Значительная часть предложений А.Л. Ордина-Нащекина осталась нереализованной, в большей степени, из-за ограниченных финансово-экономических возможностей государства.
Тем не менее, преобразования вооруженных сил продолжались. Изменения осуществлялись в системе высшего военного управления. Наряду со старыми приказами, такими как Разрядный, Стрелецкий, Пушкарский, началось формирование новых управленческих структур. Воссозданная в 1613 году как приказ Оружейная палата ведала изготовлением легкового огнестрельного и холодного оружия. В ее состав впоследствии вошли временные приказы: Мушкетного дела (1654 год) и Ствольный (1647—1666 годы). С 1613 по 1643 годы функционировал Казачий приказ. В 1614—1623 годах существовал Панский приказ, набиравший иностранцев на русскую службу. С 1624 года эти функции были возложены на Иноземский приказ.
В 1633 году был образован приказ Сбора даточных людей. В его обязанности входило комплектование из крестьян и посадского населения (1 человек от 20—25 дворов) контингента войсковых частей, предназначенных для устройства и ремонта засечных линий. В период военных действий они исправляли дороги и несли обозную службу. В 1654 году дела приказа были переданы в Разрядный и Рейтарский приказы. Из даточных людей начали формировать полки «нового строя».
С 1637 по 1654 год функционировал приказ Сбора ратных людей, который формировал солдатские (пехота) и драгунские (конная и пешая служба) полки «нового строя». Они комплектовались из населения порубежных деревень и городов по 1 человеку от 3—5 дворов для несения воинской службы на засечных линиях. Полки собирались весной, а осенью их распускали. Оружие и коней солдаты и драгуны возвращали государству. Им прекращалась выплата жалованья. Временные наборы показали, что содержание ратных людей обходится дорого казне. Кроме того, на службу приходили люди необученные, а за несколько месяцев они не могли получить необходимые ратные навыки. Учитывая это, правительство предприняло ряд дальнейших шагов. Начиная с 1642 года, в драгуны стали записывать крестьян, оставляя за ними землю и освобождая от повинностей. Эти «поселенные драгуны» не получали жалованья, и вместе с тем обязаны были нести пограничную службу по месту жительства. Такой порядок комплектования драгун снижал финансовые затраты на их содержание, а постоянная охрана собственных родных мест способствовала повышению их боеспособности. Таким же образом, начиная с 1649 года, стали комплектоваться и солдатские полки — «пашенных солдат». С крестьянских и посадских дворов, из трех-четырех имеющихся в семье мужчин, одного-двух в возрасте от 20 до 50 лет записывали в солдаты. Вновь набранные ратники проходили воинское обучение.
Но и этот способ формирования полков «нового строя» не выдержал испытания. До тех пор, пока драгуны и солдаты несли службу по месту жительства, особых проблем не возникало. Однако в период военных действий полкам «нового строя» приходилось уходить из районов проживания. Солдаты и драгуны надолго отрывались от хозяйства. И, как следствие этого, крестьяне и посадское население пограничных городов разорялись и военная служба не только для них, но и для их семей превращалась в непосильное бремя.
Определенные трудности возникли и в Рейтарском (кавалерийском) приказе. Первоначально в рейтары набирали исключительно из дворян и детей боярских. Позднее, начиная со второй половины XVII века, Рейтарский приказ стал формировать полки копейщиков и гусар. Они имели такие же права, что и рейтары. Это была дворянская конница «нового строя». За прилежную службу рейтары получали жалованье. Сохранялись за ними и поместья. За неявку на службу («нетство») у дворян отбирали поместья, переводили в солдатские полки.
Верное в целом направление военного реформирования имело и недостатки. Разнобой в комплектовании, порядке прохождения службы в полках «нового строя» — солдатских, рейтарских, драгунских — вынуждали царя и правительство искать более совершенные формы организации войск. Это приобретало особую остроту в условиях, когда перед Россией стояли сложные задачи вооруженной борьбы с Польшей, Турцией, крымскими татарами. В первую очередь, требовалось изменить порядок комплектования солдатских полков, для чего провели несколько наборов даточных людей. В 1658 году с 25 дворов брали одного пешего ратника. Призывники связывались круговой порукой: в случае их уклонения от службы в полки забирали поручителей. Наборы даточных людей были также проведены в 1659 и 1660 годах. За три сбора войско пополнилось на 51 тысячу солдат, которые обеспечивались оружием, боеприпасами и жалованием за счет государства. Эти наборы предвосхитили рекрутскую систему комплектования.
Сложнее оказалось формировать драгунские полки. Драгуны обязаны были явиться на службу на коне и при своем оружии. Маломощные хозяйства драгун, несмотря на то, что они освобождались от налогов, лишаясь рабочих рук, приходили в упадок.
