15 июля, через пять дней после отъезда Жданова из Москвы и за полтора месяца до его смерти, ПБ приняло такое решение: «В связи с неправильным, не отражающим позицию ЦК ВКП(б) докладом т. Ю. Жданова по вопросам биологической науки, принять предложение Министерства сельского хозяйства СССР, Министерства совхозов СССР и Академии сельскохозяйственных наук имени Ленина об обсуждении на июльской сессии Академии сельскохозяйственных наук доклада акад. Т. Д. Лысенко на тему: «О положении в советской биологической науке», имея в виду опубликование этого доклада в печати». 7 августа сессия ВАСХНИЛ завершила свою работу объявлением взглядов Лысенко как единственно верных. 25 августа все газеты сообщили о «разгроме антинаучного учения» в биологии, а 1 сентября — о смерти Жданова после тяжелой и продолжительной болезни. Так Маленков избавился от давнего соперника в партаппарате. «Девятка» же, потерявшая одного из своих членов, месяц спустя пополнилась Косыгиным, одновременно переведенным из кандидатов в члены ПБ. Однако теперь борьба за власть не только не стихла, но, наоборот, вступила в еще более жесткую фазу. Вскоре ее жертвами стали четыре члена узкого руководства.
28 января 1949 г. «Правда» там, где обычно ставились материалы по искусству и литературе, поместила редакционную статью «Об одной антипатриотической группе театральных критиков». Ее подготовили главный редактор газеты Поспелов и Маленков, используя текст записки и проекта постановления ЦК по этому вопросу, подписанные Шепиловым. С этого момента началась борьба с космополитизмом — одна из самых шумных и разнузданных пропагандистских кампаний тех лет. Спровоцированная ею «охота на ведьм» и оголтелый, рожденный низкой завистью и интригами поиск «врага» в узком коллективе завершились потом так же внезапно, как и начались. Но они временно отвлекли внимание граждан от событий, информация о которых, крайне выборочная и более чем скупая, прошла как бы незамеченной.
В роковой для театральной критики день Кузнецов лишился своих прав по надзору за работой отделов административного и машиностроения и вообще оказался вне Секретариата ЦК. Правда, решение ПБ, принятое 28 января 1949 г., говорило вроде бы о совершенно ином: создании «в целях улучшения связи между ЦК ВКП(б) и парторганизациями отдаленных областей, краев и республик» Закавказского, Среднеазиатского и Дальневосточного бюро ЦК ВКП(б) и об утверждении руководителем последнего именно Кузнецова. Документ исходил из отдела партийных, профсоюзных и комсомольских органов, которым ведал Маленков. А 15 февраля появилось еще одно решение ПБ — «Об антипартийных действиях члена ЦК ВКП(б) т. Кузнецова А. А., кандидатов в члены ЦК ВКП(б) тт. Родионова М. И. и Попкова П. С.». В нем, означавшем рождение «Ленинградского дела», указывалось: «Снять т. Кузнецова с поста секретаря ЦК ВКП(б) и объявить ему выговор». Там же отмечалось: указать т. Вознесенскому, который «поступил неправильно».
Затем последовала неожиданная реакция на проведение в Ленинграде оптовой ярмарки. 4 марта, незадолго перед началом работы 4-й сессии Верховного Совета СССР, ПБ освободило с поста министра иностранных дел Молотова, а Микояна — с поста министра внешней торговли и утвердило вместо них А. Я. Вышинского и М. А. Меньшикова. На следующий день, постановлением СМ, Вознесенского сняли с должности председателя Госплана СССР. 7 марта, по решению ПБ, его лишили должностей заместителя председателя СМ, члена БСМ и ПБ. 12 марта был ликвидирован отдел внешних сношений ЦК. Взамен образовали Внешнеполитическую комиссию, во главе которой поставили шеф-редактора органа Информбюро — газеты «За прочный мир, за народную демократию» В. Г. Григорьяна.
24 марта решением ПБ министром вооруженных сил назначили Маршала Советского Союза А. М, Василевского, а Булганину поручили наблюдение за деятельностью 2-го и З-го комитетов (созданы в 1945—1946 гг. и отвечали соответственно за атомную технику и ракетостроение) при СМ СССР, министерств авиапромышленности и вооружения, Сталину же — кураторство над министерством вооруженных сил. 25 апреля перераспределение обязанностей вновь изменили: министерство вооруженных сил возвратили в ведение Булганина, сосредоточив в его руках контроль за работой всего Военно-промышленного комплекса (ВПК). Еще 6 апреля Молотову, почти три десятилетия занимавшемуся преимущественно проблемами внешней политики, поручили возглавить Бюро СМ по металлургии и геологии. За этими перемещениями стояли прежде всего личное соперничество, ничем не прикрытая борьба за власть, страх оказаться проигравшим.
Но свидетельствовали кадровые перестановки и об ином: они отражали возраставшую неуверенность в правильности избранного курса, опасение перед неясным будущим страны. В дальнейшем играли сильную роль и такие факторы, как: заявление 14 января 1949 г. госдепартамента США, а 20 января и президента Трумэна о готовности США присоединиться к Западному союзу; 4 апреля последовал договор о создании НАТО, включившем 12 стран; в конце марта — начале апреля США, Великобритания и Франция провели сепаратное изменение западных границ Германии, а затем приняли решение об объединении своих оккупационных зон и создании на их основе единого западногерманского государства. Раскол мира все более становился реальностью.
