Совет Федерации утверждает изменение границ между субъектами Федерации (п.«а» ч.1 ст.102). В соответствии с ч. З ст.67 Конституции границы между субъектами РФ могут быть изменены только с их взаимного согласия. Совет Федерации, во-первых, должен установить наличие такого согласия, во-вторых, санкционировать договоренность соответствующих субъектов Федерации, если при этом не нарушаются интересы других субъектов РФ.
Только в п.«б» и «в» ч.1 ст.102 Конституция предусмотрела два случая, когда указы Президента РФ нуждаются в утверждении другим государственным органом - Советом Федерации. В соответствии со ст.88 Конституции Президент РФ при обстоятельствах и в порядке, предусмотренных федеральным конституционным законом, вводит на территории России или в отдельных ее местностях чрезвычайное положение, а в случае агрессии против России или непосредственной угрозы агрессии, как сказано в ст.87 Конституции, вводит на территории России или в отдельных ее местностях военное положение. В обоих случаях Президент обязан незамедлительно сообщить об этом Совету Федерации и Государственной Думе. Далее Совет Федерации должен решить вопрос об утверждении указа Президента о введении чрезвычайного или военного положения.. Военное положение вводит Президент, являющийся Верховным Главнокомандующим Вооруженными Силами РФ (ч.1 ст.87 Конституции), и только Президент может его отменить. Вместе с тем отказ Совета Федерации утвердить соответствующий указ Президента делает этот указ противоречащим Конституции (в противном случае содержание п.«б» и «в» ч.1 ст.102 утрачивает смысл), и Президент обязан его отменить.
Вопрос о возможности использования Вооруженных Сил РФ за пределами ее территории (п. «г» ч.1 ст.102) затрагивает общие интересы не только народа России в целом, но и народов субъектов Федерации, а поэтому каждый раз решается Советом Федерации. Соответственно решение вопроса об использовании Вооруженных Сил в пределах России относится к компетенции Верховного Главнокомандующего.
Назначение выборов Президента РФ и отрешение его, также относится к ведению Совета Федерации.
Кадровые назначения, осуществляемые Советом Федерации, о которых говорится в п.п.«ж» и «з» ч.1 ст.102 (назначение судей Конституционного Суда РФ, Верховного Суда РФ и Высшего Арбитражного Суда РФ, назначение на должность и освобождение от должности Генерального прокурора РФ) входят в механизм сдержек и противовесов в отношениях между ветвями власти и в федеративных отношениях. Однако неурегулированность таких вопросов, как сроки предложения кандидатур Президентом, возможность или невозможность вторичного внесения отклоненной кандидатуры, порождает серьезные проблемы в сфере эффективного функционирования отдельных из указанных государственных органов.
Пункты «а» и «б» ч.1 ст. 103 Конституции раскрывают принцип ответственности Правительства перед нижней палатой парламента. Пункты «и» ч.1 ст. 102 и «г» ч.1 ст. 103 дают полномочия Совету Федерации и Государственной Думе формировать на паритетных началах Счетную палату. Пункт «ж» ч.1 ст.103 позволяет Государственной Думе выдвигать обвинение против Президента РФ.
Назначение на должность и освобождение от должности Председателя Центрального банка России отнесено к ведению Государственной Думы (п.«в» ч.1 ст.103) ввиду того, что данное должностное лицо призвано исходить из общефедеральных интересов при проведении кредитно-денежной политики и быть в значительной степени независимым от субъектов РФ. В решении вопроса об освобождении от должности Председателя Центрального банка РФ Конституция предоставляет Государственной Думе существенно большую самостоятельность, чем Совету Федерации в вопросе об освобождении от должности Генерального прокурора РФ. В последнем случае Президент РФ «вносит в Совет Федерации предложение» об освобождении от должности (п.«е» ст.83 Конституции), а в первом Президент «ставит вопрос» об освобождении от должности Председателя Центрального банка (п.«г» ст.83). Причем ч.2 ст.129 Конституции ясно определяет, что Генеральный прокурор может быть освобожден от должности Советом Федерации только по представлению Президента. Аналогичного положения о Председателе Центрального банка Конституция не содержит. Таким образом, Конституция предполагает, что Председатель Центрального банка может быть освобожден от должности Государственной Думой не только по инициативе Президента.
Объявление амнистии (п.«е» ч.1 ст.103), назначение и освобождение от должности Уполномоченного по правам человека (п.«д» ч.1 ст.103) - это единственные вопросы, на решении которых палатой федерального Собрания (а именно - Государственной Думой) никак не отражаются полномочия других государственных органов, не требуется инициатива Президента, а решение может породить только те последствия, которые предусмотрены в самом решении.
