Многие казаки тяготились тем, что вынуждены были подчиняться своим бывшим врагам – притеснителям христианской веры, а потому некоторые из них нелегально возвращались на родину, хотя наблюдалась и обратная миграция. В условиях начавшейся новой русско-турецкой войны, в декабре 1806 г. российское командование сформировало новое казачье войско из вернувшихся на Украину задунайских запорожцев, а также беглых украинских и русских крестьян, примкнувших к казакам. Оно было утверждено указом Александра I 20 февраля 1807 г. под названием Усть-Дунайского Буджакского казачьего войска. Узнав об этом, многие недавно закрепощенные крестьяне из соседних местностей стали бежать от своих помещиков, стремясь быть зачисленными в войско. Напуганное правительство поспешило в сентябре того же года новое войско ликвидировать, но около 500 казаков было переселено на Кубань и включено в Черноморское казачье войско. Остальные усть-дунайцы расселились в придунайских степях юго-востока Бессарабии и стали именоваться усть-дунайскими и буджакскими поселенными казаками. Во время русско-турецкой войны 1828-1829 гг. казачье войско в этой местности было восстановлено под названием Дунайского. В него были записаны бывшие казаки, а также переселенцы из Балканского региона, служившие ранее волонтёрами в русской армии, – греки, сербы, болгары, албанцы, а в 1836 г. – даже цыгане. С наступлением мирного времени войско было оставлено для охраны границ по Дунаю, Пруту и черноморскому побережью. В 1856 г., после окончания Крымской войны, Россия потеряла устье Дуная и Южную Бессарабию, где находилась часть земель Дунайского войска, а в 1857 г. последнее было переименовано в Новороссийское. Конфигурация войсковой территории несколько изменилась, но земли 10 станиц и хуторов никогда не составляли компактный массив, не выходя за пределы Аккерманского уезда [16]. Указом 3 декабря 1868 г. Новороссийское казачье войско было упразднено, что вызвало недовольство казаков и даже антиправительственные выступления [17].
В начале войны 1828-1829 гг. турецкие власти потребовали, чтобы Задунайская Сечь готовилась к действиям против русских войск. Кошевой атаман О.М. Гладкий отправил в Силистрию полк из протурецки настроенных казаков, а со сторонниками России (1000–1500 чел., включая семьи), вышел в море на лодках, добрался до Измаила и перешел на сторону российской армии. Турки ответили репрессиями, сурово покарав оставшихся казаков и их семьи, а Сечь на этот раз была окончательно ликвидирована. Из казаков О.М. Гладкого был создан пятисотенный Дунайский казачий полк, преобразованный 4 апреля 1829 г. в Отдельное запорожское войско. После того, как российские войска заняли Северную Добруджу, семьи казаков по большей части вернулись за Дунай. Только в 1830 г. 275 семей бывших запорожцев (1106 чел.) были переселены в Днепровский уезд Екатеринославской губернии, а служащие казаки Гладкого остались при Дунайской флотилии. Но уже тогда многие запорожцы, отказываясь ехать вглубь России, начали возвращаться в Добруджу, т.е. на турецкую территорию. Поэтому в ноябре 1831 г. казаки Гладкого были сняты со службы, и войско получило земли в Александровском уезде Екатеринославской губернии по восточному берегу р. Берда в районе её впадения в Азовское море [18]. Войско было переименовано в Азовское. Наказный атаман и войсковая канцелярия находились в 1832–1838 гг. в местечке Никольске (ставшем станицей), а с 1838 г. – в станице Петровской [19].
С 1837 г. обсуждался вопрос о переселении азовских казаков на восточное побережье Черного моря, либо в окрестности Анапы (где генерал А.И. Будберг предлагал создать из них Закубанское казачье войско). В ходе окончания Кавказской войны, с 1862 г. азовских казаков стали переселять в Закубанье в создававшиеся новые станицы Кубанского казачьего войска. В связи с начавшимися волнениями (некоторые казаки даже ушли в Турцию) и окончанием войны на Кавказе, с 1864 г. переселяться разрешили только добровольцам, и указом 11 октября 1864 г. Азовское казачье войско было упразднено [20].
Иначе сложилась судьба тех запорожцев, которые после ликвидации Сечи в 1775 г. остались на Украине. Угроза новой войны с Турцией заставила правительство создавать новые казачьи формирования, не допуская, однако, возрождения казачьей вольницы. В 1787 г. по инициативе князя Г.А. Потёмкина началось создание казачьего войска из бывших запорожцев, получившего в 1788 г. название Войска верных казаков и в том же году переименованного в Черноморское казачье войско. После окончания русско-турецкой войны 1787–1791 гг. оно получило вначале земли между Днестром и Южным Бугом, примыкавшие к Черному морю, но в 1792 г. войску была пожалована территория между рр. Кубань и Ея, включая «остров Таман» (ныне – Таманский полуостров). Переселение черноморских казаков, из которых бывшие запорожцы составляли меньшинство, осуществилось в 1792–1794 гг., после чего была определена и восточная граница кубанской «Черномории». В 1860 г. из Черноморского и части Кавказского линейного казачьих войск было образовано Кубанское казачье войско.