Контрмерой, которую СССР смог себе позволить при создавшихся условиях, стало проведенное в Москве 5—8 января 1949 г. совещание, на котором объявили о создании Совета экономической взаимопомощи. Прочность восточного блока подкрепляли присутствием советских войск в Польше, Венгрии, Румынии и новыми репрессиями против несогласных с консолидацией вокруг СССР. Уповали и на советский атомный проект, за который отвечал Берия. Отсюда — стремление не затрагивать его тогда на всех витках борьбы за власть, не ущемлять его статуса и роли. Пожертвовать можно было кем угодно, но только не им. Столь же твердое положение неожиданно обрел Булганин, сосредоточивший в своих руках полномочия по ВПК. Позволить себе продолжить личную борьбу могли только Молотов и Маленков, что они и не преминули сделать.
12 июня, через два месяца после очередного поражения, Молотов вернулся к привычным обязанностям. Не Вышинский, Меньшиков и Меркулов (после снятия с должности министра госбезопасности назначенный сначала заместителем начальника, а затем начальником Главного управления советским имуществом за границей), а вновь Молотов теперь вносил предложения в ПБ по работе МИДа и Внешнеполитической комиссии и отвечал за их деятельность. Новая утрата Маленковым некоторых позиций проявилась позже, когда ему пришлось поступиться единоличным контролем над идеологией. 20 июня Суслова вторично назначили заведующим Агитпропом, а 30 июня — главным редактором «Правды». Затем подверглась коррективам роль Маленкова в БСМ, после устранения оттуда Вознесенского казавшаяся другим членам «семерки» чрезмерной. 1 сентября от имени ПБ появилось решение, возвестившее об очередной реорганизации СМ, в котором БСМ было количественно расширено и переименовано в Президиум. Председательствование на его заседаниях возложили «поочередно на заместителей Председателя Совмина СССР тт. Берия, Булганина, Маленкова, Кагановича и Сабурова». В этой новой администрации Каганович, получивший по возвращении из Киева пост председателя Госснаба СССР, структуры, только что выделенной из Госплана, призван был не столько действовать, сколько олицетворять преемственность, представляя вместо Молотова былых сталинских сподвижников. Сабурову же предстояло действительно работать, заменяя своего предшественника по Госплану СССР Вознесенского и выполняя обязанности единственного в ПСМ профессионала-экономиста.
Очередной состав руководства продержался у власти всего семь месяцев. Успешное испытание атомной бомбы в СССР, переход от научных разработок и экспериментов к плановому производству атомного оружия позволили изменить нарушенный еще в конце войны традиционный баланс сил, восстановив прежнее преимущество сталинских наркомов. Первым отчасти вернул себе утраченное положение Микоян, 26 января 1950 г. получивший пост председателя Бюро СМ по торговле и пищевой промышленности. Затем Молотов тоже сменил должность: 13 февраля он возглавил Бюро СМ по транспорту и связи. Это позволило ему снова участвовать в решениях внешнеполитических вопросов.
7 апреля 1950 г. ПБ (точнее — «семёрка») обсудило «Вопрос Совета Министров СССР» и постановило «Принять следующее предложение тов. Сталина: ...Образовать Бюро Президиума Совета Министров СССР, поручив ему рассмотрение срочных вопросов текущего характера, а также вопросов секретных. Утвердить Бюро Президиума Совета Министров СССР в следующем составе: Председатель Совета министров СССР И. В. Сталин, первый заместитель Председателя Совета Министров СССР Н. А. Булганин, заместители Председателя Совета Министров СССР Л. П. Берия, Л. М. Каганович, А. И. Микоян, В. М. Молотов. Председательствование на заседаниях Бюро Президиума Совета Министров СССР в случае отсутствия тов. Сталина осуществлять первому заместителю Председателя Совета Министров СССР тов. Булганину Н. А.».
Откровенное подчеркивание того, что данное решение исходит напрямую от генсека, являлось не случайным. Новая реорганизация стала открытым (на сей раз) вмешательством Сталина в борьбу претендентов за наследование его власти. Во всех иных случаях генсек действовал как бы закулисно. Но спустя всего неделю, 15 апреля, та же «семёрка» согласилась с настойчивым желанием Маленкова вернуться в Бюро Президиума Совмина (БПСМ), ибо он не захотел довольствоваться положением второго лица только в партии, и приняла, по сути дела отменяя предыдущее, еще одно решение: «Ввести в состав членов Бюро Президиума Совета Министров СССР тов. Маленкова Г. М.».. Возвращение Маленкова в БПСМ облегчило то, что он, как ему тогда казалось, подыскал надежного и верного союзника, которому смог доверить текущие дела Секретариата ЦК и ОБ: воспользовавшись очередной анонимкой, поступившей в ЦК и обвинявшей Г. М. Попова в бездушном, пренебрежительном отношении к людям, их заботам и нуждам, Маленков, Берия, Каганович и Суслов как члены специальной комиссии 1 ноября 1949 г. создали «дело» московского первого секретаря. 12 декабря последовало решение ПБ о смещении Попова со всех партийных постов, на следующий день — о назначении секретарем МКи МГК и секретарем ЦК партии Хрущева. Закрепление и без того твердых позиций Маленкова в партаппарате завершилось в мае — июне 1950 г. первым этапом перемещений заведующих отделами. Отдел партийно-профсоюзно-комсомольских органов возглавил Г. П. Громов, административный — В. Е. Макаров, тяжелой промышленности — В. И. Алексеев, машиностроения — И. Д. Сербии, планово-финансово-торговый — Н. Н. Шаталин.