Другая группа полномочий Федерального собрания РФ связана с организацией деятельности палат. В соответствии со статьей 101 Конституции РФ Государственная Дума и Совет Федерации избирают из своего состава Председателей и их заместителей.
В соответствии с п. 3 ст. 101 Конституции РФ Совет Федерации и Государственная Дума образуют комитеты и комиссии, проводят по вопросам своего ведения парламентские слушания. Практически все наиболее значимые вопросы, рассматриваемые палатами, проходят через их комитеты и комиссии.
В Государственной Думе первого созыва (1994-1995 гг.) действовала 1 постоянная комиссия - мандатная - и 23 комитета - по законодательству и судебно-правовой реформе; по труду и социальной поддержке; по охране здоровья; по экологии; по образованию, культуре и науке; по делам женщин, семьи и молодежи; по бюджету, налогам, банкам и финансам; по экономической политике; по собственности, приватизации и хозяйственной деятельности; по аграрным вопросам; по промышленности, строительству, транспорту и энергетике; по природным ресурсам и природопользованию; по обороне; по безопасности; по международным делам; по делам Содружества Независимых Государств и связи с соотечественниками; по делам национальностей; по делам Федерации и региональной политике; по вопросам местного самоуправления; по делам общественных объединений и религиозных организаций; по организации работы Государственной Думы; по информационной политике и связи; по вопросам геополитики. В Государственной Думе второго созыва осталась та же постоянная Мандатная комиссия и было сформировано 28 комитетов. По сравнению с первым созывом Думы, появились новые комитеты - по делам ветеранов; по конверсии и наукоемким технологиям; по туризму и спорту; по проблемам Севера один Комитет (по образованию, культуре и науке) разделился на два (по образованию и науке и по культуре).
Кроме того, в палатах создаются комиссии для специального изучения какого-либо вопроса или для расследования какого-либо дела. Например, в Совете Федерации сформированы Временная комиссия по регламенту, Постоянная наблюдательная комиссия и др. В Государственной Думе были созданы: Комиссия по анализу итогов приватизации в 1992-1996 годах и ответственности должностных лиц за ее негативные результаты, Комиссия по делам беженцев и вынужденных переселенцев и др.Каждая из палат принимает свой регламент и решает вопросы внутреннего распорядка своей деятельности.(п.4.ст.101).
Часть 5 ст. 101 Конституции содержит норму о Счетной палате - контрольном органе. В феврале 1995 г. вступил в силу Федеральный закон «О Счетной палате Российской Федерации», который подробно регулирует ее деятельность. В соответствии со статьей 1 Федерального закона «О счетной палате РФ» счетная палата является постоянно действующим органом государственного финансового контроля, образуемым Федеральным собранием РФ и подотчетным ему. Счетная палата осуществляет контроль за исполнением федерального бюджета и с этих позиций вправе проводить проверку любого государственного органа, финансируемого за счет федерального бюджета (в том числе и по запросам, поступающим из Совета Федерации и Государственной Думы). Счетная палата дает также общую оценку исполнения федерального бюджета.
Согласно ст.2 указанного Федерального закона. Счетная палата решает следующие задачи:
а) организация и осуществление контроля за своевременным исполнением доходных и расходных статей федерального бюджета и бюджетов федеральных внебюджетных фондов по объемам, структуре и целевому назначению;
б) определение эффективности и целесообразности расходов государственных средств и использования федеральной собственности;
в) оценка обоснованности доходов и расходных статей проектов федерального бюджета и бюджетов федеральных фондов;
г) финансовая экспертиза проектов федеральных законов, а также нормативных правовых актов федеральных органов государственной власти, предусматривающих расходы, покрываемые за счет средств федерального бюджета, или влияющих на формирование и исполнение федерального бюджета и бюджетов федеральных внебюджетных фондов;
д) анализ выявленных отклонений от установленных показателей федерального бюджета и бюджетов федеральных внебюджетных фондов и подготовка предложений, направленных на их устранение, а также на совершенствование бюджетного процесса в целом;
е) контроль за законностью и своевременностью движения средств федерального бюджета и средств федеральных внебюджетных фондов в Центральном банке РФ, уполномоченных банках и иных финансово-кредитных учреждениях РФ;
ж) регулярное представление Совету Федерации и Государственной Думе информации о ходе исполнения федерального бюджета и результатах проводимых контрольных мероприятий.
Комитеты палат по вопросам, отнесенным к их ведению, осуществляют подготовку законопроектов, организуют проводимые палатами парламентские слушания, решают вопросы организации своей деятельности. Деятельность комиссий ограничивается определенным сроком или конкретной задачей, для которой она создается.Третья группа полномочий Федерального Собрания РФ связана с принятием законов.