Січ зникла, та січове товариство вижило. Незначна частина запорожців залишилася на місці або повідходила на Правобережжя, Лівобережжя й Слобожанщину. Чимало січовиків повтікало на очаківську територію, підвладну турецькому султанові. Зосередження козацтва в Причорномор'ї не на жарт стурбувало російський уряд. У зв'язку із загостренням російсько-турецьких відносин він наказав новоросійському губернаторові перетягти втікачів на свій бік і створити з них військо. У 1788 р. із запорізьких козаків було сформовано так зване Військо вірних козаків, згодом перейменоване у Чорноморське козацьке військо. У ньому зберігалися давні запорізькі порядки: виборність старшини, поділ на курені, ради, клейноди, печатка. З дозволу властей козаки обрали кошовим отаманом Сидора Білого, а військовим писарем Антона Головатого. Частина запорожців відійшла у гирло Дунаю й там заснувала Задунайську Січ. її внутрішній устрій копіював устрій Запорізької Січі.
Знищення залишків національної державності на Лівобережній Україні
Скасування гетьманства не означало повної ліквідації атрибутів української державності. Ще зберігалися нижчі органи влади, адміністративний поділ, військо, фінансова й судова системи тощо. Царський уряд розпочав широкомасштабний наступ на ці залишки Гетьманщини. У 1764 р. верховним органом влади замість гетьмана і Генеральної військової канцелярії стала друга Малоросійська колегія з чотирьох російських чиновників і чотирьох колишніх генеральних старшин, її очолив президент Петро Рум'янцев. Основне завдання колегії полягало в уніфікації місцевих органів влади й порядків із загальноросійськими та збільшенні збирань у царську казну. Водночас генерал-губернатор Вяземський дістав указ цариці про насильницьку русифікацію Малої Росії, Ліфляндії, Фінляндії і Смоленської провінції, аби вони перестали дивитись, «як вовки в лісі». Щодо України ставилося завдання викорінити з свідомості народу навіть пам'ять про гетьманство, тобто про Українську державу.
Малоросійська колегія не являла собою окремої форми управління Україною, а входила до складу владних структур, очолюваних малоросійським генерал-губернатором і президентом колегії. Вже в перші роки свого існування вона непомітно поглинула Генеральну військову канцелярію, підпорядкувала інші центральні органи Гетьманщини своїм департаментам, прибрала до рук систему комісій, що входили раніше до складу Генеральної військової канцелярії. Діяльність цих установ постійно прилаштовувалася до аналогічних їм форм російських установ, велася уніфікація діловодства. Новостворені департаменти були поставлені під контроль прокурора колегії. Протягом 1766— 1767 pp. колегія перейшла на російську геральдику з двоголовим орлом.
Щоб не втратити контролю над українським судочинством, колегія перетворила Генеральний військовий суд на свій департамент. Те ж саме відбулося з Канцелярією малоросійського скарбу та Генеральною лічильною комісією. Це дозволило колегії встановити пильний нагляд за фінансами Лівобережжя. Канцелярія малоросійського скарбу щомісяця рапортувала колегії та щопівроку сенату про прибутки й витрати «грошової казни». З допомогою Генеральної лічильної комісії проведено ревізію прибутків і витрат України за часів гетьманування Розумовського.
Зазнало суттєвих змін управління козацьким військом. Військово-оперативне керівництво ним взяв на себе Рум'янцев, а нагляд за станом боєготовності перебрала воєнна експедиція колегії. Канцелярія генеральної артилерії втратила право розпоряджатися виробництвом пороху.
Місцеві адміністративні та судові установи щомісяця мали подавати відомості про вирішені й невирішені справи. Таким чином було покладено край тяганині при розгляді багатьох справ. Влада прокурора поширювалась і на дії полковників. Колегія наглядала за тим, щоб полковники вирішували справи з участю полкової старшини. Було зроблено спробу розмежувати на полковому рівні військову й адміністративну влади. Для цього адміністративні справи передбачалося передати предводителю шляхетства. Але в цілому задумане не вдалося, зате було розмежовано компетенцію різних суб'єктів місцевої влади.