Рейтар, копейщиков и гусар, набранных из дворян, детей боярских, а также из казаков и даточных людей, оказалось более 20 тыс. человек. Государство выплачивало рейтарам более высокое жалованье, чем солдатам.
Во второй половине XVII века полки «нового строя» в русском войске утвердились окончательно. В отличие от стран Западной Европы (за исключением Швеции), в которых процветало наемничество, в России наметилась система обязательной военной службы всех социальных слоев коренного населения. В военное время все ратники полков «нового строя» получали жалованье, одежду и вооружение. Они оставались на содержании государства и после окончания военных действий, если не распускались по домам.
Полки «нового строя» составляли постоянную вооруженную силу, имели четкое военное устройство. Драгунские полки были обучены действиям в конном и пешем строях, Драгун имел облегченный мушкет или карабин и шпагу. Рейтары сражались только в конном строю. В составе рейтарских полков имелись небольшие подразделения легкой конницы — копейщиков и гусар. Рейтар имел на вооружении карабин, два пистолета, шпагу и латы. Копейщики вооружались копьями и пистолетами. Гусар вооружался копьем меньшего размера, чем у копейщика, двумя пистолетами и латами. Пешее войско составляли солдатские полки, вооруженные мушкетами и бердышами. В качестве защитного вооружения иногда употреблялись латы. Старший офицерский состав вооружался протазанами, а младший — алебардами.
Полкам «нового строя» придавалась артиллерия — от 6 до 20 пушек на каждый полк. В целом в армии насчитывалось до 400, а в крепостях — до 2500 пушек. В 1677 году в России был образован «Пушкарский полк» с 30 офицерами и 1261 пушкарем. В артиллерии происходила замена устаревших орудий (затинных пищалей, тюфяков) более унифицированными по типам и калибрам пушек. Во второй половине XVII века артиллерийский парк русской армии качественно обновился. Пушечные мастера улучшали способы литья пушек и ядер, положили начало производству однотипных по весу и калибру полковых пушек, мортир и гаубиц. Прослеживалось четкое подразделение на осадную и крепостную артиллерию и «полковой наряд» — полевую артиллерию, приданную полкам,
Войска «нового строя» получили единую организацию. Все полки, как конные, так и пешие, имели по 10 рот. В конных ротах числилось по 100 человек, в пеших — по 160 человек. В полках вводились новые чины: полковник, майор, капитан, ротмистр, поручик. Это определяло четкий порядок соподчинения начальствующих лиц.
Военное обучение зародилось в стрелецких отрядах и сотнях. Летописи говорят о высоком боевом мастерстве стрельцов. Стрельцы умели «закопатися во рвы», то есть окапываться, чего не делали солдаты западноевропейских армий, так как наемники считали рытье окопов «неоплаченной работой».
Постоянная служба, элементы боевой подготовки, однообразное высококачественное оружие делали стрельцов первоклассным войском того времени. Современники свидетельствуют, что «стрельцы были искусны и научены ратному делу и стрельбе из пищалей».
Образование постоянного войска в виде пехоты, вооруженной огнестрельным оружием, является важным этапом в развитии войска русской феодально-абсолютистской монархии. По своему моральному духу, боеспособности, организации и по степени насыщения огнестрельным оружием русская пехота, особенно стрелецкое войско, значительно опережала западноевропейскую пехоту XVI—XVII веков.
Развитие огнестрельного оружия повышало значение огня в бою. Как свидетельствует Никоновская летопись, при осаде Казани в 1552 г. «огневой бой» стрельцов играл очень важную роль. Располагаясь «во рву», за турами или оградами, стрельцы «из множества пищалей стреляху», содействуя огнем атакующим боярским людям и казакам. При отражении вылазок противника русские войска подпускали его близко к турам и стреляли из пищалей, после чего нападали на врага и громили его.
Эффективность «огневого боя» повысила внимание к искусству ведения огня. Еще при Иване IV в Москве производилась ежегодные смотры ружейной стрельбы. Один из таких смотров, проходивший в Москве 12 декабря 1557 г., описал английский путешественник Дженкинсон. Для проведения смотра был построен ледяной вал в 6 футов[5] вышины и 2 сажени[6] толщины. Стрелки находились на специально сооруженных подмостках на удалении 150 шагов от вала. В стрельбе участвовало 500 пищальников. Смотр производил сам Иван IV. По свидетельству Дженкинсона, ледяной вал в результате стрельбы был окончательно разбит. В этот же день Иван IV проверял искусство артиллерийской стрельбы, которая велась по двум белым мишеням, установленным перед набитыми землей деревянными срубами. Стрельба велась последовательно: сначала орудиями малого калибра, потом среднего, а затем крупного. В результате стрельбы оба сруба были полностью разрушены, несмотря на то, что они были сделаны очень прочно.