не зуміли пробитися з оточення до лінії фронту, ті, що втекли з полону. Серед них: С. Руднєв, О. Сабуров, М. Наумов, А. Гробак, Д. Рванов, І. Федоров, М. Підкоритов… Військові вносили в ряди партизанів дисципліну, порядок, організованість, знання та володіння зброєю, військовою технікою, мінно-підривною справою. Сприяли підвищенню боєздатності партизанських формувань, займались підготовкою кадрів, навчанням цивільних бійців військовій справі, плануванням і здійсненням бойових операцій, диверсійною діяльністю.
За офіційними даними до кінця 1941 року для дій у тилу ворога було сформовано 883 загони, понад 1700 диверсійних і розвідувальних груп, загальною чисельністю 35 тисяч чоловік. Формування партизанських сил і підпілля завершилось влітку 1942 року. Діяло 716 партизанських загонів, чисельністю 24900 чоловік, 605 винищувальних груп з 1880 бійців, 493 розвідувально-диверсійні групи.
В Україні роботою з організації боротьби в тилу ворога керували члени Політбюро і секретарі ЦК КП У – М.О. Бурмистенко, М.С. Гречуха, Л.Р. Корнієць, Д.С. Коротченко, М.С. Хрущов, М.С. Співак, Й.Г. Лисенко. Під їх керівництвом проведено наради секретарів обкомів, міськомів, райкомів, партії з питань перебудови роботи на воєнний лад та організації боротьби в тилу ворога. Первинними ланками підпілля були партійні організації, осередки та групи, які створювались в містах та селах і підпорядковувались міськкомам та райкомам. При підпільних організаціях створювались диверсійні та розвідувальні групи. Перед тим як фашиські війська вступили до Києва у місті залишилась розвідувальна група на чолі з І. Д. Кудрею. У Миколаєві діяла розвідувальна група на чолі з В.О. Легіним, в Одесі група на чолі з В.О. Молодцовим. Усього протягом 1941–1942 рр. було підготовлено і закинено на окуповану територію 84 такі групи, чисельністю 1189 чоловік. Послано 10908 розвідників одиночок.
Важливого значення надавалося добору і підготовці явочних квартир, зв'язкових через відсутність технічних засобів. Зокрема в Києві було підібрано 64 явочних квартир, у Харкові – 55, Сумській області – 100, Одеській – 104, Ворошиловградській – 120.
Ретельно підбирались зв'язківці, серед яких багато було молоді, дівчат, жінок. Серед них по Києву М.Я. Гурська, О.С. Козак, Н.Ф. Малиновська, М.С. Родіна. Дніпропетровській області – Н.О. Сарана, В.Я. Портенко, по Донбасу – П. І. Колодін, Сумській – П.Ю. Вікторов, по Полтавській – Л.О. Бугорська, Харківській – А.П. Коротун.
В Дрогобицькій, Львівській, Станіславській і Тернопільській областях створено Дистрикт Галичина. Організованим групам, які засилалися КПУ в ці області важче було туди пробитись, бо крім лінії фронту доводилось проходити кордони дистрикту.
Однак на початок війни не було створено єдиного керівного центру, що приводило до доблювання і прорахунків. У молодих керівників не було досвіду роботи. З швидким просуванням ворога партійні комітети створювались поспіхом, без підготовки і інструктурування. Все це було однією з причин помилок, провалів і загибелі багатьох підпільників. Протягом 1941 р. роботу в тилу змогли наладити лише 13 підпільних обкомів, 110 міськкомів і райкомів партії, 4 обкоми комсомолу.
Найбільш успішно діяли підпільні обкоми створені на базі партизанських загонів. Чернігівський підпільний обком партії, який діяв на базі партизанського загону очолюваного М.М. Попудренком налагодили зв'язки з підпільними організаціями на півночі області. Під їх керівництвом почали роботу Холменський, Іваницький, Грем’яницький, Носівський райкоми партії.
Полтавський підпільний обком під керівництвом С.Ф. Кондратенка, Г.Ф. Яценка дислокувалися в розташуванні партизанських загонів в Гадяцькому лісі. Під їх керівництвом розпочали роботу Гадяцький, Лохвицький, Лубенський, Сенчанський, Миргородський, Зінківський підпільні райкоми партії та 25 партійних осередків. З перших днів окупації Полтави створено підпільну комсомольську організацію Лялею Убийвовк. Писала листівки до народу закликаючи до боротьби з ворогом. В одній з них писала:«Народе мій! 28 квітня на вулицяхГребінки німецькі варвари давили наших військовополонених. Кров батьків і братів нашихкличе до помсти.Кров за кров! Смерть за смерть!». Внизу підпис:«Нескорена Полтавчанка».