Запорожье было районом классической украинской казачьей вольницы, но в период народных восстаний происходило массовое «показачивание» населения, а Б. Хмельницкому в 1648 г. удалось даже создать на Украине гетманскую державу, делившуюся на полковые округа. В зависимости от ситуации количество полков менялось, как и их границы, а Я.Р. Дашкевич даже назвал полковое и сотенное устройство гетманской Украины XVII–XVIII вв. «белым пятном» в истории [21]. До сих пор неизвестно точное количество существовавших в разное время казачьих полков, тем более значительную трудность представляет установление границ между ними [22]. В ходе военных действий против Речи Посполитой гетманы некоторое время контролировали часть белорусских земель, где также создавались казачьи полки: Турово-Пинский, Белорусский (Чаусский), Мозырский, Быховский. В гетманской державе Запорожская Сечь оставалась на особом положении, как островок вольницы, не всегда подчиняясь распоряжениям гетманской администрации.
В период после падения гетмана И. Выговского на Украине развернулась ожесточённая борьба между сторонниками польской, российской и турецкой ориентации, а Андрусовское перемирие 1667 г., расколов Украину, предопределило и разные судьбы казачества. На территории Речи Посполитой последние казачьи полки были ликвидированы в 1712 г., а на российских землях существовали две основные категории украинских казачьих полков – первые входили в состав т.н. «Гетманщины», назывались малороссийскими и были упразднены в 1775–1782 гг., вторые именовались черкасскими, а затем слободскими и существовали с 50-х гг. XVII в. до 1765 г. (Сумской, Ахтырский, Харьковский, Изюмский, Острогожский, а на раннем этапе также Балаклейский, Колонтаевский, Змиевский, а возможно и Воронежский полки [23]). В отличие от Левобережной Украины («Гетманщины»), слободские полки создавались украинскими переселенцами на российской территории и изначально подчинялись российской администрации. Слободскую Украйну активно заселяло и русское население, что сказалось на формировании особого русско-украинского говора и культурных традиций. В 1753 г. Сенат постановил создать Новослободское казачье поселение, протянувшееся узкой полосой к югу от Новой Сербии (для защиты последней от татарских набегов) на землях запорожских казаков между рр. Днепр и Синюха. Но фактически Новослободский казачий полк был создан лишь во второй половине 1750-х гг., а уже в 1764 г. был упразднён [24].
С ликвидацией слободских полков местные казаки стали официально именоваться «войсковыми обывателями», со временем став одной из категорий государственных крестьян. Казаки Гетманщины, составлявшие значительную часть населения образованных позже Полтавской и Черниговской губерний, составили особую сословную группу «малороссийских казаков», фактическое положение которых также приближалось к государственным крестьянам. Однако правительство не забывало о казачьих традициях местного населения, и в период войн иногда здесь формировалось ополчение в виде малороссийских казачьих полков. Так было в 1812 г., когда в Полтавской губернии было создано 9 таких полков, а в Черниговской – 6. Кроме того, в Киевской и Подольской губерниях тогда же было создано Украинское казачье войско из 4 полков, а в районе украинского Полесья появились отряды «лесных казаков» из казённых лесничих. Все эти формирования вскоре после разгрома Наполеона были упразднены. Малороссийское казачье ополчение создавалось властями также в 1831 г. для подавления Польского восстания (8 конных полков, 2 из которых в 1832 г. были переведены на Кавказ и позже вошли в состав Кавказского линейного казачьего войска), в 1855 г. для участия в Крымской войне (6 конных полков) и в 1863 г. для подавления Польского восстания (3 конных полка). Из малороссийских казаков Полтавской и Черниговской губерний правительство вызывало добровольцев для переселения в Черноморское казачье войско, что значительно пополнило численность последнего в 1809-1811 и 1821-1825 гг.
В 1774 г. на р. Южный Буг был поселён полк из молдаван, валахов и задунайских христиан (создан турками, но во время войны перешёл на сторону России). В 1775 г. на р. Ингулец был поселен навербованный казачий полк майора Касперова (именовался также «Нововербованным», «Новонабранным» и «Вербованным»), созданный во время войны с Турцией из славян-иностранцев. Из тех и других, а также из крестьян, купленных правительством у местных помещиков, в 1785 г. создан Бугский конный казачий полк (в 1787–1796 гг. входил в состав Екатеринославского казачьего войска). В 1803 г. этот полк, а также болгарские и прочие южнославянские переселенцы, обращённые в казаков, составили Бугское казачье войско из 3 полков. Территория войска состояла из двух частей – Вознесенской и Красносельской. Первая располагалась по р. Южный Буг, между Вознесенском (центр войска) и Николаевом, вторая находилась севернее Елисаветграда и включала 19,5% войсковых земель, но зато население этой группы станиц составляло 40,6% численности войска [25]. В 1817 г. Бугское войско было ликвидировано, причём два полка были преобразованы в уланские и вошли в состав военных поселений [26].