Значну увагу приділила колегія чиновництву. З цією метою вона в 1765—1769 pp. провела ревізію належності «вільних» і рангових маєтків. Запроваджувався контроль за наданням посад і звань, президент зрівняв місцеве чиновництво із столичним у платні. З 1768 р. канцеляристи переводились у службових справах під дію російського військового статуту. Були зроблені певні поступки козацькій старшині, їй масово почали надавати звання згідно з «Табелем про ранги». Разом з тим президент вміло розправлявся з проявами старшинської опозиції та невдоволення. Він встановив пильний контроль над виборами депутатів до Законодавчої комісії 1767 р., не зупинявся перед перевиборами, підготовкою лояльних до влади наказів депутатам, арештами й навіть судовими процесами над незадоволеними.
Чимало корисного зробила колегія для врегулювання відносин між українським населенням і військовим командуванням. Вона намагалася не допускати зловживань з боку чинів при реквізиції худоби, зерна, фуражу та інших речей для потреб війська, налагодила відшкодування за них. He-визначені натуральні податки замінили «рубльовим збором». Разом з тим козаки позбавлялися податкового імунітету, далі обмежувалася особиста свобода селянства.
Ставлення українського населення до зміни державного статусу Гетьманщини й введення нових порядків чітко виявилося під час виборів депутатів і перших місяців роботи Законодавчої комісії із складання нового Уложення законів (1767— 1774). Обрані депутати представляли інтереси своїх виборців, часто суперечливі один одному. Але виробилася й спільна тенденція. Через комісію українська громадськість парламентським шляхом спробувала повернути Україні автономію, а її жителям— давні права й привілеї.
Шляхта, до якої були віднесені старшина й поміщики, відстоювала своє панівне становище в суспільстві. Вона домагалася законодавчого закріплення своїх традиційних прав і привілеїв, збереження автономного статусу України, виборності гетьмана, генеральної, полкової та сотенної старшини, її ідеологом виступив депутат від лубенського шляхетства Григорій Політика, один з можливих авторів «Історії Русів». Шляхта бажала також зрівнятися в правах з російським дворянством, дістати підтвердження спадкового права на маєтності, звільнення їх від «рубльового» податку, відновлення шляхетських судів, створення державного банку для шляхетства тощо. Козаки через своїх депутатів прагнули повернути колишнє привілейоване становище, домагалися зрівняння у правах з шляхетством, закріплення землі на правах приватної власності, захисту від власницьких посягань старшини й залучення до примусових робіт. Міщани ставили питання про закріплення за магдебурзькими містами їхніх прав І привілеїв, захист від втручання старшини в міські справи, про дозвіл приймати втікачів від поміщиків, справедливий розподіл податків між всіма горожанами, відновлення залежності ремісників від цехів, цехмістрів тощо.
Дещо іншими були наміри дворянства Новоросії. Його представники виступали за пом'якшення кріпосницьких порядків, розширення прав податного населення, надання кріпакам обмежених прав власності й регламентації повинностей, державний контроль над відносинами поміщика з селянином. Взагалі в роботі комісії проблема кріпацтва постала з усією гостротою й висунулася на перший план. Депутат від поміщиків-недворян і купецтва Новоросії Яків Козельський, депутат від козаків В. Алейников та деякі інші виступили проти існування кріпацтва як головного гальма розвитку країни, приниженості й рабського становища селянства. Царський уряд виявився нездатним звести докупи часто протилежні інтереси населення, не хотів змінювати свій внутрішній курс і тому під приводом початку війни з Туреччиною в січні 1769 р. фактично розпустив комісію, хоч формально вона ще існувала до 1774 р.
У боротьбі з прогресивними силами країни уряд Росії здобув перемогу й продовжив наступ насамперед на національні особливості окраїнних земель. У 1781 р. запроваджено поділ Лівобережної України на три намісництва — Новгород-Сіверське, Чернігівське й Київське. Намісництва ділилися на повіти. Полково-адміністративний устрій перестав існувати. У 1783 р. замість козацьких полків утворено 10 кавалерійських регулярних полків, пізніше перейменованих у карабінерські. Україна втратила свої збройні сили, одну з головних ознак національної держави, і була зведена до стану звичайної окраїни Російської імперії. Залишилися тільки пам'ять та незначні відмінності між різними станами й соціальними групами населення.
Щоправда, уряд царя Павла І (1796— 1801) зробив видимість повернення Україні її національних особливостей внутрішнього устрою. У 1796 р. замість лівобережних намісництв створено Малоросійську губернію з центром у Чернігові й відновлено Слобідсько-Українську губернію. Наступного року почав працювати Генеральний суд. Але зі зміною назв напрям роботи нових установ не змінився. Вони продовжували залишатися загальноімперськими структурами й діяти в інтересах насамперед центральних властей.